这些制度和科仪的出现，表明三一教开始背离了林兆恩原本的意旨，具有了很浓厚的佛道色彩，而这是林兆恩在世时所极力反对的。
总之，在林兆恩死后，由于嫡传弟子卢文辉、再传弟子陈衷瑜、三传弟子董史的努力，以佛道二教原有的观念、清规和科仪对三一教进行改造，三一教的宗教形式越来越趋于完善。三一教的影响也随着门徒的四处传播而不断扩大，盛况如清康熙十年林向哲在其《瓯离子集》中所述的那样：“吾伯祖龙江之教，盛于今日吴、越、燕、齐、豫章之区……今先生之祠遍天下，即兴化一郡之内，巨丽巍焕，金碧玲珑璀璨，雕角秀甍，数里相望。”明何乔远的《闽书》记当时“莆穷山极海至三家村聚落，莫不祀子；上而延、建、汀、邵，下而晋安、清漳，皆有三教堂”。可见，由林兆恩死后到清初这一段时间，三一教得到了迅速发展，在当时社会影响甚大。
但是，三一教在传播过程中，随着影响的不断扩大，其门人当中也出现了一些利用三一教的名声而谋取私利的现象，比如林至敬的门徒翁文峰、翁满、吴以贯等人，“书符作药，啖鬼为神，冒大道为谋利之本，依却病为养命之源。作种种邪术，以惑世诬民，为世人所掩鼻，而君子不齿也”。离经叛道、败教诬民的现象在三一教的发展过程中时有出现，如明末闽人谢肇淛在其《五杂俎》中所指出的那样，“兆恩死后，所在设讲堂香火，朔望聚会。其后，又加以符箓醮章，祛邪捉鬼。盖亦黄巾、白莲之属矣……今其徒布满郡城，其中贤者，尚与士君子无别，一二顽钝不肖者，藉治病以行其私，奸盗诈伪，无所不有，其与邪巫、女觋，又何别哉？”这样的现状对于三一教的发展来说显然是不利的，至康熙五十五年（1716），三一教徒朱昆，以惑少妇事泄，朝廷诏毁三教祠，此事据李光荣《莆田大事记》记载：“康熙五十五年，诏拆毁三教祠，以教徒朱昆迷惑少妇，事泄，株连合郡三教门徒，悉将龙江先生改戴冕旒，作玉皇帝像以扮之。玉皇殿称祠者，皆斯时改也。”这对于三一教的发展来说是第一个严重的打击，在莆田有谚称“三教给朱昆败”，说的就是这个事情，此后，三教祠为了能保存下来，改称玉皇殿、文昌阁或者书院。直至今日，在莆仙一带还有很多以书院为名的三教祠，其最初的原因即在于此。
三一教第二次被禁是在清高宗乾隆五十三年（1788）前后，修《四库全书》期间，清政府鉴于明末以来白莲教事件，将《林子全集》列入禁毁书目，查禁三一教。
纪昀在《四库全书总目》中的这段话可以说代表了当时官方对于三一教的态度：《林子全集》四十卷，明林兆恩撰。兆恩字懋勋，号龙江，又号子谷子，又称三教先生，莆田人。生平立说欲合三教为一，悠谬殆不足与辨。至称梦中见孔子授以鲁论微旨，尤为诞妄。是编乃其门人涂元辅彚刻，分元、亨、利、贞四集，每集十册，皆猖狂无忌之谈。谢肇淛《文海披沙》曰：吾闽莆阳林兆恩，亦自博学能文，能以艮背之法治病，其门人传之者不得其学，徒以上章降魔捉鬼为事，俨然巫矣，纵日捉百鬼何益？况从其教者日盛奸伪诈盗，无所不有，恐他日一方之患不下黄巾、白莲也。肇淛为兆恩乡人，其言如此。而顾大韶《炳烛斋集》有《林三教集序》乃盛推之，谬矣。
“从其教者日盛奸伪诈盗，无所不有，恐他日一方之患不下黄巾、白莲也”，这是三一教再度被查禁，《林子全集》列入禁毁书目的原因所在。导致这样结果的无非有两个直接的理由：一则是门人对林兆恩进行诸多神化，最终将林兆恩与弥勒信仰联系在一起；二则是林氏门人之中有不少败坏三一教的。应该说，在当时的情况下，清政府出于维护自身统治的需要而作出这样的决定是合情合理的，后来情形的发展也说明了这一点。
