一、资产评估意识薄弱
高校是资产评估的现实需求者，当发生特定事项需要评估时，高校作为享有主动性的委托方提出资产评估的要求和选择评估机构。这就使得发生特定事项时是否进行资产评估必须取决于高校的主观意识。当前高校进行固定资产评估的情形是由法律法规规定的，如高校改制、合并、分立、清算、对外投资、出租等，这些法定情形下必须进行资产评估，否则就是违法，对于这些法定情形下的资产评估高校基本都能依法履行。但同时在市场经济条件下，高校的资产流转活动愈加活跃，因发生产权变动需要确定资产的客观、合理的参考价值而产生的资产评估需求非常旺盛，因而高校需要进行资产评估的情形远远不止法律规定的若干情况。但从实际情况看，主动委托评估机构评估的高校并不多，究其原因，一方面高校还缺乏这种利用中介机构服务的意识，认为支付评估费用增加了开支，不如通过双方的私下协商确定成交价格来得简捷，却没有认识到评估机构提供的服务可以节约大量的谈判成本和交易成本，能够避免有关经济行为的风险；另一方面，高校从根本上欠缺产权管理观念，在固定资产发生产权转让、产权分割等情形时不能运用资产评估手段合理界定产权范围，这最容易在产权流转中造成产权不清，引致相关主体之间的争议和纠纷，还可能被有意或无意地侵占资产，为个别不法者攫取国有资产提供可乘之机。
二、资产评估管理规范缺失
第一，从高校的角度。由于高校固定资产管理相关制度建设起步较晚，加之不少高校日常固定资产管理中需要进行评估的情形较少，资产评估管理制度在高校接近于空白。没有固定资产评估管理制度，就无法贯彻落实有关法律法规对高校固定资产评估管理的要求，自然而然就产生了应该评估的不评估、随意评估、虚假评估等问题。
有些高校中大量的非经营性固定资产不经评估和办理相关手续就流入生产经营单位，由经营单位无偿占有和使用，不需交纳资产使用费，或只是象征性地少量上缴，高校也不参加经营单位的收益分配，使学校投入的资产无法得到合理补偿，资产的保值增值无法实现；有些高校的下属单位私自对外出租、出借学校的房屋、场地、设备、仪器等，进行经营活动，牟取小集体或个人利益，使得高校资产及其收益变相流失；有些高校虚假利用房屋、场地、设备等固定资产投资设立各种类型的经营实体，资产评估成为违法行为的幌子，使高校面临着现实的或潜在的债务责任，给固定资产的安全带来极大的风险。
第二，从资产评估管理主体的角度。我国尽管已颁布实施了一系列资产评估法规，但至今还没有制定最具权威的资产评估法律，对高校资产评估的规范管理无法可依，对相关政府部门、评估行业协会、评估中介机构以及评估师的职能和权责缺乏统一的法律约束，从而弱化了政府对资产评估的调控和管理，导致评估机构执业水平参差不齐，评估方法的选择随意性较大，对评估过程的监管缺失，评估师按照委托人的意愿操纵评估结果，评估报告的质量偏低等问题，而且出现问题时很难追索资产评估机构的法律责任。
三、资产评估对象范围有限
法律法规中仅列举了高校必须进行固定资产评估的几种情形，比如整体或者部分改制，对外投资，合并、分立、清算，资产拍卖、转让、置换，整体或者部分资产租赁给非国有单位等，都是涉及高校固定资产产权变动的重大事项，对于高校日常资产使用和管理中涉及固定资产价值减少的事项则不作要求，而这些事项同样对固定资产的保全具有重要影响。这使得高校固定资产评估对象仅限于产权变动所涉及的资产，而忽略了其他理当进行资产评估的资产。
实践中较为突出的是报废的固定资产。由于不属于法定的资产评估情形，通常情况下固定资产报废时至多也只履行资产处置审批程序，不少情况下报废资产甚至不经资产管理部门的批准而随意私自处理，报废资产的作价混乱，一般是随意定价或随便找几个买家竞价了事，资产价值流失严重。此外，对于淘汰的设备也不及时办理报废的相关手续，长期搁置在库房甚至任意抛荒，造成资产毁损和账实不符等问题。
四、资产评估技术应用失当
按照资产评估基本理论，应当根据资产的业务目的进行相应假设、确定估价方法和模型，也即评估目的、评估价值类型与评估方法相匹配，这是得出客观合理的资产评估价值的先决条件，也是资产评估的技术基础。但在高校固定资产评估中，因评估技术原因所造成的价格不实较为多见。
由于高校被评估资产的现状、评估目的等具有特殊性，即使是资产转让、出售、出租等行为也与市场上其他主体的同样行为有着根本区别，因而不可避免地存在着评估假设和估值模型的确立不恰当，所需参数的选择和确定缺乏依据，对于市场法、收益法、成本法的应用前提模糊，导致评估结果有失公允等问题，也从一定程度上反映出评估人员执业能力存在的差距。
因高校固定资产法律权限不清而导致评估价格虚高，反映出资产评估中对产权的忽略。高校固定资产评估的目的多数是产权转让、投资等，实际上在资产评估中首先需要关注的应当是转让的权利内容，以及资产转让方是否具有处置资产的权利，而不是贸然决定采取什么评估方法，这是在当前的法律法规条件下资产能否实现交易的先决条件，否则资产评估就没有必要；同时这也是决定评估价值类型和评估方法的直接因素。在评估报告中还要说明评估对象法律权属对评估结论的影响。
收益法的应用有滥用现象。事实上高校固定资产评估中运用收益法的条件非常局限，即使是对外投资、出租、出借等行为，在预测未来获利能力时就面临着因原来的非经营性用途而产生的收益预测基础缺乏、因对将来是否持久用于经营性用途而导致未来收益期限不确定等问题。故在运用收益法评估高校固定资产中，相关参数的量化依据不足是客观存在的“瓶颈”，如果单凭有收益就判断确定采用收益法，不仅评估过程中问题重重，其结果的可信度也可想而知。
对于高校土地使用权的评估往往直接引用其他专业评估机构的评估报告结果，忽略了评估假设前提、价值内涵、使用年限、实体状况等差异，从而导致评估结果失实。
