回到乾清官，朱翊钧越想越气，一个十八岁的青年，堂堂的皇上，何能受此奇耻大辱，是谁这么快地向太后报告消息的呢？显然只有一个人，那就是大伴冯保。对于冯保，朱翊钧有着一种极为复杂的感情，打从他记事起，冯保就一直随侍在他的左右，是他打破了太监无受顾命的先例，在传说高拱将有不利于他的举措的日子里，冯保是他最贴身的保护人。此后，他一直很宠信冯保，不仅大臣们的奏疏，经张居正票拟后，也都是他一手票红，成为与首辅对柄机要的内相，还赐过他许多牙章，印文有“光明正大”、“尔惟盐梅”、“汝作舟楫”、“鱼水相逢”、“风云际会”。然而，随着年龄的长大，朱翊钧渐渐发现，冯保只忠于太后，只对太后负责，而且他与张居正有一种特殊的默契，很多事情他们两人都是一唱一和，互通信息，内外声援。和张居正一样，在他的眼里，朱翊钧只是个没长大的小孩，仗着有太后的宠信，经常弄得朱翊钧很难堪，一个时期里，朱翊钧要有所赏罚，都必须是从他的口中说出，否则没人敢办。还有一次内阁庭院中长了一棵白莲，翰林院内抓到一只白燕，张居正派人送来给他玩，他却说“主上冲年，不可以异物启玩好”。使自己的童年生活枯燥乏味。
朱翊钧正在生闷气，冯保又在向他宠信的孙海、客用两位太监下手。对朱翊钧日渐疏远他而宠信孙客二人。他已心怀不满，这次正好有了借口。起初，朱翊钧为了平息太后的盛怒，决定将孙、客二人，由管事牌子降为小火者，发去南京孝陵种菜。但是，冯保和张居正商议以后，认为处分嫌轻，上疏要求加重处分，充做净军，弄得朱翊钧只好旨准。与此同时，冯保又提出，司礼监太监孙德秀、温泰，兵仗局掌印周海也有应得之罪，其他内监要一概责令自陈、切实整顿，如此一来，朱翊钧宠信的太监被赶的赶，罚的罚，剩下而留在他身边的人，或是冯保的亲信、同党，或是惧于冯保的淫威，也不敢太招摇。
有次日讲，是张居正当班，要讲的内容是《论语》中的“乡党”篇，张居正让朱翊钧先把课文朗读一遍，一不留心，朱翊钧把“色勃如也”读作“色背如也”，顿时只昕得站在身旁的张居正厉声说道：“应该读作勃！”朱翊钧吓了一跳，他觉得有些委屈，不就是念错一个字吗？我从小到现在，不论春夏秋冬，经筵、日讲从不间断，回官以后还要温习课文、练字，接受母后的检查，历史上有几个像我这样用功的皇上，难道你不知道。当他委屈地把他眼光从《论语》转向先生时，心里不禁又打了一个冷颤，张先生一副凛凛不可侵犯的神态，随即心中又闪过这样一个念头：“难道这是做臣子的对君主说话的口气和神态吗？”他真有些要“勃如”了。
不满的阴影一旦投下，要想抹去真是太难，何况类似的事情随时都在发生。朱翊钧越来越感到，在处理朝政的时候，经常会否定自己和母后的意见，而他张居正的意见总是正确的，过去发生的一件件他没有忘记，新发生的一件件他都记在了心中。
先就近的来说吧。万历五年九月，太后以大婚期近，提出暂停今年的秋刑，图个吉利。而张居正就反对，说是皇祖嘉靖皇帝斋醮奉玄，始有暂免不决，然而这是姑息之政，并非祖宗垂宪之意，天生秋杀如天道运行不可违，最后又说，等明年吉典告成，概停一年，这是什么意思，今年停违背天道，明年停就不违背天道？万历六年三月，这是大婚后的第二个月，辽东传来捷报，明军在长定堡一战，杀死内犯的鞑靼四百七十余人，他朱翊钧好不高兴，立即告谢郊庙，感谢天地祖宗的保佑，同时吩咐内阁大行赏赍，可是，事情过去将近半年，张居正却提出其中有诈，说是被杀的鞑靼人，不是来侵略的，而是来投降的，于是所有发出的恩赏全被革除，本来太庙谢过了的事情也就算了，弄得他好不狼狈，在祖宗、臣民面前丢尽了脸面，而朝野上下，谁人不晓他在历代帝王中是最讲究面子的一个。