再看看百年前的功课表：西斋学科分为五门：一日文学，内分同文史记、地理、师范等学。一日法律学，内分政治、财政、交涉、公法等学。一日格致学，内分算学、物理、化学、电学等学。一日工程学，内分机器、工艺、矿路、地质等学。一日医学，内分全体内外大小男女居宅卫生及药物等学。这五门学科，相当于今天的五个系。
今天看这个科系设置，特别佩服的是其根据山西作为资源大省的特点，开设工程、矿路、地质等学科。其实，这就是英国大学教育的模式。今人对英国模式的了解，还多停留在导师制、学院制、寄宿制等上，其实其精髓之一是课程设置面向工业需要，让大学成为本地区工业研究的重要中心。
西斋所定下的这些科目，明确写在《山西大学堂创办西斋合同二十三条》第七条。为保证学科建设的稳定，合同第十二条还特别补充规定：“课程无论如何商改，均不得与第七条所列各学科稍有违背，及于此外增立别项名目。倘有违背，或别有增立，可由巡抚立时将此合同作废，并将以后应交之款停交。如晋省官绅违背此合同，可由李提摩太将未交款项，立时全取，移作翻译有用书籍之用。”李提摩太当时在上海，还专为西斋设立译书局。
西斋师资力量很强，外籍教师居多，教师都具有较高的学术地位。英语是教学语言。学生除了正常的课程外，还有体操、网球、足球等活动。每星期六上午便是专门的体操课。据说开学当年年末就成功举办了由两斋学生和全体教员参加的体育运动会。这些都是当时中国的士子闻所未闻的。
外国人给学生上化学课，第一课便是从巨大的爆炸与难闻的气味开始。当爆炸声响起的刹那间，坐在前几排的学生已冲出教室。
在西斋的学生对新事物充满好奇的同时，同处一座校园里的中斋学子，仍走在传统的“师授学承”之路。学生“既不分班，也无教室，每次听课，则在‘丰树堂’。学生从前门由书办（书记）唱名鱼贯而入。老师全体出席，由后门（屏门）进入。各位老师按品职坐在中央暖阁前面，学生们分坐东西两侧。老师学生必须顶褂整齐”。而西斋教习、学生则穿着随便，课后接触频繁，常常在一起交谈。尽管中斋学生经常批评西斋学生“数典忘祖”“合己之地而耕人之田”，但对他们丰富、活泼的生活又有些羡慕。
西斋的师生关系虽然活泼，但管理很严格。据记载，西斋总教习还与学生签订一份契约，凡旷课逃学者一律投入大牢。这可能是中国历史上最为严厉的校规。在学生思想方面，明确禁止学生干预国事。后来中国学生运动此起彼伏，有人视之为荒废学业，有人视之为爱国报国，至今仍难以一言蔽之。
西斋第一任总教习叫敦崇礼。李提摩太虽接下大学堂的任务，但自己无法亲临山西主持校政，于是他找到了时在陕西的英国浸礼会传教士敦崇礼。敦氏深谙中国古典文学，曾在牛津师从著名汉学家理雅各。同时为人古道热肠，又有过人的精力，在处理山西教案时就是李提摩太的得力助手。
敦崇礼1861年出生于苏格兰一个贫穷小庄园。因家庭人口众多，他很小时就外出闯荡。在一位乐善好施的有钱人的帮助下，他完成了中学学业，后又进入苏格兰格拉斯哥大学学习，获文学硕士学位。
敦氏1888年由英国浸礼会派遣来华，先是在山西传教，后赴陕西。据于右任自述《我的青年时期》，他年轻时也受到敦崇礼的影响。敦氏在陕西时，与晚清名臣端方往来密切，关系融洽。苏慧廉的妻子路熙在晚年回忆录《中国纪行》一书中记载了一个故事。当毓贤在山西大开杀戒时，邻省陕西却没有遵照慈禧的密令，当时巡抚正是端方。
他请敦崇礼过来，悄悄告诉他杀害洋人的命令。“我能拖延三天。告诉你们的人，快走吧。”
敦崇礼他们活着去了汉口，沿长江去了上海，又乘船去天津，最后到了北京。当时北京被八国联军占领。八国联军来解救天津和北京被义和团攻击的外国人。有一天敦崇礼在北京看到外国士兵（还好不是英国人）要洗劫一座中国大宅。
“房子主人救了我们。请尊重这座房子。”他叫了起来。
士兵不理睬他，他就去找军官。军官命令士兵停手。房子就是端方的，敦崇礼救了他的房产。
