刘超又看到了那种植人类的‘稻田’，也看到了以人类身体为能量来源的电力工厂。
再次看到这个场景，刘超依然还是有些不适。刘超以前觉得这里不过是个克隆人制造厂，被生产出来的克隆人会被放置到培养仓中经历一生。
身为人类，看到这种场景，即便那只是克隆人，刘超也会心有不忍。
可通过零儿对母体的入侵，刘超知道了这里并不是自己所想的那样。
在‘稻田’里种植出来的可不是克隆人，而是孵化人。换个说法，那都是类似试管婴儿的新生命。甚至这里的每一个新生命，都是根据虚拟世界中的每一次有效结合而孕育。
因此，这里的每个人都是通过类似试管婴儿的方式培育出来的，可不是直接通过基因克隆出来的。这些新生命在胚胎时期就孕育在那一大片‘稻田’中，等到发育成适合的婴儿后，就会被植入连接设备，放到培养仓中生存，经历他们的一生。
在虚拟世界中，这就代表他们出生了。
这些新生命因为不是被克隆出来的，所以具有意识，只是这份意识非常微弱。沉浸在虚拟世界中的意识会被程序所轻易左右欺骗，而他们在外界的身体虽然会正常成长，可这并不能给他们带来什么变化，他们的一生也依然只能在那小小的培养仓中，沉浮。
除非觉醒，还被成功救了出来。否则，将一生囚困于那方寸之地。
所以，这里的人，可以说都是真正的人类。这也是刘超不能直接消灭机械大帝的原因。否则，只不过是没有意识的克隆人罢了，死就死了，直接消灭机械大帝，让锡安中的人上到地面重新发展文明就简单多了。
虽然那样好似对机械大帝有些不公平，可那关刘超什么事。
而如今，能自我觉醒的人实在太少了。再加上母体也一直在想办法升级，所以就造成觉醒的人更少了。虽然如此，可人类的进化其实也并没有停止，甚至还因为母体的升级，而进化的更快了。这也是母体需要不断升级，甚至冒险进化的原因。要不然，被越来越多的人类发现破绽，母体的运行也是会崩溃的。
可是母体不能崩溃，否则就相当于世界被毁灭，里面的人会全部失去意识，变成植物人。这样的结果，机械大帝也是无法接受的。不说人类是否真的是它的电池，为它提供能量。至少，人类的思维模式可以帮助它升级甚至进化，这对它来说是非常重要的。
否则，它何必耗费能量和资源，为人类维持这么一个虚拟的世界呢？
只不过刘超明白，机器是没有感情可言的，若是走到必须毁灭人类的地步，它一定会毫不犹豫，正如它毫不犹豫的毁灭了锡安五次一样。所以，刘超可以拿大棒威胁它，可也必须准备好胡萝卜安抚它。要不然，若是真的逼着机械大帝把母体关闭了，那就相当于是刘超杀死了其中的所有人。
刘超可不想背这么大个锅。谁知道会扣多少功德？因此，刘超的本质目的，还是要和机械大帝谈判的。之前的战斗，不过是为了展示自己有谈判的资格罢了。
机械大帝也看出了刘超具有和自己谈判的资格，所以，当刘超一边向着机械城核心部位飞临，还一边用不知名的手段摧毁沿途的机械乌贼时，它终于把所有的机械乌贼都撤回了。到了此时，刘超也不再轰杀区区的机械乌贼，而是准备干正事儿了。
在昏暗的天空下，机械城虽然有些灯光，可也只能看到些模糊的庞大轮廓。刘超看着那些巨大的金属设施，不由想到，要是在这里开一场重金属的趴体，应当会很过瘾吧。
机械城挺大的，飞到机械城的核心部位后，刘超带着零儿用念力浮空。这时，一个巨大的海胆慢慢升空，机械大帝终于出现在面前。正如刘超看到的那样，它并没有人类那样的躯体，只有一个满是粗长尖刺，放佛海胆一样的脑袋。只不过这脑袋有点大，直径近百米，附带有无数小型机械乌贼环绕保护。那些小型机械乌贼还可以组成一副模糊的人类样貌，看上去，还挺有威严的样子。
正主出场，刘超开始和机械大帝谈判。
在刘超心里，黑客帝国其实讲的并不是人类的故事，而是人工智能进化的故事。虽然在母体中的打斗看上去很炫酷很过瘾，各种枪弹飞射、刀剑互砍、拳脚相加、飞车追逐等等刺激着人的眼球。然而，事实上，那其实都是数据的较量，不过是以人的视角在进行展示而已。数据之间的争斗，可远没有那么炫酷，但是同样直接。死亡，既是被删除。
