1661年（顺治十八年）正月初七，年仅24岁的少年天子世祖福临在北京死去，其遗诏皇三子爱新觉罗·玄烨即位，这就是中国历史上在位时间最长、文治武功颇多、为后人称道的康熙大帝。
康熙即位之初，由索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四大臣辅政。最初，四人能够尽心尽力地辅佐幼君，相安无事。但随着时间的变化，四人中逐渐产生了矛盾，起因是居辅臣之末的鳌拜不满苏克萨哈。
鳌拜是太祖时开国勋臣费英东之侄，骁勇善战，军功卓著，以巴牙喇壮达累升至内大臣位至公爵，赐号巴图鲁。苏克萨哈是开国勋臣额亦都之子，擢晋一等男兼一等骑尉，爵位虽低却班次位列第二。遏必隆位列第三，但为人多附和无主张，索尼年龄较大，一旦归天，苏克萨哈必成辅臣之首。
1666年（康熙五年）正月，鳌拜为孤立、打击正白旗苏克萨哈，要求将镶黄旗移回左翼之首，在北京附近圈换土地。引起八旗纷纷要求圈换土地。康熙借问安之机向祖母孝庄皇太后奏报，太皇太后严厉斥责四辅臣圈地扰民。但鳌拜破釜沉舟，假传圣旨，将反对圈地的户部尚书苏纳海、河南总督朱昌祚等革职交刑部议处，康熙虽出面调停未果，苏纳海等人还是被鳌拜诛杀。
鳌拜挑起圈地之争，使朝中百官惴惴不安，纷纷上疏要求康熙亲政，康熙也深感辅臣的专权，于是，在百官建议下，于1667年（康熙六年）七月初七举行亲政大典，时值索尼死去一个月。
索尼一死，鳌拜的野心进一步膨胀，就在康熙亲政的第十天，他操纵议政王大臣会议，给苏克萨哈编造“不欲归政”等二十四款罪行，议处磔死，其子孙皆斩决籍没。康熙知其陷害苏克萨哈，坚决不允鳌拜所奏。但鳌拜却连日累奏，强行要求将苏克萨哈置于死地。最后，将苏克萨哈改为绞刑，其他均按原奏。至此，鳌拜专权已达到了令人无法容忍的地步。
鳌拜冤杀苏克萨哈后，更加肆无忌惮，一切政务均在家私自议定，四处安插其党羽，而且多次抗旨不遵，一意孤行。
表面上未动声色的康熙帝在暗中加紧行动，先是将索尼之子索额图召回身边任一等侍卫，然后将鳌拜的亲信大都派往外地，等到一切安排就绪，1669年（康熙八年）五月十六日，康熙亲自向善扑营做动员。他面问众人：“你们向来是朝廷的股肱老臣的子弟，朕与他（鳌拜），你们畏惧谁？”众人齐答：“独畏皇上。”于是康熙当众宣布鳌拜罪状，将鳌拜和遏必隆召进宫中，将二人擒获。
擒拿鳌拜之后，康熙并没有赶尽杀绝，而是法外施仁，鳌拜免死拘禁，遏必隆免死，只将其死党班布尔善、阿思哈等九人绞杀，没有株连任何人，并将被鳌拜冤杀的苏克萨哈等人一一平反昭雪，复其爵位，善后之事处理得得当而且深得人心。
年轻的康熙帝清除鳌拜后，针对前朝遗留下来的因圈地而破坏生产力，引起满汉民族矛盾的情况，下谕户部立即停止圈地运动。
满清入关之初，为重建农奴制庄园，曾在北京周围五百余里的广大范围内圈占土地，但满族却不善经营，农奴怠工，致使肥田很快变成瘠地，于是在圈外再圈地成风，民族矛盾日益尖锐。所以，康熙在亲政之初即下谕停止圈占土地，并于1685年（康熙二十四年）下谕“永免圈占”。
康熙自幼深受汉族文化影响，尤其尊崇孔孟儒学。亲政后即举行经筵日讲，学习孔孟之道，并且亲谒大成门孔子位前行三跪六叩礼。康熙学习很认真，对日讲的内容十分用心学习，并对其内容加以评论。这一举动，对联络广大汉族官民的感情、缓和民族矛盾大有裨益。
不仅如此，康熙还对于有才识的汉大学士予以提拔和重用，并于亲政伊始即废除内三院，重建内阁和翰林院，设立南书房。
