在康熙所到之处更要修建行宫，当然，如此地方官倒是得了好处，大都得到了升迁。然而天下的百姓却遭了殃，康熙每南巡一次，地方财政就得花上数万两银子以作招待，还得花上数十万两，搜集奇珍异品进贡。如此一来，皇帝高兴了，地方官吏得到提升，亦是高兴了，却是百姓苦了。康熙南巡一次百姓的赋税又得加重一次，这数十万两的财政虚空，终究只能从百姓的头上搜刮而来呀！皇帝南巡是否有些什么真正的意义呢？谁也无法说清，这一点，朝中许多大臣都心中清楚，只是谁也不敢上疏，独车万育作了奏章，他从皇帝南巡一路游玩所需的花费，及为接待皇上而新建的行宫等一一的作了列支，很是仔细地给康熙帝算了一笔账。而且皇帝南巡，地方官吏为讨皇帝欢心所炮制的一些劳财害民的政绩工程，都一一写入了奏章。奏章写成以后，送给几个朋友看过，这些朋友几乎个个吓得面如死灰，冷汗直流，大骂车万育是疯子。因为他们清楚车万育的这个奏章，矛头直指皇上，是当今至高无上的天子呢，以及因康熙南巡而得宠的新贵红人，这岂不是一不小心就头落尘埃之事么？于是朋友也就力劝，让其烧毁奏章三缄其口。“算了吧，与三，凡事得三思而后行呀！”朋友、同僚的规劝，车万育当然心里清楚，他更清楚自己所奏、所参的对象，但他还是要奏，“难道皇上有错，就不能进谏了，皇上出了错，我们做臣子的不进谏，岂不错到底了，这是臣子失职！”车万育就是如此，决不信邪，朋友、同僚无奈，车万育执意将奏章呈了上去。康熙一见，龙颜大怒，认定他以颜犯上，旋即批了罢官，摘了顶戴，交刑部严惩。那些刚提拔作了京官的新贵，更是火上添油，陛下出巡，实为巡查民情，这车万育真是不知好歹，古之尧舜，不是经常出巡么？
舜王出巡，尚未能归京，而驾崩苍梧呢？这车万育肯定有野心也！”新贵的谗言更让康熙认定车万育有反清复明的野心，并且查了他五代的历史，其伯父车大任曾作明朝福州知府，不臣清主而隐居故里，有反清复明痕迹。其堂兄车以遵更是反清复明志士，他不奉清主的剃发令，誓不食清禄，而隐居深山，甘作明朝遗老。有了如此复杂的家庭背景，车万育的反清复明之心便可得到明证，刑部、大理寺三堂会审，将他打了个半死，却没有得到他承认。他始终坚持，他向皇上上疏完全是出于对皇上的忠心，对大清的忠诚，丝毫没有异心，刑部把他的口供与笔录呈给了皇上，这倒让康熙很是有了些为难。
康熙毕竟是一个英明皇帝，在通过了几个长夜的思索之后，又拣了车万育的折子仔细地逐字逐句地认真捡读，慢慢发现这车万育的折子竟是字字珠玑，确是忠言。回想南巡之日，一路歌舞升平，丰衣足食，天下百姓果真如此了么？那些地方知府、巡抚以至总督，却真个个是人才，是干臣？他有了些反思。是时，有几位大臣不敢直接为车万育而求康熙，却是求了和硕亲王，诉说了车万育的忠心，和硕亲王对于皇上的频频南巡，而且一旦出巡，就数月不归，朝政朝纲松弛，也有些意见，于是在康熙面前亦是说了车万育冒死进谏的忠心，康熙恍然大悟，免了车万育的侮君之罪，官复原职，并另加抚恤。因车万育的冒死进谏，康熙减少了南巡，偶尔南巡，也不是为了观赏风景，规模也不大，只是带了二三个随从，微服私访，改变了南巡的方式，节省了数十万两银子的花销。因为没有透露身份，倒是发现了官场许多的弊端，许多的黑暗和腐败。康熙以前的南巡总有许多的地方官吏得到提升和赏赐，而现在的南巡，却恰恰相反，许多的地方官吏却为此摘掉了乌纱，甚至搬掉了脑袋，这岂不是车万育之功耶？
