查理在西班牙统治的开端比较恶劣。这位带有勃艮第骑士和宫廷传统烙印的年轻君主于1517年抵达比利牛斯半岛后，罢免了卡斯蒂利亚的代理官员、枢机主教弗朗西斯科·希梅内斯·德·西斯内罗斯，并让外国人（佛兰德）出任诸多要职，此举很快招致了臣民的反感。他初次巡视西班牙领地时，就遭遇了人们不友善的行为和抗议，对卡斯蒂利亚、阿拉贡和加泰罗尼亚议会提出的赞助金的批准也进展缓慢。等级议会虽最终承认了查理的君主地位，但要求他学习西班牙语、尽快完婚、在西班牙定居并仅把官职和爵位授予卡斯蒂利亚人。
马克西米利安去世后，查理于1519年6月当选为罗马人的国王、神圣罗马帝国的皇帝（查理五世），此后他与等级议会议员的关系变得更为复杂。议会代表有着清晰的预见，他们担心国王新获的皇帝头衔将对卡斯蒂利亚造成不利影响，因为皇帝不会全力以赴地解决伊比利亚属地上的问题，而卡斯蒂利亚的税收也会流向欧洲其他国家。
由于查理兼任西班牙国王（查理一世）和德意志皇帝（查理五世），16世纪的西班牙历史与德意志历史便有了相互的关联。查理成为罗马人的国王，为西班牙君主国赋予了欧洲的维度。因此，无论是查理与法国为争夺意大利统治权而展开的欧洲战争，还是查理对土耳其及对神圣罗马帝国境内新教诸侯的战争，都以不同的方式关联着西班牙。
1520年5月，查理尚未从西班牙启程，托莱多就爆发了一场公社叛乱，并迅速蔓延至其他城市。这场公社叛乱以政务委员会（Juntas）的成立结束，它由小贵族和城市有产市民组成。公社叛乱原本针对的是王室的税收政策和某些单项措施（如给予外国人的优先权），但从更广泛的意义上来看，叛乱表明卡斯蒂利亚拒绝被纳入更高的帝国联盟，并在财政上支持查理的帝国政策。
随着叛乱发展成民族运动，王室军队摧毁了公社占领的展会城市梅迪纳德尔坎波，大量手工业者、织工和临时雇工涌入反叛者行列。托莱多人胡安·德·帕迪拉（J.d.Padilla）和佩德罗·拉索·德·拉维加（P.L.d.la vega）在叛乱中脱颖而出，成为领导者。鉴于国内的严峻形势——阿维拉的政务委员会反抗乌特勒支的哈德良，自命为卡斯蒂利亚政府——国王已作好让步的准备。他承诺此后不再让外国人出任要职，并使卡斯蒂利亚贵族在国家治理上有更高的参与度。同样由于公社运动进一步激化所带来的威胁，西班牙上层贵族此前已与君主结盟。
公社叛乱发生的同时，在巴伦西亚结成（日耳曼人）兄弟会的行会里，发生了以控制城市统治权、反抗贵族为目标的暴动。由于巴伦西亚的手工业者和工人的生存（因瘟疫）遭到威胁，暴动从一开始就具有一定的社会影响。行会提出的条件起初较为温和，但不久就趋于激烈化，最终演变成要求建立像威尼斯那样的自由共和国，并在社会和宗教方面提出了较为极端的愿景。
公社叛乱和日耳曼人的暴动或许因彼此影响而呈愈演愈烈之势。革命的元素不断增加，与此同时，运动开始分化，一些重要的中心城市（如布尔戈斯）重新倒向国王阵营，有影响力的大商人资助皇家军队，贵族和高级神职人员也与君主力量联合。最终，皇家骑兵于1521年4月在维拉拉尔附近击败起义军，公社叛乱的领导者胡安·德·帕迪拉和佩德罗·拉索·德·拉维加被处决。不久，日耳曼人的行会暴动也遭到镇压。在残酷地平息了这两场运动之后，查理在西班牙的统治得到了全面的认可。
