皇宫内，一些对冯保不满的太监们也积极为朱翊钧策划，张鲸、张诚是东宫的旧太监，与朱翊钧的关系也不一般，便乘机历数他的罪过，请下令让他闲住。朱翊钧自幼就形成了惧怕冯保的心理，平常与小太监们一起做游戏，见冯保来了，经常吓得立即正襟危坐，口称“大伴来了”。眼下他虽一心要除去冯保，但到了真的要动手时，又犹豫了起来，“要是大伴上殿来，我怎么办呢？”张鲸告诉他“既然有旨了，他哪敢再进来”。
朱翊钧正与几位贴心太监谋划着，江西道御史李植弹劾冯保的奏疏呈了上来。李植，字汝培，云中县人。他的父亲李承式，从大同徙居江都，官至福建布政使。李植于万历五年（1577）中进士，初选为庶吉士，后改授御史。万历十年（1582）冬天，张居正死了，而冯保依然大权在握，亲近张居正的人总是通过徐爵与冯保勾结在一起。江东之的奏疏拔除了外廷与内臣的联络人。李植便乘势向冯保这位幕后实力人物出击。疏中开列了他十二条当杀的罪状，手拿此疏，朱翊钧兴奋得都要跳了起来，情不自禁地说“我等这篇奏疏，已等得很久了”。
接下来的事情就好办了。朱翊钧先是任命张鲸以司礼太监兼署东厂，加强对文武百官和宫内太监的侦缉和监督，接着在李植的奏疏上批道：冯保欺君蠹国，本当重处，姑念他多年效劳，降为奉御，安置于南京闲住，他的弟弟冯佑、侄子冯邦宁削去都督官职，下狱侯审，同党张大受、周海、何忠等八人，贬为小火者，到孝陵司香。家产全部充公。几天后，慈圣皇太后听说冯保被赶出北京，遂问起此事，朱翊钧推说“老奴只是为张居正所惑，没有什么别的过错，很快就将他召回”，她也就不再提了。
冯保一去，敢说话的人也就更多了，十二月十日，御史李廷彦弹劾吏部左侍郎王篆贪纵不法；十二日，吏科给事中陈舆郊、陈烨论劾礼部右侍郎陈思育、太仆寺少卿于鲸，与冯保、徐爵朋奸，并有营私赎货，纵宣****诸不法行为；十八日，四川道御史孙继光、云南道御史向日红与陈舆郊奏请起复吴中行等十余名当年因议夺情而被削籍者的官职；十九日，兵科给事中孙玮弹劾右付都御史劳堪当年迎合张居正妄杀刑部侍郎洪朝选。奏疏一本本地呈进，朱翊钧无不旨准，王篆等人一概勒令回籍或遣戍，吴中行等人一概起复，并且声明，当时自己是一时误听，才导致降罚失中。
率先直面论劾故相张居正的。是陕西道御史杨四知，这位出生于江西鄱阳，籍贯属河南祥符，万历二年的三甲进士，感受于朝中反张气氛的日渐高涨，于万历十年十二月十四日也上疏开列了张居正的十二条罪状，大抵上说他欺君蔽主、奢僭侈专、招权树党、忘亲背礼。
不知是考虑到形势尚未完全成熟，还是要故作姿态把自己打扮成一个仁君的形象，朱翊钧下了一道很微妙的圣旨：我虚心委任张居正，对他宠待甚隆，他不思尽忠报国，而怙权行私，殊负恩眷，念他受先皇托付，侍候我于幼年，有十年的辅佐之功，姑且不予问罪，以全终始。至于疏中提及的同党庞清、冯昕、游七（即游守礼），则下镇抚司大狱。同时戒谕廷臣，各自省修职业，不必追提以往的事情。
