九序心法的第二序为“周天”，其最基本的要求和目的是“效乾法坤以立极”，这一序林兆恩又称之为“行庭”，也是林兆恩得之于“明师”的指点而形成的两大基本心法之一。“行庭”一词与“艮背”一样，也是源于《周易·艮卦》的卦辞，“行其庭，不见其人”，按照其本义，“行其庭”就是说人在庭院里行走，林兆恩将其作为心法的一种，则是用来说明五行之气在人体内的运行，亦即“周天”。“周天”一词原本是古代天文学上的术语，一日一夜为一周天，后来成为了道家内丹修炼的独用名词，有大周天和小周天之分，其基本含义是指身体内的气的运行而言的。道教内丹派用此来指代人体内五行之气（肝为木气、心为火气、脾为土气、肺为金气、肾为水气）的运行，林兆恩也是在这个意义上使用“周天”一词，其所受道教内丹学的影响也是非常明显的。何谓“周天”？林兆恩在《九序摘言》中这样阐述：
心为太极，而乾旋坤转周乎其外者，所谓四时行焉，而吾身一小天地也。
人之首，昆仑山也。四肢，四海也。腹，中国也……天之极处上，至地之极处下，总八万四千里。而吾身一小天地也，心肾相距，亦八寸四分。
故止也者，艮乎其庭之中者，吾身一太极也。行也者，环乎其庭之外者，吾身一周天也。子不观之天乎，而包罗乎地之外者，莫非天也。故北辰之居其所者，天之止也；而拟之以吾身之太极也，其有不同乎？特吾身小而天地大尔。三百六十五度者，天之行也；而拟之于吾身之周天也，其有不同乎？特吾身小而天地大尔。
人身就是一个小天地，人与天之间有着结构上的相似性。人的头相当于昆仑山，四肢相当于四海，腹部相当于中国。天以北辰为太极，人则以心为太极。天有四时运行，寒暑变化，人体之内，也有着相同的变化，这个变化的过程，也就是“行庭”的过程。
须先以五行之心安于中心之心，而为土中者以敦养之，自有消息真机，而心身性命相为混合矣。一屈一信，一来一往，真若有日月之代明，寒暑之错行，其殆天运之自然，是亦吾身之一天地也。
行周天（行庭），其基本的原理就是以人体为一天地，以心为中心，五行之气围绕心运行，“自心至脐有八寸四分，即是艮背位，一点灵光如星火，通如四寸二分之中处，立一极，想灵光如镜，一寸二分大，左旋右旋如车去，春生夏长秋收冬藏，归极，再从极起旋转，依四时行之。”那么，在具体的修持中，应该怎样行周天呢？“行周天，要聚清气于吾身天地之内，以抱神也，散浊气于吾身天地之外，以炼形也”，行周天所要达到的目的就是聚清去浊，将浊气排出体内，保留清气在其中。行周天具体的操作方法，根据郭先生的介绍，其修炼的方法也是需念“三教先生”四个字，然后运用自身的意念来推动体内气息的循环运动。人体内有五行之气，周天的修持视人身为一个小宇宙，所以，五行之气在人的意念的作用下，围绕着“心”自然循环，以神驭气，以气养神，最终达到内心清静，浊气消散，百脉畅通。其方法，在某种程度上和道教内丹学修炼中的“小周天”相类似。
九序心法中的第三序为“通关”，其最基本的要求和目的是“支窍光达以炼形”，对此，林兆恩解释道：能知所以通关以炼形矣，而所谓七窍相通，窍窍光明，与夫形神俱妙，与道合真者，其不由此入乎？其次则有通关，又以宣畅一身之筋脉，流通一身之滞气。滞气一散，而神自虚而明矣，形自清而爽矣。
林兆恩认为人的心有七窍，初生时是窍窍相通，故气脉畅通无阻。后来由于被外物所迷而有所蔽塞，所以必须行通关之法。他还认为，在行周天之法时，人体内的五行之气只是围绕着“心极”作前后左右循环，还未能在全身循环，而内气在全身循环时，必须冲破道教内丹派所说的“三关”，即尾闾关、夹脊关、泥丸关。通关的作用在于由形而神而虚，通关主要目的是自明本心，以同圣人。通关的具体方法，根据《九序摘言内景图》的记载，“心属火，就极位想灵光即火，灵光圈九圈，直下至脐，圈三圈，脐下分两边腿圈三圈，又至膝下圈三圈，至脚底甲圈三圈，从直上至顶，直下胸前至脐止，从脐中圈三圈，直分上两乳至肩圈三圈，直下至两肘尖圈三圈，下至两掌心圈三圈，直去中指未反掌后直上至肩圈三圈，随至两耳处直上至顶门，直至喉直下至极圈九圈，即归极再行。若不行，须归周天行之即守住，每行只行二十五遍。”九序心法中的第四序为“安土敦仁，以结阴丹”，对于这一序，林兆恩继续在天人相类的思想基础之上进行阐述：
