海峡通道很长，忽宽忽窄，弯弯曲曲，港汊交错，每前进一步都必须事先探航。1520年11月1日，当船队在西进途中，又碰上了岔道口，宽阔的水道分成左右两支，不知走哪条路为好。于是，麦哲伦把他的舰队分成两路探航。“圣安东尼奥”号和“康塞普逊”号往东南方向探查水路，并约定5天后在沙丁鱼河口相会。因这条河流盛产沙丁鱼，故名沙丁鱼河。
出发前，从旗舰上传下一道命令，各船船长到旗舰上集合，上将要了解口粮储备情况，并听取他们往什么地方航行的意见。麦哲伦一反常态的举动，引起了舰队全体官兵的议论。为什么过去独裁专横的人，今天变得如此民主！其实麦哲伦过去的胆怯、疑虑，在于是否能找到海峡的问题，而今海峡就在眼前，他已取得胜利了，还怕谁反对他？谁还会反对他呢？
各船船长来到旗舰，报告了各自的情况，结果口粮令人担忧，储备已经很少了，各船最多只能吃30天，对此麦哲伦坚守地说：“现在已毋庸置疑，我们的第一个目的已经达到，到‘南海’去的道路可以说已经实现。”
他要求船长们坦率地说说是继续前进呢？还是掉头回国呢？一般人都不敢发言，害怕顶撞这位残酷的上将。然而，只有一个人敢于站出来说话，此人就是“圣安东尼奥”号的舵手哥米什，他是葡萄牙人，可能还是麦哲伦的亲戚。他直言不讳地说：“现在口粮不多了，船也破损不堪，海峡已经找到，‘南海’究竟还有多大，需要多少时间，谁也不知道。所以，比较明智的做法是返回西班牙，然后乘重新装备的船只再次沿着如今发现的海峡，驶往马鲁古群岛。”
哥米什的意见头头是道，有理有据。然而，麦哲伦毫不动摇地反驳了哥米什的意见。他认为他的使命就是继续航行，直到抵达他要找到的那个地方，就是忍饥挨饿也在所不惜。会议几乎是不欢而散。次日，麦哲伦发布了继续航行的命令，舰队4只船同时起锚出航。麦哲伦怕所有船员知道口粮短缺的情况，特命令各船长要严守秘密，谁若走漏风声，必将处以死刑。船长们指挥自己的船只按着会前的分工，去探查航路。“圣安东尼奥”号和“康塞普逊”号已消失在曲折的迷宫般的海湾之中，而“特里尼达”号和“维多利亚”号则暂停泊休息。但是，麦哲伦派出一只小艇出去，作初步侦察，要求小艇3天之内返回。
第3天，即1520年11月8日，小艇遵照命令回来了，水手们很远很远就向旗舰招手，同“万圣节”那天发现海峡入口一样，几乎达到狂欢的程度。因为，他们终于找到了海峡的出口。他们亲眼看到海峡连接的那个大海——“南海”（太平洋）。冲出“麦哲伦海峡”希望就在眼前。这短暂的一瞬间是麦哲伦一生中的伟大时刻，一切都可以如愿以偿，实现他向国王提出的诺言。一股暖流从他内心涌了上来，眼睛模糊了，热泪夺眶而出。但是，短暂的喜悦过后，麦哲伦又想起了“圣安东尼奥”号和“康塞普逊”号已出去寻查航路3天了。次日，海面的远处出现了一只船帆。这是好友谢兰指挥的“康塞普逊”号回来了。谢兰对“圣安东尼奥”号的消息一无所知，无可禀报，第一天出航时，“圣安东尼奥”号走在前面，后来就不知道了。麦哲伦听了情况汇报，开始时还没有想得更多，也许是远航了，也许是船长记错了汇报的地点。于是，他命令所有的船只去寻找，并下令在船上点燃火堆，在桅杆上升起旗帜，以便给迷失方向的“圣安东尼奥”号引航。然而，“圣安东尼奥”号仍然杳无音信，无影无踪。显然是发生了什么不幸，也许是船只触礁遇难？也许是遇到暴风的袭击？但最近几天的天气很好，无风无浪；也许是叛逃，但此船的船长却是麦哲伦的亲信麦斯基诺，他不可能背叛。最大的可能是该船的舵手哥米什在军事会议上的要求没有达到，而采取叛逃的办法逃跑了。无论是哪种可能，总之只要“圣安东尼奥”号丢失，都会给舰队带来莫大的损失。因为，它是舰队最大的一只船，装载着大量粮食和其他物资。
在茫茫的大海上，谁都不知道“圣安东尼奥”号的踪影。按当时的条件谁也不可能知道它的去向。他们认为只有天上的“南十字”星座和它周围的繁星才是这次秘密行动的见证人，才知道“圣安东尼奥”号的去向。麦哲伦认为星卜术是真正的科学。于是把舰船上的星卜天象学家马尔丁叫来，命令他画算命天官图，算出“圣安东尼奥”号的下落。天下也真有巧合的事，卜算的结果表明：叛逃回西班牙了，竟然正确无误。这哪里是什么星卜呢？而是聪明的星卜学家马尔丁对哥米什在军事会议上的反抗情绪十分了解。于是他断言：“圣安东尼奥”号被叛逃者挟持回国了，船长被囚禁。后来事实证明他的话是正确的，舵手哥米什在经过一个十字路口的探航中，又遭碰壁。于是，他丧失了最后的信心，再也熬不下去了，就趁探航之机，强占了“圣安东尼奥”号，给船长麦斯基塔戴上了镣铐，掉转船头，逃回西班牙。他回西班牙之后，向国王控告了麦哲伦，使麦哲伦的岳父、妻子遭到监禁，并不断地受到审问。麦哲伦的妻子忍受不了这种侮辱和折磨，在远航队归来之前，就含恨死去了。