南书房位于乾清宫斜对面，是康熙旧日读书的地方，因位于懋勤殿之南，故称南书房。
入直南书房一般为汉族的饱学能士，不仅辅导皇帝读书写字、讲求学业，而且还充当顾问、代拟谕旨等角色，可见其位置重要。入直南书房的官员大都很快被提升，这对提高汉族官员地位、缓和满汉矛盾有益。
针对官员品级待遇这个最敏感的问题，康熙亲政后，通过一系列的举措，使满汉官员的品级、待遇逐渐趋于划一。并且，在他第一次南巡驾临金陵（今南京）时，亲谒明太宗孝陵，行三跪九叩大礼，并赏赐守陵人员。此举对广大汉族官民心理产生极大影响，也使得满族学者受其影响而对儒家经典充满兴趣，逐渐以平等的态度对待汉臣，使朝中满汉呈融一体之势，为康熙平定三藩之乱、统一边疆地区、巩固和发展多民族国家打下基础。
早在顺治年间，平西王吴三桂、平南王尚可喜、靖南王耿继茂（后由其子精忠袭爵）奉命南征，为清王朝统一中原作出贡献，世祖福临在统一中原之后没有及时撤藩，令三藩留守其地，致使他们的势力恶性膨胀，发展成为新的地方割据势力，成为危害国家统一的症结。
四臣辅政之时，曾欲削减“三藩”势，于康熙登基不久即收缴了大将军印；康熙六年，又裁减绿营旗兵，省额饷百余万，并于同年解除吴三桂总管云贵两省事务职任，撤换吴三桂同党卞三元云贵总督之职，任甘文焜为云贵总督，驻贵阳、精练官兵，试图逐步取代吴三桂。
康熙清除鳌拜后，认为三藩与唐末藩镇无二，势在必除。于是，更加抓紧整顿财政，筹措经费，扩大八旗兵的编制，采取缓和民族矛盾的措施，争取民心，以此来为撤藩做准备。
撤藩始于平南王尚可喜请求告老还乡。当时康熙没有同意尚可喜留其子尚之信袭爵继续镇守广东的请求，而是谕令尚之信举家迁移，留其绿营兵划归广东府，归广东提督管辖。尚可喜态度比较恭顺，按旨行事。
尚藩撤离，对吴、耿二藩震动很大，他们闻讯后，立即上疏请求撤藩，意在试探朝廷态度，解除朝廷对他们的怀疑。出乎人们的预料，康熙在接到二藩的奏疏后立即同意将两藩撤离。廷议时，诸王大臣对撤耿藩意见一致，对撤吴藩态度不一，最后康熙仍坚持三藩并撤。康熙对此事思虑很久，三藩蓄谋已久，撤亦反，不撤亦反，莫不如早早除之，以免养小疾而成大恶。尤其对云南的吴三桂，康熙帝在派礼部侍郎折尔肯和翰林院学士傅达礼去云南经理撤藩诸事时，特赐御用刀一把，良马两匹，以示关怀并壮其势。
1672年（康熙十一年），吴三桂乘云贵总督甘文炮回京葬母之机，将各督标官兵从贵阳调往云南加紧永镇云南的准备。
1673年（康熙十二年）十一月，吴三桂集合藩下各官兵，当场杀害拒绝从叛的云南巡抚朱治国等，扣留折尔肯和傅达礼，自称天下都招讨兵马大元帅，蓄发易衣冠，以明年为周王元年，标榜兴复明室，起兵反清。
吴三桂起兵后，致书于平南王、靖南王和在台湾的郑经（郑成功子）以及在贵州、四川、湖广、陕西等地的旧识和部下，相约起兵反清。
到第二年，形势进一步恶化，受吴三桂煽动，耿精忠据福建反叛、广西将军孙延龄反叛。一时江南半壁江山几乎都在叛军掌握之中。
吴三桂叛乱之初，康熙即任命多罗顺承郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军、总统诸将驻守荆州，与叛军隔江对峙。同时，康熙颁发诏书，声讨吴三桂背恩反叛，夺其亲王爵位并号谕云贵两省文武官员、军民等不要听其诱惑，如有斩其头献到朝廷，给予封爵。
