徐锡麟在安庆刺杀安徽巡抚恩铭被捕就义，直接影响到秋瑾在浙江的革命活动。秋瑾在绍兴等地的起义尚未发动，清军就包围了绍兴大通师范学堂，逮捕了秋瑾。
秋瑾（1877—1907），原名秋闺瑾，字璇卿，后改名竞雄，又称鉴湖女侠，祖籍浙江山阴（今绍兴），出生于福建厦门，祖父秋嘉禾做过厦门知县，父亲秋寿南系举人出身，当过厦门知县。秋瑾聪颖好学，少时读书家塾，有女才子之称。早年的秋瑾也是位纯情的少女，性格温婉、贤淑，生活无忧无虑。1889年，父亲调任湖南湘潭知县，秋瑾随父由福建到了湖南。不久，由媒人说合，父亲把她许配给湘潭富绅子弟王廷钧。
1896年，秋瑾正式嫁到王家，成了王廷钧的妻子。王廷钧系纨绔子弟，为人无信义，无情谊，好嫖赌，损人利己，醉心利禄，给秋瑾婚后生活带来了极大痛苦。王廷钧在湘潭开设义源当铺，秋瑾大部分时间住在湘潭。这年秋，秋瑾回到婆家，当着许多道喜的亲友朗诵自己的诗作《杞人忧》，以表忧民忧国之心：“幽燕烽火几时收，闻道中洋战未休；膝室空怀忧国恨，谁将巾帼易兜鍪。”颇具才情的秋瑾赢得了人们的敬重。
1900年，王廷钧纳资为户部主事，秋瑾随王赴京。不久，因为八国联军入京之战乱，她又回到了湖南家乡荷叶。1903年，王廷钧再次去京复职，秋瑾携女儿一同前往。她的这位夫君仍然热衷名利，趋走于京师权贵之门，酬应于歌楼酒榭之中，两人的思想已背道而驰，感情日益冷淡。在亲友们的干预下，两人最后分居过日子。
秋瑾目睹民族危机日深，清廷腐败无能，感慨万分，遂作《满江红·平生肝胆》以抒发情怀：
身不得，男儿列，心却比，男儿烈。算平生肝胆，因人常热。俗子胸襟谁识人，英雄末路当磨折。莽红尘何处觅知音？青衫湿。
秋瑾在京城结识了红尘知音吴芝瑛。
吴芝瑛是清末一位奇特女子，与秋瑾性情相投，两人结为异姓姐妹。吴的丈夫廉泉是王廷钧的同事，在京城开设了开明书店，与报界交往颇多。秋瑾在此处阅读了很多介绍西方新知的进步书报，思想日趋激进。秋瑾在京师奔波革命活动没有结果后，毅然决定东渡扶桑，到那里去寻找反清革命的同志。出发前，秋瑾特意改穿男装，到照相馆留影明志，并将这张男装照赠给送她远行的吴芝瑛。
1904年夏，秋瑾毅然冲破封建家庭的束缚，在吴芝瑛等人帮助下，乘日本的信雄丸轮船，自费东渡日本留学。她先入东京日语讲习所，埋头苦学了三个月日语，然后进入青山实践女校。秋瑾在日本留学期间，积极参加留学生大会和浙江、湖南同乡会的集会，踊跃登台演说革命救国和男女平权道理。秋瑾与革命党人陈撷芬发起成立了共爱会，积极开展妇女运动。她和刘道一、王时泽等人秘密组织十人会，以“反抗清廷，恢复中国”为宗旨，并创办《白话报》。她以“鉴湖女侠秋瑾”署名，发表《致告中国二万万女同胞》、《警告我同胞》等文，宣传反清革命，提倡男女平权。
这年秋天，秋瑾参加了冯自由在日本横滨组织的三合会，受封为“白纸扇”（即军师）之职。
