不过两个文本的性质则是略有不同，《实录》主要是林兆恩的嫡传弟子卢文辉、再传弟子陈衷瑜、三传弟子董史为了传播三一教而对林兆恩的生平事迹做种种神化的结果，林兆恩从弟林兆珂的《林子年谱》（以下简称《年谱》）则立足于从学术思想的角度继承林兆恩三教合一的思想。此一事件在三一教内目前最早的关于林氏生平记载的《林子行实》记载如下：万历二十年，壬辰。……林子四书正义凡二十册，要不失乎三教合一之旨，归儒宗孔之大而已。后举业者也，复病其繁，松江姜云龙等编摘为四册。……万历二十一年，癸巳。……云间翻刻林子四书正义、夏一、夏三及林子第一义等集。作为对林兆恩教团发展有重要意义的四大嫡传门人之一，张洪都的《林子行实》是教内现存最早的关于林氏生平的作品，写成于万历二十七年（1599）。
在《实录》和《年谱》中所涉及的该事件的记载中，虽未见徐光启字样，但是，其所述事迹则与前两者无异。如此而论，三一教的记载应当是有所据的，即徐光启很有可能曾为三一教门人，与姜云龙、陈济贤、吕克孝等一起摘编《林子第一义》（今亡佚），其事为万历二十一年（1593），是年徐光启三十二岁。此时距其访郭居静神父（万历二十四年，1596）三年，距其首会利玛窦（万历二十八年，1600）七年，距其受洗入天主教（万历三十一年，1603）则有十年。在徐光启的年谱中，关于徐光启三十岁以前的生平，所记非常简略，自然也未曾出现与三一教相关的记载。因此，这里需要提出的问题是，徐光启是否真的曾经是三一教的门人？如果徐曾是三一教门人，那么这对于其后来思想的演变又有怎样的作用？
三、徐光启之接受三一教的可能性
林兆恩三教合一的思想及其三一教，在当时之所以能被广泛接受，备受朝野人士的推崇，除了其在思想上的创见之外，很大程度上是由于其个人的人格魅力，而这又必须与当时社会的“倭患”背景联系起来。
明代倭患自洪武二年（1369）开始，当时日本处于南北朝分裂时期，在内战中失败的武士以及一部分浪人和商人得到西南部一些封建诸侯和大寺院主的资助，经常驾驭海盗船只到中国沿海武装掠夺骚扰，史称“倭寇”。明初国力强盛重视海防设置，倭寇未能酿成大患。嘉庆年间，政治腐败，边防松弛，加上东南沿海工商业发展，一些富商和海盗商人如王直、徐海等与倭寇勾结劫掠，致使倭患愈演愈烈，祸殃沿海，危及漕运。
到嘉靖二十八年（1549）浙江巡抚朱纨因抗倭反遭诬陷被革职，倭寇之患愈演愈烈。从嘉靖三十一年（1552）起，倭寇连年掠劫东南沿海，生灵涂炭。明政府腐败无能，军备不修，对倭患束手无策，而倭患也因此愈演愈烈。嘉靖后期，最为猖獗，福建莆田、仙游、福清一带深受其害。根据《年谱》和《行实录》，从嘉靖三十七年（1558）开始到嘉靖四十三年（1564）七年间，倭寇屡犯莆田，嘉靖三十七年（1558）四月，倭寇数千“功围福清，乘胜薄莆城”；嘉靖三十九年（1560）五月，“时倭迫城弥甚”；嘉靖四十年（1561）冬，“倭夷迫城”；嘉靖四十一年（1562），“十一月廿九夜分，莆城陷”；嘉靖四十二年（1563），“倭薄仙游县城，被害者多”。倭患频繁，加上瘟疫流行，莆田、仙游一带死者相枕，这样的情形，给当地的人民带来了深深的灾难，许多无辜的生命在灾祸中丧生。人祸和瘟疫的双重威胁，使得莆仙地区哀鸿遍野，再加上当时明政府的腐败腐朽，当地统治者对此不能够采取有效的措施，甚至是采取了逃避的方式，“郡守易公道谭，除兴化，闻积尸盈城，遂停车福清，不敢莅任”。这个时候，林兆恩挺身而出，与弟子们一起救贫济困，毁家纾难。
