1912年7月26日生于北京。启功的始祖是清朝雍正皇帝的儿子，排行第五，名弘昼，封“和亲王”。其后代逐渐从王府中分离出来，至其曾祖时，家族已失去门荫，要通过科举找出路了。曾祖溥良，考中进士，入翰林，清末曾任礼部尚书、察哈尔都统。祖父毓隆，也是翰林出身，为典礼院学士，曾任学政、主考。
1913年父亲去世，随祖父生活。为祈福，祖父曾让他拜雍和宫的一位老喇嘛为师，做记名的小喇嘛，取名“察格多尔札布”。当时正是辛亥之后，清廷逊位，其曾祖绝意政治，不愿居京城，以示不再过问国事。恰其曾祖有一门生，名陈云诰，亦是翰林，家为河北易县首富，广有资财，于是出资在易县城中购买房舍，请其曾祖居住。曾祖乃携家人迁居易县，启功时年方三四岁。稍后，入私塾读诗文。
1922年曾祖去世。家业因偿还债务而衰落。
1923年祖父去世。家中变卖世藏书籍以作殡葬费用。当时母亲克连珍与尚未出嫁的姑姑恒季华，都年仅二十余岁，便挑起家庭生活重担。恒季华为了教养这一线单传的侄子成人，毅然终身不嫁，并把自己看做是这个家庭中的男人。启功亦称姑姑为“爹爹”（满俗，“爹爹”即叔叔）。
1924-1926年在北京汇文小学和汇文中学读书。幼年启功看到祖父案边墙上挂有大幅山水是叔祖画的，又见祖父拿过小扇画上竹石，几笔而成，感到非常奇妙，便产生“做一个画家”的愿望。他在学校的习作，曾被学校选为礼品赠送给知名人士。
1927-1929年经长亲带领，拜贾羲民学画。贾羲民博通画史，对于书画鉴赏也极有素养，见解卓识。他常带启功到故宫博物院看陈列的古代书画，有时还和一些朋友随看随加评论，启功也一一记下。这些活动使启功深受启迪和教育。启功想多学些画法技巧，贾羲民又将他介绍给吴镜汀。吴镜汀教授画法，极为耐心，绝不笼统空谈，而是专门把极关重要的窍门指出，使启功长进很快。一次，一位长亲命他画一幅画，说要装裱后挂起，他感到很光荣。但长亲又说：“画完后不要落款，请你的老师落款。”这又给他很大刺激，从此发愤练字。
1930年经老世交介绍，从戴姜福学习中国古典文学，习作旧诗词。由于老师的精心培育，加上他刻苦自学，从青年时候起，便对中国古典文学打下了坚实的基础。
1932年与章宝琛完婚。章氏，满族，长启功两岁。为维持生活，教家馆，有时也作画卖钱。
1933年经傅增湘介绍，受教于陈垣。陈垣看过他的作品，认为“写作俱佳”，便安排他在辅仁中学任国文教员。此后几十年一直在教育岗位，主要精力都在教授古典文学，中间也卖过字画，但他说：“那只是副业。”
1935年任辅仁大学美术系助教，业余从事书画创作。
1938年任辅仁大学国文系讲师。抗战胜利后兼任故宫博物院专门委员，负责文献馆审稿和鉴定文物。
1949年任辅仁大学国文系副教授兼北京大学博物馆系教授。
1952年全国高等院校进行院系调整，辅仁大学与北京师范大学合并，任北京师范大学中文系副教授，教授古典文学。同年加入“九三”学社，被选为“九三”学社北京分社委员，后又被选为北京市政协委员。为人民文学出版社出版的《红楼梦》程乙本作注释，这是建国后首次出版的《红楼梦》注释本。1957年45岁时，母亲和姑姑相继去世。
1962年撰写完成《古代字体论稿》和《诗文声律论稿》两本书稿。
1963年撰写了《〈红楼梦〉札记》。
1966年文革爆发，一切公开的读书写作活动被迫中止，但私下里治学不辍。由于他精通书法，常被造反派命令抄写大字报。
1971年参与组织标点《二十四史》和《清史稿》的工作，与王钟翰等负责标点《清史稿》。
1975年夫人章宝琛逝世。
1976年粉碎“四人帮”之后，师大恢复课程。
1977年《诗文声律论稿》由中华书局出版。
1978年文革后落实政策仍被聘为教授。
1979年《古代字体论稿》由文物出版社出版。
1981年《启功丛稿》由中华书局出版。同年，中国书法家协会成立，被推为副主席。应香港中文大学邀请赴香港讲学，作关于汉语和《红楼梦》的讲演。
1982年国家古籍整理出版规划小组成立，任该组成员。
1983年应中宣部《中国美术全集》办公室聘请，任《中国美术全集》顾问。参与国家文物局组织的由七位专家组成的中国古代书画鉴定组，负责甄别、鉴定北京及全国各大城市博物馆收藏的古代书画作品的真伪。
1984年被聘为博士研究生导师，被选为中国书法家协会主席。
1986年被任命为国家文物鉴定委员会主任委员。
1989年4月，任中央文史研究馆副馆长。《启功韵语》由北京师范大学出版社出版。
1990年《论书绝句一百首》由香港商务印书馆和北京三联书店出版。该书以诗的形式总结了他几十年来书法实践的系统理论，对历代书法家有评论，对书法的结字、用笔有独到见解。为设立“励耘奖学助学基金”，在香港举办“启功书画义展”。
1991年任国家古籍整理出版规划小组顾问。《汉语现象论丛》由商务印书馆（香港）有限公司出版。同年11月底，将义卖字画所得一百六十三万余元全部捐给北京师范大学，设立“励耘奖学助学基金”。9月，赴日本东京、大阪访问，参观大阪博物馆收藏的中国书画珍品。
1992年全国政协、北京师范大学、荣宝斋联合举办“启功书画展”，先后在北京、广州和日本展出。《说八股》、《启功论书札记》、《启功书画留影册》由北京师范大学出版社出版。
1994年赴韩国进行书画交流。荣宝斋与韩国东方画廊联合举办“启功·金膺显书法联展”，先后在北京和汉城（今首尔）展出。《启功絮语》由北京师范大学出版社出版。
1995年《启功论书绝句一百首》、《启功书画作品专集》由荣宝斋出版。
1996年10月，赴美、德、法三国访问，参观三国国家博物馆所藏中国书画珍品。
1997年4月，中央文史研究馆组织书画代表团赴新加坡，举办中央文史馆馆员书画作品展，启功任团长。10月，应香港商务印书馆邀请，赴香港出席庆祝香港回归祖国暨商务印书馆建馆100周年活动，为香港回归创作书画作品多件。《启功论书绝句一百首》日文译本在东京出版。
1996年任北京师范大学教授、博士研究生导师。是中国人民政治协商会议全国委员会第五届委员和第六、七、八、九届常务委员，国家文物鉴定委员会主任委员，中央文史研究馆副馆长，中国书法家协会名誉主席。
2005年6月30日2时25分病逝于北京。
