陈楠著有《翠虚吟》、《紫庭经》，对张伯端的思想有所发展。他对丹法的叙述在不少地方比张伯端更清晰、全面。他把心无为、性不******炼丹之本，主张在炼化精气过程中以性为主宰，发挥心意的有为作用，于无为中有为，通过修炼使人充满鲜活旺盛的生命力。他认为：“天仙之学，如水精盘中之珠，转滚滚地，活泼泼地，自然圆陀陀、光烁烁。所谓天仙者，此乃金仙也，此不可言传之妙也。”这显示了南宗内丹与长年谈论问答、兀坐昏沉的禅宗的本质区别。陈楠还指出诸多金丹术语名异实同，为打破金丹术语纷繁隐晦的局面开了先河。陈楠的思想，对白玉蟾有比较大的影响。
全真教南宗的真正创立者是白玉蟾。他本名葛长庚，琼州（今海南省琼山县人），一说福建闽清人。少年早慧，才气非凡，诗文奇伟。白玉蟾仿照汉天师“二十四治”法，立“靖”为建宗传法的场所，打破张伯端以来单传的历史，建立教团组织，正式创立南宗。白玉蟾的著作有《上清集》、《玉隆集》、《武夷集》、《海琼先生文集》、《道法九要》、《太上老君说常清静经注》、《金华冲碧丹经秘旨》、《白先生金丹火候图》、《金液还丹印证图诗》、《九天应元雷声普化天尊玉枢宝经集注》等。《海琼问道集》、《海琼白真人语录》、《海琼传道集》、《静余玄问》为门弟子所录。
《紫清指玄集》是后人对他的言论的精粹的汇聚。
白玉蟾与张伯端一样援禅人道，提出了“至道在心，即心是道，六根内外，一般风光”。白玉蟾的理论虽然多融摄理学与禅宗，但本着为我所用的原则进行了消化和改造，他在不少地方对禅宗和儒家多所贬低，例如认为禅宗不知悟后起修，是不解渴的“干慧”，不能了性命大事；说理学知修不知悟，“多少老儒学周易，岂知太极归无极，忘形便欲任天真，只恐春回草无力”（《海琼白真人语录》卷四《万法归一歌》），不能达到真正的目的。
白玉蟾把张伯端《悟真篇》的性命双修、先性后命的思想发展得更加周密细致。他的内丹学说以精、气、神的修炼为核心，但他对精、气、神的内涵有自己的看法。他说：“人身只有三般物，精、神与气常保全。其精不是交感精，乃是玉皇口中涎。其气即非呼吸气，乃知却是太素烟。其神即非思虑神，可与元始相比肩。……岂知此精此神气，根于父母未生前。三者未尝相返离，结为一块大无边”。也就是说，精、气、神并非后天的，而是先天的。在他看来，修炼就是要把身中禀生俱来的那一点精、气、神保养好，经过修炼而扩充它们，再把三者混融在一起。白玉蟾还把神、气这一对范畴与性、命这一对范畴的关系打通了，他说：“神是性，性属离；气是命，命属坎”（《海琼传道集·丹法参同三十对偶子》）。在他看来，神气可以是先天的，也可以是后天的。当在先天的意义上谈论神气时，神气与性命是没有分别的。当在后天的意义上谈论神气时，性命与神气就有了分别。性命混合，是先天之体，神气运化，是后天之用。
白玉蟾的性命双修思想的关键在于“神是主，精气是客”（《海琼白真人语录》卷1，《正统道藏》第55册，第44381页）。他强调“丹者，心也。心者，神也。”炼丹就是炼心，也就是炼神而归性、复命、合道。白玉蟾在《指玄篇·谢张紫阳书》中解释《道德经》的“归根复命”时说：“形中以神为君，神乃形之命也。神中以性为极，性乃神之命也。自形中之神，以合神中之性，此谓之归根复命也。”在这个意义上，他直截了当地说，内丹修炼是在“心上功夫，不在吞津咽气”（《谢仙师寄书词》，《琼琯真人集》）。
