史弥远擅权时，为收买士心，大市私恩，理宗也不断通过内降授官，使官吏越来越多。淳佑四年（1244），杜范任宰相后，他认为“惜名器”、“节财用”，当“自宫掖始，自贵近始”，提出把堂除之阙还给吏部，只留下极少数书库、架阁、京教及要地干官一类小官的任命权，理宗采纳了他的建议。杜范还以北宋仁宗朝宰相杜衍为榜样，将不经吏部而以皇帝个人名义赐予的官职“封还”不行。对于这个做法，理宗也一度表示支持。但杜范死后，范锺一人当国，内降滥恩再度泛滥。
其次，减少权摄官和科举取士人数。
南宋官冗，但摄职却越来越多，这种看似矛盾的现象，究其原因有三：一是许多人不愿到四川、两广等僻远地区为官，造成那里缺官，因而不得不找人权摄。二是大量待次、待阙官员的存在，他们想获得下任差遣既遥遥无期，而俸禄已绝，遂不得不退而求其次，通过钻营，“一切苟且求权摄以度日”。三是有一大批不能出职的官员，即所谓白帖人，通过向有司行贿，以谋取权摄。这种人的弊端最大，正如知重庆府度正所说：“借补之官，不理选限之官，与夫纳粟之官，日夜经营诸司以求权摄。此辈初非有礼义廉耻之人，有苟禄之心，无进身之望，所在椎肤剥髓以肥其家，以媚其上……往往挟台府之势，躏籍州县，州县莫敢谁何，此其为害有不可胜言者。”为了纠正这些弊病，理宗于淳佑元年（1241）十月下诏，凡是出任两任通判的人，其中有一任必须要到广南就职，以保证那里通判以上的官职不致落入摄官之手。
十一月，又规定，内地若缺少州县官，必须以现任官兼，“毋得以待次及白帖人摄职”。
理宗一朝共行科举十三次，其中理宗亲政前期的端平二年（1235）到淳佑十年（1250）为六举，平均每举取进士四百五十二人，而其余七举平均每举取进士六百零三人。换言之，理宗亲政前期平均每举所取进士人数，较其他时间要少取百分之二十五，这当是为减少冗官而采取的又一项措施。
第三，严格升迁制度。
宋人将选人升任京官之制称为改官，改官既有资历方面的要求，也需要得到一定数量举主的保奏。进入南宋以后，选人改为京官后的第一任，必须先作知县或县令，谓之“须入”，以获取实际的行政经验。但是这几项制度常常受到权臣的破坏，他们或利用权势为自己的子弟和亲信求取举削（举状），或将他们改官后不经“须入”便立即调到中央做官。为此，理宗于淳佑元年（1241）七月下诏：“自今宰执、台谏、侍从不许发私书求举削，诸路监司、帅守宜体国荐贤，毋徇权要。”八年正月，理宗应监察御史陈垓的奏请，规定：凡是没有出任过州县官的不能在中央做郎官，已做郎官的还要依次去州郡补上这一任；没有做过县官的，一定要“须入”，已“须入”者，必须依满任先后除授，以达到“抑侥幸以重名器”之目的。
应该说，上述整顿吏治、减少冗官的措施都很有必要，可惜官吏因循，消极对抗，大都不能落实。就以申严赃吏之禁来说，诸路监司或借口“务大体而不问”，或“摭细故以塞责”，最后都走过了场。特别是到了理宗朝后期，皇帝昏庸日盛，宦官、外戚用事，“官以贿成”，纵有良法美意，皆成为虚设。
五、整顿财政
理宗亲政之初，国家财政危机已十分严重，主要表现在两个方面：一是由于滥发楮币，使得币值大跌，物价飞涨，“楮贱如粪土而造未已”，百姓对纸币已完全失去了信任，“得之者惟恐推去不速”。二是财政支出越来越大，“蠹财之大者，莫若军旅，而宫掖次之”。端平年间，据着作佐郎高斯得奏称，近年以来，一岁之入已达一万二千余万缗，而支出乃至二万五千余万缗，“盖凿空取办者过半”，而解决巨额赤字的办法，“则亦不过增楮而已”。
面对这种严峻的财政形势，理宗采取了一些措施。
首先，停止发行新会子，并设法提高会子的币值。
