返航途径锡兰、速木都剌，再次到达占城。这次因为越南北部的安南不断侵扰南部的占城，占城数次向明朝求救，郑和船队在安南和占城沿海巡弋，大造声势，以迫使安南从占城撤兵并归还侵占的土地。
6月30日，船队在爪哇登陆，又在满剌加短暂停留，国王拜里迷苏剌率妻子及陪臣540余人，随郑和船队去往中国访问。
途经三佛齐国，国王是旅居三佛齐的广东南海人梁道明。梁道明王领兵守卫三佛齐北方疆土，对抗满者伯夷。十年间有几万军民从广东渡海投奔梁道明王。
永乐元年朱棣派梁道明国王的同乡监察御史谭胜受和千户杨信带敕书前往招安。梁道明国王和臣子郑伯可一同入朝贡方物，留下副手施进卿带领众军民。
马六甲海峡一带海盗猖獗，实力最强的一位海盗集团首领陈祖义，祖籍广东潮州，洪武年间因抢亲不成犯下杀人灭门重罪，全家逃到南洋入海为盗。
陈祖义盘踞马六甲十几年，成为世界最大的海盗集团头目之一，成员最鼎盛时期超过万人，战船近百艘。活动在本州、鸡笼、南海、印度洋等地，劫掠超过万艘以上的过往船只，攻陷过五十多座沿海城镇。南洋一些国家甚至向其纳贡。
明太祖曾悬赏50万两白银捉拿他。永乐年间，赏金更是高达750万两，当时明朝政府每年的财政收入也才1100万两。这使陈祖义成为有史以来悬赏金最高的通缉犯。
施进卿向郑和求助，请求协同摧毁海盗集团，郑和派人招抚陈祖义。
陈祖义原本不予理睬，他在海上称霸多年，从未遇到敌手，虽然有些畏惧大明朝廷，但想到天高皇帝远，所谓远水解不了近渴。就算派兵攻打他，凭他对海上气候和地形的了解，也决计奈何不了他，何况来的只是一个太监。
只是听手下有人进言说，郑和的宝船上装满了各国国王向明朝进贡的宝物，皆是价值连城，世所罕有，又不禁心痒难耐。
他与部下商议打算诈降，伺机抢夺船只和宝物，部下对于敌我力量的悬殊颇为担忧。
陈祖义却胸有成竹的说：”明朝船队虽众，但操船者大多为河塘之师，初涉远洋且不熟悉地；明朝船只虽大，但行动迟缓；明朝水师虽强，但多年未战，且以马步兵为主，况且劳师远征。不比我们在此地十余年，熟知地形，深谙水性。
天时、地利、人和，我们全占了，还怕他区区一个太监吗？只需派数十名水性顶尖的水鬼，神不知鬼不觉地从水下凿穿战船，再将宝船引入暗礁区，到时里应外合，擒拿郑和，抢夺宝船。既可以发一笔横财，又可以扩充船队。
再杀了正副使和各国使臣，使臣在大明船只上被杀，大明脱不了干系，必会与各国燃起战火，无暇顾及被抢夺的船只和宝物。以后我等便可以称雄海上，再无敌手。”陈祖义说完仰天长笑。
底下众人被首领构想的宏伟蓝图深深吸引，皆群情激昂，摩拳擦掌。
第二日，陈祖义派出使者见郑和，表示愿意投诚，接受大明皇帝的招安。并表示大明船队回国时，陈祖义将率领手下与船队同往，进贡和朝拜大明皇帝。
使者走后，叶清扬对郑和说：“陈祖义此人残忍又贪婪，十几年来称雄于本州、琼州、鸡笼、马六甲一带，人数过万，战船近百，南洋部分小国甚至向他纳贡，他根本就是个土皇帝，连高皇帝都对他无可奈何，他又怎会轻易向大明朝贡，如此轻易便答应，其中必定有诈，郑大人需早做防范。”
郑和正要说话，又有人报，施进卿求见。他给郑和带来的消息让郑和对叶清扬更加深信不疑。
原来陈祖义海盗中有个小头目是施进卿家管家的亲戚，只知道陈祖义觊觎船上的宝物，假意投诚，但具体如何部署却并不清楚。
郑和问叶清扬：“叶大人有何良策？”
叶清扬道：“我若是陈祖义，与大明船队硬碰硬，必然讨不得好，不若以己之长克彼之短。陈祖义长于我军的便是熟知地形，马六甲附近岛屿相连，地形复杂，多有暗礁与浅滩。我军船只庞大，地形与我军不利，若是遇到埋伏，则首尾不能兼顾。不如先下手为强，待到陈祖义的船只进入到火炮的射程内，便将他包围，直接拿下。”
一直不出声站在叶清扬身后的张云飞突然说道：“以前在游历江南时便听说陈祖义此人曾经劫掠过上万艘过往船只，攻陷过五十多座沿海城镇，连江南水师对他们都毫无办法，除了因为他们的船只上装备精良，更因为他有一批训练有素，武功高强，熟知水性的水鬼。”
“水鬼？”叶清扬问道。
“不错，他们神出鬼没，可在水下一日一夜不露头，凿沉战船或是潜入船中杀人皆是无声无息，有人怀疑那些人是来自东瀛的志能便，也有人称他们斥候。”张云飞看着他道。
