曾经的传媒大亨弗拉基米尔·古辛斯基流亡寡头鲍里斯·别列佐夫斯基普京还对地方政治力量及经济垄断部门的“分封割据”和“世袭领地”现象进行整治，力图从体制上确保对这些领域的控制。这包括对“世袭领地”进行一系列重要人事变动，如对中央银行、天然气工业总公司等重要部门实行人员更替，增强国家对战略资源的掌控：总统办公厅主任、2005年11月被任命为俄罗斯联邦政府第一副总理的梅德维杰夫，从2002年起就一直担任天然气工业股份公司的董事会主席；2002年6月，总统顾问伊万诺夫出任重要的军工集团阿尔马斯－安泰防空武器康采恩董事会主席；2004年6月，总统办公厅副主任谢钦入主俄罗斯石油公司董事会，同时总统顾问舒瓦洛夫任俄罗斯铁路公司董事；2004年9月8日，总统办公厅副主任苏尔科夫正式担任石油产品运输公司董事长，而总统办公厅主任顾问什科洛夫和专家局局长德沃尔科维奇也都是石油运输公司董事会成员；“别斯兰人质事件”后，普京的另一名顾问维·伊万诺夫开始担任俄国家民航公司董事会主席。
此外，2004年9月15日，俄自然资源部长特鲁特涅夫透露，该部将在两个月内制订开发东西伯利亚和远东地区的国家地质勘探战略规划，从政策层面对上述地区丰富的油气资源勘探予以引导。2005年，俄将从预算中拨出150亿卢布用于勘探新的资源产地，比2004年增长两倍。
近年来，普京多次签署法令，禁止对具有重要战略意义的企业实行私有化。此外，俄还通过打击损害俄国家利益的私营公司、组建国家控股的大型石油和天然气垄断企业、政府官员直接参与战略行业管理、限制外资参与战略行业等手段，加强国家对战略资源的控制。与此同时，俄自然资源部正在修订新的《矿产资源法》，将对开采许可证发放和开采权竞标等加强管理，以便更有效地对油气等资源的开采和运输进行监督。这标志着外商参与俄石油和天然气等地下资源开发的相关规定即将出台。限制外资介入的战略资源储藏区包括铀、金刚石、石英和稀土等俄短缺的矿产资源；储量超过1.5亿吨的油田；储量超过1万亿立方米的天然气田；储量超过1000万吨的铜矿。
此外，出于维护国防和国家安全利益，处于国防工业所辖区域内的矿藏也将被列入俄战略资源储藏区名单中。
（四）行政体制改革：大规模调整新政府
转轨以来，由于制度建设滞后，俄罗斯国家行政体系存在构成不合理、各级政府组织之间职权划分不科学、结构不平衡的现象。由于没有完善的职业公务员制度，贪污腐败现象使俄罗斯的国家利益受到严重威胁。1996年夏，总统助理克拉斯诺夫和萨塔罗夫为再度当选的叶利钦规划了内政改革思路，中心就是加强法律制度建设，从制度上解决行政效率低下的问题。叶利钦在1997年国情咨文中分析了权力执行机构现状，强调国家将对行政管理的原则和方法进行重大改革，按新的方式重组国家机关，并改变联邦政府、总统办公厅、地方政权机构的行政职能，建立一个精干高效和受社会监督的国家机关。
随后，有关专家们开始文本的准备工作，先后提出10多份方案。1997年9月提出的《行政改革构想》经多次修改后基本得到认可，俄罗斯第一次行政改革由此展开。由于方案建议取消设置副总理，把政府办公厅缩小为总理秘书处，大大侵犯了上层官僚体制的根本利益。所以，在1997年10月提交政府评定时只有两位副总理响应，但在肯定其重要性的同时也提出了批评。这样，行政改革进程遇到很大障碍，方案起草委员会被迫继续修订。1998年3月，方案起草工作进入第二阶段，委员会准备将改革方案向社会公布。由于很快发生了严重的金融危机，基里延科政府因忙于应付危机，而根本没有精力推行行政改革。总体上，叶利钦时期对执行权力机构的改革重视不够，虽也曾多次精简管理机关，合并和划分主管部门，但基本没有取得任何成效。