勘得原莆田县儒学生员林兆恩，性资英迈，德器渊宏，早录泮宫，而文学屡腾于场屋。旋弃举业，而志趣高尚乎山林。讲学授徒，发明心性之旨，黜奢崇礼，挽回淳朴之风。孝友笃于家庭，仁义孚于中外。诵太祖喻民之数语，以匾于堂，刻圣训冬至之祝文而教乎俗。恤民还券，志实继乎先人，举义建田，德丕沾乎族党。贷谷立社仓之规，而不取其息。发粟倡平粜之价，而不逐于时。乡村穷民之避寇城内者，人施以钱以米，至于再而至于三。贫穷孤寡之不能自存者，日分以粥以蔬，及于老及于幼。惠施棺木，约有一千三百之丧。
礼助葬埋，计有三百四十之柩。凡兹十余年之举，费有千余两之金。戌午岁倭寇迫城，订广兵千金之券，而城池赖以得全。庚申岁兵荒荐臻，赠学校三十之金，而贫士藉以举火。体分守翁公之建议，则募兵百余人。倡总戎公之生祠，则捐田三十亩，仍刻像以报功，分与民而共祀。念乡夫守城之苦，而酒食迭赐于中宵。激垛夫瞭望之勤，而铜钱亲颁于外向。经历辛酉、壬戌之岁，民多兵疫死亡之灾，率门徒黄仕钦等三十余人，收埋全尸者三千余身，积薪火化者二万余数，穴别男女而葬之以礼，奠设酒肉而慰之以文。迨客岁春，倭寇离莆之时，复入省田，为城中掩骼之举。率门徒姚秉德等二十余人，凡南洋、北洋处所，荒野无宿露之冤。暨崎头、仙游地方，遗骸有安厝之感。此其清贞出世，既有凤翔鹄举之标，而操行超群，又存民胞物与之量。前蒙按院樊公、郡守陆公，俱行奖励。郡守董公、贰守文公、通判来公、推官孙公、大尹贺公，咸造其庐，是诚振古之人豪，非直一乡之善士者也。
这段引文是前文所述的“闻积尸盈城”而不敢进城的兴化府郡守易道谭在林氏带领门徒“收尸洒道”之后，听闻林氏义行，遂令县学查勘林氏所行诸事，县学教授刘仕锐经过详查而报覆。根据刘仕锐的归纳，在这段时间里，林兆恩所行义事大致有如下13条：（1）恤民还券；（2）建义田；（3）立社仓；（4）倡平粜之价；（5）乡村穷民之避寇城内者，施以钱米；（6）贫穷孤寡之不能自存者，分以粥蔬；（7）惠施棺材1300部；（8）礼助葬埋340柩；（9）与广兵订千金之券，城池以得全；（10）募兵百余人协助守城；（11）捐田30亩倡建戚继光生祠；（12）念乡夫守城之苦，而酒食迭赐于中宵；（13）率门徒数十人收埋全尸者三千余身，积薪火化者二万余数。在倭寇和瘟疫面前，林兆恩变卖田产，毁家纾难。这与林兆恩自小一贯接受儒家伦理熏陶所形成的性格有关。
