益王政权建立后，对抗元战争作了新的部署：以赵溍为江西制置使，进兵邵武军（福建邵武）；以谢枋得为江东制置使，进兵饶州（江西波阳）；以李世逵等进兵浙东；以吴浚为浙东招谕使、邹为副使；毛统由海道至淮，约兵会合。另外，又派傅卓等由福建向江西进兵。但是，上述官员大部分手中无兵，如赵溍因一逃再逃，已无法在江西立足，只得退往广东。谢枋得也已离开军中，独自隐居起来，没有赴任。毛统由海道到通州（江苏南通）后，知通州杨思复以城降元，他几乎遇害。稍后，吴浚在南丰（今属福建）一带被元军战败，不仅不能进入浙东，反而逃往赣南山区，次年正月即降元。傅卓等人也或降或逃，都不成气候。
在益王政权内部也是矛盾重重。陈宜中与陆秀夫、张世杰两人都不相合，陈宜中又施展以台谏钳制反对派的惯伎劾罢了陆秀夫，将他出知潮州。
张世杰责备陈宜中道：“此何如时，动以台谏论人？”陈宜中才被迫将陆秀夫召回。德佑二年五月二十六日，文天祥应召至福安府，因“与宜中等议不合”，仅一月余就离开福安府去前线。另外，张世杰与苏刘义也有矛盾，致使苏刘义“志郁郁不得展”。
自十月起，元军大举入侵福建。先后攻占建宁府（福建建瓯）、邵武军（福建邵武）、南剑州（福建南平）。这时，益王政权尚有士兵十七万、民兵三十万、淮军一万人，足以与元军决一死战，但张世杰慑于元军锐气，于十一月将益王政权迁至海上。在元军的进逼下，知福安府王刚中即以城降。益王的船队来到泉州（今属福建），福建、广东招抚使兼提举市舶蒲寿庚前来谒见，请流亡政权驻跸泉州。张世杰对蒲寿庚有戒心，没有同意，而将益王船队转移到了潮州（今属广东）。由于蒲寿庚不肯为流亡政权提供船只和粮食，张世杰只得掠取他在海上的船只和财物充数，本来就心怀两心的蒲寿庚为此大怒，于当年十二月公开发动叛乱降元。
景炎二年（1277）七月，南宋流亡政权移屯广州浅湾，张世杰自将一军从海上攻打泉州，蒲寿庚向元朝元帅唆都求救，唆都领兵援泉州，张世杰退返浅湾。稍后，元军乘势由福建进入广东。与此同时，元朝左丞塔出领大军自江西越大庾岭入侵广东。十一月，进围广州，城陷，广东制置使张镇孙被俘遇害。元朝元帅刘深率水军乘机攻浅湾，张世杰迎战失利，益王船队被迫转移到秀山（在广州南珠江口）。十二月，再转移到井澳（在广东珠江口外大横琴岛、小横琴岛海湾间）。就在这次转移过程中，陈宜中见事不可为，借口前往占城（在越南中南部）联络，遁走占城，从此一去不返。益王船队到井澳时，恰遇飓风袭击，宋军损失惨重，益王惊恐成病，士兵死者达十之四五。翌年正月，张世杰派兵攻打雷州（广东海康），攻不下，又想移往占城，因琼州海峡已被元军封锁，没有成功。三月，流亡政权的船队迁到冈洲（在广东雷州湾外硇洲岛）。四月，益王病死，年十一岁，谥端宗。这时，随行官员都想散去，陆秀夫以为：“度宗皇帝一子尚在，将焉置之？古人有以一旅一成中兴者，今百官有司皆具，士卒数万，天若未欲绝宋，此岂不可为国邪？”于是大家共立年方八岁的卫王赵昺为帝，史称帝昺，以陆秀夫为左相，张世杰为少师、枢密副使，共同执政。五月初一日，改元祥兴，是为祥兴元年（1278）。
二、崖山之战——南宋流亡政权的灭亡张世杰打不开通往占城的海道，想攻取雷州半岛作为流亡政权的落脚点，但几次攻打都遭到失败，于是将流亡政权迁到了崖山（在广东新会崖门附近）。
崖山在海中，由两座小山组成，“两山相对，势颇宽广，中有一港，其口如门，可以藏舟”，张世杰以为这里是“形胜之地”，暂可作为抗元基地。于是他将千余条大船联结起来，筑成水寨，上建楼橹，望去像城墙。又建行宫三十间，军屋三千间，“为死守计”。
祥兴二年（1279）正月中旬，元朝都元帅张弘范率水军赶至崖山，一面占据崖山南端的入海口，一面断绝宋军的淡水供应，并企图焚烧宫室。南宋士兵十余天来只吃干粮，无滴水可饮，只得去饮海水，海水咸苦，饮即呕吐，战斗力受到很大影响。在这极端困难的条件下，张世杰仍率领宋军将士每日与元军大战。