黄宗羲在其《林三教传》中曾有这样的描述：
近日程云章倡教吴、鄣之间，以一四篇言佛，二三篇言道，参两篇言儒；朱方旦则好言福祸：皆修饰兆恩之余术，而抹杀兆恩，自出头地。余患惑于其说者不知所由起，为作林三教转。
由于三一教在当时社会上有很大的影响，因此冒三一教之名者屡见不鲜，如程云章、朱方旦之流仅仅是从理论上学一些皮毛罢了。更有甚者，则是借三一教之名与朝廷作对，最为著名的就是清道光、咸丰年间周星垣的大成教。周星垣，字太谷，号空同子，其所创的教派为大成教，又称太谷教，太谷学派、新泰州学派，是受林兆恩的影响而创立的，其思想的倾向与林兆恩基本一致。后周星垣被江南总督百龄逮捕下狱而死。
周太谷死后其传人有两派：北派张积中和南派李光炘。咸丰五年（1855），张积中在黄崖山起义，时称“黄崖教匪案”。李光炘传泰州黄隰朋，居苏州传教。他们都是借三一教之名与朝廷对抗的，故而被视为是邪教。
这些状况对于三一教的发展来说都是非常不利的，经过两次禁教的打击之后，再加上三一教本身在董史之后没有非常突出的传人，因此，三一教在福建之外的传播一蹶不振，而在福建省内（主要是莆仙一带）则转入了地下，以隐蔽的方式在民间传播。
各地区之间教徒各行其是，相继出现了“祖祠系”（以东山祖祠为核心）、“洪都系”（张洪都创始）、“翁系”（翁一阳、翁悟道创立）、“三一系”（陈衷瑜创始）、“明夏系”（林至敬创始）等不同的派系，在民间缓慢发展。
第四节 清末民国时期的三一教
清咸丰（1851-1861）之后，由于外来势力的介入，清政府疲于应付列强势力的入侵，无暇顾及对民间宗教的控制，三一教的发展赢得了新的空间和机遇。
在这一时期的发展中，需要指出的是陈智达和梁普耀的“悟本派”的出现，修订、整理了三一教的教规、仪式、制度，重刊了一些三一教的经典，对三一教的发展起到了一定的促进作用。随后产生了以张琴、蔡瑄、陈文炳、陈唐彬等为首的“涵三派”，对完善三一教的制度，整理刊刻三一教的经典等方面都起到了积极作用。
陈智达，莆田人，主持涵江鲸山悟本堂，称总持师。修订、整理了三一教有关的教规、教仪、教阶制度，定为《悟本规程》、《三教规条》。陈智达于清穆宗同治十一年（1872）去世，门徒称其为“三教继传弟子”。陈去世之后，其得意门徒梁普耀继承总持师一职，主持悟本堂，遵其师遗命重刊《夏午真经》等三一教经典，并撰有《林子本体经释略》等书，以普及和推广三一教教义。
梁普耀之后，莆田城内修建涵三堂（位于今城厢区凤山街），以张琴、蔡瑄、陈文炳、陈唐彬等为首，在莆仙一带有很大的影响力。这一派主要做的事情大致有两部分：一是重印三一教经典；二是创新三一教制度。在重印经典方面，涵三堂做了大量的努力，几乎所有的林氏著作都经由涵三堂得到重印，目前莆仙一带民间流传的三一教著作，最初基本上都是由涵三堂所编辑重印的，这一方面保存了经典，另一方面也促进了经典的传播，使得教义深入人心。此外，他们所辑印的《林子三教正宗易知录》、《三教初学指南》、《镇家宝》等三一教普及读物，基本上成为了门人所必需的入门读物，几乎是人手一份。在教阶制度方面，涵三堂没有设立总持师一职，但是新创了度世、济世二科。担任度世师的以现身说法化导人心为本职，而以印送善书和讲经演教属之。担任济世师的则以救急扶危、矜孤恤寡、排难解纷为务，每至年关，集中善信所捐献的大米钱物，施予贫民，米荒之时则举办平粜。此外，涵三堂还有《涵三规程》，对于完善清规制度方面，也是起到了积极的作用。