普京执政后，意识到俄现行行政体制存在很多缺陷，在基本采纳《行政改革构想》的基础上，确定了自己的改革计划。1999年12月初，在他的倡议下成立了由经济发展和贸易部长格列夫主持的战略研究中心基金会，召集专家拟订改革发展战略。按照格列夫最后提交的经济改革、政治改革和行政改革计划，2000年5月17日，普京在就职后第一次发表了《告俄罗斯公民书》，宣布开始对俄国家权力机关进行改革。在调整中央和地方关系的同时，普京积极采取措施转变政府职能，减少行政干预，促进经济活动自由。普京大力支持由格列夫提出的“经济活动非官僚化”的主张，减少政府和官员对企业的过多干预。为加快推行与西方接轨的现代公务员制度改革，以提高行政工作效率，2001年8月，普京下令成立由卡西亚诺夫总理牵头的公务员改革问题委员会和由总统办公厅第一副主任梅德维杰夫支持的部门间改革方案筹备工作小组，并签署《俄联邦国家公务员制度改革构想》。由总统和政府各部门代表组成的专门工作小组积极制定《俄联邦政府公务员改革规划》。
在2002年的国情咨文中，普京再次强调，“执行权力机关应当进行合乎逻辑的和合理的配置，国家机关应当成为落实经济政策的有效工具。国家机关的改革需要同改变执行权力机关的工作和配置原则密切联系起来进行。”
2002年8月，普京签署总统令，具有过渡性质的《国家公务员公务行为准则》
开始实施。2004年，连任总统后，普京组成了新一届弗拉德科夫政府。弗拉德科夫政府强调，俄罗斯的行政改革是提高俄经济竞争力的重要手段之一，改革的最终目标是实现国家的集中化与效率化。2004年3月9日，俄罗斯总统普京签署了“关于联邦执行权力机关的体制和结构”的总统令，宣布了俄新政府主要组成人员的名单，并对新政府进行了大规模结构性调整。这次政府结构调整是普京大力推进行政改革、加强政府建设的重要举措，其目的是新一届政府由弗拉德科夫担任总理，只设一位副总理，政府下设的部也由过去的30个减少到17个。俄罗斯政府副总理由议会多数派统一俄罗斯党推举的亚历山大·茹可夫担任。上届政府国防部长谢尔盖·伊万诺夫、财政部长阿列克谢·库德林等留任原职，原外长伊戈尔·伊万诺夫改任联邦安全会议秘书，新外长由谢尔盖·拉夫罗夫担任，这次政府组阁是普京首次根据自己的意愿安排人马，“叶利钦家族”的余威已不复存在。“叶利钦家族”在前政权中的代表人物，一个是前总统办公厅主任沃罗申，另一个是前政府总理卡西亚诺夫，沃罗申在2003年10月的“尤科斯风波”中辞职，卡西亚诺夫不久前刚被普京解职。
解决阻挠经济发展的官员腐败和行政机构臃肿的问题，推动经济发展。此次行政改革主要包括以下内容。
第一，明确各权力机关的职责和权限。联邦执行权力机关分为部、局、署三大类，各自履行不同职责。部的职能是制定分管领域的国家政策，对分管领域的活动进行法律调节，对所辖联邦局、署进行协调和监督。联邦局对分管领域的活动履行监督和监察职能，在国防、国家安全和公共安全等方面履行专门职能。联邦署对分管领域的活动行使国家服务、国家财产管理职能以及除监督和监察职能以外的执法职能。
第二，精简机构。大幅削减政府直接管辖的部，新设一大批部辖联邦局、署是这次改组的重点。新政府只设一名总理和一名副总理，副总理数量比上届政府大大减少。原有的13个部、2个国家委员会、1个联邦委员会、8个联邦局和署被取消或合并，部委数量由30个减少到17个；与此同时，增设了反垄断局、移民局、劳动和就业局等16个联邦局和水利资源署、航空运输署、铁路运输署等21个联邦署。