正是在东京，秋瑾见到了表兄徐锡麟及其妻子徐振汉，并认识了陶成章、龚宝铨等绍兴同乡革命志士。徐锡麟回国后，秋瑾悉心照顾留在东京的徐振汉的生活，并一起开展女权运动。秋瑾认为小脚女人形同残废，行动维艰，为了和男子并驾齐驱，女子必须放脚，故创立了“天足会”。秋瑾主张振兴女学，认为女子一定要有学问，要能自立，不应事事仰仗男人，提出“女学不兴，种族不强；女权不振，国势必弱”的口号。
秋瑾为人慷慨，举止潇洒，了无脂粉气息，与一般男士相处，十分融洽，黄兴、陈天华、陈其美、陶成章、张静江等都成为她的好友。徐自华后来作《秋女士历史》称赞她说：“其生平喜读游侠传，慕朱家、郭解者流，行侠好义，挥金如土，广交游，诚女界之豪杰。”
“秋侠”、“秋女侠”、“秋瑾女侠”、“鉴湖女侠”之名，成为革命党人称赞秋瑾的美誉。
1905年初，秋瑾从东京回到上海，拜谒了光复会会长蔡元培，接着在浙江绍兴会晤了表兄徐锡麟，并由徐介绍参加了光复会。7月，她再次远赴日本，途经黄海，写下“忍看图画移颜色，肯使江山付劫灰”，“拼将十万头颅血，须把乾坤力挽回”等充满激情的诗句。
秋瑾第二次来到日本后，进入青山实践女校学习。此时同盟会刚刚成立，她由革命党人冯自由介绍，在黄兴的寓所加入了中国同盟会，被推为评议部评议员和浙江主盟人。秋瑾在入会仪式上起誓：“驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权，失信矢卒，有始有卒，如或渝此，任众处罚！”她还撰写了一副对联，表明了救国拯民的决心：“祖国沉陆人有责；天涯漂泊我无家。”
秋瑾慷慨激昂地表示：“危局如斯敢惜身？愿将生命作牺牲。”
1905年冬，日本文部省颁布《取缔规则》后，中国留日学生八千余人实行总罢课加以抵制。留日学生在罢学归国问题上意见不一致，主要分为归国设学和忍辱求学两派。秋瑾坚决主张罢学归国，抵抗到底。她在浙江同乡会集会时，突然从靴子里抽出一把短刀，猛然往讲台上一插，怒挑双眉喝道：“如有人回到祖国，投降满虏，卖友求荣，吃我一刀！”
1906年初，为了反对日本政府颁布取缔中国留日学生规则，秋瑾从日本返回上海。归国之际，她留书信于日本友人，称：“且光复一事，不可一日缓，而男子之死谋光复者，则自唐才常以后，若沈荩、史坚如、吴樾诸君子，不乏其人，而女子则无闻焉，亦吾女界之羞也。”
此时的秋瑾，要以史坚如、吴樾等革命志士为榜样，以起义和暗杀的极端手段，投身到反清革命运动中。
1906年3月，秋瑾赴浙江湖州浔溪女学教书，发展该校主持教务的徐自华及学生徐双韵秘密加入同盟会。暑假，她离职赴沪，与易本羲等人创办了中国公学，后又与尹锐志、陈伯平等人以“锐进学社”为名，联系敖嘉熊、吕熊祥等人运动长江一带会党，准备武装起义。
秋瑾与陈伯平在上海虹口租界赁屋试制炸弹时，由于炸弹不慎爆炸，秘密机关被租界当局查封。秋瑾等人被租界当局视为“危险分子”加以驱逐，秋瑾被迫返回绍兴。
萍浏醴起义发生后，同盟会会员杨卓林、胡瑛、宁调元等人在长江中下游流域各省积极响应，秋瑾担任浙江方面的联络和组织工作。她到达杭州之后，与徐锡麟约定在皖、浙两省同时发动起义。此时，她在杭州新军中发展了吕公望、朱瑞等多人参加了同盟会与光复会。不久，萍浏醴起义失败，接应起义之事遂告停顿。
