东汉末年战乱频仍，水旱成灾，疫病流行，百姓处于水深火热之中。但即便是在这种动荡的社会环境下，依然产生了像华佗和张仲景这样的医学奇才。
华佗，字元化，是沛国谯郡（今安徽亳县）人。由于目睹百姓所受疫病之苦，他从小就立志钻研医术，希望成为一名为百姓解除病痛的医生。为此，他婉言谢绝了他人的举荐，放弃仕途，背起了药箱，四处行医，治病救人。由于他医术高明，关心人民疾苦，而又不计较报酬，很快便成为当地家喻户晓的名医。
华佗被誉为名医，主要还是因为他在前人的基础上，又不断创新和发展。华佗不但精通传统中医的方药针灸，而且善于运用外科手术治疗病人。早在华佗之前，就有不少人尝试过用外科手术的方法治疗病人。华佗正是总结了前人在这方面的经验，发明了用酒送服麻沸散的麻醉术，以此治疗一些中医不能治愈的病症。服用了麻沸散的人，就如同酒醉一样失去知觉，这样就大大减轻了病人的痛苦和手术风险，提高了外科手术的疗效，并扩大了手术治疗的范围。
华佗在一次行路途中，遇到一位车夫因腹痛难忍倒在了路上，双脚蜷曲并发出痛苦的呻吟。经过检查，华佗判定这个人患了肠痈（肠道上的脓肿，疑似阑尾炎）。由于发现得比较晚，已经不能够用针灸进行保守治疗，唯一的方法就是用手术割掉溃烂的部分肠子。华佗取出麻沸散，和酒给病人服下。才一会儿的工夫，病人的疼痛就明显地减轻，随后酣然睡去。趁着病人暂时失去知觉的时机，华佗取出了他肠子上溃烂的部分，迅速缝合了伤口，并为病人敷上了促进伤口愈合的药膏。等病人一觉醒来的时候，发现自己的肚子已经不像先前一样疼痛难忍了。在场目睹了这个手术的每个人无不对华佗的高超医术赞叹不已。
华佗不仅在外科方面贡献突出，他在预防医学方面也有很深的研究。正所谓防病甚于治病，对疾病做好预防，不断强身健体，才是延年益寿的根本方法。华佗认为人之所以生病，是因为气血运行不畅造成的，而经常合理地运动能够使血脉畅通，从而起到强身健体、防病祛病的作用。华佗受到雄鹰在天空展翅飞行时流畅的动作的启发，并结合虎、鹿、猿、熊这几种动物的动作特点，潜心研究出一套五禽戏。华佗的学生，依照这个方法坚持锻炼，活到了九十多岁，依然保持着健康的体魄。
尽管华佗医术高明，却也难逃动荡社会给他带来的杀身之祸。曹操患有头风病，久治不愈。经人介绍，曹操知道了华佗，便请他来为自己医治。华佗一针就止住了曹操的头痛，这令曹操十分惊叹。于是，曹操强行留华佗在身边，做自己的侍医。华佗本性清高，不慕权贵，自然不愿留在曹操身边。虽然曾经几次告假还乡，但还是被曹操“请”了回来。华佗最后为曹操诊治时，认为曹操的病情已经相当严重，单靠药物或是针灸已经不能奏效，唯一的办法就是实施开颅手术，这样才能去除病根。曹操本就疑心很重，听见华佗这么说，立时勃然大怒，将华佗打入了大牢。虽然有谋士劝曹操不要杀害华佗，但曹操还是下令将一代名医处死了。临死前，华佗将在狱中整理好的医书交给狱卒，希望他能以此救人，但狱卒并不敢接受。最后，华佗只得将医书焚毁。所以，华佗的医学成就并没有以文字的形式延续到后世。华佗死后，曹操的头疼病日益严重，但他仍然坚持认为自己处死华佗是有道理的。直到曹操的儿子曹冲病危，曹操才感叹如果当初不处死华佗，爱子或许还有希望活下来。
与华佗几乎同一时代的还有一位名医，他就是被后世尊奉为“医圣”的张仲景。张仲景是南阳郡涅阳（今河南南阳）人，从小就喜好医学，刻苦钻研，勤奋努力。由于张仲景出身没落的官僚家庭，其父对他是否能够当官很看重，因此极力主张仲景谋取官职。尽管张仲景天生就不喜欢做官，但为了不违背父愿，他还是被举孝廉，做了长沙太守。在做官的同时，张仲景仍用自己的医术为百姓服务。
当时规定，为官不能随便接触百姓，张仲景便想了个办法，每月两天，大开衙门，为患病的百姓治疗，而他则端坐在大堂上诊病。此举服务了百姓，产生了很好的效果。时间一久，便形成了惯例。随着医术的不断精进，甚至有人从很远的地方来这里看病。为了纪念张仲景，后来人们就把坐在药铺里给病人看病的医生统称为“坐堂医生”。
张仲景不仅有着医生济世救人的基本品质，他还在自己的行医过程中，不断积累经验，并加以总结归纳。现代中医十分重视“辨证施治”，但在张仲景之前，并没有一套完整的临床方法。张仲景将自己行医过程中的经验教训加以科学总结，使中医理论形成了比较完善的体系。