对于公社叛乱，人们有着不同的见解：在后世的自由主义者眼中，它是城市“市民等级”发起的一场现代的、追求自由的运动，这场运动的失败不仅让君主专制制度得以巩固，还导致了卡斯蒂利亚的衰落。公社叛乱追求一种（早期）“市民”革命，其目标是争取城市在政治生活中有更多的发言权，建立一个基于代表制的近代早期民族国家，以及一种权力相对分散的君主制度。两场起义的失败为查理提供了推行普遍政策（universale Politik）的（财政上的）可能性。此后，卡斯蒂利亚定期缴纳的税金源源不断地流向欧洲其他城市。
由于在查理（及其后的腓力二世）统治期间，美洲大陆大多已被西班牙占领，并归入西班牙管辖范围，因此卡斯蒂利亚这个小金库再次为查理的欧洲战争埋单。就殖民扩张的推行者及其目标和政治利益而言，王室、征服者及殖民者、教会这三大要素交互作用，不同程度地影响着西班牙对美洲的征服与殖民。
西班牙对美洲的征服很大程度上是在王室的控制下、在目标明确的西班牙政策框架内实现的。设立于塞维利亚的经济垄断机构（国贸局）规定，与拉美之间的航运和贸易应由国家推动并监管，王室有权征收关税，并从海外贸易中获利。不久，西班牙王室在殖民政策上开始寻求确立延续性的国家统治，组建尽可能统一的下属机构链，这些举措符合早期现代国家的目标。为此，王室也致力于在文化上将美洲原住民纳入基督教—西班牙式的世界秩序中。总体来看，15、16世纪西班牙王室的殖民政策兼顾经济—强权政治与传教—文明教化这两方面的目标，在这二者之间基本保持了平衡。
征服是极具活力的行动，这主要是由于它具有社会上升机制的特征，当然，前提是征服取得成功。另一点值得注意的是，探险队和远征军，尤其是队伍领头人，往往需向掌控局势的西班牙或外国金融巨头借债，以支付远征和探险的开销。因此，征服者背负着巨大的获胜压力，这也解释了为何人数相对较少的殖民者常常能战胜美洲的原住民。同理，殖民者首先追求的是个人财富的积累，并为此与王室和教廷的利益发生冲突的事实，也不难理解了。
由于世俗君主有保护教廷的权利与义务，因此教廷与世俗权力结构绑在了一起，教廷最终对伊比利亚半岛上诸国王的殖民活动给予了支持。1455年，教廷准许西班牙对所征服土地行使庇护权，并于1486年、1508年两次将同样的权力赋予西班牙。此后，伊比利亚的统治者们就有了对殖民地基督教化的任务与权利。统治者们的权力包括对教会事务的管理和对各级神职人员的任命。这样一来，神职人员成了国家的忠实仆人，教廷颁布的公告也更贴合当地的社会和政治状况。
西班牙与帝国政治的接轨、对大量海外殖民地的征服——上文谈到的这两个因素，让西班牙经济在16世纪受到了两种相反趋势的左右：一面是王室的帝国政策造成的财政重负，一面是美洲殖民地的贵金属储备。40年代以来，在支付查理国王及其子腓力的政治、军事活动带来的巨大开销方面，西班牙承担的责任愈来愈重，而在此之前，意大利王室领地和荷兰已承担了一大部分开支。鉴于阿拉贡议会强硬的抵抗姿态，财政负担落在了卡斯蒂利亚，又（由于特殊的税收结构）几乎全部由有缴税义务的市民——而非贵族和神职——来承担。