本着这种修炼思想，在《修仙辩惑论》中，白玉蟾把成仙之道划分为三等，上士可学天仙之道，成功后可以变化飞升。方法是：以身为铅，以心为汞，以定为水，以慧为火，身心合一，定慧双张，瞬间即能“凝结十月之胎”而成大道。此法虽然简便易成，但要“心传”。中士可以学人仙之道，成功后可以变化隐显。方法是：以气为铅，以神为汞，以午为火，以子为水，百日即可混合神、气、子、午。此法有卦爻而无斤两，可以口传。世俗之人只能学地仙之法，成功后可以“留形住”，即长寿。方法足，以精为铅，以血为汞，以心为火，一年可以凝结精血肾心，九年可以成功，是下品炼丹法。他又概括这三种修炼方法说：“上品丹法以神魂魄意为药材，以行住坐卧为火候，以听乎自然为运用。中品丹法以肝心脾肺肾为药材，以年月日时为火候，以抱元守一为运用。下品丹法以精血随气液为药材，以闭咽揣摩为火候，以存想升降为运用。”白玉蟾认为，无论修炼哪一种丹法，都要“听乎自然”，做到心头“念中无念”，达到“功夫纯粹打成一片”（《古今图书集成·神异典》卷三百《静功部·修仙辩惑论》）的程度。就上品炼丹法而言，《海琼传道集-丹法参同十九诀》记载，白玉蟾依内丹修炼次序概括出修炼的十九个诀窍：采药、结丹、烹炼、固济、武火、文火、沐浴、丹砂、过关、分胎、温养、防危、功夫、****、大还、圣胎、九转、换鼎、太极。这些诀窍没有年月时辰、卦爻斤两的羁绊，法则简易而体系严整，具有很强的可操作性。
白玉蟾反对传统的肉体飞升的说法，认为人的肉体是要死的，不死的是“神”。修炼的目标，就实体来说是“圣胎圆成”，“阳神出壳”。阳神出壳而返，人就存在，出而不返，人就必死。就意义来说，修炼的最高境界在于心与道合：“推此心与道合，此心即道也，体此道与心会，此道即心也，道融于心，心融于道也，心外无别道，道外无别物。”（《谢张紫阳书》，《琼瑁真人集》）这种心与道合的内在的直觉体验，他称之为“真心”、“无心之心”。
这实际上是一种崇高的精神境界。对此，他在《快活歌》中描述到：自家身里有夫妻，说向时人须笑杀。男儿端的会怀胎，子母同形活泼泼。快活快活真快活，虚空粉碎秋毫末。轮回生死几千回，这回大死方今活。
一个闲人天地间，大笑一声天地阔。
南宗自陈楠时起就兼行雷法。白玉蟾同样如此。陈楠、白玉蟾所传的雷法大体上是王文卿（1093～1153年）所创的神霄派雷法。雷法近似于符篆斋醮，道士们认为具有役使鬼神风霆、辅正除邪、体天行化、求雨祈晴、佐国救民的功能。白玉蟾认为，修行雷法有九个重要的方面，即立身、求师、守分、持戒、明道、行法、守一、济度、继袭。其中立身、继袭都强调遵循儒家的伦理道德规范。白玉蟾认为，雷法的灵验与否，取决于行法者内丹修炼功夫的高低。因为天地之神其实与自身之神是一，天地之精气与自身之精气也是一，所以人能够以自身元神役使鬼神。他在《玄珠歌注》中论述祈雨祷晴时说：“雨者肾水也，运动自己阴海之炁，遍满天地，即有雨也。晴者心火也，想遍天地炎炎大火，烧开自己炁宇，乃晴也”，也就是说，“吾身之中自有天地，神炁之外更无雷霆，若向外求，画蛇添足，乃舍源求流，弃本逐末也”。他认为，雷法之所以灵，就在于“雷神亦元神之应化”，呼风唤雨，召雷役鬼，实际上是自身元神使然。涵养元神要从心入手。所以行法中心的作用很大：“万法从心生，心心即是法”，对法与心的关系，他说：“法是心之臣，心是法之主，无疑则心正，心正则法灵，守一则心专，心专则法验，非法之灵验，盖汝心所以。”本着这种观点，他批判当时行雷法的一些道士说：“学法之士，不本乎道，不祖乎心。……或以师巫之诀而杂正法，或以鬼仙降笔而谓秘传。……实一盲引众，迷以传迷。”白玉蟾认为，行法必须以内炼为本，如果仅仅“行罡作诀，念咒书符”，势必会导致身衰气竭，神气散乱，五雷不生，道法不灵。为此，要修炼好内丹，然后于静定之中，发动自身元阳真气，使其与天地合体，与自然合变，接着促使阴阳相制，水火相攻，从而发生风云雷雨电。这样的雷法，白玉蟾在《上清集》中有一首《祈雨歌》作了很好的描述，颇有学术价值和文学价值：