悟本派和涵三派这一时期对于三一教的恢复发展来说是具有积极意义的，可以称为三一教发展的“中兴期”。当然，由于历史和现实的原因，他们并没有能够改变三一教传播分散，缺乏统一领导和规范的发展状况。因此，虽然他们的出现在一定程度上推动了三一教的复兴，但是，这种作用毕竟是有限的。总体来说，三一教发展的基本情况依旧是“各树一帜，别立门户以自高”，在民国之际，甚至新中国成立之后，均是如此。
以上这些是莆田三一教在这一阶段发展的主要派系，当然，这并不是这个时期三一教在莆田发展的全部，只是因为它们是形成了派系的。其他更多的是在当地的发展中是有着重要影响的，但并没有形成派系，或者实际上是有自己派系的，只是没有提出自己的派系名称的。如莆田遮浪的黄珠武一派，黄珠武原名金木，新中国成立前即在莆田传道，其门下有着完善的教义教规，1984年去世之后，留有经书四种，《三宝经》、《科教》、《观音修行》、《天地经》等，创祠堂十余座，在当地也是影响甚大。这样的传播类型，也是比较具有代表性的。三一教在明清之后的传播，其最基本的特征就是没有形成统一的教派，而是各自为战。在莆田可以看到有不同的派系，但是在仙游则是没有派系，相互之间也没有交流、渗透。
可以这么说，这一时期三一教的发展处于一种自发的、民间的状态。它们相互之间没有什么交流，但是，作为一个完整的系统，其自身在不断地发展。三一教的祠、堂都是在进行正常的活动，但彼此之间互不相干，当然，除了统一派系，或同一传道人之间。这样的状态一直延续到了“文革”之前，“文革”时，所有活动全部停止。
此外，清末，伴随着兴化地区的移民，三一教还传入中国台湾和东南亚地区。三一教传入台湾之后，成为了台湾当地较为重要的民间宗教之一，至今依旧保持着三一教的节日仪式和庆典。不过，由于一直比较分散，缺乏统一的组织，三一教在台湾发展缓慢。这种情形到了1956年开始发生改变，台湾的夏教门徒在台北的中山北路创设三一教总堂（养兴堂），此后信徒日多，续建龙山堂、三益堂、养圣堂、仙兴堂、捷元宗孔堂、齐圣堂等三一教祠堂，遍布台湾各地，且设有教内的组织人员，主持日常事务，另外成立“三一教兴圣委员会”，以继承和推广三一教事务。
19世纪末20世纪初，三一教通过兴化人的移民传播到东南亚。现在马来西亚和新加坡各地都建有许多三一教堂，它们不叫庙、寺而是称为堂、祠、洞、书院等。新加坡最大的三教祠是九鲤洞，较小的有琼三堂、天性祠和兴胜堂等，绝大部分是由来自兴化府的人维持的，现在仍保持着这种特点，以祠堂为中心，构成明确的社会团体。九鲤洞建于汽车修配云集的中心地带，多是旅新兴化人，但也有从事信托业。同师会由福清华侨创建，还有信徒来自泉州。较完善的三一教祠堂都供奉着孔子、老子、释迦牟尼，而三一教教主林兆恩每座祠堂都有奉祀，通常身边还有张三峰和卓晚春，可以看出三一教中道教的成分比佛教、儒教的成分更占主导地位。在马来西亚，确认为三一教祠堂的有11座，其中十有八七是在吉隆坡或者吉隆坡的附近，并且绝大多数祠堂都建造于二战以后。
