在新疆西边有个叫浩罕的小国，一直依附于中国的领导。后来俄国侵占了浩罕国的许多领土，引起了浩罕国首领阿古柏的不满。于是俄国就鼓动他去占领中国的新疆，来补偿失去的领土。在俄国人的支持下，阿古柏率兵占领了新疆的南部。接着，他又向北疆扩张，占领了乌鲁木齐。后来，阿古柏宣布在新疆成立一个哲德沙尔国，由他当国王。这就是公开要把新疆从中国领土上分裂出去。俄国也早就想夺取我国的新疆地区，于是趁机出兵，占领了新疆西部的伊犁地区。
阿古柏和俄国侵略新疆，在清政府的官员们中间，引起了争论。曾国藩和李鸿章害怕沙俄，认为，慈禧太后对新疆问题也不放在心上，因为她现在正忙着找一个新皇上。同治皇上不久前病了，慈禧想找一个听她话的皇上。后来她就选中了醇亲王奕（音yuān）的儿子载恬。载恬的父亲是咸丰的弟弟，母亲是慈禧的妹妹。慈禧把4岁的载恬送上皇帝宝座后，自己又重新开始垂帘听政。载恬即光绪帝。
阿古柏占领了新疆，身在兰州的陕西总督左宗棠心里非常着急。他听说朝廷对这件事一点儿也不关心，他更是又急又怒。左宗棠立刻写奏折批驳李鸿章等人。在奏折里，他气愤地说：“对于外国人的侵略势头，我们决不能助长。放弃了新疆，他们就会占领整个西北。放弃整个西北，他们就会占领整个中国。别人能够容忍阿古柏的侵略，我不能。如果朝廷同意我的意见，我愿意带兵出征，收复整个新疆。”
左宗棠的奏折写得很有气势，使朝廷中的许多大官非常佩服。他们纷纷向慈禧保举左宗棠，希望能早日收复新疆。慈禧太后也觉得丢失领土不太光彩，既然有人愿意出征，那就试试吧。于是，左宗棠被任命为钦差大臣，领兵去收复新疆。
1876年的春天，左宗棠率领军队离开兰州，经过河西走廊，来到了肃州（现在的酒泉）。一路上可以看到行行杨柳，绿叶繁茂，这些杨柳是左宗棠来西北，为保持水土，命令军士栽种。左宗棠把军队的将领们召集在一起，制定了进军新疆具体战略。他说：“新疆地广人少。中间是天山，把新疆分为南北两部分。北方地势平坦，交通方便。我们就先攻打北疆。立稳脚跟以后，我们再进军南疆，收复全部领土。”刘锦堂等众位将领都点头说这个办法很好。左宗棠一见大家同意，便开始布置任务说：“刘锦堂和金顺两位将军率领主力攻打乌鲁木齐。徐占彪和张曜把守哈密。其余部队保卫敦煌、安门和玉门等地，防止敌人入侵内地。”各位将军接到命令后刚要分头行动，左宗棠又嘱咐大家说：“新疆民族很多，都是我们的姐妹兄弟。你们要尊重他们，绝对不允许杀人放火有犯者严惩不货。”
刘锦堂率领主力部队离开酒泉后，直向乌鲁木齐杀去。驻守乌鲁木齐的是阿古柏的大将军白彦虎。白彦虎是中国人。他听说左宗棠大将军杀来了，一面给阿古柏送信，一面派大兵死死守在城外的古牧场。刘锦堂一到乌鲁木齐，就下令向古牧场发动进攻。阿古柏的军队拼命抵抗了一整天。其实，清军并没有真正猛烈地进攻。刘锦堂只是让部队远远地开枪放炮，大声呐喊，而并不往前冲。天黑以后，清军就收兵了。
仗打了一天，白颜虎累得浑身没劲。他觉得清军白天已经发动进攻了，晚上就可以安心地睡觉了。可就在睡得正香的时候，外面的枪声把他惊醒了。清军突然的进攻使阿古柏的军队来不及准备，就被消灭了。白彦虎拼命逃回乌鲁木齐城里后，带着家眷连夜逃跑了。刘锦堂率兵攻下古牧场，又很快占领了乌鲁木齐。
第二天，阿古柏派来的援军赶到了。刘锦堂早就在城外设下了一个包围圈。敌人刚一进到里面，埋伏在四周的清兵就枪炮齐发。阿古柏的军队被打得死伤无数。
阿古柏本来以为有俄国人的支持，中国不敢派兵来打他。现在左宗棠的军队接连胜利，他就有些吃不消了。但阿古柏不死心，要和中国军队顽抗到底。他命令自己的儿子海克拉去守托克逊，大总管爱伊德尔呼里达守达坂城，白彦虎守吐鲁番，准备与左宗棠决一死战。然而，他的计划最终没得逞。这样，南疆地区也被收复了。阿古柏节节败退，带领的一点儿兵力向西逃窜。半路上，他就被手下人杀死，得到了应有的下场。不久，白彦虎和海克拉逃到了俄国。各路大军，在吐鲁番胜利会师。这样，除去伊犁以外，清军收复了全部的疆土。
左宗棠见俄国人还赖在伊犁不想走，便决定亲自到新疆，指挥清军收复伊犁。临行前，他命人带上一口棺材。手下人不明白这是怎么回事，左宗棠就激动地说：“我已经65岁了，为了收复国家的领土，我情愿搭上我的这条老命。”将士们一见统帅这么坚决，顿时深受感动，也都纷纷表示：“不赶走俄国人，我们决不活着回来。”
左宗棠离开肃州，向西走了不远，突然接到了慈禧太后的命令。慈禧让他停止进军伊犁。左宗棠非常痛心，望着西北方向一望无际的戈壁滩，连声哀叹。但是没办法，他只好命令部队停止进军。原来，慈禧害怕左宗棠收复伊犁会引起麻烦。她就和李鸿章商量，决定派曾国藩的儿子曾纪泽去跟俄国人谈判。后来，曾纪泽和俄国签订了《伊犁条约》。虽然要回了伊犁，却把霍尔果斯河以西的大片领土让给了俄国。
