李自成逃禅石门夹山一说，流传极广。据清代澧州知州何璘的《李自成传》一文称，李自成兵败，独窜石门之夹山为僧，法名奉天玉和尚。
何璘的说法也是有关“闯王”出家的最早记载。据言，何璘曾到夹山进行考察，见到了一位服侍过奉天玉和尚的、口音像陕西人的70岁老和尚，他告诉何璘，奉天玉和尚是顺治初年来寺的，并取出其画像。据说画上人酷似史书所记李自成的模样。
持此说的另一依据是从战略推理上得出来的，认为李自成去当和尚，是为情势之所迫，是为了联明抗清。当时，李自成领导的大顺军的主要敌人，已经不再是明朝的势力，而换成了气势汹汹的清军。抗清已成为了当务之急。联合国内的其他武装力量便也显得举足轻重了。
其实在四月下旬，大顺军主力行进到距离江西九江不远的地方就被清军又一次追上。一通混战之后，清军攻入了大顺军的老营，将汝侯刘宗敏、军师宋献策、李自成的两位叔父（赵侯、襄南侯）以及一批将领家属俘获。
李自成掉过头来准备穿过江西北部转入湖南。于是在途经湖北通山县和江西宁州（今修水县）交界的九宫山下的时候，李自成本人发生了意外。这一幕一定是惊心动魄的场面，在明、清两方的文书里面则都有记载。
清军负责追击李自成的统帅阿济格也向清廷报告了李自成的死讯。他说，大顺军在九江地区失利后，尽力穷窜入九宫山。他们在山中到处搜寻，也没有找到李自成。降卒和被擒的大顺军士兵都说李自成逃走时被村民围困，不能逃脱，自缢而死了。于是找了认识李自成的人去认尸，但是尸体腐烂，无法辨认。李自成是死是活，还得继续察访。
阿济格的奏疏在主要情节上（时间、地点和牺牲经过）同何腾蛟的报告相一致，因为他的消息也是由当时原属于大顺军的兵卒所提供的，也具有相当的准确性。
其实多尔衮刚收到阿济格关于李自成困死九宫山的奏疏时是相信的，他曾郑重其事地告祭天地太庙，宣谕中外。地方官员也纷纷上表庆贺。可是，就在阿济格班师回朝的途中，得到了大顺军重现江西的情报。由于阿济格并没有取得李自成的首级为验，多尔衮因此就开始怀疑李自成的死讯不可靠。七月二十日，他派人对即将进京的阿济格大加呵责。因为李自成牺牲以后他直接统率的那支大顺军主力确实进入了江西宁州、瑞昌一带。考虑到明清文献中“闯贼”一词既可指李自成本人也可指李自成起义军，因大顺军在江西而产生自成遁走江西的误传并不奇怪。所以说，所谓“自成生死终未有实据云”，“实据”其实应该就是指自成的首级了，这是清廷方面一直没有得到的，产生怀疑也是自然而然的了。
李自成首级为什么没有落入彼此双方之手呢？原因很简单。就南明来说，大顺军在安葬了李自成遗体后就转入江西和湖南，通山县已属清军的势力范围。何腾蛟当时在湖南长沙，不大可能派人前往清方控制区去发掘李自成遗体。其次，何腾蛟名为五省军务总督，实力却相当有限，只是由于大顺军将领的主动才建立了联合抗清阵线，“一时骤增兵十余万”。即便有可能派军队进入通山县，何腾蛟也绝不敢开罪于实力远胜于自己嫡系军队的大顺军余部，跑去把李自成遗体挖出来枭首“报验”。这个道理十分明显，但他在疏中不便明说，只好含糊其辞地解释说剿抚道阻音绝，没法拿到他的首级报验。
总之“闯王”李自成是中国历史上一位千古少有的传奇英雄，他发动和长期坚持的大规模的农民战争，推翻了盛极一时的明王朝，但他却败在关外新兴的北方少数民族——满族所建立的清廷之下。无论是失误也好，即使有天生缺憾也罢，由于当世、后世都对于这次起义和与这次起义有关的历史资料的禁毁，致使我们今天对李自成一生中的许多问题已不可能充分地了解了。因此关于李自成失败后，直到最后归宿的疑案，至今也同样真相难明，虽然各方面各执一词，但诸多的记载与传说，还是有待于进一步去澄清和发现。
点评：
有人说，李自成最大的可能性是置田地安置义军作长期安顿，以图东山再起。
有人说清朝的政策并不是赶尽杀绝，只要你们安定下来了，战争就结束了。而且李自成最大可能的死因就是隐居下来了，李自成改了名藏了起来。
也有人说他是剃了发，出家了。因为清初相对宽松的政策，只要剃发了，一切都结束了。
别管怎么说，李自成是白忙活一场，结果朱家面，李家磨，送给关外的清哥哥。
