时马榖山廉访奉唐公命，赴蒙城调和蒙练、苗练之事。是时，僧邸已生擒巨捻张落刑磔之，驻节亳州白龙王庙。榖山去后，营务处遂一人任之。十日，唐公接僧邸咨，属其赴亳会商善后事宜，欲亟往；余力止之，三上书筹备苗练事，盖料其必复叛也。十四日，唐公率亲军四营赴邸帅营，以宋镇（庆）千三百人守临淮两岸，归余节制；而留病卒五、六十人畀余守老营。余重违其意，为留守焉；凡一应军事、吏事、饷事，皆得以权宜裁决。其时闻邸帅将去、苗逆叛志已萌，飞函曾相，请其派兵守寿州正阳城关要隘，以伐奸谋；请唐公挽留僧邸乘苗未叛，先发制之：事皆不行。三月，营中无饷，多方拊循。嗣闻僧邸定期回东，飞书唐公请其速回临淮，以静待动；不果。而苗逆遂得以十六日劫我蚌埠戈船，踞怀远县城，逐知县、戕典史；盖黑夜举事也。十七日早，戈船自蚌埠退回——仅六十里，顺风下行，瞬息可到；轩然大波，倏忽而起。商贾居民，纷纷迁避；讹言苗逆乘主帅未归，以二十万众、定期二十日分道取凤阳府县，并袭临淮大营。营中人人震恐，以为其势万不能守，宜速为计；意欲怂余。余策苗练多智，而见事迟三日必不能来，尚可从容料量；因出告示，不准屯积米粮。分派炮船巡上下游，不准居民出境。日派戈什带领亲兵巡行街市，缉拏游勇，禁止谣言。三豉，骑马与秦观察（荣）查夜，或坐炮船巡河，以系人心；又虚张声势，出示谓鲍军门追贼已至庐州、唐帅已带亲军自蒙回至临维。又修理老营四角大炮，借宋镇炮手数十人守之。黑夜，令将所存旗帜、枪械于天未明时偏行竖立营墙，不知者以为果有援军至也。于是又咨调张军门（得胜）梁园之师速行撤回，以二营守定远、三营守临淮。并派亲兵改装四出，赴唐公蒙城行营告变；人谓其必不能达，以苗逆处处伏人短劫，而余不顾也。营中见余守志甚坚，不敢轻动；苗逆不测我军虚实，亦未敢袭。余复外示安闲，办事后，即为门人周宾卿讲学不辍。二十一日，张军门（得胜）自梁园来，人心粗定。唐公在蒙闻变，怆然曰：『临淮不守矣』！行次宿州，得余信「临淮、凤阳巍然犹存」，大喜过望；以为非某守临淮，不至此。冒雨兼程，于二十三日回临淮。二十四日，请唐公派兵趋援寿州；其时苗逆尚未合围，因无饷而止，惜哉！二十六日，派兵进蚌埠，以图怀远。二十七日，上疏请皇上一意主剿，以唐裴度平淮、蔡事为证。并请褫从苗已保提镇、道、府诸人之职，以明顺逆；如能自拔来归，再请开复。唐公并以余苦守微劳，有裨大局上闻。余本不敢言功，唐公初归，余书「愿无伐善、无施劳」二句揭于壁间；然竟不能辞也。其疏片云：『再，临淮为臣营根本，长淮枢纽。素知臣营务处前员外郎吴大廷才略过人、谙练军务，臣于前月驰赴蒙、亳时，饬令该员留守老营，总理庶政。月余以来，办理裕如。比苗逆仓卒举事，与临淮近在咫尺，徒党四出，人心汹汹；我军兵孤饷绝，大有朝夕莫保之势。该员向在李续宜军中，素知苗逆伎俩。此次闻警，竟能屹立不移、从容料量：拊循战士，镇定人心；联络官民，力修守备。该逆侦知防范甚严，未敢来犯；保全要区，厥功甚伟。前湖北抚臣胡林翼深重该员，商之李续宜，于咸丰十一年春间奏调来营；一切倚任，颇着勤劳。臣在鄂时，实所亲见。曾国藩亦大加赏识；去年四月间，复经浙江抚臣左宗棠奏保「堪胜浙江司道之任」：众论允孚。该员学术正大，识微见远；上年八月自入臣营，诸多劻助。此次保全临淮，心力交瘁。臣未便没有微劳，可否仍照左宗棠所奏「以道员交军机处记名，遇有道员缺出，请旨简放，并赏戴花翎」？出自天恩逾格』云云。同治二年四月初七日，钦奉初三日廷寄：『唐训方所请吴大廷以道员记名之处，已谕军机处遇缺请简矣』。同日又奉旨：『吴大廷着赏戴花翎。