约翰·肯尼迪众议员对政府政策的批评，在议员的工作中司空见惯，然而到了麦卡锡这里，肯尼迪的指责就成了一个严重的问题，他逼迫总统就肯尼迪议员的批评表态，甚至迫使马歇尔将军向国会提交有关他出卖美国利益“讨好苏联人和中国人的证据。”马歇尔将军一生从军，光明磊落，他根本不屑于和麦卡锡这类人搅合在一起。但是在美国的政治体制下，国务卿是有义务解答参议员的质询的。为了避免和麦卡锡“一同滚进臭水沟”，马歇尔宣布提前结束自己尚有两年的任期，辞去国务卿职务。
马歇尔辞职后，艾奇逊接替了他的职务。但是麦卡锡也没有放过艾奇逊，而是再接再厉，继续穷追猛打艾奇逊和他所领导的国务院。在麦卡锡眼里，国务院是一个专事与外国人打交道的地方，自然就很容易成为外国间谍的藏身之处——麦卡锡的逻辑就是这样简单。他首先对政府中负责对外广播的机构“美国之音”进行了调查，并直接控制“美国之音”的人员任命和宣传方针达数月之久。麦卡锡的一位主要助手还突击视察了美国驻欧洲情报机关，在那里，这位助手把他认为和共产主义有关系的书籍统统清除出去，雇员们吓得心惊胆战。
这还不算，麦卡锡还盯上了艾奇逊国务卿本人。在希斯间谍事件曝光后，麦卡锡很快就注意到希斯和艾奇逊的关系——他们在哈佛大学是同学。在希斯被送进监狱的当天，《纽约先驱论坛报》记者霍默·比加特采访了国务卿，并向国务卿提问：“国务卿先生，你对阿尔杰·希斯案件有什么评论吗？”
“我想清楚地向你们表明，无论希斯先生或他的律师们是否上诉，无论上诉的结果如何，我都不打算背弃阿尔杰·希斯。”艾奇逊回答说，每个人都应该按照自己的原则去办事。这位记者立即请国务卿就自己的“原则”表明立场，艾奇逊国务卿说：“我想很久以前就有人为我们说过这个原则。在奥利夫斯山就有人说过，如果你有兴趣的话，你可以在马太福音第二十五章中找到。”
艾奇逊所谓的马太福音第二十五章，指的是耶稣在奥利夫斯山宣传基督教义的时候说过的一段话：
我没衣服穿，你就给我衣服；我病了，你就来探望我；我被囚禁了，你来看望……你对我兄弟们中最平凡的一个做的事，你就是为我做了。
美国民众大部分信奉基督教，国务卿用基督教基本教义来阐明自己对同学和兄弟的立场，只是表明他朴素的人道主义情感，不可能意味着他会和犯有间谍罪和伪证罪的希斯沆瀣一气。这样的回答恰到好处，并无任何问题。但是艾奇逊画蛇添足地补充了一句话，结果被麦卡锡这帮人抓到了把柄。国务卿补充说，他不会因为阿尔杰·希斯的事件而辞职。
率先向国务卿开炮的是参议员理查德·尼克松，他认为国务卿的话是“令人作呕的。”明尼苏达州的一位众议员火上浇油，认为杜鲁门总统应该抛弃艾奇逊。这下麦卡锡就有了攻击艾奇逊的子弹，他紧紧抓住艾奇逊“同情共产党间谍”不放，迫使总统作出了一个痛苦的决定：让艾奇逊国务卿辞职。两任国务卿都因为麦卡锡的指责而辞职，这不能不说麦卡锡主义威力强大，不过那时人们还没有认识到麦卡锡主义的危害，麦卡锡难免自鸣得意。
接替艾奇逊出任国务卿的是约翰·福斯特·杜勒斯，他是美国历史上权力最大的国务卿之一，他的外交政策影响了美国近半个世纪。杜勒斯对共产主义有着刻骨铭心的仇恨，他一上台就主动讨好右翼势力，表示愿意与麦卡锡密切合作。他甚至主动揣摩麦卡锡的意图，还未等麦卡锡发言，就提前迎合他的要求。在这样的政治氛围中，那些讨厌麦卡锡的资深外交官一个个横遭清洗。麦卡锡的一名信徒居然当上了国务院人事部门的负责人。
不仅如此，杜勒斯还下令国务院图书馆清除所有“明显追随共产党路线或参加共产党外围组织的作者”的书籍。达希尔·哈米特的惊险小说、《托马斯·潘恩选集》，甚至与共产党或共产主义丝毫不沾边的书籍也被禁止阅读和借阅，一大批所谓的禁书被付之一炬。到1953年6月，由杜勒斯、麦卡锡主导的这股类似中国秦朝的“焚书”“坑儒”的阴风，就已经遍及美国各地，以至于总统不得不出面干预。艾森豪威尔婉转地劝告人们不要加入焚书者的行列中去，“不要以为你们掩盖了谬误曾经存在过的证据，就可以把谬误本身也掩盖起来”。
然而，艾森豪威尔总统的劝告并没有使这场混乱得到有效的遏止。麦卡锡主义的影响如此之大，以致于许多美国人把联邦调查局当成了保卫国家的中流砥柱。联邦调查局那位精明强干却又像麦卡锡一样越来越难以捉摸的局长埃德加·胡佛，竟然被不少美国民众视为民族的救星。鼓吹麦卡锡主义的组织在全国范围内纷纷建立起来。
