在前年，也就是崇祯元年在朝中大臣的建议下，袁崇焕得以重新被启用，被任命为兵部尚书兼任右副都御史，督师蓟辽、兼督登莱、天津军务。
同年七月，袁崇焕返回京城，上疏陈述兵事，崇祯皇帝于平台召见袁崇焕，袁崇焕声称自己可以五年复辽，崇祯皇帝对此大加赞赏，此时辽东野猪皮对于大明的威胁远在陕西反贼之上，无他辽东离北京太近了。
给事中许誉卿问袁崇焕复辽的策略，袁崇焕却说是用这种话安慰皇上，在袁崇焕看来，反正还有五年的时间，至于五年之后是个什么情况，关我屁事？
许誉卿说：“皇上英明，怎么可以随便应对。他日按照期限追求成效，你该怎麽办？”
袁崇焕这时也觉得自己失言了，于是上奏说：“五年复辽的计划不容易完成，陛下既然委托给臣，臣怎麽敢推辞这艰难的任务。但是五年内，户部转运军饷，工部供应器械，吏部用人，兵部调兵选将，必须朝廷内外事事配合，才能有所成功。”
崇祯皇帝于是让四部的臣按照袁崇焕的话办。
袁崇焕害怕自己去往边关以后，朝廷中难免有人会再次诽谤自己，于是将此事告诉崇祯皇帝，崇祯皇帝在大学士刘鸿训等人的建议下，收回王之臣、满桂的尚方宝剑，将其赐给袁崇焕。
鉴于此前熊廷弼、孙承宗都因为受到排挤陷害，使自己的意愿难以舒展，袁崇焕于是又上书说：“恢复辽地的计策，不外乎臣往年所提出的以辽人守辽土，以辽土养辽人，防守是正规的策略，攻战是变通的策略，和议是辅助策略的说法。
执法在循序渐进而不在突变猛进，在追求实效而不在贪图虚名。这是臣与诸边防官员所能做到的。
至於选择用人的入，与被人用的人，都是皇上掌握其中的关键。
怎麽才能用人而不三心二意，相信而不怀疑？因为驾驭边防大臣与朝廷大臣不同，军中可惊可疑的事特别多，只应当谈论成败的大局，不必摘取一言一行的细小过失。
事情的责任既然重大，招致怨恨实在多。各种有利於边疆的事情，都是不利於自身的。
况且谋取敌人急，敌人亦从而离间，因此作边疆的大臣很难。
陛下爱护臣了解臣，臣何必过於疑虑惧怕，但心中有所危惧，不敢不告诉。”
崇祯皇帝发优诏答覆袁崇焕，并赏赐蟒袍玉带、银币，但袁崇焕上疏推不接受辞蟒袍玉带。
崇祯二年二月，驻守宁远的来自于川、湖等地的士兵因为军饷的事而哗变，袁崇焕用计将其平定。
而后袁崇焕请求将宁远、锦州合为一镇，让祖大寿镇守锦州，何可刚替代朱梅驻宁远，赵率教守关门，袁崇焕自驻宁远，同时上书给崇祯皇帝极力称赞祖大寿等三人的才能，并说自己五年复辽的计划全靠这三人来实现，如果五年后没有实现，他将亲手将这三人斩杀，自己到司法部门领罪服死。
崇祯皇帝加封袁崇焕为太子太保，并赐给蟒衣银币。
崇祯二年四月，袁崇焕以东江毛文龙虽然能牵制后金军，但毛文龙耗费的钱粮实在太大，袁崇焕上书请求让朝廷派人来管理毛文龙部的军饷，毛文龙不喜欢有文官监制着自己，于是上书争辩。
而后毛文龙前来拜谒袁崇焕，袁崇焕以上宾之礼接待毛文龙，毛文龙也不谦让，袁崇焕于是决定杀掉毛文龙。
同年五月，袁崇焕以阅兵为由去见毛文龙，毛文龙设宴与袁崇焕喝酒，俩人常常喝到半夜，毛文龙没有觉察到袁崇焕的来意。
袁崇焕提议更改军营制度，设置监察官员，毛文龙对此建议感到不高兴，袁崇焕用回乡来打动他，毛文龙说：“我向来有这个意思，但只有我知晓辽东的事务，辽东的事情解决后，朝鲜衰弱，可以袭击占有。”
袁崇焕对毛文龙的回答感到不高兴。
而后袁崇焕邀请毛文龙观看将士射箭，预先在山上设置好帐篷，令参将谢尚政等率兵埋伏在帐外。
毛文龙到了之后，他的部下没能入内。
袁崇焕说：“我早晨就走，你担当海外的重托，请受我一拜。”
毛文龙回拜之后俩人开始登山。路上袁崇焕问随从官员的姓名，大多都是姓毛的。
毛文龙说：“这些都是我的孙子。”袁崇焕笑着说：“你们在海外长久劳累，每月禄米只有一斛，说来痛心，也受我一拜，请为国家尽力。”
众人都叩头道谢。
