清朝建立以后，其中央权力机构沿用的是明朝的内阁加六部制度。所谓六部，指的是中国传统的吏部、户部、礼部、兵部、刑部和工部。雍正即位以后，用军机处架空了内阁，变成军机处加六部的结构。进入近代社会后，清廷为了适应新形势的需要，在传统的六部之外特设立一个新部门，即”总理各国事务衙门“，也就是人们常说的总理衙门。总理衙门是专门和外国人打交道的外交机构，但后来其功能越来越广泛，包括洋务运动的兴办实业、派遣留学生等，都在它的管辖范围之内。庚子年后签订的《辛丑条约》更是大大提升了总理衙门的地位。清廷在外国人的要求之下，将总理衙门改名为外务部，并列于六部之首。在当时，估计就再没有比和洋人打交道更重要的事情了。新成立的外务部还有一大创新，那就是部中不分满汉，领导职位只设立一尚书两侍郎，打破了原先六部中设置满汉尚书和侍郎各一名的制度。这一举措，等于是打破了清朝沿袭了近200年的祖制，而外务部的变化，实际上也是后来的机构改革之先声。为了适应新政的要求，慈禧太后顺应大臣们的请求，开始在传统六部外设立新的领导机构。
1903年9月，为了振兴商务、发展实业，清廷成立了一个新的商部，其职能不仅仅局限于商业，还包括实业（工业）和农业。后来，商部又将老的工部吸收合并，新成立的部门称为农工商部，成为一个负责全国经济发展的中央部门。与此相对应，地方上也纷纷成立了农工商局，作为地方上的经济管理机构。在一个长期奉行农本商末为基本国策的国度里，从事商业和实业的人即使富有四海，也一向被那些羞于谈利的士人们所蔑视，但这次不一样了，当时农工商部的地位仅次于外务部，足见朝廷的重视程度。清廷公开倡导并奖掖实业，这在中国历史上是破天荒的第一次，就连那些朝廷大员们也不再羞于谈及商业和利益，都与时俱进了。鉴于旧式军队毫无用处，清廷在商部成立后的次月又设立了一个新部门，这就是主管全国编练新军的练兵处。后来在清廷的中央官制改革中，兵部更名为陆军部（海军部另设），练兵处也被归并其中。紧接着，清廷又成立了财政处，作为中央财政管理机构，在中央官制改革前，财政处主要负责清查各地财政收入；中央官制改革后，财政处与户部合并，成立一个新的部门，即度支部（相当于现在的财政部）。
1905年10月，清廷又决定成立巡警部（后改名民政部，相当于现在的公安部），以管理全国的警察并负责各地的治安，取代原先的地方保甲制度。同年12月，由于科举制度被废除，为了适应新教育体系的要求，清廷又成立了学部（相当于现在的教育部），并将原先的国子监吸收合并。为了发展交通和通信，后来清廷又设立了邮传部。经过这些变化后，原先的六部制已经是支离破碎，这也为后来的中央官制改革提供了契机。1906年11月，清廷进行中央官制改革，除内阁和军机处仍旧不变外，新设立或改名称的有11个机构，即外务部、学部、民政部、度支部、陆军部、法部、农工商部、邮传部、海军部、军咨府、资政院、审计院，新政时期的机构调整规模可谓前所未有。至此，隋唐以来的传统六部建置便不复存在了，在这些机构里，清廷废除原先的满汉尚书双人负责制，而实行单一的领导制，革除”数人共一职“的低效管理方法。此时的清政府可谓是半新半旧，看起来虽然还有些别扭，但终究迈出了走向近代社会的重要一步。除了设立新机构外，慈禧太后又下决心将一些有名无实、不适应时代发展要求的旧衙门加以裁撤或者归并。
首先被裁撤的是《江楚会奏变法三折》中提到的漕运屯田卫所。屯田和卫所本是为漕运而设立，但当时漕运早已是有名无实，屯卫反成为一大弊政。同时被裁撤的还有河东河道总督，这个机构本是为治理黄河而设，但收效甚微，而每年靡费无数，其被裁撤后，由河南巡抚兼管相应事务。1902年3月，清廷又将一些闲衙分别裁并，如管理太子事务的詹事府（清朝最后三个皇帝都没有子女，哪来的太子），被裁并入翰林院；通政司直接被裁撤；太常寺、光禄寺和鸿胪寺被并入礼部，太仆寺被并入陆军部。随后，清廷对各级衙门进行整顿，裁汰书吏和差役，简化各级衙门的公文形式和办事程序，改陋规为公费等。由于制度的缺陷，书吏和差役在清朝的待遇极薄，如果按名义上的待遇的话，这些人根本就不可能养家糊口。也许是出于这个原因，书吏和差役往往在衙门里”舞文弄法，朋比为奸“，而那些科举出身的官长大都不懂实务，”奉吏为师“，往往被这些人搬弄，在地方上为害甚大。新政时期，朝廷严令各级官长亲理政务，裁撤那些扰民害民的书吏和差役，以期提高办事的效率。在清末新政全面铺开的同时，对不合时宜的旧法制进行改革也成为一项紧迫的任务。
