《物种起源》既没有研究物种的起源，更没有研究人的起源，他甚至都没有在书中明确提到人类可能起源于动物。当华莱士写信问他是否打算在书中讨论这一问题时，达尔文回信承认：“应该避开这整个主题，因为这一主题被太多的偏见所包围。”但达尔文仍然对这个问题有强烈的向往，并在《物种起源》中明确指出“人类的起源及其历史将被照亮”。人类起源及发展问题最终将得到完美的解释。
谁来解释呢？当然不能靠神学家，他们那一套说法太容易，以至于没有挑战性，我们仍需要科学的解释。
为此，达尔文一直在努力。
早在达尔文之前，布丰就已提出过“人猿同祖”的概念。而达尔文在《物种起源》中也暗示了人类起源于动物的可能性。后来的学者们纷纷对此进行了诠释，赫胥黎于1863年出版《人在自然中位置的依据》，从解剖结构上论证了人类与大猩猩和黑猩猩等灵长类动物存在密切关系，一棒子把人类打入了动物王国。这一研究在全英国引起了轰动。当时一位虔诚的女教徒曾不知所措地说：“我的上帝！让我们祈祷这不是真的。如果真是这样，我们希望没有更多的人知道这件事情！”
对此，达尔文曾不无愤怒地指出：“无知常常比知识更容易使人产生自信。正是那些什么也不知道的人，而不是那些懂得很多的人，才绝对地断言这个或者那个问题不可能由科学来解决。”
吃一堑长一智的达尔文知道写书要快的道理了，从1860年到1872年十二年间把《物种起源》不厌其烦地修订了七次，并不断接见各地涌来的粉丝。此外还出版了十部专著，这些作品都以《物种起源》为中心对生物进化理论展开地毯式论证，其中比较有分量的是1871年出版的《人类起源和性选择》一书。关于性选择，将在后面专门讨论。
因为关于人类进化的化石资料少得像葛优的头发，达尔文主要还是依靠他那强大的头脑开展推测工作，并得出了人类的祖先与大猩猩和黑猩猩的祖先有亲戚关系，而且很有可能起源于非洲的论断。令人难以想象的是，这些推测甚至人类大致起源时间的推测基本都已被现代考古学所证实！
与江湖中广为流传的说法很不一样，达尔文并没有说过人是由猴子变来的，也没有说是从类人猿变来的。达尔文只是推测，人应该是由一种与类人猿相似的家伙进化来的。他很自然地从人类胚胎学着手探讨人的起源问题，人胚胎中的退化器官及返祖现象让达尔文情不自禁地浮想联翩。他当然也很相信当时还没有过气的胚胎重演论，从中他得出结论：“我们知道人类起源于一种带毛的、长有尾巴和尖耳朵的哺乳动物。”
这怪不得达尔文。胚胎重演论实在是一个迷人的理论，德国生物学家海克尔(Ernst Haeckel)画的那个几种动物胚胎发育过程对比图充斥于大批的生物教材中，这些图片清楚地表明不同的动物在胚胎发育过程中有明显的形态相似阶段。这似乎可以证明，所有的阿猫阿狗虽然现在看起来不一样，但它们的胚胎在重复了它们祖先走过的光辉岁月，并表明它们的原始阶段的长相是大差不差的，胚胎发育过程等于是回放了一次动物从简到繁所走过的江湖故事。也就是说，胚胎的发育再现了系统的进化过程。
这个事情听起来有点玄乎，很难想象胚胎会在如此短的发育时间里用快进的方式迅速播放一遍远古的祖先所经历的所有往事。如果是真的的话，很难找到一种合适的机制来解释清楚这件事情。因此总给人以不太靠谱的感觉，哪怕是现代分子生物学的发展也不能把人讲得心服口服。加上当年海克尔为了使所有的胚胎发育图看起来更相似些，不惜耍了一点小聪明动了一点小手脚，却又被人给揭发了出来，给这个学说带来了沉重的打击，后来又被哈佛大学生物学家古尔德等人踹了几脚，胚胎重演论基本上是死得差不多了，虽然还没有被彻底装进棺材，但其科学性无疑受到了严重挑战。好在也没有多少人认真地要用一种动物的胚胎来研究这种动物的漫长的进化路线，不然的话，搞古生物研究的那帮老学究们就要失业了，大家全去研究动物胚胎得了。
也并不是说胚胎重演论完全没有道理，而是这种简单化的处理方法已失去了昔日的权威性，不能拿它太当回事。