朱翊钧欲擒故纵、掩耳盗铃的把戏，很多朝臣还是能心领神会的。次年正月八日，御史张应诏劾南京刑部尚书殷正茂、总督两广兵部尚书陈瑞都向张、冯二人行过贿，十四日，御史黄钟论湖广巡抚右副都御史陈省与张有私情，十九日，南京刑科给事中阮子孝论张居正、王篆之子滥登科第，廿日，刑科给事中冯露、御史韩国祯各劾总督陕西兵部右侍郎高文荐党附冯保。朱翊钧无不依奏予以罢职或除名。在此期间，工科给事中唐尧卿又提出：如今内党尽去，而余党未拔，应下诏责成那些平日往来权门的人省改修职，朱翊钧也予以采纳。
在朱翊钧的支持和操纵下，反张运动不断地升级和扩大化。万历十一年（1583）三月，张居正官阶被夺，潘晟被勒令闲住、张简修除名，游守礼论死，冯昕、胡守元遣戍。九月，云南道试御史羊可立指责他侵占前辽王的府邸和田土。次年三月，山东道御史丁此吕的奏疏，更是别有用心。丁此吕，字右武，江西新建县人，万历五年（1577）进士，由漳州府推官征授御史。此人品德极差，喜欢投机占便宜，后以受赃被谪戍边。他在奏疏中不但提出要追论张居正三个儿子科考时的主考、房考的过失，而且说张居正有谋逆之心，证据是已卯（万历七年，1579年）南闱的试题为“舜亦以命禹”，因为当今皇上别号禹斋，主考高启愚之所以出此一题，又是因为张居正私宅正堂上挂有一副舜禹授受图，舜禅让于禹，岂不是张居正要禹亦以命张，谋逆之心已生，高启愚以此献媚吗？顿时间。朝中掀起了一场轩然大波，凡与此案有瓜葛或与案中人有交往的无不恐惧不安。内阁与吏部的大臣知道事情的份量，他们竭力驳斥丁此吕的奏疏，指出谏臣言事多出风闻，如舜亦以命禹，是说的帝王相传之道，至于禅让之说不知出于何注疏，市井无籍之人，不顾经文旨意，肆言无忌，丁此吕身为言官，踵袭其说以害善良。慌乱之中，阁部大臣没能想出很好的理由，为了息事宁人，试图以舜禹禅让为不经之说塞责过去。其实，受了十来年经筵、日讲教育的朱翊钧对于舜亦以命禹的含义与典故，自然是很清楚的，它不但包含帝王相传之道，亦有圣贤禅让之意。不过，他心里还清楚，自己之所以取禹斋为别号，只不过是效法那附庸风雅的皇祖父和皇父，因为皇祖父嘉靖皇帝除了自号天池钓叟、雷轩之外，还有一个别号为尧斋，皇父隆庆皇帝别号舜斋。他自信张居正不会有谋逆之心，应天南闱的试题当是暗颂两朝。不过对张居正的仇恨，也使他有心大兴一场狱案，将张居正剖棺戮尸。经大臣们的一再劝解，他虽然同意将丁此吕谪降外放，但还是将己卯应天南闱的主考官、现供任礼部尚书的高启愚削籍为民。
南京的官员也不甘于寂寞。十二年（1584）三月，南京浙江道试监察御史李一阳，指出南京工部尚书刘一儒与张居正是儿女姻亲，南京光禄少卿王蔚、傅作舟又与刘一儒交往密切，三人遂被削去官籍。同月，江西道监察御史商为正（1527-1602）、浙江按察佥事曹一旱，被南京山西道御史田一麟论为奔走故相之门，而分别免职和消籍。
朝中反张运动的不断高涨，一些地方上的官员、乡官、藩府也闻风而动。影响较大的事情就有两件，一是高拱《病榻遗言》的流传，二是辽王次妃上疏鸣冤。
