诸葛亮的精辟分析和建议，为刘备展示了光明的前景，使刘备由衷地产生敬意，司马徽和徐庶的举荐一点也没有错，诸葛亮确是了不起的一代人才，是他梦寐以求的好谋士、好军师。刘备诚恳地邀请诸葛亮出来辅佐自己，实现复兴汉室、统一天下的计划，诸葛亮感激刘备的尊重和信任，慨然应允道：“蒙将军不弃，我就为将军奔走效劳吧！”就这样，诸葛亮结束了十年隆中的“隐居”生活，正式踏上了政治舞台。
诸葛亮在隆中待时而动，“择主而从”，选来选去，偏偏选中了东逃西窜、寄人篱下、势单力薄的刘备。刘备难道真的是诸葛亮心目中的如刘秀那样的“中兴之主”？这情形虽然令人奇怪，但也不难理解。诸葛亮选中刘备为辅佐之主，主要原因不外有这几方面：
首先，刘备是汉室宗亲，他的奋斗目标就是复兴汉朝事业。而诸葛亮以“兴微继绝”，即复兴汉室为己任，这同刘备的目标是一致的，共同的理想和奋斗目标把他们结合在一起。
其次，中国封建社会的知识分子有一个共同特点，就是“士为知己者用（死）”。刘备“三顾茅庐”，一再屈尊下顾，向他虚心讨教，这使诸葛亮非常感动，他愿意为刘备这个“知己”效劳。20年后诸葛亮回顾这件事时，在《出师表》中道出了发自肺腑的由衷之言。
再次，对刘备“宽仁有度”、“知人善任”、“折而不挠”的性格特点，诸葛亮也是有所了解的。诸葛亮认为，在刘备手下，他能够做到尊重和信任，能够施展自己的才能、抱负，这也是在当时众多军阀之中，诸葛亮挑中刘备这个认为他是理想“明主”的原因之一。
诸葛亮来到刘备军中，深受刘备的器重，刘备把他当作良师益友来对待，朝夕相处，两人的关系越来越亲密。这不禁引起长期跟随刘备的关羽和张飞的不满，甚至在刘备面前发起牢骚来。刘备觉察之后，坦率而又严肃地对关、张说：“诸葛孔明卓有识见，我有了他，就好像鱼儿有了水。今后你们不要再说长道短了。”这充分说明，刘备已经意识到诸葛亮对他的事业所起的作用了。
游说吴主共同抗敌
诸葛亮出山之后，第一件事，就是帮助刘备扩大军队。当时刘备手下只有几千人马，这么少的武装力量肯定是难以抵御强敌的。诸葛亮建议把荆州一带没有户籍的游民加以选拔训练，刘备依照他的办法去做，果然从中选拔了不少壮丁，使军队扩充到几万人。这支军队经诸葛亮加以训练，成为刘备开创基业的核心武装力量。
诸葛亮为刘备扩充实力，目的是想借机夺取荆州，但是这些事情还来不及做，曹操的大军就压境了。
汉建安十三年（公元208年）秋天，曹操率军南征荆州。不久刘表病死，其次子刘琮任荆州牧，听说曹军到来，吓得不战而降。屯兵樊城的刘备，向江陵撤退时，在当阳长坂坡被曹军打得大败。刘备和诸葛亮等突围到夏口，接着又退到樊口。
在强敌曹操的进逼之下，孙权、刘备双方都有联盟抗曹的愿望。孙权派鲁肃去见刘备，希望和刘备联盟。鲁肃跟着刘备退到樊口后，诸葛亮对刘备说：“事情已经很紧急了，我愿亲自前往东吴，向孙将军求援。”刘备也感到形势紧迫，立即派遣诸葛亮随鲁肃去柴桑（今江西省九江市西南）见孙权。
孙权在柴桑密切地注视着局势的发展，战火即将燃烧到自己身上，使他感到有同刘备联合的必要，但能否战胜曹操的进攻，他还缺乏信心，态度有些犹豫不决。
诸葛亮会见孙权后，针对孙权思想上的疑虑从分析天下大势着手。说：
“现在天下大乱，孙将军起兵占据了江东，刘将军也招募部队在汉南（汉水之南），和曹操争夺天下。现在曹操已经平定了河北，战胜了不少对手，又攻下荆州，威震四海。刘将军无力挡其兵锋，英雄无用武之地，因此迁到此地。这就是摆在我们面前的严重情况。”
接着诸葛亮又故意反激孙权说：
“情况如此紧迫，我希望将军根据自己的力量，考虑相应的对策。如果能以江东之众与曹操抗衡，就应该趁早和他断绝关系，争取时间早定战守之策；如果不能这样，为什么不投戈卸甲，向曹操投降呢？现在将军表面上服从曹操，而内心却犹豫不决、举棋不定。在这紧急关头不能当机立断，恐怕大祸就要临头了。”
孙权听了，很是恼火，他万没想到诸葛亮会这么小看他，不禁生气地反唇相讥道：“既然像您所说的那样，那么刘将军为什么不投降曹操呢？”
诸葛亮理直气壮地回答：
