舰队离开宿务岛后，麦哲伦先派人去马坦岛。这个先遣部队残暴地烧毁了一个名叫“拉布拉布纳依雅”的村庄。马坦岛土王、酋长同意供给3头羊、3头猪和3斗黍米，但声明“每种只给两份”。麦哲伦本来不需要多得一头羊、一头猪和一斗大米，然而马坦土王对客人的这种不友好态度，使麦哲伦难以接受，为了显示威力，决定教训教训他，让各岛的土王看看降服于西班牙人是明智的，反对西班牙人的将受残酷的镇压。因此决定对马坦岛发动进攻。但是麦哲伦的好友谢兰和巴尔波查都劝他不要采取这毫无必要的行动。
麦哲伦并不愿真正使用武力，只打算摆一摆威风吓唬别人，对方自愿求和就算了。于是他派仆人亨利和摩尔商人去见西拉布拉布土王，提出诚心的和平建议。并指出：马坦岛的统治者必须承认宿务岛土王的权力和西班牙的最高统治地位。如果同意，西班牙人将和他永远友好相处，如果他拒绝接受这一最高政权，那么将尝到西班牙枪矛的厉害。
对此，西拉布拉布土王答说：
“我们也有戈矛哩！”
在强硬地回答面前，麦哲伦决定诉诸武力。在每次战斗中他都以谨慎细致和深谋远虑著称，可是这次，他第一次轻率地冒险。1521年4月26日半夜，麦哲伦带领60名武装人员，分乘3只小船驶向马坦岛。宿务土王和他的儿子，带领1 000人左右同行，27日黎明前他们到了前缘阵地。麦哲伦吩咐宿务岛土王及其援军留在小船上不得介入，只是作为证人，作为旁观者，看看60名西班牙人是如何作战的，是如何制服岛上所有土王和酋长的。
原来麦哲伦以为只要放两三炮，狠狠轰击一下，西拉布拉布就会抱头鼠窜。然而，土王发现沿岸独特的地形是他可靠的屏障，岸边密密匝匝的珊瑚礁使小船不能靠岸，西班牙人最厉害的武器将无用武之地，于是，决心同这批外国人浴血奋战到底。
60名西班牙士兵，在麦哲伦带领下纷纷跳入水中，据比加费德记述，麦哲伦“像一个慈祥的牧羊人，领着他的羊群。”他们在齐腰深的海水中走了很长一段路才到达岸边。岸上有无数土著人狂喊乱叫，挥舞盾牌，早已等候多时了，顿时双方短兵相接。
战斗开始了，有一段时候西班牙人的火器尚能挡住对方的进攻，但是当土著居民大批扑上来时，麦哲伦和他的战士就渐感不支了。麦哲伦的脚被毒箭射伤，他命令退到小船上。但由于礁石密布，小船不能靠岸，战士们不得不继续战斗下去。为了掩护兵士们的退却，麦哲伦决心坚持到底。
战斗中，比加费德一刻也不曾离开上将。他也受了严重的箭伤，他在日记中最翔实地记载了这次战斗经过，他写道：
“我们跳入齐腰深的水中，走了约有两箭地远，我们的小船由于礁石密布无法跟随我们前进。岸上约有1 500名岛民分成三队严阵以待，我们一上岸，他们就狂喊乱叫地扑了过来。两路攻我侧翼，一路迎面冲来。上将命令我们兵分两路。我们的火枪手和弓弩手从远处船上射击了半个小时，但毫无用处，因为距离遥远，他们的枪弹、箭和标枪穿不透野人的木盾，只能擦伤他们的手臂。于是上将大声下令停止射击，显然是想节约弹药准备大战。但是他的命令未能执行。岛民们看到我们的射击几乎或者完全不能伤害他们，便不再退却。他们喊声震天，左跳右跳地躲避我们的射击，靠盾牌的掩护逐渐向我们围拢，弓箭、镖梭、长矛、石头、泥块一齐投过来，打得我们难以招架。有几个岛民用带铁头的长矛向上将投来。”
“为了威胁土著居民，上将派士兵放火烧了他们几座茅屋。这更加使他们愤怒若狂。一部分野人向着火的地方跑去，此时已有二三十座茅屋付之一炬，他们就地打死了我们的两名士兵。其他岛民更加凶猛地向我们扑来。他们发现我们的铠甲只能护住身体，双腿却露在外面，于是便向我们腿部射箭。一只毒箭射中了上将的大腿，他不得不下令慢慢地一步步撤退。但此时，我们所有的人几乎都开始仓皇奔逃，上将身边只剩下七八个人（他已腿瘸多年，显然撤退较慢）。这时梭镖和石头从四面八方向我们纷纷投来，我们已无法抵挡。船上的大炮也无济于事，因为沿岸水浅，小船不能靠近。我们顽强地且战且退，离岸已有一箭之地，水深没膝。但岛民仍然穷追不舍，他们从水中捞起用过的标枪，这样一根标枪可以使用五六次。他们得知谁是上将之后，便集中力量向他瞄准。他们已两次打掉他头上的钢盔；他带领几个船员像勇敢的骑士留在自己的岗位上，不打算再继续退却。我们就这样战斗了一个多小时，直到一个土著用竹矛刺中了上将的脸。他勃然大怒，立即把自己的长矛刺进这个野人的胸部，矛头扎在死者身上拔不出来了，他正要拔剑再战，但已来不及，敌人用梭镖打中他的左手，再也不能动弹。土著居民见此情景，蜂拥而上，一个岛民用刀砍伤他的左腿，麦哲伦倒在地上。这时岛民们向他猛扑过来，用长矛和其他各种武器一齐向他刺来。他们就这样杀死了我们心中的明镜，我们的光明，我们的安慰……”
这位历史上伟大的航海家和8位西班牙船员，在凯旋荣归的前夜，在伟大胜利的时刻，在一次毫无意义的战斗中死去了。
在这位航海家阵亡之后，发生的一场悲剧更令人感到遗憾和痛惜。那些西班牙官兵不敢去夺回自己首领的遗体，反而吓得丧胆落魄。他们派出一名使者向马坦岛土王要求赎回麦哲伦遗体，他们想用几串小玩意儿或几块花布买回上将的尸体。但是这位赤身裸体的胜利者却比麦哲伦这些胆怯的战友懂得尊严，他拒绝了这笔交易，不论是镜子、玻璃珠球，或是美丽的天鹅绒，都不能换回这具伟大人物的尸体，土王酋长不愿轻易出卖这个具有深远意义的战利品。
现在仍然无人知道，麦哲伦的遗体是怎么处理的，是火烧、水葬、土埋，还是喂了乌鸦，没有收尸，或在原地任其腐烂……总之，没有给后人留下一座坟墓。这个环绕地球周游一圈的神秘人物，就这样神秘的被湮没了。
