两江总督马新贻在大街上公然被刺杀，不但是让江宁各级的地方官慌了手脚，更让某些大人物也意想不到，这件事造成的影响太严重了。
八月初二消息传到北京，犹如一颗炸弹在紫禁城内炸开。同治帝看完奏报，大惊道：“谋刺重臣的事情，此是千年第一案。
最近的一件也只在唐朝元和十年的时候（公元815年），丞相武元衡在早朝时为盗所害。到现在已经一千多年了，今朝身边又出此事，实在让朕深为骇异。”当即下旨：江宁将军魁玉同司道各官赶紧严讯，务得确情，尽法惩办。
慈禧更是先一步得到消息，她当天下午即将曾国藩与李鸿章召到仪鸾殿商量。慈禧太后坐在鸾座之上问道：“这事岂不甚奇？”曾国藩何样机敏？因为事涉自己原任的两江之地，曾国藩急忙诚惶诚恐地回答：“这事很奇。”却不敢再说什么。
清廷先命江宁将军魁玉会同两江“严讯”，“务将因何行刺缘由及有无主使之人一一审出，据实奏闻”。魁玉等复奏：“凶犯……直认行刺不讳，而讯其行刺之由，尚属支离狡诈”。
后慈禧太后又以五百里加紧的上谕，指派漕运总督张之万（张之洞的哥哥）“驰赴江宁，会同熬审”同时调直隶总督曾国藩接任两江总督主审此案，12月再加派刑部尚书郑敦谨以软差大臣身份驰赴江宁复审。
就这样几派钦差重臣，折腾了大半年，到1871年3月14日，曾国藩、郑敦谨联衔上奏，以“漏网发匪逆党挟恨复仇”具结该案，刺客张文祥被处凌迟极刑，并剖心致祭马新贻。一件大案至此，似乎已成定验。然而，参审官员事后的种种异常表现，却令人觉得此案结犹未结，另有不能道破的隐情。
首先是参与会审的两位马新贻亲信江宁布政使孙衣言、营务处总办袁保庆（袁世凯的叔叔，后过继为其子）都拒绝在奏结上签字“书诺”，也就是不承认审讯的结果。
孙衣言更把质疑写到了马新贻的墓志铭上：“贼悍且狡，非酷刑不能得实，而叛逆遗孽刺杀我大臣，非律所有，宜以经断用重典，使天下有所畏惧，而狱已具且奏，衣言遂不书‘诺’。呜呼！衣言之所以力争，亦岂独为公一人也哉？”直指供词不实，忿忿不满之情溢于言表。
他这个时候才明白，自己的靠山一死，湘军集团上下对于他的态度，原来马新贻在时，整个湘军集团对于他或者马新贻都是不冷不热的，如今更是冷眼相加，更谈不上配合查案了，而张文祥对他更是嗤之以鼻，也难怪他忿忿不平。
其次，钦差大臣郑敦谨审结出奏之后，不等朝廷答复，就匆匆离开江宁；未及回京复命，就中途称病辞官回家。按清制，钦差不回京复命是要受处分的。而郑竟然置之不理，不免令人诧异。
郑敦谨翰林出身，先后任左都御史、刑部尚书（相当于今日的最高监察长官和司法部长），因为办案铁面无私赢得“郑青天”之名。
他在离开江宁之日，对曾国藩按官场礼节致送的程仪（送别礼金）拒而不纳，如此不给面子的举动，是不是要表示对与曾国藩会审结果的不满？而郑辞官后终身不复出仕，又是什么样的原因让他心灰意冷？
冷眼人不难看出这其中的猫腻，如果说刺马案跟湘军集团没有任何瓜葛？这话估计没有一个人相信，更何况曾国藩虽然不在，但湘军真正的统帅曾国荃始终对此不发表任何意见和态度。
“刺马案”之所以被列入清末四大奇案，一个是因为马新贻作为两江总督的高级官场身份；另一个是因为这个案子背后隐藏的巨大政治军事秘密朝野都认为曾国藩平定太平军攻陷天京后，收缴了洪秀全的全部金银，但所上缴朝廷的数额却非常少。
曾国藩此时等于背了黑锅，他的所获实在是不多，但这事情等于黄泥巴掉到了裤裆里不是屎也是屎了，曾国藩有苦说不出，这显然是有人泄露了他的那些非常隐秘的事情，这让他非常愤怒，现在消除朝廷对他的猜忌才是重中之重。
可是这又那里是那么容易的？别的不说他的湘军就是一个口实，所以他对于朝廷要裁撤湘军的意见是全力配合和支持，但当时湘军势力强大，更有传言曾国藩有野心，于是慈僖太后先把曾国藩调离江宁。