天之极上处距地之极下处，相去八万四千里，而天地之间适当四万二千里之中处也。若人身一小天地也，而心肾相去亦有八寸四分，而天地之间适当四寸二分之中处也。其曰土者何也？东木、西金、南火、北水，而中央土也。
苟能以吾心一点之仁而安于土中以敦养之，水火既济，乃结阴丹。
在林兆恩看来，天地与人之间无疑是具有结构上的相类似，天地之间距离八万四千里，其中心处是四万二千里，人的心肾之间的距离是八寸四分，其中心处是四寸二分。那么所谓的“安土”又是什么意思呢？根据木、金、火、水、土的五行排列方式与五方相配，东木、西金、南火、北水、中央土，土处中央之位，也就是说前面所言的四寸二分处即是“土”，因此，这是敦养性命最重要的地方。林兆恩所说的安土敦仁的“仁”是先天秉赋的，每个人的心里都有先天赋予的“一点之仁”，实际上也就是道教内丹学所说的“性命”。如何敦仁？亦即如何修炼性命？林兆恩认为必须把经过前三序修持所恢复的“一点之仁”安放在心肾的中间处，取坎中之阳，填离中之阴，不断加以敦养，结出阴丹。
就具体的修炼方法而言，林兆恩自己也曾谈到过，“若以用功言之，法当内视返听，如有一点炯炯灵光在于肉团心内，所谓存无守有者是也”，在这里，林兆恩将基本的方法归纳为“内视返听”，实际上也就是返观自身，将自己的意念全部集中在心上。林兆恩的弟子卢文辉对于安土敦仁的方法也有相关的论述，“至于安土，则以其艮背、行庭、通关之所得者，安于真土之中以敦养之”。《九序摘言内景图》对于具体的方法作了非常详细的描述：
心法：水火既济，从极位安一土瓮仔，黄色，瓮口开开，想心是莲花，叶向一，中有一点灵光，白白如露，如星的行，至灵光坠入瓮中。若不行，须从瓮口稍用一孩儿坐温养，名曰水火既济，以结阴丹。孩儿者，乃自己之神，入在神中之性，本来物。封瓮口，其形如莲花，花叶上有灵光如星花，花的如清之清，坠入瓮中，既安土敦仁。定了，便把瓮口封之，每日时之亥子，行止坐卧行之。
这段话对于具体修持安土敦仁的过程作了非常详细的描述，从其具体的表述来看，与道教的存想和佛教的观想修炼法非常相似，通过想象具象化的物体，并且通过想象物象之间的变化来最终实现修持的过程。
九序心法的第五序为“采取天地，以收药物”。
亥子之间，天地一阳来复，而吾身之天地亦然；巳午之间，天地一阴来姤，而吾身之天地亦然。故亥子之间虽以采取吾身之阳，亦以采取天地之阳；夫既采取天地之阳矣，则天地之阳有不悉归于我之身乎？巳午之间，虽以采取吾身之阴，亦以采取天地之阴，夫既采取天地之阴矣，则天地之阴有不悉归于我之身乎？……天地非远也，而阴阳之气常与吾身相为流通；吾身非近也，而阴阳之气常与天地相为联属，故天地虽甚广，然亦不过取之吾身而有余矣。
林兆恩认为，人体内的阴阳二气与天地间的阴阳二气相互联系、相互贯通，同时进行着从阴到阳，从阳到阴的循环往复的运动。亥子之间，天地的阳气由下转上，阴极阳生，体内的阴阳二气的交替亦然；至巳午之时，阳极阴生，人体内的阴气亦取代阳气占主宰地位。但行四序功之后，人体内虽结成“阴丹”，但“阴丹”是内丹的低级形式，要发展为内丹的高级形式“阳丹”，就必须分别在亥子和巳午这两个时间里采取天地间阴阳二气敦养人体内的阴丹，即所谓：“采取天地，以收药物”。这里所说的“药物”，即阴阳二气。
其具体的方法，根据《九序摘言内景图》所载，“采取之法，不过用我之意，就于心宫想一水珠，莹白清洁，凝之少顷，采而下降至于脐部，即想变一火珠，红光朗耀，凝之少顷，取之上复升至心宫，至心又想变一火珠，莹白清洁，凝之少顷，又采而下复降于脐部，至脐又想变一火珠，红光朗耀，凝之少顷，又取而上复升至心宫。如此依前，采而降，取而升，至第八转，降时不降于脐，只降于心脐相去之中，共成九转为一遍。每行只许三遍，以为一次。