尽管加大了税收力度，王室的债务仍日益攀升。有数据为证，查理身为西班牙国王，年收入逾100万杜卡特金币，但他还需向（国外）银行举债，数额高达3900万杜卡特，并被希望用美洲的白银或者未来几年的税收来偿还贷款。然而，这种预算政策还是一再导致王室无力还债，因为王室（尤其在查理统治后期）发行定息债券后，将约65%的税收用于利息的支付。
关于美洲的白银大量涌入西班牙所带来的影响，史学界已有详尽地研究。一些文献中指出，白银的输入导致了16世纪西班牙的通货膨胀，进而决定了后来的发展。因此有观点认为，17世纪及18世纪早期西班牙的衰落，与波托西的银矿之间有密切联系。这一观点在学界存有争议。一些研究指出，彼时西班牙由不同的经济区组成，而橄榄（哈恩）、红酒（瓜达尔基维尔河谷）、布料（科多巴）和丝绸（格拉纳达）等热销出口产品带来了安达卢西亚自16世纪以来经济的繁荣。此外，西班牙中部和北部地区的一些领域，如巴斯克的钢铁工业、在美利奴细毛羊（期间数量约达1000万只）基础上发展起来的羊毛业，出口额也大幅上升。而阿拉贡王国各地区在很大程度上没有参与和美洲贸易相关的经济活动。
西班牙与法国之间为争夺意大利统治权而展开的交战，是查理发动的欧洲战争的序幕。自伊莎贝拉与费迪南两位天主教国王统治以来，意大利南部与北非地区就是西班牙推行其地中海政策的重要对象。天主教国王的反伊斯兰政策也对北非的穆斯林产生了影响。来自北非的海盗一再洗劫西班牙及意大利南部的沿海地带，这反过来又导致西班牙军队对北非的海港城市与地区的占领，其中尤以西班牙与统治了北非大部分地区的奥斯曼人巴巴罗萨·海雷丁帕夏之间的冲突最为持久。
在意大利领土上展开的一系列军事行动中，法国国王弗朗茨一世（1515—1547）是查理的头号劲敌。1525年，在帕维亚战役中被俘的弗朗茨一世，被迫放弃米兰、热那亚、那不勒斯和勃艮第。但弗朗茨一世获释后不久，便与哈布斯堡王朝的敌人结盟（科涅克联盟），继续攻打西班牙。直至1529年在巴塞罗那与康布雷之间缔结和约，战争才告一段落，弗朗茨一世取代哈布斯堡王室，掌控了对意大利的统治权。
查理不在西班牙境内期间，他的王后、葡萄牙公主伊莎贝拉（1503—1539）以其出色的管理才能，维护着查理的利益，但西班牙诸领地真正的治理权掌握在大首相梅尔库里纳·迪·加迪纳拉（1518—1530）及其后的弗朗西斯哥·德·洛斯·考波斯（1530—1547）手中。在加迪纳拉审慎的领导下，西班牙建立起近代早期的管理系统：国家枢密院在一切重大问题上充当王室的顾问；战争参议会（Kriegsrat）管辖的范围主要集中在西班牙和地中海西部；财政参议会让王室的货币管理规范化；卡斯蒂利亚参议会主管卡斯蒂利亚的行政与法律事务。随着统治区域的扩大，西班牙不得不组建新的区域性参议会（Territorialr?te）。1524年建立了负责海外领地的印度参议会，1555年组建了管理米兰、西西里和那不勒斯的意大利参议会。西班牙帝国的版图向西扩张后，于1582年成立葡萄牙参议会。管理“西班牙的荷兰”的佛兰德参议会于1588年建立。“参议会”秘书起初主要由勃艮第人担任，随着时间的推移，西班牙人愈来愈频繁地出任秘书一职，这些参议会秘书大多出身小贵族或市民等级。
在长达几十年的时间里，宗教改革在德意志如火如荼地展开，让查理的政绩显得黯然失色。查理出身于信仰天主教的哈布斯堡王室，在西班牙帝国中，国王与新教的、来自其他等级的、抑或是地方性的等各种强大势力形成对峙。在这一宗教改革的时代，西班牙认为自己的使命是倾尽政治、精神和军事上的力量，以维护西方天主教信仰的统一，西班牙成为罗马天主教信仰完整性的捍卫者。