绍兴末年开始发行的东南会子，到端平元年（1234）已发行到第十七界，并与绍定五年（1232）发行的第十六界会子一起流通。按照惯例，旧会子在兑换新会子时，要作大幅度的折阅（即贬值），一般都是以新一易旧二，于是会子就变得越来越不值钱。端平二年八月，有臣僚奏请预造第十八界新会子，理宗以为：“若行十八界新会，又恐民间皇惑”，仅同意“预造桩积，为变通之备。”不久，理宗采纳权兵部尚书许应龙提出的以现行会子“永远行用，不复更改”的建议，下诏罢去各个造纸局，甚至停止各州科买制造会子的楮皮。嘉熙四年（1240）虽又发行第十八界会子，收换第十六界会子，但不久即宣布：第十七、十八界会子永远行用，不再更换。淳佑二年（1242），有官员奏称：“自去年至今，楮价粗定，不至折阅者，不变更之力也。”说明这种停止发行新会子的做法，对稳定会子币值起到了一定作用。
与此同时，南宋政府也为秤提（提高楮币币值）而作出了相当的努力。
端平二年（1235）四月，理宗有鉴于当时“会价日损，物价日昂”的现状，命封桩库“支拨度牒五万道，四色官资付身三千道，紫衣师号二千道，封赠敕告一千道，副尉减年公据一千道，发下诸路监司、州郡”，用以回收会子。接着，又从极端困难的财政中，拨出一大笔金、银以收兑会子，如果折成铜钱，达四千余万缗之巨，仅临安一地，“共支过金九万一千八百三十余两，银二百一万六千九百余两。诸州品搭之数不与焉，如官诰，如度牒，如盐抄，印造换给，则又不知纪极矣”。但由于当时伪造楮币的情况十分严重，这次收回的旧楮，“所入反多于所出”，说明在回收来的楮币中搀进了大量伪币。为此，理宗多次下诏，严禁伪造楮币，一经发觉，严惩不贷。此外，南宋政府还将秤提会子的责任落实到各地的地方长吏，如端平二年正月，衢州会价贬值，知州蔡节因此被削去二秩。
为制止会子折阅，除了继续执行“钱会中半”（一半纳钱，一半纳楮币）的田赋政策以外，还采取一些措施加以回收，如端平元年宣布，当年所征田赋全部折收楮币。二年九月，诏令官户及寺观僧道，“并按版籍每亩输第十六界会子一贯，愿纳第十七界者并从”。同时强调，即便是享有免除科役特权的“将相勋贵之家”，也不得“夤缘规免”，惟不许向佃户摊派，违者“许越诉”。嘉熙四年，又令“人户有田一亩，输会子一贯，分为六限，三月而足”。
以上这些稳定会子币值的措施，应该说起到了作用，所以吴潜在嘉熙三年谈到当时的经济形势时说：“钱既流通，楮亦增重，目前市邑，粗免萧条急迫气象。”可是，随着军兴，南宋政府为应付浩繁的军费支出，不得不继续滥发楮币，致使这种有限的作用最终变得荡然无存。
其次，会计出入，节约费用。
端平元年四月，理宗针对“户部财赋会计不明，用途无节”的弊病，诏令尚书省计簿房置局稽考，委都司官同枢密院编修官编类《端平会计录》。嘉熙二年（1238），又命各州郡依户部式样，置簿记载出纳，每季上之计簿房。以此分别作为户部、州郡财赋出入的依据和考核有关官员理财好坏的标准。
端平二年四月，宰执们向理宗提出，“节用自贵近始，积财在于节用，律下当以身先”，并愿意从次月起，将自己的俸禄减半支给，以作为群臣的表率。理宗接受了他们的提议。当年九月，应监察御史李宗勉奏请，命大臣将由左司郎中郑寅等人所呈上的“节用项目，详加审订”。其节用原则是，“始自宫掖，次而朝廷，又次而郡国，皆以节省为务，毋牵私情，毋惑浮议，日计之虽不足，岁计之则有余”。
在此后的十余年里，理宗在节用方面也采取了一些措施。如理宗的生日称“天基节”，每逢这一天，要在宫内大摆宴席，接受文武百官的上寿祝贺，群臣的贡物固然不少，皇帝的赏赐更颇多糜费。但从端平三年起，理宗多次下诏罢去“天基节”的上寿大宴，以示节用。再以三年一次的郊祀来说，其仪仗法物、摆设排场及对官员的赏赐，都极大地加重了国家的财政负担，但理宗一朝四十一年，仅“一郊而已”，其费用也相应地得到减省。但是，理宗的节用最终并不成功，一方面由于长期与蒙古的战争，军费的支出总是有增无减，另一方面对后宫的赏赐仍然无度，特别是从淳佑后期起，理宗自己的生活已越来越糜烂，使财政危机更加严重。
六、抗击蒙古入侵
端平入洛之师失败以后，南宋担心蒙古会“兴师问罪”，同时得悉蒙古“聚兵牧马，决意南来”，急忙于端平元年（1234）十二月派邹伸之等四人出使蒙古，想以岁币换取与蒙古和好。但这时的蒙古对南宋国力已经有了彻底了解，所以蒙古丞相耶律楚材明白告诉宋使：“你们只恃大江，我朝马蹄所至，天上天上去，海里海里去。”表明蒙古所考虑的已不再是金帛多少，而是决心加兵南宋，发动南侵。