天地聋，日月瞽，人间亢旱不为雨，山河憔悴草木枯，天上快活人诉苦。待吾骑鹤下扶桑，叱起倦龙与一斧，奎星以下亢阳神，缚以铁扎送酆府。驱雷公，役电母，须臾天地间风云自吞吐，欺火老将擅神武，一滴天上金瓶水，满空飞线若机抒。化作四天凉，扫却天下暑。有人饶舌告人主，未几寻问行雨仙，人在长江一声橹。
不过，白玉蟾一系南宗虽然主张“内炼成丹，外用成法”，但毕竟他们更重视的还是内丹。
白玉蟾的传人有彭耜、萧廷芝等等，皆有著述流传于世。
南宗除了以白玉蟾为代表的主张清修的一系外，还有传承谱系为张伯端、刘永年、赵缘督、翁葆光、若一子等主张双修的一系。双修派与清修派的区别在于，双修派认为坎中的真铅、真汞必须取自“同类异体”即异性之身，所以修炼要男女双修，这主要是就男子而言，所以其法的实质是取炁于女子。这很容易被理解为男女交合的房中术。但翁葆光强调这与房中御女之术根本不同。上乘功法是男不宽衣，女不解带，男女对坐，神气相通，情感相合，二气****，大丹于是产生。双修除了有生炁之鼎即女子外，还要有助伴，“三人为侣，方可修炼”（《悟真篇直指详说》）。双修派虽未必以****为目的，但其行为有悖于伦理道德，在理学的社会影响日益扩大后，易遭受大众的垢病，所以流传不广。双修一派元明以后仍有戴起宗、陈致虚、李文烛、彭好古、陆西星、傅金铨等继续传承。
全真教南宗继承张伯端和光混俗的思想，不做职业道士，居家修炼。
南宗作为一个独立的道教宗派存在的时间并不长，但在道教史上的影响却不可小视。它的内丹修炼理论对全真教北宗影响很大。全真教的内丹修炼理论是在吸收了南宗的内丹成就之后才变得充实和完善的。南宗内丹修炼与符篆相结合，把内丹修炼引入斋醮祈禳活动中，一改符箓只画符行法的传统，奠定了以内丹修炼为基础，外行符篆法术的后期符篆派道教宗派的理论基础。此外，南宗道士多有很高的文化修养和宗教修养，给后人留下了一大批内丹专著和优秀的诗篇，推动了道教义理与文学艺术相结合的进程，为后来的中医药、气功学、人体科学和文学艺术的发展都做出了比较大的贡献。
“素心人对素心花”一全真教北宗
全真教北宗的创始人是王重阳。王重阳本名王吉吉（1112～1170年），是一个生于宋，长于金的读书人，原名王中孚，字允卿，是陕西咸阳人。他多次参加科举考试却屡战屡败，就转而考武，当了武举人，改名世雄，字德威。但到了四十多岁仍然“脱落”功名，郁郁不得志，就假称遇到两个仙人“密符口诀，又饮以神水”，入了道教，再一次把名改为王喆，号重阳。后世全真教徒传说王重阳遇到的仙人其中一个就是吕洞宾。为了引人注目，他装疯卖傻，经常做些“短蓑破瓢，服冰卧雪”之类惊人的举动，说话也是“肆口而发，皆尘外语”，让别人似懂非懂，自称“王害风”。1167年，金廷召见大道教掌教刘德仁并承认大道教，王吉占认为时机已到，遂放火烧掉自己住的茅庵，到山东半岛传教，树起“全真的旗帜。他很善于宣传布化，尤其能用诗词歌曲宣扬教义，劝诱有一定文化素养的士大夫阶层。他还能以气功手段惊世骇俗，以严苛而富有魅力的手段教诫弟子。依靠这些手段，他很快在社会各阶层中打开了局面。王莆先后收了马钰（丹阳真人）、谭处端（长真真人）、刘处玄（长生真人）、丘处机（长春真人）、王处一（玉阳真人）、郝大通（广宇真人）、孙不二（清静散人）等七个弟子，后世号称“七真”。经过他和“七真”本着三教合一的立教主旨，“识心见性，除情去欲，忍耻含垢，苦己利人”的行为准则进行了二十余年艰苦卓绝的传教，加之遇到统治者的垂青，全真教逐渐风糜金元。
王喆的著作有《重阳分梨十化集》2卷、《重阳全真集》13卷、《重阳立教十五论》1卷、《重阳真人金关玉锁诀》、《重阳教化集》3卷，《重阳授丹阳二十四诀》等。