在16世纪最初的三十年里，教会内部发起了一场改革运动，它从批判性人文主义（Kritischer Humanismus）中得到诸多启发，旨在对抗修院生活的世俗化，以及低等神职人员学养缺失、道德败坏的现象。希梅内斯·德·西斯内罗斯为人文主义在卡斯蒂利亚的传播起到了关键的推动作用。当时，鹿特丹的德西德里乌斯·伊拉斯谟（1466—1536）的学说渗透西班牙，令知识分子和高等神职人员振奋不已。伊拉斯谟尝试将古希腊罗马的思想财富与基督教这两者融合为一种“基督教哲学”，但在路德宗对刚实现宗教统一的西班牙造成威胁后，改革的进程也戛然而止。受伊拉斯谟思想滋养的光明会派（阿隆白郎陶斯派）遭到追查，伊拉斯谟的追随者也被质疑为异端，落入宗教裁判所之手。
宗教裁判所很快扼制了新教，他们查获路德著作，大力摧毁为数不多的路德宗组织，处决这些组织的领导者并通过信仰行动公开将其送上火刑柱。短短几年内，西班牙肃清了路德宗，伊拉斯谟思想也所剩无几。由此，西班牙重建思想—宗教上的正统观念，一种顺应时势的思潮也在全境蔓延。
至于当时的思想潮流，最令人关注的便是西班牙天主教中出现的这样一种趋势：不再将中世纪宗教的仪式与习俗奉为圭臬，而是在神秘的内在直观（与中世纪虔诚形式中的集体观念相对）中，突出个体与上帝之间深厚的关系和爱。阿维拉的特蕾莎[亦称耶稣的特蕾莎（1515—1582）]、十字若望（1542—1591）等都是爱的神秘主义大师。
耶稣会创始人——巴斯克人依纳爵·冯·罗耀拉（1491—1556），无疑是教会改革与西班牙教会史上的重要人物之一。神学专业出身的罗耀拉于1534年在巴黎创立了耶稣会，耶稣会士的首要职责是布道与传教。以罗耀拉的箴言“一切为上帝更大的荣耀”（原文为拉丁文：“Omnia ad maiorem Dei gloriam”）为宗旨的耶稣会成为反宗教改革的重要工具。无论在本土还是国外，耶稣会建立的教育、传教机构的数量迅速增加，它们无条件地效忠罗马教廷，是这个宗教战争时代里罗马天主教事业的代表者。
查理很早便着手安排继承人事宜。1548年，低地国家脱离了西班牙帝国，成为查理之子、王储腓力的采邑，这片土地自1531年来由查理之妹、玛利亚总督统治。1553年，查理将所有帝国事务移交其弟斐迪南处理。在未来几年中，查理之子腓力相继获得米兰、那不勒斯等领地，最终于1556年（“疯女”胡安娜逝世后）成为西班牙国王。
在对查理统治的评价问题上，有两个方面不容忽视。其一，查理初到西班牙时是一个既不通晓语言又对该国了解甚少的陌生人，但这位兼任皇帝和国君的统治者此后推行的却是“西班牙化”政策，并最终以“西班牙人”的身份为生命画上句点。其二，欧洲在中世纪形成了整体性的、基督教的帝王理想，而查理正是这一理想最后的代表者。查理将西班牙提升至欧洲霸权的高度，但同时也让这个国家卷入中、西欧大大小小的冲突中，终究对西班牙，尤其是对卡斯蒂利亚的经济，造成了负面影响。这在某种程度上决定了在西班牙历史编纂中查理截然不同的形象。