结果，这场以维护国家安全为最初宗旨的运动竟然发展成为一场讨伐异端、公开侵犯人权的浩劫。麦卡锡的追随者为了达到那些丑恶的目的，不惜使用株连、宣誓忠诚、由告密者作证、开列黑名单、压制言论自由、通过立法机关的各种委员会对公民进行询问和恫吓等非法手段，简直成了不折不扣的恐怖主义。副总统尼克松竟然以此作为政绩，夸耀说已经把一大批“对国家安全构成威胁的人”撵出了政府。在被撵出政府的人物当中，有一位曾经为美国作出过巨大贡献的伟大科学家，他就是与爱因斯坦一起并列为美国三大科学巨擘之一的著名物理学家罗伯特·奥本海默。
奥本海默博士是被一位不知名的小人物送进麦卡锡主义的囚笼中去的，他就是参众两院原子能委员会前执行秘书、参议员布里恩·麦马洪的高级助手威廉·戈登。1953年11月7日，戈登写信给联邦调查局局长埃德加·胡佛说:“罗伯特·奥本海默非常可能是苏联间谍。”他随信附上一份详细的材料以证明指控的内容。这些材料包括，1942年以前，奥本海默“每月都捐一大笔钱给共产党”，“他的妻子和弟弟都是共产党员”，“他除了共产党以外，就没有其他密友”。
威廉·戈登出于什么动机写这样的信，不得而知。但是对于奥本海默来说，这毫无疑问是一场飞来横祸。当告密者在背后煽风点火时，这位伟大的科学家正在伦敦，参加牛津大学授予他第6个荣誉博士学位的活动。可是在华盛顿，联邦调查局的那一帮人已经整理出关于奥本海默4.6英尺厚的材料。经过埃德加·胡佛局长加工后，这些资料很快被送到了白宫和五角大楼。国防部长威尔逊看到报告后立即打电话给艾森豪威尔总统，要求取消奥本海默出入军事设施的权利，并吊销他的绝密工作许可证。艾森豪威尔总统认为这个消息“让人很不安”，他指示召开一个保卫国家安全的听证会，讨论奥本海默的“忠诚问题”。
确认这位伟大科学家是否忠诚于美国政府的听证会是以审判——其实就是审判——的方式进行的。审讯法官不仅咄咄逼人，而且使出了那些并不新鲜的审判伎俩，比如法官让自己背着窗，让太阳直射那位伟大的科学家的眼睛。当时的情况是，如果一个陌生人走进原子能委员会办公楼那个编号为2022的房间，他绝对不可能想到那位接受质询的人就是完成原子弹试验的研究所所长。
在传讯了诸多“证人”后，这个委员会最后作出裁定，“没有发现他对国家有过不忠诚的行为”、“奥本海默博士是一个忠诚的美国公民”。委员会认为，奥本海默反对美国试验氢弹并非对美国不忠诚，与苏联也没有关系。但是不论如何，美国安全的利益受到影响。委员会认为奥本海默表现出“容易受到别人胁迫，或者至少行为上受到影响”，因此“不建议批准他重新接触机密”。奥本海默虽然没有被限制自由，但是被吊销了绝密工作许可证，出国访问也受到了影响，他的声誉一落千丈。
麦卡锡主义的迫害虽然让奥本海默这样伟大的科学家都难逃厄运，但是奥本海默的悲剧却宣告了麦卡锡主义末日的到来。随着朝鲜战争的结束，美国人对共产主义的威胁逐步淡化，人们沮丧的情绪和狂热的反共浪潮逐渐平息，人们渐渐厌倦了麦卡锡那种乖张荒唐的恶棍逻辑。然而麦卡锡本人显然已经走火入魔，他竟然把黑手伸向了军队。声称要调查陆军部里的共产党人，陆军部部长拒绝了麦卡锡，并让那几个试图与麦卡锡沆瀣一气的军人脱下军装回家。麦卡锡竟然用流氓的语言威吓陆军部部长：“谁要是保护共产党我就砸烂他的脑袋。你试试吧……我可以保证，你一辈子都会后悔的。”
然而真正后悔的是麦卡锡。他以为陆军部会像马歇尔、艾奇逊那样向他的猜疑和威吓投降，不料陆军部却对麦卡锡提出了46项反控告，并让他解释“共产党人的机构究竟是怎样的？”麦卡锡本来就对共产主义一知半解，他哪里见过真正的共产党人的机构呢？麦卡锡不得不走上和陆军部辩论的道路。全国性的辩论持续了35天，真相越辨越明，麦卡锡俨然成了自己的掘墓人。在一次激动人心的辩论中，陆军部请麦卡锡参议员“告诉每一个美国男女老幼，他们究竟应该怎样做他们分内的事情，来消灭共产党呢？”
善于服从错误，也善于改正错误，这是美国民族的一大特点。在看清楚麦卡锡的嘴脸后，美国人抛弃了麦卡锡。1954年12月22日，参议院以67票对22票通过了谴责麦卡锡的决议，这位名噪一时的参议员垮台了。1957年5月2日，麦卡锡因饮酒过度而死去。在弥留之际，麦卡锡坚持认为是他十分信赖的副总统理查德·尼克松出卖了他。四年之后，他的遗孀与民用航空委员会的一个委员结了婚。
叹曰：
扬名立万 尼克松审时度势激浊扬清
东施效颦 麦卡锡郢书燕说不值一哂
