许多贝勒对太宗的做法很不理解，太宗解释说：“我们常年累月地风餐露宿不就是为得到中原吗？这好比走路一样，你们都是瞎子，知道怎么走下去吗？现在我得到了一个引路的人，你们说这是否值得，应不应该高兴呢？”
松锦决战，明清由战略相持转入了清军战略进攻，明朝遭此败绩，其精兵已尽，山海关和宁远更加孤立，清朝代替明朝入主中原已是时间问题了。
1642年（崇德七年）太宗皇太极乘松锦之战明遭受重创之机，决定再派大军进关。
十月十四日，太宗命阿巴泰为奉命大将军，统领八旗兵征明。他在清宁宫召见出征将领时强调：要吸取上次掠夺百姓的教训，不得妄杀、妄抢；对于关内的农民军要以和善的态度对待他们，避免结下仇怨，如果他们派使亲信，你们一定要带回来或转达。
这次出征，动用满、蒙、汉军共十二旗约六万余人，外加蒙古外藩兵近十万人，分两路从界岭口和黄崖口破墙而入。
为防备清再次入关，明在京师附近可以说是无地不设防。但当清兵人关的警报传到京师急令调兵增援时，清军已克蓟州，经北京，分路南下。二个月来，清军接连攻占了霸州、河间、永清、衡水。转攻山东，杀乐陵王朱宏治、阳信王朱宏福、东原王朱衣远等众王及管理府事的宗室约千余人。
崇德八年（1643年）三月初，清军回到营州（山东莒县）、沂州（山东临沂）附近放牧修整了近一个月。四月，经德州、沧州、天津卫，从北京城南过三河县，抵达密云，后会合一处攻克墙子岭，全部安然出关，于五月底回到了沈阳。
这次进关历时八个月之久，攻克三府、十八州、六十七个县、八十八座城镇，获黄金一万余两、白银两百二十万两，俘获人口三十余万人，驼、马等三十余万头，巨额的财富充入了大清的国库。
正当大清国运蒸蒸日上的时候，1642年（崇德七年）十月，清太宗迎来了他生命最后岁月中的又一喜悦，西藏达赖五世罗卜藏嘉木措派遣伊拉古克三胡土克图和厄鲁特蒙古戴青绰尔济等，不远万里，首次来到沈阳，与清通好。太宗闻讯，兴奋异常，亲率诸王贝勒大臣出怀远门迎接，在馆驿前举行了庄严的拜天仪式，行三跪九叩礼。为表示恭敬和虔诚，太宗起立，迎西藏使节于门口。使者献上达赖的信时，他起立，双手接过，并与使者拉手并肩而坐，然后命古式安当众宣读达赖的信……接见结束后，太宗在崇政殿举行盛大的宴会，藏使献上达赖等赠送的礼物。达赖遣使来沈阳，从侧面生动地反映了清太宗统一事业的兴旺发达，影响深远。清太宗皇太极之所以如此隆重地接待藏使，也是清楚地看到了此事对清朝统一中国具有不可估量的政治意义。所以他一改过去对佛教的看法，一再盛赞佛教，向使者表白他对佛教的笃信。达赖使者一行在沈阳住了八个月，每五天分别由八旗诸王贝勒轮番宴请。1643年（崇德八年）五月，藏使一行离沈时，太宗亲自送到演武场，设大宴饯行，并命多尔衮、阿济格等再送到永定桥，又设宴一次。太宗赠送达赖、班禅及使者一行极其丰厚的礼物，同时以察干格隆为使，带着他的亲笔信，同藏使赴藏。
西藏归向清朝，使清明的力量对比进一步发生变化。到此，清王朝已统治了整个东北，北部蒙古，及其远居西南的少数民族，国运兴旺发达，如日中天。
正当清太宗雄心勃勃准备给予明王朝最后一击，完成统一大业时，却在盛年过早地离开了人世。
太宗从小生活在骑射围猎的环境中，身体很好，到了中年身体开始发胖，出征时穿戴很重的铠甲，有时连他的坐骑也承受不了。1641年（崇德六年）起，太宗由于连年征战，感到自己已经衰老，在这一年的十月，诸王及贝勒恭请祭宸妃时，他深有感触地说：“山太高险就容易崩塌，树木太高大就容易被折，年富力强则容易衰老。”此时太宗刚刚过了“知天命”（50岁）的年龄。崇德六年松山大战前，太宗患鼻衄，就是常言的鼻出血在如此紧张的时刻，因为患病而拖延了出兵日期，可见太宗当时病情的严重程度。