接着召见过马新贻，升其为两江总督，之后马便在其密旨的授权下开始了对湘军的财政调查。就在马新贻即将把太平天国财富去向弄清楚的时候，“刺马”案突然发生。
后世史家，多持湘军“刺马”说。认为至少有如下三个理由，令湘军必“刺马”而后快：
第一、湘军自1864年攻下太平天国首都“天京”（也就是江宁，今南京）后，就视两江为自己的地盘。但朝廷却不容湘军坐大，1868年把曾国藩由两江总督调任天子脚下的直隶总督，派不属湘军系统的马新贻继任，并落实裁撤湘军。
其时马新贻不过47岁，资望既浅，又无显赫军功。纯是朝廷为了制衡湘军势力培养出来的政治新贵，湘军中人，如何容得下这根“眼中钉”？
第二、几万湘军士卒被裁撤后，其中不乏将领。这些人并不回乡务农，而是到处游荡掳掠，有些人参加了“哥老会”（又称“袍哥”，源于四川，是近代中国活跃于长江流域，声势和影响都很大的一个秘密结社组织，传说中是“天地会”的分支），这样就扩大了黑势力，成为社会的一大公害。
马新贻在惩治散兵游勇时非常严厉，尤其是他任命以剽悍著称的袁保庆为营务处总办，抓到为害百姓的散兵游勇即就地正法。散兵游勇对他恨之入骨。
第三、有闻马新贻奉有慈禧太后密旨，要他追查太平天国宝藏下落。太平天国在天京经营十年，积聚金银财宝无数。清廷本指望在攻克天京后，以这笔财富填补历经十多年内外征战空虚已久的国库。
岂料天京在被湘军“九帅”曾国荃率军围困四十余天陷落后，这笔财宝却不翼而飞。有传闻指曾国荃攻进天京后，纵兵将天王府抢劫一空，然后一火焚之。
事后，湘军中人多有回乡购田置地，大起豪宅的。当时朝廷曾让时任两江总督的曾国藩查报太平天国国库的下落，曾国藩却只对以天王府已被大火焚毁，瓦砾全无。而马新贻要调查此事，不被杀人灭口才怪。
马新贻被刺后，执掌朝政的慈禧太后和恭亲王显然看出了一些端倪，急调湘军老祖宗曾国藩回两江坐镇，以防局面变坏。但曾国藩态度却很奇怪，两度上折称病请辞江督。
当时在直隶总督任上的曾国藩正为办理“天津教案”焦头烂额，国人责他媚外，洋人责他惩办不力。
如能调任江督，正可顺理成章脱离这个里外不是人的尴尬境地，而曾国藩竟想赖在天津不走，除非他认为，“刺马案”比“天津教案”更麻烦，更尴尬。
虽然曾国藩屡辞不获之下，又受了朝廷几顶夸他“老成持重，前在江南多年，情形熟悉，措置咸宜”等高帽，不得不勉强赴任，却是一路拖延。抵达江宁后，每天不过会客看书，也并不急着审案。
而后来在与郑敦谨共同审案的过程中，曾国藩又往往沉默寡言，极少发问。郑敦谨进行了将近半个月的审讯后，曾国藩不过是淡淡的提示郑敦谨，恐怕案子还得象以前那样奏结。曾国藩的消极态度中有什么样的隐情，耐人寻味。
最终，因曾国藩一个“实无指使别情”的奏片，朝廷中止了追求“刺马”案真相的努力。这句话虽是“此地无银三百两”，但出自勋高柱石的曾国藩，力量非同小可，无非告诉朝中军机大臣：不要再问了，问下去就没什么好结果了。
自始至终，可以说朝廷一直力主“刺马”案另有主使，并且不断降旨以推动审讯工作，前后参加审讯的官员多达五十余人。
但直到最终，也没有审出幕后主使，朝廷迫不得已接受了审讯结果，只有以死后哀荣来安抚马家后人，上谕赏加马新贻太子太保衔，照总督阵亡例赐恤，入祀贤良祠，列国史传，并赐谥号“端愍”，意思是为官清正，死得可惜。
其子马毓桢加恩赏给主事，分刑部学习行走。其后代子子孙孙可世袭“骑都尉兼云骑尉”的职位。又令在马新贻曾经为官的江宁、庐州等地及其家乡荷泽建立专祠，春秋官为之致祭。这些恩赐总算仁至义尽。
坊间传闻四起，说什么的都有，有说张文祥其实是反清义士。曾经是跟随太平天国的一些小组织小势力里的人，杀马新贻乃是杀身成仁的壮举，有说马新贻在江宁敛夺财物，抢了张文祥家的祖宅，更有桃色的说法，说是张文祥的娇妻被马新贻所抢！总之说什么的都有，社会上传的一片乌烟瘴气。
