正月十六日，神宗给知经筵官朱希忠、张居正及同知经筵官吕调阳三人各一道敕谕，宣布定于二月初二日举行经筵，命朱希忠、张居正、吕调阳分直侍讲。张居正、吕调阳及陶大临、丁士美、陈经邦、何雒文、沈鲤、许国，日侍讲读。要他们在讲解中明白敷陈，委曲开导，着重阐明理欲消长之端、政治得失之故、人才忠邪之辨、统业兴替之由。
二月初二日，神宗如期开经筵。
经筵仪式十分隆重繁琐。从陆深（初名荣，字子渊，号俨山，松江上海人）所撰《经筵词》记述嘉靖朝情况，可窥其一斑。仪式由鸿胪寺官员主持，当他宣布进讲后，一名讲官从东班出，另一名讲官从西班出，到讲案前北向并立，鞠躬、叩头，展书官上前展书，东班讲官至讲案前报告今日讲四书中的某一部，西班讲官报告今日讲经史中的某一部。这是遵照祖制：先四书而后经史，四书东而经史西。经筵官员们分东西两班侍立，都身穿大红袍，讲官的品级不齐，也一律穿大红袍，而展书官以下官员则穿青绿锦绣服。给事中、御史与侍仪官，东西各三人，站立一旁，以备观察。然后进讲。进讲完毕，鸿胪寺官员出班中跪，赞礼华，两班官员俱转身北向，拱听皇上吩咐：“官人每吃酒饭！”全体下跪承旨。于是，光禄寺便在奉天门之东庑设宴款待参加经筵的官员们。按照惯例，皇帝赐宴以经筵最为精美，而且还允许各官带随从人员、堂吏及家僮，拿了饭盒框篮之类，收拾吃不完的酒菜，然后分班北向叩头谢恩而退。逢经筵之日，讲官们都事先在家中先将衣冠带履熏香，回家后即将衣冠带履脱下贮存，以示不敢亵渎之意。而且前一天必须斋戒沐浴，演习讲章至能背诵如流。
讲课之后可以在筵席上大吃一顿，把“经”与“筵”连在一起，称为“经筵”，其初衷大概就在于此吧！恭恭敬敬地向皇帝讲解四书不完还可带着走。与前一日斋戒沐浴的虔诚可鞠的样子一对照，实在滑稽得很。
明末时曾任经筵展书官的杨士聪，关于经筵有一则趣闻，颇能反映当事者对经筵的看法。他说，崇祯九年二月二十二日，“经筵届期，诸臣候于文华门外，大雪不止。至午后，上不出，传免。午门外设宴已久，遂撤去。余时当展书，颇惮其难，戏语同官日：‘经筵进讲，不过老生常谈，何如将此宴便赐诸人，岂不省事。’旁一内珰赞曰：‘此位老先生讲的是，大雪如此，只是赐宴，即与经了筵的一样’。同官皆笑。余因述今早来时，遇一宿科省员于长安门，彼此班役相问，其人日：‘怪得雪中如此早来，原来今日该吃经筵。’且说经筵如何可吃，与‘经了筵’之云正相类也。”真是绝妙佳语，“吃经筵”、“经了筵”，这正是对经筵的极大讽刺。
年仅十岁的小皇帝，对于深奥难懂而又枯燥乏味的四书五经，居然端拱倾听，目不旁询，十分认真。第二天视朝完毕后，他来到文华殿，突然对张居正说：“昨日经筵讲《大学》的讲官，差了一字，朕欲面正之，恐惧惭。”可见他听得多么仔细、顶真，连一个错字都没有逃过他的耳朵。这也难怪，那些讲官虽然连夜备课，背诵得滚瓜烂熟，但一上场，不免心慌紧张。张居正只好代讲官们请求宽恕：“讲官密迩天威，小有差错，伏望圣慈包容。”又说：“人有罪过，若出于无心之失，虽大，亦可宽容。”神宗回答道：“然。”
五月初二日，神宗参加经筵完毕，对礼部下了一道谕旨：“天气炎热，经筵暂免，日讲照常进行。以后经筵，春讲，二月十二日起，至五月初二日免；秋讲，八月十二日起，至十月初二日免。永为定例，不必一一题请。”以后的日讲与经筵便照此规定进行。
对于日讲与经筵，神宗是认真对待的，讲读完毕常向阁臣提出一些疑问。
一次在文华殿讲读毕，他来到左室，观看孔子像，对阁臣提了一些问题。谈到周文王称事时，他问：“安视膳？”阁臣肃然以对。谈到周公、孔子时，他又问：“何以旁列？”阁臣答：“二圣人皆人臣。”他是一个善于思考，勤奋好学的孩子。
有一次，张居正向他进讲《帝鉴图说》，谈到宋仁宗不喜珠粉之事，他说：“国之所宝，在于贤臣，珠玉之类，宝之何益！”张居正见他说得很有道理，便因势利导说：“明君贵五谷而贱金玉。五谷养人，故圣王贵之；金玉虽贵，饥不可食，寒不可衣，铢两之间为价不资，徒费民财，不适于用。故《书》曰：‘不作无益害有益，不贵异物贱用物’，良以此耳。”