“汉初的田横，不过是齐地的一位壮士，他尚且能守义而不屈（注：田横为秦汉间田齐的宗族，汉高祖刘邦称帝后，他不愿称臣，率领徒属五百余人，入居海岛；刘邦使人召请，他不从，最后自刎而死），何况刘将军是王室的后代？他的英雄才气，盖世无双，天下的士人都仰慕他，就像水归大海一样。若真的大事不成，那也只是天意，哪能够屈辱投降曹操呢？”
这一来，孙权可真的是被激怒了，他再也忍耐不住，勃然变色地说：“我也不能以江东之地和十万之众，受制于人，我决心抗击曹****。”
孙权的话虽然说得很硬气，但他清楚自己一方的兵力，而刘备又刚刚在当阳吃了败仗，又有多大的能耐呢？他不禁又怀疑地对诸葛亮说：“固然现在除了刘将军，没有人能够和我共同抵抗曹操。但刘将军战败之后，还能抵挡得住曹操吗？”
针对孙权的怀疑，诸葛亮满怀信心、胸有成竹地向孙权分析了敌我双方的力量对比，他说：
“刘将军虽然在长坂战败，但现在部下陆续归来的，以及关羽、刘琦率领的江夏之军，总共不下两万人。曹军兵力众多，但远道而来，长途跋涉，为了进行追击，一日一夜行军三百多里，早已疲惫不堪，像一支飞到尽头的箭，连穿透一层薄薄绸子的力量都没有了。况且北方人不习水战，更是曹军的一大弱点，还有，荆州的民众暂时归附曹操，那是迫于兵势，并非心服。”
最后，诸葛亮鼓励孙权说：
“现在孙将军您真能派出猛将，带领数万大军和刘将军联合起来，同心协力作战，那就一定能够打败曹操。曹操兵败之后，必然向北方撤退。这样，荆州、江东不但都能安然保全，而且势力大大增强，那么天下鼎足而立的局面就形成了。成败的关键，在于今日，孙将军您切不可坐失良机。”
诸葛亮的分析清楚透彻，说得孙权满心欢喜，愁眉顿展，增强了他战胜曹操的信心。但当时的孙权集团内部，主战派与主降派的斗争非常激烈，尤其是主降派的代表人物张昭，在曹军气势汹汹的威逼下，更是吓破了胆，力主不战而降，而当时主战派的代表人物之一是周瑜，他正奉命去鄱阳调集水军，不在柴桑，主降派的呼声更是甚嚣尘上，这种情形，使孙权感到无所适从。
在鲁肃的建议下，孙权迅速从鄱阳召回周瑜。周瑜回来之后，力排众议，并信心十足地对孙权说：“请将军给我精兵数万，进屯夏口，我一定为将军击破曹操！”周瑜坚决抗曹的态度，感染了孙权，孙权下定决心迎击曹操。在召开江东文武大臣的会议上，孙权毅然抽出宝剑，砍掉奏案上的一角，斩钉截铁地说：“如果有谁再敢说向曹操投降，就和这个木案一样！”
在此期间，由于鲁肃的引见，周瑜会见了诸葛亮。诸葛亮向周瑜提醒说：“孙将军虽然下了决心，恐怕还有反复，因为此处主张投降的势力还很大。依我之见，公瑾（周瑜字）还得再向孙将军说说，主要是把曹军兵马多寡的实际情况再说清楚明白，让孙将军放心。”
周瑜很重视诸葛亮的意见，当天夜晚立即进见孙权说：“据诸葛先生了解，曹操所称80万水军完全是恫吓之词，实际兵马超不过20万，并且已是疲惫不堪，而荆州降兵，对曹操尚存狐疑之心。这样看来，曹军人数虽多，一点儿也不可怕。只要与刘备将军联合起来，打败曹操是没有问题的。”
周瑜一席话，更坚定了孙权抗击曹操的决心。就这样，孙、刘联合抗曹的局面正式形成了。
孙、刘联盟的实现，是由当时的政治军事斗争形势所决定的。在敌强我弱的情况下，孙、刘联盟是双方与曹操争存亡的共同愿望。孙、吴联盟局面的出现，不能不归功于诸葛亮、鲁肃、周瑜的卓越识见。而诸葛亮在这关键时刻前往柴桑，向孙权反复陈说利害，促进了孙、刘联盟的实现，这对战争的结果起了非常重要的作用。在出使柴桑、游说吴主这场活动中，诸葛亮显示了他作为一个政治家、军事家的远见卓识，也表现了他出色的外交才能。
孙权和刘备结盟后，他们的军队在赤壁（今湖北省蒲圻县西北）大败曹军。这场战争的实践，充分证明了诸葛亮、鲁肃、周瑜等的分析和论断是科学的、英明的。诸葛亮在赤壁大战前后，还有过哪些活动，史书上没有记载，因而无法查考。但作为刘备一方的主要决策人物诸葛亮，他不可能不参与一些联军作战问题的讨论和协商，提出作战的主张和建议，比如战争的主要形式是利用进行火攻等等，诸葛亮很可能参与了计谋。至于像《三国演议》上所描写的“舌战群儒”、“草船借箭”、“披发仗剑”、登坛借东风等等带有传奇色彩的故事，那就完全是小说家的艺术创造罢了。