为了筹措革命经费，秋瑾回到湖南婆家，分得部分家产作为革命经费，并声明脱离这个封建旧家庭。1907年1月，她在上海创办了《中国女报》，以开通风气、提倡女学、联络感情、聚结团体为宗旨，撰文宣传妇女解放，主张提倡女权。秋瑾为该报写的《发刊词》中，号召中国妇女界为“醒狮之前驱”，“文明之先导”。
1907年2月，秋瑾离开上海回到祖籍绍兴，接任大通师范学堂督办，主持学堂日常校务。大通师范学堂原为徐锡麟、陶成章、龚宝铨等人创办的，表面上是开展新式教育，实际上是光复会的训练基地。秋瑾主持其校务，实际上成为浙江方面革命活动的总负责人。大通师范学堂开学那天，绍兴知府贵福，山阴知县李钟岳，会稽知县李瑞年，以及许多地方士绅，都前来祝贺观礼，盛况空前。
秋瑾与浙江诸暨、义乌、金华、兰溪等地会党加强联络，秘密组织光复军，推徐锡麟为首领，秋瑾自任协领，并起草了起义的檄文、告示，以民族主义革命相号召。秋瑾拟成立的光复军，规模宏大，组织严密。光复军纵向上分为十六级，横向上分为八个军。最高的一级统帅，是徐锡麟等五人，遥奉徐锡麟为大元帅。秋瑾在名义上自居为第二级的“协领”之一，而实际是光复军的司令官。第三级称为“分统”，由各地会党首领充任。八军的番号，分别用“光复汉族、大振国权”八个字。他们商定，光复军先在金华发动起义，处州予以响应，引诱清军离开杭州出攻，然后由绍兴渡江袭击杭州；如不能攻克杭州，则回师绍兴，然后经金华、处州进入江西、安徽，与徐锡麟在安庆的起义军相呼应。
他们原定7月6日起义，后因准备不足而延至7月19日。
但出人意料的是，5月上旬，裘文高在嵊县擅自起义，虽然击毙了清兵数十人，但终因孤立无援而不得不退至天台与仙居，躲藏起来。武义县光复军分统刘耀勋，在起义事被部下泄漏以后而死守约期，不肯提前发动，以致被清兵捕获。嵊县、武义方面相继出事以后，秋瑾在浙江举行武装起义的计划被打乱了。
正当秋瑾调整起义计划之时，徐锡麟提前发动了刺杀恩铭之举。
秋瑾在浙江起事计划再次陷入被动。
7月6日，徐锡麟在安庆起事失败，其弟徐伟的供词牵连到在绍兴秘密组织起义的秋瑾等人。
7月7日，两江总督端方电告浙江巡抚张曾扬，命其搜查绍兴大通师范学堂，捕杀秋瑾，通缉光复会首领陶成章等人。张曾扬得知徐锡麟刺杀恩铭的消息后，立即下令绍兴知府贵福逮捕秋瑾等人。
浙江绍兴知府贵福与安徽巡抚恩铭均为满人，并沾亲带故。恩铭被刺身亡的消息传到绍兴，贵福发誓要给恩铭报仇。此时，绍兴士绅胡道南向他告密，将秋瑾等人欲在浙江各地起事之谋作了密报。于是，对革命党人极端仇恨的贵福，立即派三百余名清兵，协助山阴知县李钟岳捉拿秋瑾。
清兵压境，山阴县数十绅士聚集县署，要求知县李钟岳无论如何得保全地方。李钟岳，字崧生，别号晴岚，生于山东安丘，耕读传家，进士出身，先后任浙江江山、山阴县令，深得民心，所以离任之日有数千人自发送别。1907年2月，他刚刚调任山阴知县，平素对秋瑾的学问文章极为称许。他常持其“驰驱戎马中原梦，破碎山河故国羞”之诗，示其子道：“以一女子而能诗，胜汝辈多矣！”因此，李钟岳对逮捕秋瑾之事极表反对，当即答应绍兴绅士，到绍兴府求见贵福，以顺应民意为由，恳望知府大人为乡里着想，手下留情。