“志能便？名字很熟悉，像是在哪听过？”叶清扬皱眉道，忽然眼前一亮，以前看动画片《忍者》时，曾经特意在网上查过，忍者在飞鸟时代称为“志能便”，奈良时代称为“斥候”，战国时代叫法很多，其中流传最广是“乱波”，由武田信玄命名，而江户时代使用的就是和今天一样的“忍者”。
叶清扬便道：“志能便就是日本忍者。”
“忍者？”郑和长居王府之中，自是从未听过。
叶清扬忙解释：“忍者是我家乡对这种人的一种称呼，他们是东瀛的一种特殊职业，一种受过特殊机构施以特殊‘忍术训练’而产生出来的特战杀手、特战间谍，擅于影藏踪迹和伪装，从事刺探情报和暗杀，有点类似于我们的斥候，只不过斥候只是负责刺探情报。“
郑和不禁有些担忧：“如此看来，陈祖义的确不好对付。”
叶清扬凝眉道：“陈祖义不足为惧，只是忍者常常神出鬼没，难觅踪迹，若是临阵对敌，他们的武功比起我们中原的武士略有不足，但是擅长隐藏和伪装，常常出其不意，一招毙命，致人死地，防不胜防。他若要战胜我军必定会派出忍者。”
张云飞道：“每船派一队水性好的武功好手埋伏在船下四周，见到忍者就地格杀，至于陈祖义，何不以其人之道还治其人之身？”
叶清扬一笑道：“不错，安排几个武功好手摸上陈祖义的船，将几名匪首拿下。陈祖义一定料不到我们会识破他的奸计，必定疏于防范。另外郑大人还要派人严密保护各国使臣的安全，忍者可是防不胜防。”
郑和道：“叶大人所言极是，使臣的安全出了差错，那就上升到国家之间的问题了。张公子此计甚妙，只要拿下匪首，众匪帮树倒猢狲散，便可逐个击破。对于沿海诸国和大明沿海城镇皆是大功一件。”
三天后，陈祖义的船按照约定来与郑和汇合，打算一起返回刘家港，接受朝廷招安。陈祖义只带了五艘船的人，其余船只在外海等候汇合。
陈祖义的船一马当先，在前方引路，郑和船只紧随其后，浩浩荡荡驶离三佛齐，驶向深海。
忽然，郑和船队上旗语变化，并响起一阵号角，燕型队伍突然发生变化，两翼全速前进向两侧前方包抄。
陈祖义正在等候水鬼得手的消息，忽然听到手下报告，立刻来到甲板上，却发现自己五艘船已经在郑和船队的包围圈中。
他也算身经百战，临危不乱，一面让旗手用旗语拖延时间，一面朝空中放出一枚信号弹。
信号弹在空中炸响，郑和船队的上百门大炮已经对准了陈祖义的五艘船，只等一声令下，便可炮轰这个双手染满鲜血的海盗头子。
郑和用旗语要求陈祖义独自乘小船来郑和船上，陈祖义却却一再表明自己的忠心。远方出现大批船队，是陈祖义埋伏在附近的战船。陈祖义一看援军到了，不再迟疑，下令开炮。郑和船队也开炮还击，海面上炮声隆隆。
水底下也杀机四伏，水鬼们还未摸上船便被拦截，一番恶战，三十几名水鬼，二十几人被杀，逃走六人也是身负重伤。
陈祖义正在议事厅里与众部下商议，集中炮火攻击挡在最前面的那艘船，冲出包围圈与援军汇合。
忽然舱外一片大乱，一队明军装束的人攻进了议事厅，与众海盗打成了一团。一名背着长刀面色冷峻的年轻人冷冷望了陈祖义一眼问道：“你就是陈祖义？”
陈祖义正待发话，忽然轰隆一声巨响，船身震动。陈祖义一愣，那名年轻人已经朝他走来。
陈祖义本就有些功夫，在海上称霸十余年，统领上万人，武功也越来越精进。他遇事一向冷静，心思缜密，再加上血液里与生俱来的冒险因子，让他一向不畏生死。他抽出长刀，二话不说向年轻人攻了过去。年轻人随手从地上拾起一柄剑，见招拆招。
陈祖义开始还能以臂力及长刀的重量和长度的优势勉力支撑，后来只见眼前人影上下翻飞，只闻风声不见对方动作，身上顿时血迹斑斑，接着手臂被一剑刺中，长刀当啷一声落地，跟着只觉肩上一阵酸麻，身上便动弹不得。
他张嘴想说话，一个胖子几步跨进门，喜笑颜开：“云飞，得手了，三十几个炮手全部歼灭。另外我还堵了一门大炮的炮眼，那炮炸膛了，这船废了，一炷香功夫就要沉，快走吧。”
那名年轻人正是张云飞，陈祖义气得发抖，无奈身上不能动弹，口中大骂道：“郑和阉人，卑鄙无耻，言而无信。”
秦九用他那蒲扇般的大掌在陈祖义脸上扇了两个耳光，口中喝骂道：”若论卑鄙无耻，谁比得上你啊？身为大明的子民，杀了人畏罪潜逃不说，还勾结倭人劫掠沿海百姓，烧光、杀光、抢光。
这次还想派出忍者偷袭，你敢说你没有阴谋？跟你这种人谈什么信义？九爷我没有活剐了你，你已经要烧高香了。”
陈祖义也跟着破口大骂。