但在当时，达尔文是很信服海克尔的这一学说的。他把胚胎发育的某些相似性当作是生物在进化过程中残留下来的提示信息，可以看作是物种进化的痕迹。从而坚决地证明生物是进化的。更重要的是，因为人的胚胎看起来也是一个德性，似乎可以由此证明人也是这么一步步地进化而来的，其中甚至经过了带鳃的鱼的阶段。现在已有人证明那所谓人脸上的“鳃”，不过是皮肤的皱纹罢了。
但达尔文并不了解这些，他有了胚胎重演论这一认识基础，后面的事情就不难理解了。达尔文进一步论证说：野蛮人和高级动物的智力存在很大差异，但这种差异不是本质上的差异，而只是级别上的差异。人类的感情、直觉以及一些心理活动，都没有与动物之间拉开绝对的鸿沟。我们人虽然有道德，但动物也有道德，无论从哪个方面看，我们与动物仍然是趴在一个战壕里的战友。
达尔文相信人的智力也是一点点进化而来的，甚至可以把动物按照智力高低排出一个排行榜来，一个比驴还蠢的白痴与牛顿在这个排行榜上的位置肯定有很大的距离。
那么道德的起源也就不需要上帝的启示了，原始人先进化出了基本的道德，然后才使社会性的群居生活变成一种可能。此外的关于人的素质、良心和利他主义行为，也毫不例外是选择和遗传的结果。这个问题研究起来虽然比较复杂，但还没有复杂到非得请求上帝出来发话的程度，完全可以在生物学的范围内加以彻底解决。比如说，一个人之所以帮助别人，是因为他估计到会因此而得到别人的帮助。崇高的离谱的绝对利他行为不是不可能，而是不被“自然选择”所认可。比如由于突然的变异，你变成了天字第一号绝顶大好人，你每天忙死忙活不计名利地去学习雷锋做好事，结果忙得连老婆都找不上，于是你这种超级高尚的基因就失传了，活下来的仍是那一批庸庸碌碌的偶然发发善心的凡夫俗子。
此外达尔文还相信人类的知识是可以遗传的，也就是说，如果老子学习认真水平也高，生下来的儿子就要比笨蛋们的儿子聪明一些。这其实是智力版的拉马克获得性遗传理论，这一理论现在已基本被认为是不大靠谱的，尽管仍有一批人正在为这一理论而奋斗不已。
达尔文有群体选择意识，他也在为爱国主义之类的行为寻找生物学依据，所以在他眼里，崇高的道德品质虽然可能对个人生存不利，但是如果同志们共同努力、普遍提高自己的道德水平的话，就会提升这一小撮人的整体实力，相对于其他部落很容易在打架时占有上风。基于此，遵纪守法具有爱国主义情结的人越多，大家都勇于为共同的利益而牺牲个人利益，这个国家就会越来越强盛，他们本来所作出的一点牺牲也因此而得到了回报。所以，达尔文认为，爱国主义是受到“自然选择”欢迎的一种行为。
因为怕大伙不信这一理论，达尔文信誓旦旦地说：“在全世界的任何时代，一些部落取代另一部落，是由于道德是它们成功的因素之一，因而道德水准正在提高的人类数量到处都在增长。”
不知道深受儒家思想熏陶的大汉民族被满清铁蹄踩得死去活来的时候，还能不能把这一原理小小地应用一下。
现在不去评论这一理论的正确性如何，等到介绍完自私的基因理论和群体选择理论的时候，各位看官可以自行判断。
在人类各种族地位座次高低问题上，我们希望达尔文能做到一碗水端平。而事实上，尽管他非常注意克制自己的看法，但仍然表达出了种族等级的思想。
在他的眼里，出产了莎士比亚和牛顿，自然也包括他老先生自己在内，这群伟大人物的种族，肯定要比那些“沉默寡言的南美土著人和轻率而受唠叨的黑人”种族要高级些。还好，他没有沿这条路走得太远。他说：“在各种族中，黑人和欧罗巴人族的区别是相当大的。”但达尔文并没有被这种“相当大”的区别所蒙蔽住，因为这些种族具有明显相同的身体结构和相似的思维方式。所以达尔文认可了他们来自共同的祖先，而这个共同的祖先完全有资格被称为“人”。这一观点比那些把黑种人看成低等物种的坏蛋科学家们要强多了。
达尔文对人类的认识的另一个重要方面在于，他没有把人和动物一刀砍到两个阵营里去。在他的辖区内，人与动物的关系是连续的，也就是说，我们可以在生物学的领域内研究人了。就算是组成了社会，自然选择仍然在起作用。