贵福得知李钟岳的来意，心中自然不悦，但又不便明着拒绝。李钟岳回到山阴县衙后，急忙召集众绅商议对策，议来议去，别无良计，只有“拖刀计”之策，即尽量拖延时间，可使大通学堂师生赢得脱逃时间。
此时，王金发、竺绍康等浙江革命党人首领已经得到徐锡麟刺杀失败消息，并连夜赶回绍兴。大通师范学堂师生纷纷要求提前起义，攻占绍兴府。秋瑾已知安庆起事失败，认为义军尚未集结，仅凭大通学堂起义是难以成功的，遂指挥大家掩藏枪弹，焚毁名册，疏散学生，为革命留下火种。
正是由于李钟岳的拖延，大通学堂赢得了宝贵的疏散时间，秋瑾本人也是可以逃脱的，但秋瑾决心殉难，逼令王金发等人速去。直到清兵已临校门，王金发及学生姚勇忱、胡士俊、尹锐志、尹维俊等人才在秋瑾的严促下，逾墙而脱，连夜逃回嵊县。
此时的秋瑾抱定了必死的信念，早已将生死置之度外。她劝学生离开时说：“革命成功是要流血的，我要以我的热血浇灌自由之花。若满奴能将我绑赴断头台，革命至少可以提早五年。”她在此前写信给友人说：“成败虽未可知，然苟留此未死之余生，则吾志不敢一日息也。吾自庚子以来，已置吾生命于不顾，即不获成功，而死亦吾所不悔也。”
她还说：“不需三尺孤坟，中国已无干净土；好持一杯鲁酒，他年共唱拜伦歌。虽死犹生，牺牲尽我责任；即此永别，风涛取彼头颅。壮志犹虚，雄心未满，中原回首肠堪断。”
7月13日午后，贵福将李钟岳召至府署，厉声说道：“府宪命令，汝延不执行，是何居心？限汝立即率兵前往，将该校师生，悉数击毙，否则我即电告汝与该校通同谋逆，当自打算可也。”说完将巡抚两次电令掷于面前，拂袖而去。
李钟岳无奈，只好遵命。当日下午4时许，在贵福的监视下，李钟岳被迫会合杭州标统李益智，前往大通学堂捉拿乱党。李钟岳坐轿在前，三百多名清兵在后。当逼近学堂时，贵福下令士兵开枪，秋瑾听到枪声，急忙组织学生突围，但清兵已包围学堂。清军涌入学堂大门内，秋瑾指挥师生开枪抵抗，以掩护同伴疏散。激战中，秋瑾一手握左轮手枪一手持短剑，与众师生打死打伤清军数十人。由于力量悬殊，秋瑾、程毅等师生八人被捕。
李钟岳会同抚署标兵管带率兵前往，破校门而入。秋瑾端坐室内，桌上放手枪两支，但没有抵抗，束手就擒。
秋瑾被捕后，先是押在山阴狱中，贵福要李钟岳严刑拷问，推其本意恐怕是他不想担当杀士的恶名，所以企图借李钟岳之手杀害秋瑾。当晚，贵福命李钟岳在绍兴府审讯秋瑾等人。大堂之上，秋瑾只承认家庭革命、夫妇革命，否认参与种族革命与政治革命。
第二天，贵福又令李钟岳率兵查抄秋瑾母家。因李钟岳同情秋瑾，只是走一个过场，没有令人搜查。狡诈的贵福想借他人之手杀掉秋瑾，再令李钟岳将秋瑾押回山阴县审讯。
14日午后，天阴雨湿，凄风动幕，李钟岳仍不肯刑讯逼供，在花厅审讯时破例为秋瑾设座，李钟岳与秋瑾对谈，秋瑾乃缕缕陈述。
李钟岳问：“你是否革命党？”