袁崇焕接着说几件毛文龙违法做的事，毛文龙与其争辩，袁崇焕厉声斥责毛文龙，下令将毛文龙的冠服去除并捆绑起来，毛文龙表示不服，袁崇焕于是列数毛文龙的十二条罪状，拿出尚方宝剑，将毛文龙斩杀。
袁崇焕杀了毛文龙之后，害怕他的部下叛变，于是增加他们的饷银，但是岛上的人没有主帅，人心背离，难以使用，而后会导致叛离。
消息传到朝廷，崇祯皇帝惊慌不已，只是事已至此，崇祯皇帝也没有办法，本来找了一个人来收拾残局的，没想到这让上来什么也没干就把镇守了东江镇八年的毛总兵给干掉了。
这一头袁崇焕对于杀了毛文龙也是感到有些后悔，如果读者了解过明史，那么你就会知道袁崇焕这一手真的够他死上一遭了。
崇祯皇帝没有办法只得下旨，痛斥毛文龙专横跋扈，目无军法，并且称赞袁崇焕处理及时，没有防卫过当，加以奖励。
这一下可把袁崇焕吓坏了，在他看来崇祯皇帝对于他这么做都能忍，如果自己没有五年平辽，自己的下场那就可想而知了。
随后袁崇焕又上书给明廷：“东江镇是牵制敌人所必须依托的。现确定两协的编制，马军十营，步军五营，每年饷银四十二万，米十三万六千。”
崇祯皇帝对兵员减少，军饷却增加的事情感到疑虑，但是一看是袁崇焕奏请的，也就答应了他。
崇祯二年十月，皇太极在此准备进攻，虽然之前被袁崇焕暴打一顿，狼狈而归，但是之前抢的那点东西，到现在用完了，没有办法只能接着去抢。
可是关宁防线太硬了，连着他爹努尔哈赤父子俩一起都没能从山海关敲下一块砖来。
袁崇焕也接到皇太极准备进攻的消息，可是他又山海关一点也不虚，只要你皇太极来，爷爷在暴打你一顿就是了。
可是关是死的，人是活的啊，于是皇太极提兵十万绕道蒙古，发起了决定袁崇焕命运的一战。
崇祯二年十一月，后金主皇太极举兵十万分别进入龙井关、大安口，袁崇焕听闻后吃惊不已，立马率领祖大寿、何可刚入关守卫，所经过的蓟州、抚宁、永平、迁安、丰润、玉田各城，都分兵留守。
崇祯皇帝得知后非常高兴，下令嘉奖袁崇焕的部下，并让袁崇焕统领指挥各地援军。
袁崇焕带着人也不跟皇太极正面对抗，只是跟在皇太极后面，差不多就是，皇太极打下一座县城，袁崇焕在后面收拾战场，而且朝中兵部尚书王洽被捕，接任他的正是明末名臣孙承宗，他也是袁崇焕的老师。
从十一月十一日到十五日，皇太极一直在北京郊区旅游，一路上三河、香河、顺义一路过去，所到之处都是抢劫留念。
袁崇焕就一直跟着他，抢到哪里就跟到哪里。
这五天到今天也是有争议的，暂且不提，朝中大臣对于他的表现纷纷弹劾他叛敌。
但不久之后，遵化、三屯营都被后金军攻破，赵率教也在遵化战役中中流矢阵亡，巡抚王元雅、总兵朱国彦自尽而死。
后金军越过蓟州往西，直逼京城，袁崇焕忙率兵护卫京师。
崇祯皇帝召见袁崇焕，赏赐御用酒菜及貂裘慰劳袁崇焕，袁崇焕以兵马长途奔波，疲惫不已，请求入城休整，但遭到拒绝。
于是袁崇焕驻军城外，与后金军鏖战，互有胜负。
袁崇焕令戴承恩在广渠门列阵，祖大寿于南面列阵，王承胤在西北列阵，袁崇焕在西面列阵以备战，中午时刻，清骑兵从东南面进攻，祖大寿率兵奋力接战，而王承胤却拔阵向南避战。
后金军力战祖大寿不下，于是撤退，明将刘应国、罗景荣等人率兵进行追击，杀伤后金军千余人，而明军死伤也很多。收兵后，崇祯皇帝用酒食犒赏军队。
袁崇焕有派遣任守忠率领五百人用火炮轰打金营，后金军撤退，京都之围遂解。
但后金军退兵后，袁崇焕却被治罪。
当初后金军进入的关口是属于蓟辽总理刘策所管辖，而袁崇焕得知后金军入关，直逼京城，于是千里迢迢赶来救援，自认为有功无罪，但是朝中大臣却有很多人认为是袁崇焕放清兵入关，于是纷纷诽谤袁崇焕与后金军有勾结，崇祯皇帝对此也很怀疑。
此时后金军也设计离间，说袁崇焕与后金军有秘密约定。
十二月，崇祯皇帝将袁崇焕下狱。
其后魏忠贤遗党王永光、高捷、袁弘勋、史褷等人想趁机给魏忠贤报仇，以擅自与后金军议和、擅杀毛文龙两条罪名定袁崇焕死罪，并意图一并杀死钱龙锡。
第二年也就是崇祯三年八月，袁崇焕被凌迟处死，家人被流徙三千里，并抄没家产，实则家无余财。
