宋江、方腊「私下议和」之事，被蔡京、高俅得知，蔡、高面奏皇上，要拿宋江问罪，亏宿太尉金殿力办，蔡、高阴谋才未能得逞。宋江劝降无望，只得与方腊决战，张顺为替宋江送信给方腊被方腊之弟方貌乱箭射死于涌金门上。全军将士跪成一片在炮声中为张顺举哀。宋江为张顺拔箭。宋江每拔一支箭便有一声炮响。宋江于是炮轰涌金门方腊之弟方貌从城楼上跳下之后逃走。卢俊义率军从旱路攻城，被守城的庞万春用擂木滚石压下，时迁攻城，方腊军以磨盘石块抛下，时迁终至毙命。花荣放箭射中庞万春。武松、燕青指挥军士用圆木撞开城门。庞氏兄妹被阮氏兄弟所杀。王英被方貌所杀。扈三娘被方貌的马蹄踩死。方貌也中刀惨死。杭州之战，宋江先胜，但梁山将领三十余人阵亡，城内一片狼藉。蔡京、高俅得知宋江攻陷杭州，恐怕宋江获得南征首功，特让童贯取代南征招讨张叔夜，并让童贯务必抢在宋江剿灭方腊前赶到南军营，宋江吴用等人深知必须抢在童贯到来之前结束南征。为了通过乌龙岭，卢俊义带解氏兄弟上山探路，解珍及解宝在攀登绝壁时被方腊军击死。同时高俅又将张叔夜召回京城问罪。
乌龙岭下，宋江只得硬拼。梁山军与方腊军短兵相接，秦明被乱箭射死。顾大嫂、孙新、孙立被夹子夹死。张青被火箭射死。燕青被竹签戳伤了眼睛，被李逵所救。花荣在奋力厮杀。孙二娘、武松在奋力厮杀。孙二娘为救武松被钉板扎死。阮小二、阮小五掉入陷坑被竹签扎死。方腊军节节败退，乌龙岭的天然屏障终被宋军打破，张叔夜回到京城，未能面君，就被高俅投入大狱，后朝廷降旨，以“督战不力”为由将张削职为民，遣返原籍。梁山军攻下乌龙岭方腊之子方天定败逃回皇宫方腊皇宫顿时大乱。方腊与方天定在逃窜途中与李逵武松遭遇。方天定被卢俊义武松合力杀死。武松被方腊砍断了左臂他用右臂死死的勒住了方腊的脖子方腊终被生擒。宋军攻下青溪城，此时童贯赶来，杀了方军两千名俘虏，押着方腊的囚笼，抢先回京领功。梁山军经过南征方腊，死伤大半，回京途中武松不愿接受朝廷封赏留在六和寺中做了清闲道人颐养天年。宋军在凯旋路上，李俊、童威、童猛又借病离队。宋江率领的这支队伍成了得胜的哀兵，七零八落，气氛沉闷。东京城外，宿太尉等迎接梁山军。宿查问谁才是擒方腊之人，宋江愕然，原来童贯押解方腊回京，要冒功邀赏。宋江不禁悲从中来，同时，燕青又不辞而别……众好汉都接受封赏唯有阮小七因身穿方腊龙袍纵马狂奔被免去官职贬为庶民。
燕青返回御香楼寻找李师师，后二人双双浪迹江湖。阮小七被贬回石碣村，宋江再三挽留，还托宿太尉奏圣上收回成命，阮小七却乐得其所，能回老家打渔，乐哉悠哉，接着，柴进、朱武、戴宗皆辞官不受，宋江无奈，只得洒泪作别。宋江在赴任前，花荣向省院交了官印，要陪同宋江左右，以防不测。梁山头领封官赴任，引起蔡京、高俅童贯的极度妒忌，他们密谋要先将宋江、卢俊义置于死地。他们先调卢俊义进京，赐饮慢性毒酒。卢俊义在回庐州的途中，毒性发作，落水而死，蔡京、高俅又如法炮制，派人到楚州赐“御酒”给宋江、花荣。宋江、花荣明知是计，但为了保住所谓的“忠君”的名分，只好饮用，但又怕死后，李逵闹事，宋江向李逵陈明心意，同饮毒酒。最后，宋江、李逵、花荣同死楚州。吴用得知此情后，返回梁山，在忠义堂悬梁自尽。皇宫大殿内，宿太尉请得皇命要求为宋江立庙供后人瞻仰徽宗准奏。