在林兆恩幼年时期，每出必袖金以给穷人，母责以妄费，对曰：“损有余以补不足，天之道也，非妄费也。”慷慨乐助，及人所难，这无疑是林兆恩的秉性所在，也正是因为如此，在面对地方上出现这样的变故的时候，林兆恩可以毫不犹豫地变卖自己的家产来救助他人，至家产变卖殆尽，亦无止于行。林兆恩毁家纾难的种种义行，为林兆恩赢得了世人的尊重和褒奖，时任福建督学的耿定向亦曾因此将林兆恩作为山林隐逸疏荐于朝廷，林润亦时有提拔之意，但朝廷以无隐逸之科，不准其请。对于林兆恩的这些义行，当时以及后来的学者，即便是对其思想有非议，但对其义行，都予以褒扬，表现出钦佩，“独其行谊高洁，不类今之影良知以走利途者，可谓闽中巨擘”，“兆恩本名家子，其人重意气，能文章，博极群书。倭奴陷莆后，骸骨如麻，兆恩捐千金，葬无主尸以万计，名遂大噪”。
这一事件对于林兆恩的三一教的创立和传播具有重要的意义，因为林兆恩的义行为其教团日后的迅速发展提供了良好的群众基础。而在徐光启的生平之中，倭患同样有着重要的意义。明嘉靖三十一年（1552），“夏，四月，倭犯台州，破黄岩，大掠象山、定海诸邑”，这是史家通常所言的“壬子之祸”（或者“壬子之变”）。倭患自此开始四五年间，一直为患江浙沿海，人民备受倭患之害，徐家和大多数的沿海民众一般，生活在恐慌和飘摇之中，“亡何遭倭患，邑未城，乡里迸散，室庐赀产焚废殆尽。淑人挈子女留移避难者四年”，这也给徐光启家的生活带来了转折性的变化。徐氏自高祖竹轩由姑苏迁至上海，业农，家道衰微。及至徐光启祖父徐绪，弃农业商，家业遂兴。徐绪中年而亡，子思诚（光启父）六岁，其母治家有道，拓产十倍于前，可谓家道殷实。壬子之祸时，徐思诚十九岁。倭寇先劫浙东，再入宝山，次年入上海，“入官庾民房焚劫，驱掠少壮，发掘冢墓。束婴孩杆上，沃以沸汤，视其啼号，拍手欢乐。得孕妇，卜度男女，刳视中否为胜负饮，积尸如陵”。在这种恐慌面前，徐光启的母亲钱氏带着婆婆和女儿（徐光启的姐姐）四处避难于乡间，“先淑人左掖大母，右持女兄，草行露宿，每休止丛薄，则抱女坐水深流急处，拟贼至，便自溺也”。徐光启的父亲徐思诚，则因当时家道富裕，留在城内，“邑推举大户给军兴”，不但捐钱，并且积极参与防御事务。倭患持续了四年，后在胡宗宪和俞大猷的合力整治下，于嘉靖三十五年（1556）江浙一带倭患平息，此后七八年间，倭患主要集中在闽、广一带。待倭患退去，整个上海则是满目疮痍，一片萧条。
徐家的产业也消耗殆尽，再加上徐光启的父母好施予，常周济乡人，“先世稍有遗资，亲故或称贷，负去则不问”。这样，到了嘉靖四十一年（1562）徐光启出生的时候，家道已然衰微。
倭患是徐家家道衰落的重要因素，故而在徐光启早年教育中，倭患之事经常被提及，“淑人每语丧乱事极详委，当日吏将所措置，以何故成败，应当若何，多中机要”，其祖母、母亲、父亲都会向其讲述倭患之事，这也给徐光启留下了深刻的印象，后来徐光启一直以倭患为忧，与此不无关系。很多论者也注意到了倭患与徐光启后来行事的关系，“光启童年的心灵，常被母亲和父亲的故事所激动，他自小便注意军事智识，尤爱实际学问，养成了事事求实行的习惯”，“至于徐家遭到倭寇侵袭而留下的创痛，由于从小听父母、祖母及其他上海人一再的陈述，使他一辈子都以倭患为忧，对倭寇是否再度为乱，时时保持高度的警觉”。再结合前述林兆恩在抗倭之中的种种义行，在其三一教传入上海之际，出于对于倭寇的愤恨情感和林氏义行的推崇而使得徐光启接受三一教，虽然文献上比较缺乏，但至少从逻辑而言，是可以成立的。或者我们可以说，倭患这一大的时代背景，使得徐光启接受三一教具有非常大的可能性。