李提摩太对敦崇礼评价甚高：“山西大学的成功，在很大程度上应归功于他非凡的工作热情、永不疲倦的精力、关于中国人和中国文字的广博知识，以及他的聪明睿智和处理事务的实际工作能力。作为一个无畏的、诚实的和能干的管理者，他赢得了所有人的尊敬。”1905年，格拉斯哥大学也颁授名誉法学博士给他。
但这样一位能干的教育家却英年早逝。
1906年8月15日，山西大学堂痛失英才，敦崇礼病逝，死时才四十五岁，认识他的中外人士都为他哀悼。他生病期间曾住在龙王山上的寺庙，按照他的心愿，安葬在对面的山上，他的同事为他立起白色的大理石碑纪念他，该石碑就成为当地数里以内的地标。敦崇礼生前，清廷给他二品顶戴，死后赏有头品顶戴。
被苏慧廉称为“对面的山”，是位于榆次、太原、寿阳三市县交汇处的乌金山。敦崇礼的墓今日还在这座山上。2008年夏，笔者曾进山寻找他的埋骨之地。这个来自苏格兰的异乡人，来到中国后就没能回到故乡。
敦崇礼的突然离世，让李提摩太想到苏慧廉。当时在温州的路熙回忆：
一天，我们新装的电报机来了一条讯息，让我们目瞪口呆。上面说：“你愿意担任山西国立大学的校长一职吗？”
我们的第一个想法是：我们怎么可以离开我们热爱的城市和爱我们的信徒们，他们以自己的牺牲证明了他们信仰的虔诚。
电报是李提摩太发来的。去太原做校长，还是继续留在温州？已在温州传教二十五年并硕果累累的苏慧廉面临选择。
在英国偕我公会总部收藏的苏慧廉于中国期间写给父母的一批书信中，我找到几页断柬。在这封1907年1月11日写于温州的信里，苏慧廉与远在英国的母亲商量：
你可能已经听说了国立山西大学堂要聘请我担任校长的消息。这个聘任让我自豪，当然我也希望差会能同意我接受此职务。山西是在1900年中牺牲传教士最多的一个省份，不过这种局面现在已被李提摩太博士改变。他认为恐怖事件源于人们的无知，尤其是那些受过教育的士子阶层的无知。他推动中国政府在山西成立大学，劝说教会放弃索要遇难者的赔偿。启动大学的经费正是教会本可以获得的赔偿金。最终的成果就是一个月前，二十五名山西大学堂的学生在政府公费支持下来到英国，并将在这里用五年的时间完成学业。这是前进的一大步。我受邀前往的正是这所大学。我也愿意去那里，已有五六位英国人在那里教书。我不用承担教学任务，我应做的是去督导他们正确地教学，当然我也要尽自己最大的努力，去吸引并影响当地官僚和士子阶层投入到曾使英国走向伟大的启蒙运动中去。同时作为一个传教士，我确信，只要有益于基督信仰，就是我们事业的基础。
因此你想，我可能成为上帝启蒙一个差不多有两千万人口的省份快速迈向天国的工具。大学所在地的太原府是个省会，海拔接近三千英尺，据说非常宜居，和温州潮湿阴沉的气候截然相反。从健康角度考虑，我也会喜欢这样的调换，它会使我和路熙都更加振奋。另一方面，尽管这份工作和我目前所做的有非常大的不同，但对我而言还是适合的。我必须要和当地高官充分接触，并且要提供他们一种与目前所做的截然不同的精神食粮。这个过程将会充满不确定，但作为自己的主人，我能够克服，并在正确的方向上前行。此外，两地的语言也很不同。那里说的是官话，中国绝大部分地区都讲这种叫作Mandarin的语言。我知道一些，并且能够在和官员们见面时聊上几句，但是和我应用自如的英语相比，还是相当贫乏的。不过我还没有老到无法学习的地步，我想我能掌握它。
当然，如果我接受这一任命并能够成功开展工作，它将开启怎样的局面还难以预测。也许有人会说这并非是传教工作，但对我而言，如果能够智慧地开展，这就是大写的传教工作。不同于将水逆引上山，这项工作更像是往山下倾水那样顺势而为。如果士子们一旦能认识到上帝的力量，并接受袍，那我们将在远东看到一个基督国度，比印度或南欧来得更早。而且如果新教能够做到这一点，我们就能够阻止天主教的进入。
……
在这封言辞恳切的家书里，苏慧廉本人希望能达成山西之行。作为传教士，他视教育为大写的传教工作。
1907年7月，苏慧廉偕妻子抵达太原，正式履任西斋的第二任总教习。
