隆庆三年白圭奠定内阁地位的一战，主要目标是玄蕴谷。
玄蕴谷原为一处桃花源式的聚所，居民的方言与官话不相通。其谷中有巨树，蜀人称之为“冥灵”。在神玉发现以前，玄蕴谷人以冥灵树为生，以道观为掩护，在树上修建了各样的道观，建立了属于自己的文化传承。
冥灵果是神玉的来源，冥灵果的果肉结晶，与神玉具有相同的性质，因而被视为神玉。玄蕴谷人依靠冥灵树果建立了灵法文化，而白圭在机械化初期，所需求的全部神玉也都购进自玄蕴谷。
渐渐地，玄蕴谷人在灵法文明的未来上与白圭、利奇一党产生了分歧。白圭希望建设一个先进的机械化文明，而玄蕴谷人希望把玄蕴谷的灵法文明附加在大明的未来。
玄蕴谷人在京师发动兵变，企图除掉隆庆朝廷和白圭内阁，但兵变迅速被白圭镇压。此后，白圭和隆庆帝迅速认识到了事情的严重性，随即对玄蕴谷展开了大规模“平靖”（即屠杀），玄蕴谷瞬间失去了在明朝玄蕴谷外的所有势力。
此事谓之“冥灵案”。
后记：白圭设五城十二楼，其中设立成都神机城用来监视玄蕴谷，但玄蕴谷势力极大，难以压制，最终反而控制了整个成都神机城。但由于西南长云卫的驻军，玄蕴谷始终不能将势力扩展出川。这种尴尬的情况，不论是四大刑衙还是机械化军队“王畿六师”，都束手无策，甚至不愿意提起。