车万育如此的冒死进谏朝野很有口碑，虽不是康熙红人，对康熙来说，却是爱而敬之，敬而畏之，畏而远之，既不降他的职，亦不升他的官。他的犯颜直谏，虽是一心为公，满腔忠诚，却十分不注意场合，往往搞得康熙尴尬万分。但他所谏却是忠义为本，以事实为依据，康熙找不到他半点岔子，每每只好红着脸儿拂手退朝而去，而不追究于他。有一次朝廷推举大吏，有一个叫曾进的地方官，此人进士出身，做过县令，做过知府，为人奸猾，其实少有政绩，但他敛财却自有一套办法，收受贿赂只嫌少不怕多，每到一地赴任却总喜欢搞一些形象工程，而博得上司的欢心，然而却又十分谦恭地把这些成绩、这些功劳归于上级的正确领导，甚至请他认为很有必要巴结的领导作顾问。事情弄砸了他一肩承担，事情弄好他把功劳直接归到领导的头上，又是十分的豪爽。因为敛财有方，家业十分雄厚，对于领导的爱好、性格摸得清清楚楚。哪个领导好色，这个领导下来视察，指导工作，他准会送上美女，意是陪陪领导，帮领导解解闷儿，然后让领导带了美女，住进自己的别墅，过那销魂的舒服日子。要是这个领导又贪财的话，他可以自己不用破费，却让下属进贡，在下属面前大讲领导德行或是许诺：“领导已经答应提拔重用，需要一些活动的经费”，于是下属十分乐意地将大把的白花花的银子送到他的手上，请其转交领导。然而在将银子呈送领导之时，却丝毫不提下属之事了，领导认定这白花花的银子，就是他曾进从牙缝里挤了出来孝敬他的，于是接了很是心满意足。经过这些领导提携、宣传，曾进成了能人、干臣，在朝中很有口碑。
这曾进曾与车万育同科，曾引为年兄，相互有过许多的接触，因接触就有所了解。在车万育的心目中，这曾进似乎并不像朝中大臣所说的那样能干，那样廉洁，于是仿了康熙的法子，微服到曾进任职过的县里、府里进行了暗访，竟是发现了曾进政绩的秘密，以及贪污的本质。当是时也，在朝已有许多大臣向康熙保荐曾进，曾进分析了满朝大臣的情况，认定除非车万育可能拦阻，其他大臣就算对他有些反感，也不会至于出面。
于是在一个漆黑之夜提了数十两银子，登门拜晤了年兄车万育。他开始并没有言及被举荐之事，只是一个劲地夸了车万育的忠心可嘉。车万育十分清楚曾进的深夜造访的意图，只是不明说，也同其他朝臣一样，尽夸曾进的政绩与廉洁，把曾进说得天花乱坠，几若干臣了。曾进有了些飘飘然起来：“唉！
人言车万育廉洁也不过如此呀？竟是天下的乌鸦一般黑呢！”他想了想，笑眯眯的起身告辞，却将礼物及银子置于几上，说是“微薄之礼，不成敬意”。车万育追了出去，将礼品及银子全数送到了曾进的手上，“你不知道世上有不爱钱的车万育吗？”车万育不爱钱，但他并非不需要钱，并非不知道用钱，他做了京官，于宝庆筑了个“育婴堂”即幼儿园之类的小型建筑，却拿不出积蓄来，只好变卖了部分家产，及用尽所有的家租收入。因为朝中大臣的保荐，康熙委任曾进做了“监司”的京官，然而就在康熙任命之时，车万育却钻了出来，当面揭露了曾进的秽迹：“启禀万岁，使不得，万万使不得啊！这曾进并非群臣所说的能干、廉洁！”
车万育如此一搅，把康熙云里雾里地弄得不知所云了。
“车爱卿，此话怎讲？满朝文武皆言曾进能干廉洁，独尔……”康熙有些埋怨带了责备的口气问道。
“陛下圣明，微臣与曾进乃年兄也，曾与共事，甚知之。
