朱由校以前看明朝史料时发现三大营越往后期战斗力越不行。
例如，明世宗嘉靖时期，营政废坏如故，京营兵士仅余5万余人，加派文臣提督团营。嘉靖十五年，都御史王廷相受命提督团营，当时他对营务的看法：一是军士多被朝廷及中贵、武臣拉去服工役，不似武夫，倒与田夫无异；二是到了年龄的兵士，应由子弟替代，但吏胥上下其手，索要重贿，使贫困老弱兵士充斥营伍；三是富裕的兵士不愿参加营操训练，贿赂将领将名籍列入老家。
至崇祯年间，营务已尽领于中官。出战时，廪给优厚，挟势凌虐将士，瓦解军心。明末，营将尽为内监私人，不懂军事，营兵只是注名支粮，买人雇役，朝甲暮乙。崇祯帝屡次要求严加训练，但每日操练者不过二三百人，未到黄昏，人已散去。
明末京营在上百年的不断腐化变质后，在李自成的闯军打到北京时守城的京军仅有3000 人，京营根本就没有发挥多少作用。
不仅如此，目前京营很大一部分是武将勋戚的后代，靠着家里的关系在京营里某一份官职，吃着空饷不训练，早已没有战斗力了。
像这样一支军队，怎么可能打的赢仗，只能拖后腿。但这支中央军队又是真正属于他朱由校直接掌控的亲军。可以这样说，如果到了最危急的时刻，这支部队是朱由校他自己最后的救命符。
若是自己的嫡系军队很烂，怕是在大敌来时便如崇祯皇帝那般无兵可保自己，因此，无论是什么也要给它来个刮骨疗毒，彻底改造。
孙传庭不愧是个狠人，刚一接手京营便着手在校场清点人数，把未到人员名单递交给朱由校，之后把部分不听号令的人抓起来，还当场杀了几个人以正军威。
因此，在那几天天天都有勋戚进宫面圣或者托后宫之人前来游说，请求放过那些整顿时被抓的亲戚朋友，还指责孙传庭目中无人，完全不把祖上赫赫功勋的功臣之后放在眼里。尤其是成国公朱纯臣，仗着自己是驸马都尉和成国公的身份当场大骂孙传庭，可是孙传庭不为所动，马上把他也给抓了，现在人还在军营里被关押着。
这个家伙在历史上开门迎闯王，结果后来被李自成一刀砍了，亏崇祯那么信任他，这种贰臣不要也罢。
但由于朱纯臣是皇亲国戚，不好动，所以孙传庭请示该如何处理。
为了能够使这只部队脱胎换骨，成为强军，朱由校毅然决然地将朱纯臣之类勋贵废物提出京营，对那些游说的人进行一番痛斥，并且还一次性把只想过好日子，不训练的勋戚子弟和靠他们关系进去混日子的人全部清除出去了。
尽管这些人或多或少有些不满，但是见皇帝如此坚决整顿京营，在皇帝强硬的态度下还是妥协了，毕竟他们的特权是依附皇帝才得来的。朱由校下令给那些离去的人四十两遣散费，对于愿意留下来的则进行改造。
另外，孙传庭在整饬期间内发现京营有两人出类拔萃，他们就是周遇吉和鲁钦。
史载周遇吉为人勇武善射，骁猛异常。周遇吉在京营任职时，亲眼目睹明末战乱四起，山河破碎，深知京营乃朝之羽林，更应肩负救亡之重任。于是对京营现状痛心疾首的周遇吉也曾对身边的将领们说，诸位皆世受皇恩，为何不勤加操练征战疆场？但是周遇吉的语重心长显然没有在他们心中激起任何波澜，其他人都笑话他。
鲁钦出生于武将家庭，青年时期袭任父职，以府军卫身份中武进士。万历年间任山西副总兵，而后曾在天启年间镇压四川奢崇明叛乱，勇敢善战，被被称为西南诸将之冠。
这两人都是猛将，故而孙传庭向朱由校推荐鲁钦和周遇吉两人。
为了检验成果，并且展现自己作为皇帝对军队的重视，于是朱由校便觉得前往大营视察一番。
一名宦官拿起脚垫放在马车边上，朱由校踏上去进入龙辇内。马车在车夫的驱使下徐徐离开紫禁城，车辇旁边还有一对人马作护卫。
掀开窗帘探向外头，刚一开始映入眼帘的是豪华壮丽的紫禁城，在湛蓝的天空下，紫禁城那金黄色的琉璃瓦重檐殿顶，显得格外辉煌；还有那高大雄伟的角楼，仿佛是一个个严阵以待的哨兵再巡视紫禁城周边的一切，保卫皇宫的安全。接着，渐渐的看见一些百姓因为看见皇帝车队过来而在街上退避，有许多穿着破旧的衣服，如今正处于小冰河期，进入京城的流民也增多了，要不是之前官府有施粥，可能现在会有更多百姓冻死。
越远离皇城，道路就越烂，道路上堆积着各种各样的垃圾，仿佛来到了印度贫民窟的街道，发散着阵阵恶臭，幸亏现在是冬天，抑制了恶臭蔓延。
城市卫生环境差易滋生病菌，导致传染病大规模传播，所以后世的每一次瘟疫爆发时，最先要做的就是就要组织人员清理垃圾并消毒，保持卫生的环境。
崇祯十六年的京师大瘟疫，疫情极严重。《明史》记载：“崇祯十六年，京师大疫，自二月至九月止。明年春，北畿、山东疫。”《明通鉴》记载：“京师大疫，死者无算。”《明崇祯实录》记载：“京师大疫，死亡日以万计。”崇祯十七年，骆养性说，“昨年京师瘟疫大作，死亡枕藉，十室九空，甚至户丁尽绝，无人收敛者。”
崇祯十六年的疫情是非常严重的。而这场在京师流行了大半年的瘟疫消耗量大明帝国最后的元气，不仅仅夺去了许多百姓的性命，人员密集的大明军队更是“大疫军死者众”。
面对如此糟糕的街道环境，无论是为了百姓还是为了自己，必须建立地下排水系统和街道卫生制度加以改变这种状态，否则不知道哪天瘟疫突然爆发了。
这个时代的底层人民实在过得太难了，人像虫豸一般苟活，不行，朕的子民绝不应该过这种生活，朱由校脸上充满忧愁的想。
来到京营驻地，孙传庭等一众武官皆在营外等候圣驾。
朱由校在一旁太监的搀扶下缓缓从龙辇走出，随后一阵山呼万岁声喊出，犹如振动云霄。
望着那一列列笔直站立的士兵，虽不如自己在电视上看到过的阅兵时显现的气势，但是从这个时代已经十分不错了。
看来经过孙传庭近一个月的整顿和简单训练，京营军容已经有了较大改观。
“微臣奉命整饬军营，请陛下检阅。”一阵喊声过后，孙传庭上前行礼请皇帝检阅京营士兵。
之后，朱由校在孙传庭的伴随下对京营进行了一番视察，朱由校巡视完毕后，来到营帐处问道：“周遇吉，鲁钦何在？”
“末将周遇吉/鲁钦，拜见陛下。”孙传庭旁边的两个一名中年人和年轻人向皇帝行礼。
“孙爱卿之前就向朕提及你们二人武艺超群，有壮志报国之情，非京营其余无能之辈可相提并论。”朱由校笑着赞美二人，因为他知道此二人在历史上的确是精忠报国之人。
“皇上言重了，吾等乃大明将士，食君之禄，理应为皇上分忧，保家卫国。”鲁钦开口对朱由校说道，随即年轻的周遇吉上前附和道。