二月初七日，元军分兵四路，从东、南、北三面进攻崖山，张弘范亲率一军在里许外的海面守候。为了麻痹宋军，由李恒所率领的一支元军，奉命从北面乘潮而进，被宋军打败后，便乘潮而退。待第二次涨潮时，张弘范令士兵奏乐，亲率南面元军发起猛攻，直逼宋军军营，其他三面元军紧随其后，也同时开展进攻。宋军听到元军乐声响起，误以为敌人正在就食，防备稍懈，突然见到元军战船已经逼近，才仓促进行防御，用箭猛射。张弘范事先已在船尾筑好了战楼，上面施以布障，让士兵在布障掩护下负盾而伏，并下命令道：“闻金声起战，先金而妄动者死。”元军待宋军矢尽，遂鸣金撤障，向崖山发起强攻。一时间，“弓弩火石交作”，宋军大批战船顷刻之间被摧毁。元军南北夹击，宋军大溃。张世杰想撤走卫王座船，但座船庞大，又与其他战船连接在一起，所以动弹不得。这时天色已晚，风雨交作，雾气蒙蒙，咫尺不辨，元军乘势进攻中军，并举火烧船，宋军更加乱成一团。
张世杰与苏刘义急忙砍断维缆，率十余只战船夺港而去。陆秀夫见事不可为，仗剑逼其妻子赴海自尽，再奔至卫王座船，背起九岁的卫王投海而死，后宫、官员、将士随之纷纷投海自尽，“死溺者数万人”。南宋军民经过长达四十五年之久英勇不屈的抗元战争以后，终于最后落下了帷幕。
待元军退走后，张世杰返回崖山收集残兵，杨太后得知卫王已死，也绝望而赴海自尽。张世杰仍欲立一宗室子弟为帝，以重建南宋政权，继续抗元斗争。一日，飓风大作，战船剧烈摇晃，张世杰不幸从柁楼堕海溺死。
对于张世杰及其领导的抗元斗争，稍后文天祥曾对他作出了这样的评价：“闽之再造，实赖其力。然其人无远志，拥重兵厚资，惟务远遁，卒以丧败。”不过，若与南宋大部分动辄投降的武臣相比，张世杰他那种不屈不挠、顽强抗战的精神，仍值得后人崇敬。
三、文天祥领导的抗元斗争
文天祥（1236-1283），字宋瑞，又字履善，吉州庐陵（江西吉安）人，宝佑四年（1256）进士第一人。德佑元年（1275）二月，文天祥在知赣州任上接到朝廷的勤王诏书后，立即毁家纾难，招集民兵万人，准备勤王。宋廷接报，召文天祥以江西安抚副使兼知赣州，领兵入卫。行前，友人劝他说：“今大兵三道鼓行，破郊畿，薄内地，君以乌合万余赴之，是何异驱群羊而搏猛虎。”文天祥道：“吾亦知其然也。第国家养育臣庶三百余年，一旦有急，征天下兵，无一人一骑入关者，吾深恨于此。故不自量力，而以身徇之，庶天下忠臣义士将有闻风而起者。义胜者谋立，人众者功济，如此则社稷犹可保也。”八月，文天祥领兵抵临安府，被任命为浙西江东制置使、知平江府，不久又出任知临安府。
德佑二年二月初七日，文天祥等人在被押解到大都途中，与门客杜浒等十一人乘夜逃往真州（江苏仪征）。真州守将苗再成向文天祥建议，联合两淮制置司的兵力，截断元军归途，国事尚可有救，文天祥非常赞成，立即写信给李庭芝。可是在扬州的李庭芝轻信流言，以为文天祥已经投降了元朝，现受敌人派遣前来说降，因此派人往真州杀文天祥。苗再成虽然没有杀文天祥，却将他骗出西门后闭门不纳。文天祥昼伏夜行，东逃入海。四月初八日，由海道到达温州，听说益王在福州，便上表劝进。
益王流亡政权建立后，文天祥应召到福安府，被授予右相兼枢密使，都督诸路军马。因与陈宜中等议论不合，他辞去右相，以枢密使、同都督出兵江西。与文天祥同往前线的有杜浒和跟随他在江西起兵的邹等人。
景炎元年（1276）七月，文天祥抵达南剑州（福建南平），招募民兵，收集溃卒，各地爱国志士纷纷起兵响应，收复了福建、江西两地不少州县。是年十二月，随着闽东重镇福安府、泉州等相继失守，元军开始反扑，邹兵败永丰（今属江西），宋军损失惨重。
景炎二年正月，文天祥军队移屯漳州。三月，再退至梅州（广东梅县），接着便迂回北上，乘虚再入福建，转战江西，在各地义军的支持下，收复了赣南的大片土地，一时间行府“号令通于江淮”，掀起了抗元斗争的一个高潮。