又：绵绵若存之中宫也，使真水真火混融，以为金丹之药物也。但此功夫只宜共行四次，多则动火而热。然丹属火，不能不热，至热即移之脐下一寸三分去处，稍停片时，即向脐后直由夹脊上升，出泥丸之外虚处注之，其热必退。后只依上泥丸之外功夫行之，三月之久，方可转后序功夫。”九序心法的第六序为“凝神气穴，以媾阳丹”。两肾之间，名为气穴，窍中之窍，玄之又玄。……若能以心脐之间之所凝结者，而下藏之气穴焉，送归土釜，以牢封固，盖以俟夫真阳之丹至外而来也。然神即丹也，移丹于土釜，即凝神于气穴也。
这里所谓的“神”，也就是前面第五序所获得的“药物”，即阴阳二气，随后在体内形成阴丹。这一序是要把所得到的阴丹放在“气穴”中修炼，以成阳丹。“气穴”，在道教内丹学看来是炼丹的最重要的处所，凝神入气穴则是内丹术小周天的基础功法。在这里，林兆恩实际上也是采取了道教内丹学的修炼方法。他所说的“气穴”，为两肾之间，亦即脐下一寸三分处。那么应该如何修炼？林兆恩对此也作过阐述，“然丹属火也，不能不热，至热时即移之脐下一寸三分，稍停片时，即向脐后上升夹脊双关，至泥丸下至鼻口，直至脐下一寸三分去处，此正所谓玄牝之门，玄之又玄也。当有当无，时时刻刻，稍稍照顾，所谓观自在菩萨是也。始于有象，终于无形。始于有作，终于无为。”《九序摘录内景图》则说：“就气海位想白灵光包红灵光，如卵大，时时注神守之，以媾阳丹。”九序心法的第七序为“脱离生死，以身天地”，这一序实际上是要求人能够脱离生死。何以脱离生死？就是要在第六序的基础之上，形成“阳丹”，从而真正达到与天地为一。
夫天地则甚广大矣！而曰身天地者，岂不以天地之广，而为我之身乎？
盖我之气，天地之气也。故我能先气我之气，然后能气天地之气以为我之气也。既能气天地之气以为我之气，则能以我之气而融通于天地之气，而与天地之气为同流矣。如此则天地广大之中自然有所凝结，而与我之丹相为配合，然后方可名之曰阳丹。
故我既能了我之心，则必能以我之心脱离形骸，而为天地之心也。夫我诚能以我之心脱离形骸，而为天地之心矣，而所谓天地之广大也，不为我之身邪？
通过了前面六序的修炼，人在精神上达到了高度的集中，可以忘却外部世界诸如功名富贵、声色犬马的种种诱惑，而集中精神于阴丹的温养，以求最后炼成阳丹。这个时候，人的全部精神都是集中于人之身，因为“阴丹”仍在“气穴”中温养，形骸一旦死亡，“阴丹”也随之消失。但是要结成阳丹，就必须超越身的束缚，做到吾身之气与天地之气融为一体，这样，人也就脱离了生死。“脱离生死，以身天地”的具体方法，按《九序摘言内景图》说：“就气海位想一白珠、一红珠，从腰出，直上至顶门入，直下至气海，一行八九次，注神守之。”九序心法的第八序为“超出天地，以身太虚”，此序是在超越形骸达到与天地为一体的基础上，再要求超越天地，达到与太虚同体。
夫太虚则至空洞矣！而曰身太虚者，岂不以太虚之空洞，而以为我之身乎？盖我之虚也，太虚之虚也。故我能先虚我之虚，而后能虚太虚之虚以为我之虚也。既虚太虚之虚以为我之虚，则能以我之虚混合于太虚之虚，而与太虚之虚同体矣。如此则太虚空洞之中，自然有所凝结而与我之丹相为配合，然后方可名之曰舍利光也。
我既能了我天地之心，则必能以我天地之心超出天地，而为太虚之心也。
人心既然能够突破形骸的限制而达到与天地同体，那么自然也就能够突破天地的限制，达到于太虚为一的境地。这是人能够做到的，而且也是必须做到的，因为天地虽大，但毕竟是有形的，虽然我的心与天地同心，但是，不能真正脱离生死。一旦天地毁灭，“天地之心”和“我之心”同样会随之毁灭，为了避免出现这种状况，就必须要在超出形骸的基础之上，再超出天地，达至太虚。林兆恩将此种境界称之为“舍利光”，借用佛教中“舍利”一词用来表达八序修炼所能达到的境界。
舍利者，《心经》所云“舍利子”者是也。盖舍，譬之方寸也；利子者，方寸中之神也。变动不居，一何伶俐，故谓之利子。光者，光明之义，所谓圣人之心，如明镜、止水，而佛氏又以方寸为光明藏，亦此意也。故定而能慧，寂而能感，安而能虑，虑而能觉，诚而能明，皆舍利光之旨也。