同时，康熙在四川、陕甘、江西等战略要地任命得力官员经略镇守，针锋相对。
康熙十三年，吴三桂放还折尔肯和傅达礼并带回请求罢兵议和的奏折。不久，达赖喇嘛出面，建议朝廷不如分疆罢兵，吴三桂想以平等的身份与朝廷对话。然而康熙帝义无反顾，认为对背恩之徒必征剿或招降，至其消灭为止，决不能退让。为彻底粉碎其梦想，鼓舞士气，康熙采纳诸议政王大臣建议，将额驸、三等子吴应熊（系吴三桂长子、吴三桂封藩后送其质于朝廷，顺治十年娶太宗十四皇女为妻，实质上是康熙的姑夫）及其子吴世霖绞死。
康熙不仅在政治上和心理上克制吴三桂，而且在处死吴应熊父子后，任命多罗贝勒尚善为安远靖寇大将军，率兵向吴三桂屯有重兵的岳州进攻；令固山贝子准塔率兵增援屯兵于荆州的勒尔锦；授康亲王杰书为奉命大将军，率兵赴浙江；授多罗贝勒董额为定西大将军，率兵进攻四川；命安亲王为定远平寇大将军，率兵赴广东、江西、湖南；授简亲王为扬威大将军，率兵固守江南。康熙先后派出六名大将军，其中有三位亲王，焦点是争夺江浙，正如康熙诗所云“临轩重简亲藩出，军威万里风雷疾”。
针对京师附近人心不稳的局势，康熙帝在生活起居上尽可能缓解紧张气氛，每日出游景山骑射。“经筵”、“日讲”照常进行。
康熙印玺正当形势逐渐好转之时，陕西提督王辅臣因与经略陕甘的兵部尚书莫洛矛盾激化而树起反旗，带动甘肃东部、陕西北部各府州县先后反叛，消息传到北京，康熙急命汉军绿营提督张勇为“靖递将军”，提高绿营兵地位，密谕剿抚并用，扭转后方危机。
康熙远见卓识，不久，王辅臣即率众归降。康熙未究既往，复王辅臣原官，并加太子太保擢其为“靖寇将军”，令其“立功赎罪”。
陕甘平定，后方稳定下来，康熙立即招降耿精忠，密谕康亲王以时势晓谕耿藩早降，为刚刚反叛的平南王尚可喜之子尚之信作出榜样。
1676年（康熙十五年）九月，耿精忠无力再战，率其藩下文武出降，康熙仍留其靖南王爵，命其率所属随清大军征剿郑经，在泉州击败郑经军，福建、浙江各地叛军纷纷投降，二省叛平。
福建的形势直接影响广东，尚之信在其反叛10个月后，主动请降于简亲王喇布，康熙特赦免其罪，承袭平南亲王爵，相机剿贼，立功有效。
随着形势的发展，各路叛军归降的归降，被剿的被剿，到了康熙十六年，只剩吴三桂孤家寡人地与清军对抗。
针对吴三桂的军事实力与部署，康熙一面将兵力投入湖南，一面派人在其内部分化瓦解其势力，到1678年（康熙十七年）时，吴三桂已丧失了军事上的优势与主动。
同年三月，吴三桂匆匆在衡州称帝。八月十七日，病死。其孙吴世璠继立，部下军心涣散，大部降清，吴世璠退出湖南，回兵四川，后退兵贵州、云南。
1681年（康熙二十年）九月，逆首吴世璠在被围9月后于昆明自杀，余部出降，为时八载的三藩之乱至此平息。康熙于半夜得到捷报，挥笔题诗：“回思几载焦劳意，此日方同万国欢。”
平叛后，康熙先后撤去三藩建制，就地就近安排藩属，将三藩内的选任官员大权收归中央，这对清除藩镇时所留积弊和加强国家统一，促进经济发展扫清障碍。
平定三藩之乱的同时，康熙便着手东南沿海，将目标对准郑氏所据台湾、澎湖。最初，康熙以招抚为主，不断派遣使臣前往台湾，但郑经却在前后五次和谈中不断附加条件，或提出以漳、泉、潮、惠四府为交换，或坚持以海澄为双方往来公所，或要求郑军粮饷由福建供给，欲形成割据之势。