神宗说：“然！宫中妇女只好妆饰，朕于岁时赏赐，每每节省，宫人皆以为言。朕云：今库中所积几何？”
张居正感动得顿首说：“皇上言及此，社稷神灵之福也。”
神宗又谈及日前讲官所说秦始皇销毁兵器事，说：“木棍岂不能伤人，何以销兵为？”
张居正答：“为治惟在布德修政，以固结民心。天下之患，每有出于所防之外者。秦后来只因几个戍卒倡乱，斩木为兵，揭竿为旗，于是豪杰并起，遂以亡秦。所以说天时不如地利，地利不如人和。唯圣明留意。”
神宗说：“然。”
张居正见皇上睿智日开，学业有所上进，便趁热打铁上《进讲章疏》，要皇上明白，义理必时习而后能悦，学问必温故而后知新，要他将平日讲过经书，再加寻绎，融会悟人。张居正还将今年所进讲章重复校阅，编成《大学》一本，《虞书》一本，《通鉴》一本，装潢进呈，希望皇上时加温习，以达到旧闻不至遗忘，新知日益开豁的目的。神宗留下备览，仍命接续编进，刊版流传。万历二年（1574年）正月初四日，张居正又向皇上提出：以后日讲经书，比以前量增数句，诵读生书，必须五遍，温习旧书照旧三遍。
万历二年四月，神宗开始学习属对。属对即对课，是塾师教学生做诗的一种方法。教师出上句，学生作虚实平仄对应的下句，以练习对仗。这种文字音韵的基本训练，当时颇为文人所重视，皇帝也不例外。他每天要辅臣拟对句呈上，由他对应下句，然后交辅臣修改。四月初九日，辅臣拟上联：“天地泰”，他对下联：“日月明”。张居正高兴地引述前朝故事说：宣宗皇帝曾随成祖皇帝巡幸北京，端午节在御苑中练习射柳，宣宗连发三箭皆中，成祖大喜。骑射毕，成祖又出对：“万方玉帛风云会”，宣宗应声对云：“一统江山日月明”。成祖大喜，赏给儿子名马一匹，及纻丝纱布若干，还命随行儒臣赋诗以纪其事。当时，宣宗还仅十五岁，真所谓天纵聪明。张居正由此联系到神宗第一次所作对联，适与宣宗所对相合，表示不胜庆忭。
神宗即位伊始，曾下诏在建文朝尽节诸臣家乡建告祠庙祭祀，并颁布《苗裔恤录》，对他们的后裔给予抚恤；又在南京建表忠祠，祭祀****祖、方孝孺等人。看来，他对被明成祖朱棣赶下台的建文帝颇有一点追怀景仰之情。万历二年十月十七日，讲读完毕后，他在文华殿与辅臣从容谈起建文帝的事，提出了一个思虑已久的问题：“闻建文当时逃免，果否？”寥寥数语，却揭示了明代历史上一桩搞不清楚的无头公案。
张居正对此也不甚了了，既然皇上问起，便如实回答：“国史不载此事，但先朝故老相传，言建文当靖难师入城，即削发披缁从间道走出，后云游四方，人无知道。至正统间，忽于云南邮壁上题诗一首，有‘沦落江湖数十秋’之句。有一御史觉其有异，召而问之，老僧坐地不跪，日：‘吾欲归骨故园’。乃验知为建文也。御史以闻，遂驿召来京，入官验之，良是。是年已七八十矣。莫知其所终。”
关于建文帝的下落，众说纷纭，莫衷一是。这桩公案，当时人已搞不清楚，张居正当然只能姑妄言之。但神宗并不把它当作传闻，姑妄听之完事。他兴致十足地必欲追根究底，竟要张居正把建文帝题壁诗“流落江湖数十秋”全章，统统背诵给他听。听罢慨然兴叹，又命张居正抄写进览。全诗如下：
沦落江湖数十秋
归来白发已盈头
乾坤有恨家何在
江汉无情水自流
长乐宫中云气散
朝元阁上雨声愁
新蒲细柳年年绿
野老吞声哭未休
张居正遵命录其诗以进，但以为是萎靡之音，规劝皇上：“此忘国之事，失位之辞，但可为戒，不足观也。臣谨录圣祖皇陵碑及御制文集进览，以见创业之艰难，圣谟之弘远”。他不愿意小皇帝纠缠于建文帝这个复杂的人物，力图把他的注意力引开。
张居正所谓皇陵碑，就是开国皇帝太祖朱元璋所写的自传体碑文。这篇碑文，十分率直真切，毫不掩饰忌讳，叙述了他的家世及开国经过，用近乎口语的韵文写出，读来朗朗上口。