山西大学校史将大学堂初创十年划分为三个时间段，即1902-1903年的创立阶段、1904-1906年的改革阶段与1907-1911年的发展阶段。苏慧廉在太原的岁月处于发展阶段。
关于苏慧廉在西斋的具体工作，至今还所知不多。据校史介绍，他在担任总教习一职外，还兼任世界历史与世界宗教等课的教学。苏慧廉自己说：
在山西大学，我很难继续追随敦崇礼的脚步。有许多困难不容我慢慢思量，而且只有四年的时间，要完成这样一个已经有了辉煌开端的工作实属不易。在我来校之前，敦崇礼博士、毕善功先生和教员已经计划引进法律、物理、化学和矿业工程等专业课程。后来我们增加了一门土木工程课，由欧师德先生授课。
外国人主持的新式学校，到20世纪初年已在中国遍地开花。面对日新月异的中国，他们敏锐地感觉到，仅停留在一般性的教育是不够的。
让社会上充斥着书记员、小学或中学的教员，这样的结果毫无价值，也无法满足中国目前和日后的需求。这也正是我支持任何一种——诸如士思勋爵设置的课程——能够让教会学校从一般性教育转向专门教育，从多管齐下转向专攻一门的课程设置的原因。术业有专攻式的教育能够让人们发现在最适合其天资发展的领域，自己到底有多专业。
问题是，如今有多少教会学校正满足于教授一般性知识，并沾沾自喜。迄今为止，教会一直引导这样的教学模式。他们是不是已经到达了自己的顶点而现在只能走下坡路？我知道那些脑中只有肤浅知识的年轻人获得高薪聘用的困难。当如今的繁荣消失以后，这些人又有何价值呢？而长此以往只能培养出这样的学生，我们的教会又将何去何从呢？为了建立威信，获得价值，必须以专业发展为契机，采取更多更好的措施。举我亲身经历过的事为例。我曾经四处寻找一位能译物理学的翻译，只需对中文、英文和物理知识有所了解即可，可是我却白忙了一场。找高等化学方面的翻译，我也遇到过同样的困难。而且据我所知，中国没有学校能够在法律和土木工程方面为我提供帮助。
如今，不正到了教会学校采取措施让自己的学生真正达到大学水准的时候了吗？况且，难道不可以建设三四个设备精良、与官办学校不再是竞争关系而是协同合作或是互为补充关系的大学吗？同样的，如果可能，这些学校不也可由学部负责注册、巡查和考核吗？政府所设置的课程留给我们很大的挑选空间，如果需要，也可以增加必要的课程。这样的大学，根据政府所设标准进行招生，可以为中国的其他教会学校，甚至为政府所办学校树立榜样。
这是苏慧廉1909年应《教务杂志》（The Chinese Recorder and Mis—sionary Journal）约稿而写的一篇文章，其中谈到了对中国教育现状的看法。这些观点，也可视为他在山西大学堂推进专业教育的注脚。
在这篇题为The Educational Positionin Review的文章里，他还提到统一专业术语之于专业学科建设的重要性：“在中国，人们提及欧洲一词的时候必须采用日语的音译，这不能不说是一件憾事。但是如果所有的中国学生都统一使用日本音译的术语，那么叹息着接受这一现状不也不错？”
他也曾为术语统一定名四处奔走。
山西大学成立之初，教材缺乏，大部分科目的术语一片混乱，每位翻译都用自己的词汇生造了术语的称谓。1909年，我在拜访学部侍郎严修进士时，我让他注意到该问题的严重性，劝他在北京成立一个术语部。他说没有资金，我引用孔子的话来回答他：“名不正，则言不顺；言不顺，则事不成；事不成，则礼乐不兴；礼乐不兴，则刑罚不中；刑罚不中，则民无所措手足。”这个评论最初是针对政府而发的，当他明白我的意思后，友善的脸上露出了微笑。六个月后，当我再见到他的时候，他提到了我的引言，说他已经派严复博士（曾留学于英国格林威治大学）成立编定名词馆，邀我前去参观。于是，孔子建造了一所他从未想过的名词馆。
这就是晚清成立的学部编定名词馆，总纂严复，后来鼎鼎大名的王国维出任协修。
中国第一历史档案馆保存着一份光绪三十三年（1907年）十一月的外务部档案——《外务部庶务司拟致各督抚将军函咨文稿》，其中提到苏慧廉：