高拱自从当年被从首辅位上赶回老家后，一直在乡间隐居，鉴于张居正权倾朝野，他表面上未对张居正流露过不满，王大臣案发生后，更是小心度日，闭门谢客，偶而与张居正通上一两封信，张居正回乡葬父途经新郑时，两人还见了面，表面上故人重逢都很喜悦。万历六年（1578），高拱死时，张居正又在朱翊钧面前替他说项，使他得以准复原职，给与祭葬，接着又应其弟之邀，为高拱作传、作墓志铭。但是，高拱的心头怨恨和耻辱却一日未削，临终之前，他用了约一万六千字的篇幅，把自己和张居正的恩恩怨怨全部记录下来，取名为《病榻遗言》交与子孙保存，希望有朝一日能洗刷自己的耻辱，全文包括顾命纪事、矛盾原由、毒害深谋三部分。如今《病榻遗言》迅速流传开来，很快就有人借此来做文章。万历十一年（1583）闫二月，朱翊钧看到刑部录进的王大臣案书，就要调原主审官来与冯保对质，幸亏首辅张四维提出事情已经过去十年了，现在重新提起恐怕会骇人听闻，朱翊钧方才作罢。
辽王次妃所告的冤案虽是隆庆元年的事情，甚至追溯起来还可上溯到嘉靖十六年（1537）前后，但却引起了朱翊钧极大的兴趣，要抓住不放。那还是张居正小时候的事，在湖广荆州有一个辽王府，第一代辽王就是太祖高皇帝的第十五个儿子朱植，传到这时已是第七代，嗣王名叫宪火节，而张居正的祖父张镇就在辽府任护卫，有了这层关系，两家有些来往。当时张居正是个初出茅庐、名震荆州的小神童，宪火节因年幼又在丧中尚未正式嗣王，代理府中事务的母妃见儿子。他终日游手好闲，少不得要拿张居正与他比较，要他向张居正学习，气头上还说过“你这样不求上进，终有一天会让张居正牵着鼻子走”，就此宪火节的心底便埋藏着对张居正的敌视。长大以后，张居正仕途顺畅，隆庆元年时已做到内阁大学士，而宪火节嗣王后，因崇奉道教也深受世宗的宠爱，曾经给他赐号为“清微忠教”真人，并赐予金印。但是，隆庆皇帝登极后，罢斋醮，惩方士，宪火节自然也就失宠了，就在隆庆元年，御史陈省弹劾宪火节种种不法行为，他的真人封号与金印被剥夺，次年，巡按御史郜光先再劾他十三条大罪，结果被废为庶人，锢于高墙之内，在此期间，张居正曾想治他一个谋反罪，并将不愿加害宪火节的刑部侍郎洪朝选加罪下狱论死，这便是案情的大致经过。
朱翊钧对辽王妃的御状感兴趣，并不在于张居正是否迫害了他的皇族成员，而是疏中提到张居正强占亲王祖业，盗侵王府金宝，使他对张家的赀产产生了强烈的占有欲。慈圣太后起初还想过问此事，但此时心中主要关心的是幼子潞王的婚事。对于皇家来说，本无恩义可言，在他们的眼里，张居正、冯保都不过是家奴，用得着时，可以优礼相待，可以加官晋爵，封妻荫子，赐田赏物，赠金给银，用不着时，便可一脚踢开，便可无所不用其极。如今朱翊钧告诉她“冯保、张居正家赀甚厚，籍没可助大婚”，为了家族的利益，牺牲两个家奴算得了什么呢？她同意了朱翊钧的行动。
在刑部侍郎丘耩、刑科给事中杨廷相、锦衣卫都指挥贾应魁的具体主持下，张居正在京师、江陵两地的家产被查抄，因封门而被困在家中饿死的有十余人，一切搜检、拷问，应有尽有，由于抄家结果没有达到期望的数目，又牵上了曾省吾、王篆、傅作舟三家。在严刑拷问之下，张敬修自杀了，懋修两次自杀未遂，才留住一条性命。张敬修临死前，留下一道血书，字字血，声声泪，仰天长叹“呜呼！天道无知，似失好生之德，人心难测，罔恤尽瘁之忠。叹解网之无人，嗟缧绁之非罪，虽陈百喙，究莫释夫讥谗，惟誓一死，以申呜其冤郁。”