秋瑾回答：“是。”
李钟岳问：“革命何为者？”
秋瑾回答：“吾所主张，为男女革命，并未触犯法网，为何逮捕吾？”
李钟岳不知所答，随手授以纸笔于秋瑾：“闻你文理尚优，可随意书写数字见示。”
秋瑾提笔饱墨展纸，先写一“秋”字，如指顶大。李钟岳命其再写，秋瑾乃顺笔写成“秋风秋雨愁煞人”七字，即举世传颂的绝命之言。
秋瑾遇害两星期后，张曾扬致电贵福：“报纸中载：该匪当堂书‘秋风秋雨愁煞人’七字，有无其事？有即送核。”当日，贵福复电“七字在山阴李令手，已晋省”。可见实有其事。
李钟岳再让她自述经历，秋瑾首肯，索钢笔墨水，立成千余言。二人谈话两小时之久，寂静异常，不知者疑为会客，绝不像审问犯人。
李钟岳向贵福报告审问情形，贵福怫然不悦说：“你待她若上宾，当然不招，何不用刑讯？”李钟岳为秋瑾辩解，说秋瑾是读书女子，没有确凿证据，如何定其罪名？不便动用大刑逼供。
贵福怀疑李钟岳偏袒，有意开脱，就立即起身赶赴杭州，向巡抚张曾鰎谎报，称秋瑾已经承认密谋革命，骗得张曾鰎处决秋瑾的手谕：“将秋瑾先行正法。”贵福连夜赶回绍兴，向李钟岳出示巡抚手谕，命其立即处死秋瑾。李钟岳大惊，愤然对答：“案情尚未弄清就处死刑，人心必然不服，望大人三思而行呀！”
杀意已决的贵福对李钟岳的规劝置之不理，严令其按巡抚手谕执行，并派心腹加以监督。
15日凌晨3时，李钟岳提审秋瑾，告诉她说：“我本欲救你一命，但上峰必欲杀你，我已无能为力。我位卑言轻，杀你非我本意，你明白否？”说完，这个父母官当场泪随声落，身边的吏役也都相顾恻然。秋瑾知道生命的终点马上就要到了，乃泰然应答：“公祖盛情，我深感戴，今生已矣，愿图报于来世，今日我唯求三件事：一、准许写家书诀别；二、不要枭首；三、不要剥去衣服。”他答应了秋瑾的第二、三两个要求。
7月15日凌晨4时，贵福亲自率兵前来催刑。李钟岳被迫押秋瑾赴绍兴闹市轩亭口。临刑前，李钟岳问秋瑾还有什么遗言，秋瑾摇头不语，从容就义。李钟岳令人购买华丽棺材盛殓，交给秋瑾最亲密的两位女友吴芝瑛、徐自华，她们移葬秋瑾于杭州西湖西泠桥边——秋瑾生前选中之地。
浙江巡抚衙门为秋瑾案印发了告示，称：“照得此次绍兴女匪楸瑾，勾结会党，图谋起事，并欲先抢郡城绅富，扰乱治安。经本部院查知，派兵将楸瑾拿获，并起出悖逆证据及枪马匹多件，业将楸瑾正法。”
秋瑾被杀，贵福又令李钟岳去秋家搜查军火，当然是什么也没查出。既不肯逼供，查抄军火又无功而返，竟然还提出无证不可杀人，李钟岳因此得罪了顶头上司，贵福当然容不下他。秋瑾死后第三天，李钟岳即因同情女侠被革职，罪名为“庇护女犯”。目睹秋瑾的死、贵福的横暴而无能为力，在离开绍兴前夕，他将大堂所陈天平架等物劈毁，并留下了“若借此想见好上台，便是禽兽”的话。
李钟岳解职后寄住在杭州，不断受到贵福与张曾扬的责难。他们还上奏朝廷，要求对李钟岳问罪惩处。李钟岳每天反复念叨着“我虽不杀伯仁，伯仁由我而死”两句话，对秋瑾之死深自内疚。他终日忧伤叹息，寝食难安，既愧自己杀了女侠，又羞巡抚、知府还是不肯放过自己，两头无着落，两边不讨好。在痛苦、悲愤之余，他逐渐产生了以身殉道的念头，经常独自一人将密藏的秋瑾遗墨“秋风秋雨愁煞人”七字注视默诵，并为此泣下。