查理之子腓力二世（1556—1598）是哈布斯堡家族“西班牙一支”的继承者。除西班牙和意大利南部的王国之外，腓力二世还掌控着海外的领地、勃艮第、低地国家等，并于1580年得到葡萄牙，最终成为有史以来最大帝国的统治者。尽管如此，腓力二世的帝国不再是查理的“普遍帝国”（Universalreich），而是成为一座西班牙—天主教的堡垒，设有首都（1561年后，马德里成为首都）和决策中心。王室定都马德里后，“行走的皇权”（查理的统治明显具有该特征）也终结了。
腓力二世为他的统治做了悉心准备，其母伊莎贝拉——葡萄牙公主——去世后，年幼的腓力二世由父亲遴选出的老师培养和教育。腓力二世的政治教育以著名的《君鉴》（Instrucciones）为基础，查理用这部篇幅宏大、几经修订的手册，引导腓力二世知晓统治的艺术。腓力二世的统治风格以独裁和专制著称，君主成为一切政治决策的中心，并尽可能将贵族与权力中心隔离开。腓力二世统治西班牙的几十年内，中央政府日趋官僚化。腓力二世还亲自管理不计其数且互不协调的委员会、参议会等。这样一来，首席秘书，唯一的宰相安东尼奥·佩雷斯（1540—1611）便拥有了非同寻常的权力。费尔南·布罗代尔[1]曾把文件库前孤独的腓力二世视为现代官僚国家的化身。
无论从王室全面的行政能力，还是从君主个人的权力来看，彼时的西班牙都是一个“专制”君主国。然细察之后会发现，由于行政机构臃肿、交流状况不佳，下属部门仍拥有较大的活动空间，而且贵族领主在很多地方有权出任行政职位。16世纪，西班牙王室出于财政原因大量出售贵族特许证，因此贵族统治在西班牙的影响力很难减弱。最后，西班牙统治下的各个王国不同的组织形式，也导致君主专制难以在地方上得到完全贯彻。1590年，腓力二世将一位卡斯蒂利亚人任命为阿拉贡总督后，当地贵族立即表示反对，并坚持要求他们沿袭长久以来的权利与自由，此事让腓力二世意识到了君主专制的界限。当阿拉贡王国与西班牙王室间的冲突无法和平解决时，卡斯蒂利亚的军队便进驻萨拉戈萨。不过，腓力二世（1592）对待处于下风的阿拉贡贵族的方式较为温和，他希望在阿拉贡王室与卡斯蒂利亚之间建立紧密联系。不过，官僚的、卡斯蒂利亚式的中央国家，与各个王国传统的权利之间仍存在矛盾，并成为近现代西班牙历史上的一个基本问题。
就欧洲范围而言，西班牙的霸权地位尤以在意大利诸邦中最为显著。意大利南部的王国及米兰由西班牙（通过任命总督或行政长官）直接统治；萨伏依、热那亚等重要的独立王国也依附于西班牙；为抵抗土耳其入侵，交通便利的托斯卡纳沿海城市构成以西班牙为主导的“防御之国”（Stato dei Presidi）。此外，腓力二世对教皇国也有一定的影响力。
腓力二世任期内，西班牙与英国之间的关系较为特殊。1554年，腓力二世迎娶英王亨利八世之女玛丽一世后，成为名义上的英格兰摄政王。玛丽一世以残酷手段在英格兰恢复天主教，又称“血腥玛丽”。玛丽女王死于1558年，因此，天主教的恢复、与西班牙的结盟等，均很短暂。继任者伊丽莎白一世（1558—1603在位）推行迥异于玛丽时代的政策，不可避免地造成了英格兰与西班牙之间的冲突。当时，西班牙海军在美洲水域经常遭遇约翰·霍金斯、弗朗西斯·德雷克等英国海盗的挑衅。腓力二世自信地认为，只要派出舰队就可以让英格兰俯首称臣。然而，西班牙舰队（Armada）却在1588年与英国的交锋中屡屡败北，最后葬身风浪。随后发动的几次进攻也均以失败告终。在苏格兰，基本认信新教、英格兰国教，在伊丽莎白的领导下也具有了明显的新教特征之后，宗教因素成为西班牙与英格兰霸权之争中的重要角色。