1679年（康熙十八年）正月，康熙见招抚毫无进展，便恢复福建水师，积极准备攻取金、厦。后经福建总督姚启圣一再担保，康熙力排众异，任命施琅任福建水师提督，并在关键时刻放手支持施琅的渡海计划，授施琅专征大权，令总督姚启圣为其催粮，为日后收复台湾，胜利进兵奠定了基础。
1682年（康熙二十一年），施琅收复澎湖、台湾，接纳郑氏投降。清廷出兵征剿未到二年即统一台湾。后来，康熙在施琅等人的建议下，在台湾建置，派驻重兵，台湾正式纳入大清版图。
南方靖乱刚平，北部边疆的矛盾进一步激化。矛盾的来源是居于中国北部的沙俄不断在中俄边境滋事挑衅，不断建立侵略据点，抢掠边民的财物。
康熙亲政后，深深感到这是一大隐患，此祸不除，边疆永无宁日，因此把抗俄列为本朝大事。
平定三藩之乱后，康熙在第二次去盛京（沈阳）告祭祖陵时，泛舟于松花江上，“问欲”于民间，巡历期间调整部分官员，惩贪除恶，意在发展东北边疆实力，使兵强马壮，为抵御沙俄驱逐侵略者做准备。
1676年（康熙十五年），沙俄加强东西伯利亚各城堡的武器装备，以尼布楚（今俄罗斯涅尔琴斯克）和雅克萨（今俄罗斯阿尔巴津）为据点，倾巢出动，一路向精奇里江及其支流推进，一路向南，侵扰额尔古纳河流域。
康熙密切注视沙俄的行动，曾致书沙皇，要求其迅速撤回其侵略军。但俄方置若罔闻，继续盘踞尼布楚、雅克萨及额尔古纳河流域，并不断向黑龙江中下游流域进犯。到1682年（康熙二十一年），俄军已到黑龙江下游赫哲族人居住处进行抢掠，其势力渗透到了黑龙江下游至海边的广大地区。
康熙深深吸取顺治朝抗俄的经验与教训，先派人侦察敌情，了解沿途水陆交通，并积极准备调兵永戍黑龙江，一旦时机成熟，驱逐侵略者后长期戍军，将反侵略与巩固边防结合起来，避免此进彼退，或此退彼进的局面发生。
同时，康熙还针对朝中有人不愿前往征剿或只想征而不愿守的思想，下谕斥责，表明永戍边防的决心。
1683年（康熙二十二年），清政府正式设黑龙江将军。康熙任命萨布素为首任黑龙江将军，下设副都统两人，都统下设协领、佐领等。黑龙江将军的设立，对开发、建设边疆、抗击沙俄侵略具有深远意义。它和盛京将军、宁古塔将军（后改称吉林将军）奠定了后来东三省建置的基础。
萨布素到达黑龙江后，在黑龙江下流原托尔加城旧址另建瑷珲新城（又称黑龙江城），以此作为抗俄斗争的基地。同时，康熙帝在东北广大地区开辟水陆交通，建立驿站，使内地的兵源、枪炮马匹、粮草能够源源不断地运到黑龙江。到1684年止，清通过一系列的战斗肃清了流窜到黑龙江中下游流域的侵略军。这时，康熙将目光瞄准了侵略军盘踞很久的雅克萨和尼布楚。
1685年（康熙二十四年），康熙命彭春掌管黑龙江将军印，副都统班达尔善、护军统领佟宝、副都统马喇等参赞军务。在致书俄国察罕汗后先礼后兵，命彭春等立即收复雅克萨。
四月二十八日，清军分批开赴雅克萨。五月二十四日，三千清军进抵雅克萨城下，发起进攻。当晚，清军在城南堆土垄、布置弓弩，佯作攻击之势，而暗中将红衣大炮架设在东西两翼。第二日黎明，攻城开始，清军火炮齐发，击毙俄军百余人，城中炮火所及，硝烟弥漫，烈火熊熊，一片混乱。俄方雅克萨督军托尔托布津走投无路，决定投降。彭春遵照康熙对待俄战俘的态度，在保证不再重犯的条件下释放全部俄战俘，允许带走武器和财产。俄军举行投降仪式后，清军将七百余俄国人送至额尔古纳河口，遣返俄国。但彭春等人收复雅克萨后，仅将城堡一烧了之。城周的庄稼未割，哨所未立，擅自回兵瑷珲、墨尔根（今黑龙江嫩江县）等地，以至于俄国侵略者乘隙于两个月后重新侵占雅克萨。