1907年9月23日上午9时许，在良心的自责下，李钟岳自缢身亡，终年58岁。这时，距秋瑾被害仅隔68天。
李钟岳自尽的消息传出后，浙江士民无不哀痛惋惜，杭州城乡士绅前往吊唁者三日不绝。社会各界一片哗然，各方舆论一时耸动，纷纷责难绍兴知府贵福与浙江巡抚张曾鰎，指斥两人逼人太甚。浙江巡抚张曾鰎受到社会强烈谴责，清廷遂将其调任江苏巡抚，然仍为民情所不容，再调任晋抚。但在全国民众的一片声讨中，忧惧成疾，只得辞官回籍，不久就抑郁而死。贵福想调任浙江衢州不成，调安徽被当地所拒，最后只好改名换姓。
在打扫秋瑾的牢房时，狱吏看到了她留在墙上的绝命词：
莽莽神州慨陆沉，救时无计愧偷生；
抟沙有愿兴亡楚，博浪无椎击暴秦。
国破方知人种贱，义高不碍客囊贫；
经营恨未酬同志，把剑悲歌涕泪横。
秋瑾死后，生前好友徐寄生、吴芝瑛把其忠骨，收葬在杭州西湖的西泠桥畔。王廷钧去世后，王家以其子王沅德名义，派人于1909年至绍兴护秋瑾柩回湘，于湘潭郊区昭山附近，与王廷钧合葬。辛亥革命胜利后，陈破空找到在南京任临时总统的孙中山，要求将秋瑾归葬西湖原址，徐自华也到处呼吁。经湖南、浙江两省人士商议，遵循秋瑾烈士生前遗愿，于1913年7月返葬杭州西湖原墓地，并修建了风雨亭和秋瑾祠堂。
1912年12月9日，孙中山致祭秋瑾墓，亲题挽联：
江户矢丹忱，重君首赞同盟会；轩亭洒碧血，愧我今招侠女魂。
一个33岁的女性因政治原因而被杀，是中国近代历史上的第一次，她的死引起了极大的反响。作为当时舆论中心的上海，各种不同背景的报纸都迅速作了详细报道，《神州日报》连续公布浙江省发布的有关通报、函电、文告，并转录外电、外报刊出的有关消息。《时报》除了对秋瑾案始末作了连续报道之外，还发表了《哀秋瑾案》、《记秋女士遗事》、《对于秋瑾被害之意见书》等数十篇有关秋瑾案的评论文章和诗词、漫画。对秋瑾慷慨赴死的报道也非常传神，“行至轩亭口，秋瑾不作一声，唯注视两旁诸人一周，即俯首就刑，观者如堵”。
在当时中国舆论中心的上海，几乎没有一家报纸没有发出哀婉和抗争之声，仅《申报》在秋瑾就义后的第八天，就刊出秋瑾诗六首，陆续刊载有关秋瑾的文字，包括秋瑾被捕与就义的情况报道，绍兴府公布的有关秋瑾“罪案”、秋瑾被害之余波、秋瑾男装持手杖照片、秋瑾生前演说稿、秋瑾好友徐自华撰文、吴芝瑛书写的秋瑾墓表等。
包括《申报》在内的上海各大报纸都曾为秋瑾生命的丧失而感叹，而悲恸，所以，它们为她的冤死而呼喊。无论是曾和秋瑾同在日本留学，当时为绍兴府中学堂监督的袁翼，绍兴士绅胡道南，巡抚幕僚姜梅簃、章介眉，还是带兵到绍兴的标统李益智，甚至久负盛名的汤寿潜，都遭到了当时舆论的严厉谴责。
正如《敬告为秋女士呼冤者》所说：“女士之死，海内冤之。哭以诗者有人，吊以文者有人，传其遗事者有人，刊其著述者有人，闻其冤而愤浙中士绅致函诘责者有人。”