法军在圣昆廷（1557）和格拉弗兰（1558）接连惨败后，哈布斯堡和瓦卢瓦这两个欧洲王室签署了卡托—康布雷齐和约（1559），并缔结亨利二世之女、瓦卢瓦的伊丽莎白与腓力二世的婚姻，以此强化和约效力。和约明确规定了西班牙在欧洲广阔的势力范围。彼时西班牙统治着地中海西部、那不勒斯、西西里和撒丁王国，其领土沿托斯卡纳海岸线延伸，并在北非海岸线拥有大量据点。西班牙与巴巴利海岸间[2]展开了长达几十年的战争。为剿灭巴巴利海盗、对抗奥斯曼帝国，西班牙联合教皇与威尼斯人，于1571年在雷班托附近发动了16世纪规模最大的海战，由奥地利的唐·胡安（1547—1578在世，这位伟大统帅是查理五世与雷根斯堡平民芭芭拉·布隆伯格的私生子）率领的西班牙海军取得决定性胜利。从某种程度上讲，雷班托海战的胜利是腓力二世统治的巅峰。此后，西班牙在欧洲的强国地位将面临愈来愈激烈的挑战。
尼德兰的起义是真正考验腓力二世政策的试金石。西班牙与法国的关系（在1559年签署卡托—康布雷齐和约后）稳定了几十年，腓力二世的首要任务是坚守哈布斯堡—西班牙的领地，同时保卫天主教信仰，使其免受来自内部和外部的侵害。西班牙王室很早就发现，在税收、武装力量的部署等特定问题上，他们不得不考虑“尼德兰联省议会”（Generalstaaten，即勃艮第组建的等级议会）的意见。王室的主要目标，依然是让尼德兰与西班牙王国结合得更紧密。
然而，由于查理未能认清他不能用统治西班牙的方式来统治尼德兰所引发的冲突，最终导致尼德兰联省脱离了西班牙。查理五世统治期间，尼德兰还是西班牙帝国的一部分。查理五世去世后，哈布斯堡王室重新分割领地，尼德兰便脱离了西班牙帝国，成为这个自称“西班牙”王室的附属国（Nebenstaat）。西班牙宗教政策严苛，没有顾及尼德兰宽松的氛围，并且激化了尼德兰人基本的宗教情绪。16世纪50年代末，加尔文教从法国传至尼德兰。至17世纪中叶，尼德兰有超过半数人认信改革宗。
在1566年或1567年，事态恶化。尼德兰的低等贵族（丐军[3]）结为联盟，向腓力二世争取较为宽容的宗教政策。在阿尔巴公爵的指挥下，西班牙军队以极其残酷的方式镇压尼德兰，导致尼德兰的各种运动、思潮在奥兰治的威廉（1533—1584）的领导之下，汇聚成一场广泛的反西班牙运动。直至“铁血公爵”阿尔巴为支付西班牙军事基础设施建设的费用开始征收销售税时，连占人口大多数的天主教徒也起来反抗他，一场让双方损失惨重、旷日持久的战争就此拉开帷幕。阿尔巴公爵的继任者路易斯·德·雷克森斯（1528—1576）和奥地利的唐·胡安曾尝试“安抚”尼德兰，但均以失败告终。随着战争的继续，瓦隆的天主教贵族于1579年结成“阿拉斯同盟”，重向西班牙靠拢。信奉新教的北部省份则于同年组成“乌特勒支同盟”，为（两年后即宣告成功的）独立事业做准备。尼德兰人的这场战斗也从最初的“民族”性质变为宗教性质。