为了论证这一问题，达尔文甚至把眼光投射到了历史事件中去，他看到了希腊文明的倒退，也看到了欧洲各国的崛起，并对西班牙民族在这场赛跑中的落后成绩表示奇怪，他想不通这是为什么，最后把罪责加到了宗教裁判所的头上。宗教裁判所过去的工作严重违反了自然选择原理，把本不该被自然淘汰掉的优秀选手人为地淘汰掉了，布鲁诺就是这样被悲惨地烤死。而宗教裁判所在西班牙的工作是卓有成效的，大批有思想而又不怕死的精英人士基本都被做成了烧烤。在达尔文眼里，这无疑是阻碍文明进程的巨大灾难，他本人就曾被这种情景吓得心惊肉跳。
但进步的力量是不容小视的，欧洲仍然在向文明发展。达尔文把很大的功劳都归于他所在的英国，他认为他们盎格鲁撒克逊民族要比欧洲的其他民族“具有明显的优越性”。后来的希特勒明显是不同意这一论点的，所以打了英国佬。
不过达尔文充分肯定了美国所取得的成绩，他认为美国的进步与美国精神是分不开的，而这一切都是自然选择的结果。既然连国家都逃不脱自然选择之手，更别提个人了。
这样绕了一圈，达尔文就把人类的社会现象纳入到他的自然选择体系中来了。
马克思恩格斯他们肯定对这种说法不开心，他们需要把生物的人和社会的人分开来研究。如果硬要把社会的人也纳入到生物的瓶子里去观察的话，似乎无法洞见人的社会本性。
但达尔文不管这些，他继续用生物学眼光来看待社会问题。他提出了一个严重的问题：如果是在不开化的原始部落，自然选择会非常有效的工作，不断淘汰体质不好病歪歪的个体，而把那些肌肉结实的家伙保存了下来。但进入文明社会以后，这些病人们却可以得到很好的医疗，那些白痴和残疾人等不健康的群体都没能顺利死去，穷人也因为得到了政府的援助而活得更长。达尔文因此而担心，长此以往，人类文明就会被这些本该被淘汰而没有被淘汰的病人们拖垮掉了。
好在达尔文是一个绅士，他没有就这个话题进一步拓展，所以，冷漠无情的社会达尔文主义与他基本没有太大的关系。他只是寄希望于让这些病人们难以找到老婆或者丈夫，以此来缓解这一困局所带来的恶果。
不过在他那里，似乎还有一个更大的困局，那就是兵役与战争。
因为国家招兵往往都要结实的小伙子，然后在战场上大批被打死，留在后方的都是一些没人要的瘪三，可是他们却可以趁机弄到本来没有机会弄到手的老婆，而他们的儿女，将很难承担起建设国家的重任。
达尔文还谈到了财产继承而带来的麻烦，有些坏孩子好吃懒做人品极差，有的甚至天生有病，这些人本应该在竞争中被那些健康的穷孩子们淘汰掉的；但是，因为这些坏孩子们有一个富爸爸，留给了他们一大笔财产，这样一搞反而倒过来了。这些坏孩子们不但没有被淘汰，反而吃香的喝辣的，讨老婆娶小妾，大的小的弄了一堆。那些本来应该在竞争中占有优势的穷孩子们反倒打光棍打了很长时间。于是，自然选择的原则也被破坏掉了，长此以往，人类总体的前景是不妙的。
达尔文也没有因此而绝望：靠体力吃饭的年代已经过去了，社会的进步更多的是要依靠知识和技艺，自然选择在这个层次上仍然可以发挥余热。至于那些靠继承来的大笔财产而终日挥霍无度的无耻之徒，达尔文认为他们必将千金散尽，如果不能洗心革面，总有仰天长叹痛哭流涕之日。
因为资料稀少，而且担心这些话题更容易挑起麻烦，所以达尔文把很多话都说得模棱两可，几乎看不出他到底站在哪一个立场上；而且他视野很宽阔，几乎把能想起来的话题都扯了一遍。这样一来反而带来了更大的麻烦，后来的研究者和一些思想家都在从他这里扯虎皮作大旗，包括种族歧视和性别歧视主义都在和达尔文理论套近乎，战争贩子更是把达尔文倚为好友，他们都认为自己的那一套理论完全符合达尔文主义的科学理论。另一方面，另一些思想家当然不愿坐以待毙，在他们眼里，达尔文又变成了一个彻头彻尾的种族平等主义者、男女平等主义者及和平主义者，他们为拥有达尔文这样一位伟大的同盟者而骄傲。这两方都拼命指责对方误读了达尔文。