万历七年二月，自己发疹，母后疼子心切，下令僧侣开坛，设法度众，做些功德，岂料张居正却疏称，戒坛奉皇祖之命禁止至今，以当时僧众数万，恐生变败俗，如今岂宜又开此端，皇上龙体欠安，只有告谢郊庙社稷，才是名正言顺，神人胥悦。这话又如何解释呢？难道他不知道皇祖崇道抑佛，而自己和母后信佛吗？他不知道太祖高皇帝还当过皇觉寺的小沙弥吗？结果弄得母后戒坛只开了三天，幸亏自己命大，病体很快就痊愈了。还有这年四、五月间为皇后的父亲、自己的岳父王伟加封永年伯的事，这本是一件人之常情的事情，前朝也多有先例，比如正德二年（1507），武宗岳父夏儒封庆阳伯；嘉靖二年，皇祖岳父陈万言封泰和伯，但是对自己加封王伟，他却想拖住不办，后来虽勉强同意了，却又提出只能以荣终身，不能世袭，并说“宣德中季，始有恩泽之封，弘治以来，遂为故事，然实非高皇帝之旧制也”，一件原本挺开心、挺有脸面的事情，经他这么一弄，叫人好不沮伤。
张居正难道是一个无可挑剔的正人君子？他口口声声地要拿儒家的经典、说教来束缚朕，用来要求其他的大臣，可他自己又都做得如何呢？言官们对他的指责，难道都是谎言，都是诬陷不实之辞？夺情守制的事可以不怪他，那是太后非坚持不可的，自己也是支持的；高拱事件和由此引发的王大臣案也可不提，此事虽然朕也觉得其中定有蹊跷，但现在还没有确凿的证据。不过，浏览一下历年来言官弹劾他的奏疏就会发现，问题不但有，而且还不少，就说他夺情以后的事吧，“其所黜陟，多由爱憎，左右用事之人，多通贿赂”。这是很多人都这么看的。凡是弹劾过他的人，现在朝中几乎一个不存了，不是京察中不称职被降被贬，就是被别人因别的事情弹劾而去。与此相对应的，是冯保的门客徐爵擢用至锦衣卫指挥同知，置理南京镇抚司，张居正家的苍头游七也入赀为官，列于缙绅之列，再巡视一下朝中的大臣，真可谓“九列公卿，半系楚人”。次辅吕调阳，兵部尚书方逢时，工部尚书李幼滋、曾省吾，刑都侍郎刘一儒，吏部侍郎王篆，户部侍郎谢鹏举，礼部侍郎陈思育，南京吏部尚书汪宗伊，无一不是他的同乡湖广人，难道这也是符合祖制的。在洪武三十年的“南北榜”中，搞南人同乡利益的主考官刘三吾、自信蹈分别被遣戍和论死，这可是太祖高皇帝钦定的案件，张居正会不知道？提到科举更是恼人，就在自己登极后的首次会试中，也即万历二年甲戍科，张居正的长子敬修落第，他一怒之下竟想停开科五年。无奈阻力太大，又没有充足的理由，而且次子嗣修要参加来科考试，方才作罢。万历五年丁丑科，赐给嗣修一个第二名探花，他依然还不满足。万历八年庚辰科，他的三子懋修与前两科落第的长子敬修，挟嗣修中探花之余威，做出了一副志在必得的架势。两位主考官都是张居正一手提拔起来的故旧，一位是阁辅申时行，另一位是侍郎余有丁。考试的结果，懋修、嗣修果然都榜上有名，懋修还被点为头名状元，可是对于他们的考中，京师里弄得沸沸扬扬，很多人指出其中有诈，有的说试卷是礼部右侍郎何洛文代作的，有的说还托人找过一位叫汤显祖的才子，只是被拒绝了。对于张家一门高第，京师里就流传着这样一首诗：“状元榜眼俱姓张，未必文星照楚邦，若是相公坚不去，六郎还作探花郎”，真是绝妙的讽刺。张居正这一切尽管做得很冠冕堂皇，因为很多都是以朕的名义办的，并且是经自己旨准的。可是自己在很多情况下是不知道事情真相的，年纪轻、经事少，又深处内宫，而张冯二人很多事情都是串通好的，是作圈套让自己钻。还是说懋修点状元的事吧，外间只知他的廷对卷初拟第三，是自己把他特擢为第一的，可是又有几人知道，当时张居正提出乞休来向朝廷施加压力，受张怂恿的太监，又在自己面前不断地说项，才会有那样的结果。