自端平二年春天起，窝阔台汗在继续西征的同时，兵分三路，开始发动对南宋的入侵：命次子阔端率西路蒙军从秦（甘肃天水）、巩（甘肃陇西）入侵四川；三子阔出（一译曲出）率中路蒙军进攻襄阳；皇侄口温不花率东路蒙军进攻江淮地区。
进攻川陕的蒙军迅速攻下河池（甘肃徽县）、巩州（在四川珙县南）。盘踞在巩州的豪族、原金将汪世显部投降了蒙古，窝阔台即令汪世显为先锋，随同攻宋，从此汪世显部成了蒙古侵略四川的最凶恶帮凶。当年十二月，蒙军攻占沔州（陕西略阳），守臣高稼殉难，南宋四川制置使赵彦呐从兴元（陕西汉中）移屯青野原（在甘肃徽县南），遭到蒙军包围，进士出身、号“满身胆”的权利州驻扎御前诸军都统制曹友闻与其弟曹万率兵救援，“蹀血十余里”，迫使敌军解围而去。阔端初次攻蜀受挫，暂时将主力撤出蜀边。
端平三年秋，阔端率蒙古大军再次进攻四川，进据兴元，由于赵彦呐的错误指挥，宋军大败，曹友闻、曹万皆壮烈牺牲。南宋失蜀口，三关、五州再次全部沦陷。蒙军长驱入蜀，先后攻破利州（四川广元）、潼川府（四川三台）、成都府，四川制置副使丁黼率兵巷战，不敌而死。接着，蒙军向川东、川西抄掠，“五十四州俱陷破，独夔州一路及泸、果、合数州仅存”。蒙军所到之处，烧杀掳掠，无所不为，特别是在成都，城郭被焚毁一空，城内居民惨遭血洗，死者达数十万。当年冬天，窝阔台汗率领的主力撤出四川，留下部分蒙军，继续攻打南宋在蜀边的据点，向东攻取金州（陕西安康）后，再南下攻取夔州（重庆市奉节），进抵长江北岸。因缺乏水军，受南岸宋军阻击，遂退兵，要想打开川东长江门户的企图未能实现。
嘉熙三年（1239）八月，蒙将塔海率兵数十万再次入蜀，占领开州（重庆市开县），进抵长江北岸的万州（重庆市万县），并沿长江顺流而下，进至夔峡。由于在巴东（湖北巴东）遭到京湖安抚制置使孟珙所遣军队的顽强抵御，才被迫退走。
四川地区经过蒙古军队这两次野蛮蹂躏，遭到了彻底破坏，“昔之通都大邑，今为瓦砾之场；昔之沃壤奥区，今为膏血之野。青烟弥路，白骨成丘，哀恫贯心，疮痍满目”，造成极其严重的后果。
与阔端攻蜀的同时，中路蒙军在阔出率领下，自河南经唐、邓两州向京湖地区进攻，主要目标是襄阳。蒙军攻占枣阳（今属湖北）后，展开灭绝人性的大屠杀，接着均州（在湖北均县西北）、邓州（河南邓县）、光化军（在湖北光化北）相继降蒙古。德安府（湖北安陆）军民坚决抗拒蒙军的进攻，城破后，“其民数十万，皆俘戮无遗”。端平三年冬天，蒙军骑兵进抵襄阳城下。翌年三月，归正人出身的襄阳守军发动叛乱，于是襄阳落入蒙军之手。不久，随（河北随县）、郢（湖北钟祥）等州皆沦陷，南宋京西南路一府八州军，除金州（陕西安康）外，全部丧失。蒙古以南宋叛将游显主持襄阳、樊城事。十月，阔出病死，中路蒙军在另一将领塔思率领下，继续南侵，围攻蕲州（在湖北蕲春南）、江陵（今属湖北）等地，但皆为孟珙所率领的南宋军队所挫败，从而阻止了蒙军对京湖地区的深入。
蒙古侵略南宋的另一地区是两淮，它虽然最近京畿，但那里江河纵横，不利骑兵作战；南宋为确保两淮安全，在这一带投入的兵力也最多，所以蒙古南侵时对两淮的军事行动反较其他两个战场要少一些。端平三年（1236）十月，蒙将口温不花与在京湖地区受挫的塔思一起，率领蒙军攻入淮西，宋廷命淮西制置使史嵩之援光州（河南潢川），淮东安抚制置使赵葵援合肥，沿江制置使陈遏和州（安徽和县）。蒙军进围安丰军，被知军杜杲所率领的军民击退。进攻蕲、黄、江陵等地的蒙军，在以孟珙为首宋军将士的沉重打击下，被迫先后退去。
端平三年十月，另一支东路蒙军在察罕的率领下，侵入淮东，破六合，围滁州不能下，转攻长江沿岸的真州（江苏仪征）。真州军民在知州丘岳的率领下，多次打败攻城蒙军，给敌人以严重杀伤。孤军深入的蒙军，在淮东军民的沉重打击下，被迫退回北方。
嘉熙元年（1237）至二年，蒙军继续入侵京湖和淮西地区，但在孟珙、杜杲、余玠等南宋守将的积极抵抗下，始终不能得逞。嘉熙三年六月，孟珙派军队收复了襄阳，“自是边境多以捷闻”。