四、相关文献中的线索
三一教文献中有关徐光启的这条记载，因为缺乏详细的记录，故很难有直接的证据说明林兆恩与徐光启之间的关系，但是若就文本本身的记载来看，《实录》中对于徐氏的行事所记非常翔实。加之前文所析论之背景的可能性，就此而论，认为徐光启与三一教之间有密切关系，或者说徐光启在其思想的转变过程中曾经受到了林兆恩的影响，应当是可以成立的。
那么，目前相关记载中，是不是有透露出相关的讯息呢？在翻检徐光启的年谱及其文集以及这一时期的史书和志书之后，笔者发现其中可以作为旁证的例子。在前引三一教的文献中，提到“万历二十一年，癸巳。……松江门人姜云龙与同社陈济贤、徐光启、吕克孝，谓教主之书浩瀚难窥，宜掇精要以当醍醐，遂编集林子第一义二卷，校定命梓”，徐光启与姜云龙、陈济贤、吕克孝等林氏门人一起，于万历二十一年（1593）摘编《林子第一义》，当然，此书目前已不可见，陈济贤的事迹已无可考。但是，姜云龙、吕克孝的相关事迹及其与徐光启之间的关系则是可以确定的。
在清代所编《松江府志》的《选举表·明举人》中，吕克孝、姜云龙、徐光启都在其中，而且，均为万历二十五年丁酉科举人，“（万历）二十五年丁酉科解元吕克孝，中式一百四十五名”此表之中对三者均有简单介绍：
姜云龙，神超，正统戊午。清七世孙，内阁撰文。中书舍人，出使琉球，加三品服，华亭人。
吕克孝，公原，第一名。嘉靖乙卯，锦子。工部郎中，有传。
徐光启，子先，卫学入监。顺天中式，第一名，见进士。上海人，有传。三人均为万历二十五年（1597）举人，均为松江府人氏。而且，徐光启与两人之间均有着交往。关于徐光启与姜云龙的交往，在《明实录附录》中有两条材料：礼部左侍郎徐光启奏遣中书姜云龙同掌教陆若汉、通官徐西满等祇领勘合，前往广东香山、澳，置办火器及取善炮西洋人赴京应用。徐光启称用三百人，二年之内可以威慑诸方，遣官姜云龙取到粤人，听其挑唆通同要挟初则不肯应命。关于徐光启与吕克孝之间的关系，根据梁家勉先生所编《徐光启年谱》，天启四年，甲子（1624），“友人吕克孝任工部郎中，司权荆州”，《松江府志》中有吕克孝的传记：
吕克孝，字公原，华亭人，居七寳。父锦，官通判。克孝，万历二十五年应天乡试第一，主考朱国祚、叶向高甚器之，选如皋教谕。纂辑邑乘，简核有法。
晋国子助教、大理司务，转都察院。是时，向高居首揆，国祚并在政府。克孝秉节，不屑干进。擢缮部郎司，权荆州。罢归着诗自娱，年六十六卒。此外，在王重民先生校辑的《徐光启集》卷十书牍类当中收有徐光启给吕克孝的书信。这样，基本上可以确定徐光启与吕克孝之间的关系。
以上所引材料，虽不能直接证明徐光启与三一教的关系，但是，三者交往的事实，却可为三一教文献中所记载的关于徐光启的事实提供一个有力的旁证。三一教文献中所涉及的姜云龙、吕克孝都可以在地方志书中找到相关的记载，并且，两人都与徐光启有着交往。由此，我们可以推断，三一教中关于徐光启的记载是确有其事的，亦即，徐光启在其早年极有可能曾为三一教门人。