心中的不满积蓄太深，势必就要流露和发泄，万历九年的春天，为外戚恩荫的问题，朱翊钩与张居正发生了一次小小的磨擦，内心世界的不满初露端倪。
二月的一天，朱翊钧忽然想起皇亲中还有一些人没有恩荫，便派文书房太监邱得用到内阁传谕，要将皇后的叔父王俊、兄弟王栋，加恩授职，朱翊钧的意思是要给他们都授予世袭的锦衣卫指挥官，张居正表面上照办了，因为皇上笃眷中宫，加恩外戚，此乃情理之至，做人臣的不敢不仰承，但是，他打了一个折扣，两人都只给拟了一个锦衣千户，并且不能世袭。这回朱诩钧却不干了，很快邱得福就到内阁又传了他的口谕，谕旨的口气是带有诘问的，“正德年间，皇亲夏助等人，俱授锦衣卫指挥等官世袭，如今为何只授千户，并且还没有世袭的字样”。张居正又抬出祖制来压朱翊钧，说是祖宗定制，武职非有军功，不得世袭，而正德年间政体紊乱，不足以效法，但看到朱翊钧一副不依不挠的样子，便只好退让了一步，拟授王俊为锦衣卫指挥，世袭则没有同意，推说将来皇后生了太子时再说，不在乎现在一下子就加得很高，事情最后也就这么定了。表面上看，两人似乎打了一个平手，但对长期以来一直是唯先生意见是从的朱翊钧来说，确也能称得上是一次小小的胜利。
凡事自从有了开头，以后的情形便会越来越多。就在同年的四月十八日，朱翊钧在文华殿接受日讲，课间休息的时候，张居正带着几个属僚走进了后殿，先是讲了些列朝圣训实录中的部分内容，接着便呈上南京科道给事中傅作舟写的江南北灾状疏，并提出淮安、凤阳屡遭灾害，要破格赈济，朱翊钧表示赞同。接着张居正又说，现在地方上的一些官员很不尽责尽职，比如傅作舟的疏中，报灾则说不敢报，请赈则说不敢请，这种事情有什么不敢的呢？只不过是想把责任推在皇上的身上，象积谷之类的事，已经多次申饬，竟成为一纸空文，若是圣祖遇上这种事情，不知会怎么办？朱翊钧经张居正这么一激一问，便脸有怒色地说道：“对有司害民的事情，应当予以重处”。张居正说今后再发生此类事情，一定要按照皇上的谕旨行事。接着，他话锋一转，继续说道：“江南、江北有旱情，河南闹风灾，京畿内多日无雨，将来势必都要蠲赈，希望皇上量人为出，加意撙节。比如宫费和服御，可减的就减些，赏赍可裁的就裁些，象施舍一事，尤其应该停止，与其惠及缁黄之流以求福利，那比得上宽恤百姓全活亿万条生命，这样做功德更大”。谈了半天，朱翊钧发现张居正的目的原来是冲着自己和母后来的，便决定要回敬他几句。对于说母后施舍一节，暂且不予回答，因事关母后，想张居正也不便追着问。于是，朱翊钧神态自若地说道：“先生说的很对，不过现今官中的用度都是从俭的，有赏赐也是依照常例，无所谓增加”。张居正顶了一句：“皇上所说的常例，亦只是近年才相沿成袭，比如今年暂行一下，到明年就据为惯例，而不是祖宗的旧例，臣下不敢说太久以前的事情，就拿嘉靖时来说吧，皇祖世宗用度最繁，然而内库银两还有节余，到隆庆初年，东裕库内还有百余万两，现在每年的金花银一项就是一百二十万，按季预进，随取随足，还常叫缺钱，有限的财力，怎么能当得起无穷的耗费呢？臣等职在辅导，为国家的长久来考虑，不敢不尽言，希望皇上留神省察”。一片赤诚的报国之心，天地可表，日月可鉴。朱翊钧不愿继续久缠下去，便说“先生们的忠爱，朕知道了”。谈话至此，张居正等人也就叩头告退。
几天后，户部根据这次谈话，正式提交了一份报告：各地交来的金花银人不敷出，宫中开支太滥，乞请加意撙节，停止买办，恢复原来的旧额。朱翊钧坚决不干，理由是端午节就要到了，宫中开支还要增加，现在内库亏空，就暂时从太仓银库中凑齐进用，各地仍着上紧催解。把张居正的体国忠言完全搁置在一边。