一次，张仲景为两个同是因淋雨而患上感冒的人诊治，为二人开具了同样的药方。第二天，其中一个病人的家属早早就找到了张仲景，说病人服药后，出了一身的大汗，不仅没有见好，头痛反而加剧了。这让张仲景感到很诧异，他急忙跑到病人家一探究竟。在详细询问了病人的情况后，他仔细回忆了昨天为二人诊脉时的情景。他注意到了一个细节，就是这位病人手腕潮湿有汗，而且脉象较弱。而另一个病人则没有上述症状。在开具药方的时候，他并没有注意到这个差别。病人本来就有汗，再服下发汗的药，不就更加虚弱了吗？这样不但治不好病，反而会使病情加重。结果，他立即改变了原有的药方，给病人重新抓药。这一次，病人的病情果然很快好转。这件事对他的震撼很大，使他认识到应该用寒凉药物治疗热性病，是中医的“正治法”；而使用温热的药物治疗，就属于“反治法”。但是，这两种截然不同的治疗方法都是用于治疗热性疾病的，相同的症状，不同的治疗方法，如何区别和选择呢7就是要辩证地分析。
此外，张仲景在研究前人医书的基础上，结合自己的临床经验，写出了传世巨著《伤寒杂病论》，该书经后人整理成《伤寒论》和《金匮要略》两本书。书中确立的辨证施治的原则，是中医临床的基本原则，是中医的灵魂所在。《伤寒论》对伤寒症状进行了病理分析，提出了疗法，确定了药方。而《金匮要略》则是杂病医方的汇编，被尊奉为“群方之祖”。张仲景的著作，长期以来被视为中国医学的经典，其影响力经久不衰。
华佗和张仲景在东汉末年，用自己精湛的医术为百姓服务，为社会造福，不愧为济世的神医。
魏、蜀、吴三国鼎立的平衡格局终因近半个世纪的政治演变、经济发展以及军事力量的对比而被打破了，雄踞中原的曹魏政权以其强大的实力于公元263年灭掉蜀国。曹氏政权在为统一南北做出努力的同时，自身的生存却出现了危机。265年，司马炎终于从幕后走到台前，他登台祭天，受魏“禅让”，建立了一个新的王朝——晋（史称西晋），十余年后，晋平吴成功，于是，汉末近一个世纪的分裂局面就此结束。
作为统一的国家，西晋确立了一整套官僚制度。在经济方面，西晋统治者实行与民生息的政策，恢复社会经济，安定社会秩序。然而，好景不长，公元290年司马炎死后，爆发了“八王之乱”，司马氏集团内部开始了一场长达16年腥风血雨的大屠杀。而饱受灾难的五胡民族乘机挣脱枷锁，大败晋军。其中匈奴贵族刘渊和氐族首领李雄分别建国独立。公元311年，匈奴割据政权将洛阳化为废墟，俘虏西晋皇帝怀帝。一部分西晋官民逃至长安后，不甘失败，又立秦王司马邺为帝苟延残喘；另有大批官民纷纷渡江南逃，并在建康建立了东晋。公元316年，司马邺被迫投降于刘曜，西晋至此灭亡。
西晋虽然是一个统一国家，但由于晋政权始终伴随着前所未有的民族冲突，其统一之中包含着分裂的因素和不安定的成分，它的文化很难表现出一种大一统的格调。想想上玄学盛行，佛教也得到相当的发展。虽然玄学与佛教作为新的思想因素会给没落的儒学注入一些新的活力，但终难掩其腐朽没落的一面。
从晋室南迁到刘裕建宋的103年中，中国处于南北分状态。由于双方实力相当，无论南方祖逖、桓温等人的北伐，还是北方苻坚声势浩大的南侵，均以失败而告终。在长江以北，各少数民族纷纷登场，轮番扮演着政治舞台上的各种角色。在长江以南，晋宗室建立了一个流亡政权，虽为西晋正统传人，却一直没能积累起强大的实力去收复江北，因而也就难圆往昔司马氏的辉煌之梦。
西晋灭亡以后，匈奴、鲜卑、羯、氐、羌等少数民族先后在中国北方建立起近二十个少数民族政权。政权更迭频繁，民族矛盾尖锐，社会动荡不安，经济衰落凋敝，北方各族劳动人民生活在水深火热之中。
永嘉之乱后，洛阳陷落，中原人民纷纷南迁。公元318年，司马睿正式称帝，建立东晋。东晋政权的政治基础是流寓江南的门阀贵族，他们满足于门第的清高、官职的显要，缺乏必要的政治素养与理政能力，导致东晋政权很快走向衰败。东晋末年，内有桓玄专权，外有孙恩、卢循起义的打击，东晋政权奄奄一息。出身寒门的刘裕以挽救朝廷危亡起家，安内平外，并最终成为东晋王朝的掘墓人，代晋自立。
东晋时期，南方的农业生产有了很大发展，北方农民不断渡江南来，补充了南方劳动力的不足，同时也带来了更加先进的生产工具和生产技术。南北农民的合作，北方的生产工具和劳作技术同南方水田种植经验的互补，直接促进了南方农业的发展。于是，中国的经济重心从此开始南移。
