食用菌上不提倡施用药剂，尤其是在出菇期，食用菌栽培周期短，且直接食用，农药极易残留在子实体内。在栽培过程中，必须使用农药时应注意：
（1）使用农药，应当遵守农药防毒规程，正确配药、施药，做好废弃物处理和安全防护工作，防止农药污染环境和农药中毒事故的发生。
（2）应当遵守国家有关农药安全、合理使用的规定，按照规定的用药量、用药次数、用药方法和安全间隔期施药，防止污染农产品。
（3）严禁施用剧毒农药。对残效期长，不易分解及有刺激性气味的农药，不能直接用于菌床或菌袋上；禁止使用没有取得农药登记证或者农药临时登记证、未取得农药生产许可证或者农药生产批准文件的农药。
（4）尽量选用高效、低毒、低残留、对人畜和食用菌无害的药剂，并掌握适当的浓度，适期进行防治。
（5）合理混用和轮换使用农药，减轻病、虫、草、鼠对农药的抗性，提高防治效果。使用农药应当注意保护环境、有益生物和珍稀物种。
