净因寺创建于金太和五年(1205年)，因寺中有土雕大佛一尊，俗称“大佛寺”。寺院坐北朝南，三进院落，占地面积5700平方米。中轴线上依次排列着南殿、韦陀殿、大雄宝殿。大佛阁依崖而建，坐西朝东，建在高1米的月台上，面阔三间，重檐歇山顶，底层前檐施五踩异形斗栱。前半部为砖石券窑洞，后半部为土券窑洞，建筑面积205.6平方米。阁内土雕大佛——阿弥陀佛高10余米，结跏跌坐，左右各塑一尊胁侍菩萨，高3.7米。
净因寺由前后两院构成，前院以大佛阁为主呈东西向，还有天王殿和配殿；后院以大雄宝殿居正呈南北向，两院间以长墙、垂花门及侧殿相隔。现存除垂带下端两躯石狮为金代雕刻外，余皆明清遗物。
大佛阁坐西朝东，是一座重檐歇山式二层，创建于明嘉靖二十年(1541年)，清代重修，现在所见是1987～1988年重建。进入高10米多，深20多米的砖券洞窟，洞尽头这尊佛像便是“土堂大佛”，高达9．46米，既非泥塑，也非石雕，而是“土就”，是对形似佛像的土丘加以雕刻、泥光、着色而成，独具特色。大佛前面大势至菩萨和观音菩萨分侍左右。据说以前在佛像前面还塑有樵夫和羊工各一人。
后院大雄宝殿面宽3间，坐北向南，为明代建筑。殿内神台上所供为三世佛，中间为释迦牟尼佛，左边为药师佛，右边为阿弥陀佛，神台下面两尊菩萨是韦驮和伽蓝。东配殿是观音殿，观音像木雕贴金居中，左右两边供十八罗汉，故又称罗汉殿。此外还有净因寺第一代主持激海法师的塑像。西配殿是地藏殿，地藏菩萨居中，两侧是十大阎君、两位城隍和四个判官。而站在殿门两旁的是两个把门小鬼。前后院隔墙中间的倒殿内供一神。
2006年5月，净因寺作为金至明时期的古建筑，被国务院批准列入第六批全国重点文物保护单位名单。