1642年（崇德七年）十月二十日，太宗感到头昏，不能迈步走动，于是派人传令今后诸事务由和硕郑亲王济尔哈朗、和硕睿亲王多尔衮、和硕肃亲王豪格、多罗武英郡王阿济格合议而定。太宗暂时交出了政务，可见病得不轻。
1643年（崇德八年）正月初一，太宗因“圣躬违和”而免庆贺礼。
三月十七日，“圣躬违和”，大赦天下，死罪以下皆免之。
四月初一日，“圣躬违和”，连续两天向盛京及其境内各寺庙祷告，布施黄金、白银。
到了1643年（崇德八年）八月九日，清太宗在病愈后像往常一样接见赏赐土默特部落前来朝贡的使者；同皇后、诸妃在崇政殿召见嫁给察哈尔、科尔沁蒙古的女儿固伦公主等，诸事完毕才回到清宁官东暖阁。
晚上9点至11点之间，清太宗端坐于南炕之上突然停止了呼吸。据死时的种种情景来看，大约是死于脑血栓或中风。清历代史书上皆说太宗是“无疾而终”。其实这只不过是表示他一生赫赫文治武功，死而无憾，而且当时人们并不知道这种病杀人于无形罢了。太宗以盛年突发病而亡，终年51岁。
噩耗突然传来，诸王大臣们急忙应付、布置。第二天将他的“梓宫”（棺材）安放在崇政殿，举哀三天。九月二十一日，昭陵尚未建成，就将他葬于这座举世闻名的陵宫里。到清乾隆元年，因推崇太宗的文治武功，上谥号，称为“应天兴国弘德彰武宽温仁圣睿孝敬敏昭定隆通显功文皇帝”，树碑立传。其陵寝称为昭陵（今沈阳北陵），陵宫御道两旁的石兽群中，有一对白马，是仿太宗生前所喜爱的坐骑大白、小白而雕刻，立在陵前，意在使后人不要忘记太宗当年驰骋疆场，马上安定天下。
清太宗皇太极突然暴毙，没有来得及任命继承人，当人们从驾崩的悲痛中清醒过来时，谁来承继大统便摆在了面前。
八月十四日，掌握大清实权的睿亲王多尔衮来到三官庙，召见太宗一手提拔起来的重臣索尼，商量谁承大统。索尼虽然认识到多尔衮想当皇帝，却直言发表逆见，“先帝有子在，必立其一。”表明了不同意多尔衮当皇帝。当晚，太宗的另一个亲信巴牙喇纛章京图赖也到索尼处，表示拥立皇子，而且指名拥立肃亲王豪格。
第二天，斗争达到白热化。太宗所属两黄旗重臣来到大清门，商议立皇子，为了先发制人，命令两黄旗精锐巴牙喇兵全副武装，刀出鞘，箭上弦，环立宫殿，然后才进入崇政殿。
议论开始，索尼及巴图鲁鳌拜便首先提出拥立皇子。睿亲王多尔衮命令他们二人暂退，语气甚是激烈。多尔衮同母弟英亲王阿济格和豫亲王多铎提出拥立多尔衮。多尔衮考虑众臣反对，肃亲王豪格拥兵自重，也断然不会同意自己做皇帝，如果强行势必内乱，因而犹豫不决。多铎又提出自己承继大统，多尔衮反对。最后，问题转到了大贝勒代善头上，老成持重的代善开始并没有发表言论，见多铎提出立自己为帝，才将自己认真考虑的想法公布于众。代善说：“在此情景下，如果睿亲王能够答应下来，当然是国家之福，至于我，年老体弱，恐怕难以胜任。如果睿亲王不答应，那就应立皇子，我认为立福临为帝较为合适。”
代善的考虑是周全的，多尔衮和豪格，各自拥有重兵，具有强大的实力，同时有狂热的追随者。如果其中一人被拥戴为帝，那么势必造成内乱，拥立六岁的福临是个折衷的方案，能够被双方接受。就这样，太宗的第九子福临在皇权争夺中“拣”了个皇帝，这就是以后的清世祖顺治皇帝。皇权争夺风波结束，清王朝暂时停止了内争，转而挥师南进，入关逐鹿中原。