钦此』。初十日，同唐公赴前敌北蚌埠大营；是时，苗党距黑窑相去仅二、三里也。十三日，返临淮；商之唐公，咨请清江吴漕帅（棠）派炮船相助，以怀远地为涡、淮交汇之区，非水师不为功也。先是，颍上县与怀远同日并陷；至是，苗逆北围蒙城、南围寿州。蒙城有马廉访新贻督兵驻守。寿州则毛牧维翼以饥卒五百与之相持；而蒋观察之纯、周军门宽世奉曾相檄援寿州，屡次多伤精锐，不能解围，其势岌岌殆哉！五月，发捻合众数万，由鄂入皖北，越舒、桐，趋六安，余料其必由寿州，趋炉桥以经定远；已而果然。捻首张宗雨困敝已极，伪请投诚，唐公欲许之；而余策其为苗逆所诱，力为阻止。张宗雨果以苗逆接入怀远城中，少住二日，资送回亳州雉河老巢，以分蒙城兵势。是时营中绝粮数日，大有溃散之势；余多方拊循。每夜四鼓至中军帐，仰天长叹而已。六月初十日，坐万斤炮船赴前敌。四鼓，至黑窑，提督张得胜过余舟告曰：『林家圩已投诚矣，怀远可以得手』！盖林家圩为涡、淮咽喉，不夺此隘，怀远终不可得也。余曰：『何据』？伊出苗党投诚禀示余。余见禀中有「沛霖侄苗景开已由圩入怀远县、返下蔡」之语，即察其伪，力戒以宜备；张不以为然。五豉，至李家嘴普镇军（承尧）营中，张以告普；普更以为真。余复力阻之，不可；则劝其预备防敌具，勿徒手受缚。并传水师各营官：天明出队，见贼即击，勿受张、普节制；其时已将晓矣。将熟睡，而闻炮声震天；从者告余，谓『林家圩贼果以投诚赚我，张军受伤退；幸炮船先受余诫，已出不意直趋下洪』。余亟起观战，但闻炮声如雷；不一时，而水师大捷，夺获贼船十九只、击沈者不计。使张、普能信吾言，水陆两路均可获大捷也；惜哉！十五日，返临淮；即得寿州失守之信，蒋、周等军俱奉曾相檄，撤回六安；临淮前敌与蒙城，势益吃紧。乃商唐公谋之曾相，调何镇绍彩四营自宁国回临淮，以资策应。是时，苗逆派党斜出普军之下，于南蚌埠河沿筑三垒，以阻粮道；唐公欲自临淮派行队击之，余力阻，不允。至十九日三鼓，分布已定；余趋寝所，告之曰：『苗逆善守，天气酷热，我军趋七十里至蚌埠，苗伏兵不动。侍至日中，我军饥渴，溽暑逼人，其势必退；退则苗逆自后击我，取败之道也。否则，我军一到，肉薄攻墙，其势必多伤精锐；而贼垒亦卒不可破』。唐公卒不允。余曰：『毋已，则请派兵先至长淮卫立营，次早进兵；胜固妙，即不得手，而我退守老营仅二十里，其势可不至败』。唐公允之。二十日，临淮队至长淮卫，并纠合张得胜自上击下。二十二日，两路并进，肉薄登墙；果伤二百余人而还。曹溜集苗党，伪请集练扎营御苗，唐公已给札矣；余曰：『此诈也！苗势正盛，伊等何为而至我哉』！不听。已而，果肆掳掠为患。七月，苗逆复添万余人，斜出张得胜黑窑之后；层层包裹，其势甚危。盖两岸贼垒滨河，大为粮道之患。唐公曰：『事急矣！非子亲往一行，就近调度不可』。余慨允之。
将行，龚智轩大令（黼林）曰：『须坐炮船为妥。民船猝有变，不可恃』！唐公以为然，乃函致前敌飞调炮船来临淮，而苗逆已于河中洲宋家滩筑营六座，并以铁锁拦江，粮道大阻；前敌消息已不可通矣。十二月，曾相派外江炮船百只赴援，军威甚盛；余指示形势，并告以宜水战，先清贼划，切勿登陆。十三日，外江师船自蚌埠进，夺获贼划十九只。遂乘胜攻贼陆垒，更番迭进，皆受重伤，其势几不能军矣；而前敌缺粮更甚。十五日，清江水师来援；唐公命余赴前敌联络客军，商运粮之计。二鼓，抵蚌埠贼垒下泊，贼以炮击我，未中也；乃请外江水师助战，而以清江水师斩关破炼，送粮前敌。十五日黎明，出队；清江水师痛击贼沙洲，拔椿斩炼而过。然仅送粮三万斤，只敷两日之食。而苗逆益加椿、加炼；并沈民船，实以沙土，横亘河中。