面对宋军的猛烈反攻，元朝江西宣抚使李恒立即从隆兴府派兵援赣州，自己则亲率一军袭击文天祥于兴国（今属江西）。八月间，文天祥仓促退兵，元军追击至方石岭（在江西吉安东南），文天祥部将巩信率领少数战士，据险坚守，掩护文天祥撤退。巩信身中数箭，仍英勇杀敌，直至壮烈牺牲。元军疑山中有伏兵，一时不敢轻进，文天祥得以率部撤走。文天祥退至空坑（在江西永丰南），士兵已全部逃散，元兵追来，文天祥从小道避去，他的一妻、二妾、一子、二女皆为敌兵所俘。是年冬天，文天祥退屯潮阳，着手巩固对潮州、海丰一带的防守，以为崖山屏障。
祥兴元年（1278）年底，元朝以张弘范、李恒率领水军和骑兵，海陆并进，向广东东南沿海发动进攻，企图最后消灭宋军残余。十二月十五日，文天祥获知元军到来，立即退出潮阳，转到海丰北面的五坡岭。二十日，文天祥和部属正在吃饭，被突然而至的元兵俘获，部将邹自刎殉国，弟文壁却以惠州降元。
文天祥被俘后，服脑子（一种毒药）自杀不死。祥兴二年正月，元军攻崖山，张弘范把文天祥押到船上，要他同往崖山招降张世杰。船队经过珠江口外的零丁洋，张弘范向文天祥索取给张世杰的招降书，文天祥便拿出《过零丁洋》一诗以表明自己的心迹，诗云：“辛苦遭逢起一经，干戈寥落四周星（坚持抗元战争四年）。山河破碎风抛絮，身世飘摇雨打萍。惶恐滩头说惶恐（惶恐滩在赣州赣水边，是文天祥起兵之处），零丁洋里叹零丁。人生自古谁无死，留取丹心照汗青。”张弘范见诗，对文天祥那种坚贞不屈、视死如归的大无畏精神也不得不表示钦佩，说是“好人好诗”，此后就对他礼遇有加。
元军攻破崖山后，张弘范把文天祥押解北上，十月初一日至大都。元朝政府起初对文天祥的供帐饮食待如上宾，但他不食不寝，拒绝这种优待，后来只得将他关入狱中。元朝平章政事阿合马、丞相博罗先后前来劝降，文天祥面对他们的威胁利诱，不亢不卑，丝毫不肯屈服。与此同时，从亡国的皇帝赵、到投降元朝的原南宋大臣留梦炎、王积翁等人都纷纷前往劝降，文天祥也置之不理。最后，元世祖亲自出马进行诱降，他对文天祥说：如果你能像事宋那样事我，将授予你丞相一职。文天祥坚决予以拒绝，他说：“天祥受宋朝三帝厚恩，号称状元宰相，今事二姓，非所愿也。”元世祖又问：那么你的愿望是什么？文天祥不假思索地回答道：“愿与一死足矣。”他在狱中还写下了着名的《正气歌》，其中云：“天地有正气，杂然赋流形。下则为河岳，上则为日星。于人曰浩然，沛乎塞苍冥。皇路当清夷，含和吐明庭。时穷节乃见，一一垂丹青。”倾吐了他永垂不朽的浩然正气。
文天祥在大都被囚禁的时间长达三年零二个月之久，不管敌人如何威胁利诱，软硬兼施，他都始终不为所动。后来，元政府看到有人以文天祥作号召起兵反元，深感害怕，遂于至元十九年十二月初九日（1283年1月9日）将他杀害于大都柴市。文天祥就义时，从容不迫，大义凛然，充分表现了他热爱故国、誓死不屈的大无畏精神。文天祥死后，人们在他的衣带中发现其生前所留下的绝笔——《自赞》，内云：“孔曰成仁，孟曰取义。惟其义尽，所以仁至。读圣贤书，所学何事。而今而后，庶几无愧。”在中华民族的历史上，每当国家处于危难，人民惨遭涂炭的紧急关头，总会涌现出一批可歌可泣、名垂千古的人物。他们中，有因衔命出使，面对强暴，力挽狂涛，不辱使命而殉国；有因职寄守土，浴血奋战，粮尽援绝，城破家亡而捐躯；有因慷慨赴义，屡扑屡起，百折不挠，饮恨沙场而献身；有因身陷囹圄，不怕威胁，拒绝利诱，宁为玉碎，不作瓦全而牺牲。这种人在南宋末年也涌现出了不少，仅收集在南宋遗民所作《昭忠录》一书中的就有一百三十人之多。但无论是谁，能集中上述品格和业绩于一身者，则恐怕只有民族英雄文天祥一人，他那宁死不屈、视死如归的崇高品质，为后人留下了一份极为宝贵的精神财富。