大清帝国当时实行的是三权合一的传统专制体制，加上外国人借口中国的法律严酷而在租界内行使领事裁判权，拒不遵守中国法律。为了废除洋人的治外法权，1902年5月，清廷任命沈家本和伍廷芳为修订法律大臣，命他们”按照交涉情形，参酌各国法律，悉心考订，妥为拟议，务期中外通行，有裨治理“。由此，沈家本和伍廷芳经过两年的筹备，成立了修订法律馆，开始了对中国历史有重大影响的修律活动。沈家本和伍廷芳在修订法律的时候，第一件事便是将中国传统的”刑法为主、诸法合体“的结构打破（如当时的基本法《大清律例》），先区分出实体法和程序法（诉讼法），然后在实体法中再细分出刑法、民法、商法等专门的法律部门。换句话说，也就是使中国”诸法合体“的传统法律向”诸法分立“的体系转变，为中国法律的现代化奠定了坚实的基础。但是，在法制改革的进程当中遇到了很大的阻力，特别在推行司法行政机构改革的时候。原来，中国传统的地方官是行政权和司法权不分的，而新的法制改革则是要推行西方法律体系中的司法独立原则，另设独立的审判体系，这让地方督抚觉得自己的权力被部分剥夺。
就连主张行政的张之洞都对此不理解，说”督抚但司检察，不司审判“后，”则以后州县不亲狱讼，疆臣不问刑名“，那些地方官的权力（及由此带来的油水）岂不是少了老大一块？阻力虽大，但法制改革依旧要向前推进。在中央司法机构改革中，刑部改名为法部，大理寺改为大理院。改革后的大理院相当于最高法院，”与（法部）行政官相对峙而不为其节制“。随后，在地方司法机构改革中，也在各省各级普遍设立高等审判厅、地方审判厅和初级审判庭以行使审判权，而将原先的按察司改为提法司，负责司法行政和监督，以实现地方上的司法独立。在法制提倡文明的同时，社会生活领域也出现了很多变革。其中，引进西方的警察制度颇为成功。清朝原本实行传统的保甲制度，另外，绿营和地方团练也承担部分的社会治安职责。
但总的来说，都不够专业，效率也不高。1902年，袁世凯在直隶试办警察制度初有成效，于是朝廷命各地以直隶为模板，加以推广。当时的一些生活陋习也受到新政的调整，其中包括缠足和吸食鸦片。缠足是中国历史上最为丑陋和残忍的制度，居然沿袭千年，也是令人匪夷所思。很多西方传教士和维新派人士都对此极为反对，但一直到1902年，慈禧太后才首次以朝廷名义发出上谕，劝戒缠足。由于清廷的公开提倡，晚清社会的”不缠足“运动蓬勃发展，这才使得那些饱受缠足戕害的女性同胞得以解放。鸦片战争以后，在西方列强的武力威胁下，鸦片贸易得以合法化，这不但卷走了中国巨额的财富（鸦片贸易是19世纪最大的单宗贸易），而且让中国人的身心受到严重的摧残。
1906年，清廷在发布禁烟上谕的同时，派出使臣与英国交涉禁止输入鸦片事宜。1909年，上海召开了万国禁烟会，中国的禁烟运动得到了国际舆论的普遍同情，在这种情况下，英国答应逐步削减鸦片输入中国，直到1917年彻底禁绝。1902年，慈禧太后又下令放开满汉通婚的禁令，随后对汉人开放了原先只能由满人担任的职位如将军和都统等。随后，清廷又下令废除旗人不事生产的特权，授予旗人土地，责令耕种，让普通旗人们自谋生计。不过，话说回来，虽然满人入关后八旗在各地驻防，世代为兵，并享受国家供养和免税等特权，但200多年下来，一般的旗人（大多数人连满语都不会说，和汉人已无区别）早已穷困不堪，因为当时清政府给满人的供给极为微薄，却不能从事他业，能养家糊口已属不易，甚至连普通汉人都不如。慈禧太后此举，表面上是要取消满人的特权、调和满汉矛盾，其实也有甩掉包袱之嫌。