余请诸将再商运粮之法，皆气馁不能任也；余乃回营。十八日晚，张得胜自贼营偷过，来营求救；商量至四更余。二十一日，高宝水师黄镇开榜来营，请救甚急；唐公忧甚，复请余往。余毅然任之，立即登舟。抵蚌埠，询悉前敌，仍议以北岸渡过南岸，一齐退下炮船，能冲下固善；不则烧之，不可弃以资敌。张君已率八十死士亲至宋家滩东扎卡，拟令上游陆师扎卡宋家滩之西，紧逼贼垒以牵制之；令上游炮船得以专力冲下。余曰：『虽然，张提军不亲回黑窑，则北岸无主，必乱』！乃遣张君去后。高宝统将请外江水师助战，余乃婉告王提军吉、成提军发翔，俱蒙允诺。舟泊河心，密迩贼垒，不能成寐；四鼓后，传言前敌已撤、炮船已烧、军资器械尽行抛弃，勇丁伤亡不少。有请余速回者；余曰：『余行，则近于畏葸；始俟之，以作亡羊补牢之计』。天甫曙，有前敌勇丁来，询之果然；余仍坚忍不动，并留粮艘，拟待诸营取食。至辰刻，南岸贼垒竖旗出队，北岸贼距岸不远；余令坐船装炮首先逆敌，而贼马已东下矣。是日，风逆浪高，坐船颠簸。至午刻，高宝及外江水师纷纷下驶；余知不可留，又恐临淮有失，乃冒雨归。二更，抵营。或谓某军与贼私通，留之恐贻后患，不留又恐为变；唐公乃委余办之，并告以如何方妥。余对曰：『谨尽力』！唐曰：『势已至此，吾诸事赖君；君乃不下断语，吾谁望乎』！余曰：『非此之谓也；且竭吾力而为之』。费数日劝谕，乃撤张得胜部下谭镇善夫、唐副将万清、赵副将昌富三营。然谓其通贼，吾不敢信；谓其久战胆怯、贪恋妻室、不能整齐队伍，则彼亦无词以对矣。
八月初八日，婉辞唐公，告归省墓，就便劝捐助饲。十一日，登舟；同行为秦子仁都转（荣）。开行三十里，至茅滩泊；署凤阳县周述人（星讆）来别，并执贽为弟子。经安澜集、****、旧县、盱眙，至蒋坝、盘坝换船；历雷城、泛水、高邮州，谒露筋祠。经邵伯，过扬州，出三囗〈氵义〉河；至瓜洲。出口到七濠口，望金、焦二山，回泊瓜洲。出三囗〈氵义〉河，至仪征泗源沟，换湘乡钓钩船。三十日，出江，过通江关；至草鞋夹，泊。九月朔，出夹，过九袱洲；至南京雨花台曾沅圃中丞大营，留一日。初二日早餐后，告辞回舟。初四日，过兔儿矶，访****门载福，并访邑子杨生绍铨。初八日，过板子矶，晤邑人王凤藻；凤藻为派炮船送之。十三日，由王家洲，坐舢舨；十四日，到安庆，妾辈已登舟矣。新知为江达川方伯（忠浚）、邓伯昭明经（瑶）、徐毅甫孝廉（子苓）；江、邓二人皆宝庆人，徐则合肥人也。二十二日，由安庆开行。十月二日，至湖口县，复登石钟山。十三日，至黄冈界七矶洪，阻风。询知吾故友吴又桓观察灵柩已回，距此仅十里；乃造其室哭之，且致赙焉。十七日，至汉口。二十一日，同刘个亭登黄鹤楼，谒胡文忠祠。二十八日，过新堤。冬月朔，至岳州；龚智轩来会，同登岳阳楼。已而，李储源来；初二日，去；泊君山。初九日，至常德，易舟上行。二十日，至北溶。许生显荣授徒于此，遣人相邀；并谒其祖姑周节母——节母犹道及先大夫之厚德也。二十二日，至辰州。诘朝，步行至先父母墓展祭。家人亲族纷纷来见，以次展谒先茔归；栖墓侧账房。二十五日，到家。除夕，复与老姊至先父母墓侧，燔柴以祭；归，已二更矣。
自八月二十二日过雷城、至冬月朔至岳州，成「冯鲁川观察诗序」一首、吴又桓观察、周志甫明经「哀辞」各一首、秦太夫人、吴府君「墓表」各一首、「太史公报任少卿书书后」一首、「通蔽论」（上）（下）二篇、江忠烈、胡文忠「行状、「书后」各一首、「谢老仆传」一首。
三年（甲子），四十一岁（是年，到浙。冬十有二月，「读易随笔」成）。
正月，在沅陵原籍。月杪，谒祖墓，辞行。
