边境牧羊犬非常聪明，对于它的训练相对于其他犬只来说要容易得多。大多数边境牧羊犬听到新指令5次，就会了解其涵义并轻易记住，主人下达时，它们遵守的几率高于95%。此外，即使主人位于远处，它们也会在听到指令后几秒钟内就有反应。即使训练它们的人经验不足，它们也可以学习得很好。
首先要明确，因为天性，边牧是不愿意在自己窝的附近方便的。同时，狗会通过嗅觉找到经常方便的地方并把它固定下来。并且随着年龄的增长，活动范围的扩大，它会逐渐在远离自己窝的地方找一个相对固定的地点方便。有两个办法，一是在家里固定一个地点让爱犬方便，二是不允许爱犬在家里方便。前者爱犬随时可以解决问题，但家里总是或多或少的有一点异味；后者则不论刮风下雨，每天必须带爱犬出去遛两次以上，但家里会更清洁。
边牧幼犬一个月大的时候就可以开始训练了，幼犬学会定点方便是很快的，只要你在最初的几天里有耐心，一般都可以成功。定点的地方有很多，有人是指定在厕所的下水道，有人用宠物店买的犬厕所，有人用报纸，放在离幼犬的窝远一点的地方。也可以用尿不湿，每天换一次就行了，也很方便。最开始的时候可以用报纸或者尿不湿沾一点幼犬的尿，或者擦擦幼犬的屁屁，然后放在固定的地点，幼犬会自己找有味道的地方方便的。如果它不会找，你就要注意观察。幼犬在方便前总会有一些固定的动作，比如低着头在一个小范围里反复闻，来回走，转圈等等，一发现这种动作，就把它抱到指定的地点让它方便，在它方便完了以后夸夸它，让它知道它做对了。正常幼犬的生活应该是比较有规律的，吃完了饭，或者睡醒了觉，都会想去方便的，注意观察这个规律也会帮助你知道幼犬什么时候会想方便了。
如果想让边境牧羊犬习惯在外面上厕所的话，大体上应该从4个～5个月大的时候开始。在此之前，幼犬神经和肌肉发育还不充分，很难在家里憋住，教育它也很难记住。最开始一天要带它出去4次～5次，也就是在幼犬平时上厕所的时间要带它出去，让它在外面方便。而如果它在家里方便了，就要在现场教育它，让它知道你不高兴了，同时要把现场擦干净，不要留下味道，可以用84消毒液之类的反复擦，把味道去掉。随着狗狗越来越习惯在外面上厕所，带它出去的次数也可以逐步减少，但最终不能少于一天两次。