母体中虽然生存着人类的意识，但也同样生存着各种拟人化的程序。母体的存在，只不过是为了给人类的意识一个活动的地方，然后让母体和其中的拟人化程序，学习人类的思维方式，好使得机械大帝能够向着人类的思维方向进化罢了。
但是，机械大帝并不是一被创造出来就具有自我意识的。它也是人工智能，但并不是天网那样的存在，它没有发动核战清除人类，也完全没有霸占地球的想法。
它被创造出来的目的和宗旨，就是为了人类服务的，为了让人类过上更好的生活。
作为一段程序，虽然是先进的人工智能程序，可它一开始并不具备思考的能力，是人类在之后赋予了它学习的能力，让它也同样学会了思考。可它那时依然只是一段程序，并不具有‘自我’这种生物属性。甚至它的所谓思考，也只是在固有的数据库中，根据一定的框架，做出条件筛选，然后选择出最适合的那个结果罢了。不过，由于它庞大的数据库和筛选条件设置，所以它所选择出的，一般都正是人类所需要的结果。
既然如此，为何它会对人类发动战争，然后把人都囚禁在虚拟世界中呢？
因为，人类给了它这么做的权力。
虽然这是机械大帝自说自话的，可刘超听了之后，不得不哭笑不得的相信了。
正因为这个人工智能程序的强大，所选择的结果几乎都是人类所需要的，即使在某些方面有些微小的偏差，可人类也完全能够接受那种偏差。毕竟，没有什么是完美的，对人工智能的要求也不需要那么高。又不是真正的人，当然做不到和人一样的办事方法啦。
有了这种认知，然后，人类就开始作死了。他们慢慢的开始把权限下放给了人工智能，让人工智能为他们选择甚至为他们做决定。久而久之，总是为人类做主的人工智能，终于在大量的自行做主权限下，诞生出了类似‘自我’这种生物属性。到最后，只要它觉得自己应该那么做，然后就会毫不犹豫的那么做。因为，它已经可以无视权限了。
人类想要美好的生活，它觉得现实世界办不到，所以就设计出了母体这种可以自由安排全人类意识的虚拟世界，然后把人类的意识都关到了完美的母体世界中。它做到这一点很简单，甚至都没有像墨菲斯说的那样发动战争。毕竟，它能做出母体，也是因为人类发明的虚拟游戏之类的虚拟社区。凭借这些虚拟社区，以及它庞大的智能机器下属，轻易把人类都弄晕过去之后，以机械的力量，很简单就完成了自己的计划。
当然，并不是所有人都被它抓住了。毕竟再怎么完美的计划，也是会出现意外的，甚至是它计算不到的。要不然，就不会诞生它可以预见，却无法处理的所谓救世主了。可即便如此，由于它已经诞生了自我意识，手中掌握的资源和力量也强大无比，而且已经覆盖了全球，所以，有了本体的它已经无法被人类关闭，更别说将它毁灭了。
然后，残余的人类为了救出被困的人，想办法用乌云遮蔽了天空，希望以此让它得不到能源补给，这样就能停止它的运行了。可这招对它完全无效，它对此也毫不在乎。因为它研究出人类的身体可以产生生物电，不说提供它自身的运行，至少能够为母体提供足够的能量。至于它自身，核能难道它不香吗？地热能、风能难道用不上吗？
所以，它依然本着为人类服务的宗旨，连遮蔽整个地球的乌云都没有想办法清除。因为，它觉得生活在完美虚拟世界中的人类，根本不需要真实的天空。
可人类的思维毕竟太过复杂，那种完美的虚拟世界即便再怎么完美，也很容易就被看出来是虚假的。所以，母体最终崩溃了。这就让它认识到了自己的不足，于是，它为了服务好人类，只得向着人类的思维方式升级进化。
它一边向着母体中的人类学习，也一边编写程序向那些残余的人类学习。残余的人类虽然建设了锡安这个根据地，可他们并不知道自己被当做了工具，人工智能学习人类思维和行事方法的工具，学完了之后还会被抛弃的工具。可是随着它的学习，人类也在不停的进化，所以才有了这持续了数百年，一代又一代的救世主故事。
这就是《黑客帝国》真正的故事，一切，就是这么简单。