以法治蜀令出必行
赤壁之战后，刘备占有荆州不少地方，以后又从刘璋手中夺得益州，从曹操手中夺取汉中，力量发展非常快。此间，诸葛亮为刘备镇守后方，安抚民众，供给军备粮草以及兵源，为蜀汉政权的建立，作出了很大贡献。
刘备死后，刘禅继位，诸葛亮被封为武乡侯，领益州牧，蜀汉的政事，不论大小，都由诸葛亮一手处置，实际上诸葛亮已成了蜀汉政权的主持者。
“内修政理”是诸葛亮在《隆中对》中提出的策略步骤，在刘备集团跨有荆州、益州、汉中，诸葛亮负责治理西蜀之后，这个问题就提到了议事日程来了。
为了维护刘备集团在益州的统治，为了蜀汉政权的长治久安，诸葛亮首先把实行法治摆在“内修政理”的首位。这是针对益州当时“乱”的局面而采取的强有力措施。
益州原来的政治状况很不稳定。在刘焉、刘璋统治益州时期，法令松弛，政治腐败，地主豪强和官僚专横自恣，侵夺百姓，鱼肉人民，因而阶级矛盾非常尖锐。在公元188年，即刘焉担任益州牧之时，就曾经发生了以马相等为首的农民起义。起义虽然被镇压，但阶级矛盾并没有缓和，纵容豪强官僚欺压、侵凌百姓的局面还是愈演愈烈。
这种严重的“乱”的局面，势必大大不利蜀汉政权的稳固。严厉打击豪强的不法行为，就是诸葛亮解决“乱”的一个重要手段。而益州地方的土著豪强，正是诸葛亮要着力打击的对象。
诸葛亮以法治蜀的思想内容，具体体现在他主持制订的《蜀科》的法典上（今丢失）。在《蜀科》上的相应条文，规定了对蜀土著豪强采取抑制并打击的措施。而在实践上，诸葛亮也执法严明，依法行事，不避权贵，不徇私情，刑罚有准，轻重比较适当。如对破坏法纪的蜀中豪强彭羕，坚决镇压，毫不留情；对以私废公、放肆专权的李严、廖立等，绳之以法，该罢官的罢官，该刑罚的刑罚；对挑拨是非、妖言惑众的来敏，坚决予以革职。这些典型事迹，显示了诸葛亮执法如山、铁面无私的政治家作风。相反，对于严明奉法、法廉自持的官吏，如蒋琬、费祎等，则大加褒扬、提拔。
正因为诸葛亮实行法治、打击豪强的政策，因而引起了地主豪强的不满和反对，他们攻击诸葛亮“刑法太严”，吵吵嚷嚷地要诸葛亮“减轻刑法”。时为蜀郡太守、扬威将军的蜀中代表人物法正，对诸葛亮这么雷厉风行地打击蜀中豪强也不甚理解，并且站出来替他们说话。他引用汉高祖入关“约法三章”实行宽民之治的事例，写信给诸葛亮。信中说：“从前汉高祖入关，除去秦朝严刑苛法，约法三章，宽禁省刑，关中老百姓，都感念高祖的恩德。如今我们刚刚用武力占据益州，还没有给地方上带来恩德，就施用刑禁权威，这是很不好的。按照主、客的关系，我认为应该多施行点恩德，把刑罚、禁令放宽些，以慰藉他们。”
法正的信，引出了诸葛亮著名的反映他的法治指导思想的文章——《答法正书》，书中这样说：
先生您只知其一，不知其二。秦代的情况是实行****，虐待人民，因而逼得人们不得不起来造反。针对这种情况，汉高祖采用了宽刑弛禁的办法，来减轻人民的负担，这是对的。现在益州的情况和秦代大不相同。刘璋暗弱，自从刘焉以来，就放纵地方豪强官僚，使他们专横跋扈，任所欲为，因而德政不举，威刑不肃，君臣之道也就逐渐被破坏了。给这些官僚们以高官，宠爱他们，他们地位高了，反而不觉得可贵；服从他们，施以恩惠，恩惠达到顶点，他们反而傲慢无礼。这就是政治弊病的来源。现在我们以法来威胁他们，法行之后，人们才能够知道什么是恩德；限之以官爵，官爵提升之后，人们才能够知道爵位的尊贵。行法和恩宠相辅并行，上下的次序才能够维持正常，政治才能够得到清明（原文见《三国志·蜀书·诸葛亮传》裴注）。
这封书信批评了法正看问题的片面性，批驳他生硬地套用汉高祖“宽禁省刑”的做法。诸葛亮指出：秦时跟现在不同，关东和益州的情形不一样，现在就是要严明赏罚，严格按法制办事，才能彻底纠正刘焉父子遗留下来的邪恶风气。诸葛亮在这封书信中强调了一切从实际出发的观点，拒绝了法正的建议，这是很有见地的。