尼德兰独立战争打响的同时（1567年或1568年），原酋长国格拉纳达境内30多万曾在此平静生活的摩里斯科人掀起一场绝望的起义。腓力二世担心该族群与不断攻击西班牙的奥斯曼人联手，因此打压摩里斯科人，以致最终激起他们的反抗。1570年，奥地利的唐·胡安终于平息了叛乱，约5万摩里斯科人被迫流散到西班牙中、北部。
因继承权缘故，葡萄牙及其海外殖民地在腓力二世统治期间成为西班牙的领土。1578年，由于国王塞巴斯蒂安在摩洛哥战死，与西班牙王室联姻长达几世纪之久的葡萄牙王室绝嗣。腓力二世因其母伊丽莎白是葡萄牙国王曼努埃尔一世的长女，自然有权继承葡萄牙王位。不过，腓力二世需付诸军事手段才能达成目的。1580年，腓力二世成为葡萄牙国王后，推行了较为开明的政策：葡萄牙人原则上享有自治权；基本不削减葡萄牙作为独立国家的优先权；保留当地的律法与习俗。葡萄牙与西班牙王室的合并，使葡萄牙拥有了世界上最大的商船，其殖民地范围也拓展到了美洲，以及非洲和印度的沿海。（直至1640年，即腓力二世去世几十年后，葡萄牙才发生了摆脱西班牙统治的独立运动，其导火索是腓力二世的继任者欲在葡萄牙推行卡斯蒂利亚的税收制度。）
西班牙的帝国政治引发了国家财政的崩溃。1557年，西班牙在军事上战胜了法国，这场胜利确立了三十年战争之前西班牙在欧洲的霸权地位。但在同年，西班牙因财政资源枯竭不得不宣布国家破产。在腓力二世任内，他曾四次被迫停止向债权人偿付债务，并一再采取短期措施，将欠款转化为债券，把王室预期收入抵押给国内外银行等债权人。此外，为提高国家收入，西班牙王室可谓无所不用其极：教会需缴纳补贴（subsidios），各教区上交的金额（即人头税）已达到卡斯蒂利亚所能承受的极限；卖官鬻爵的事件更为频繁。不过，1545年美洲波托西银矿的发现，让西班牙得以维持高昂的军事基础设施建设费用，继续推行帝国政治。帝国政治使西班牙深陷与法国的宗教战争，以及和英国的冲突中。尽管有银矿的支撑，西班牙每年的收入最多1000万杜卡特金币，明显无法满足约1200万杜卡特的年度支出。
近代早期的西班牙逐渐把自己视为教会的保护人，其职责在于保护教会完成神圣的任务。因此，教会的利益须服从国家的要求和目标。腓力二世提出“君王作为教会保护者”的要求，并以此为君王特权的依据，该政策被称为“王权至上论”（Regalismus），它在17、18世纪一再引发西班牙统治者与教皇之间的摩擦。尽管教会内部存在诸多问题，西班牙与教廷之间的关系较为紧张，但这个信仰统一的国度仍不失为罗马天主教的一座堡垒。
在人们——尤其是不列颠人和尼德兰人——建构的“黑色传奇”[4]中，腓力二世既是一个狡猾、被天主教的狂热所操控的暴君，也是战争的发动者，是世界政治首批官僚中的一员。然而，腓力二世同时还有另一种形象，他的爱好无法让人把他与一个“怪物”天主教徒联系起来。亨利·卡门在近期出版的著作里，依据新文献对这位统治者的私人生活作了全面的描述。该书对腓力二世在音乐和艺术方面的兴趣，对其规模可观的藏书均有着墨，并且重点梳理了腓力二世对各类文献（包括有异端倾向者）的研究。他收藏的（今存于埃尔埃斯科里亚尔）提香、丁托列托、委拉兹开斯、埃尔·格雷考等人作品的数量之多，给人留下了尤为深刻的印象。对后世而言，腓力二世是西班牙历史上最具魅力的人物之一，究竟该如何评价腓力二世的统治，尚无定论。
