秋季开学后的一天早晨，他刚睁开眼，还未起床，响起了急促的电话铃声。有人向江报告：马老住宅的围墙上贴满了大字报！他急忙穿好衣服，快步直奔燕南园63号。一看，尽是《马老究竟属于哪一个马家？》《马老不是马列主义者》《马老是马尔萨斯主义者》这样一些标题，“浅薄！”“无知！”江隆基气极，愤愤地啐了两口，“简直是胡闹！”抬手撕了几把。这个围墙是他亲眼看着砌起来的，目的是为马老创造一个安全良好的环境，不承想一夜之间竟成了批判马老的“阵地”，他不能容忍这种做法！
回到家里拿起电话，对办公室下命令说：“立即派人全部撕掉，刷洗干净，不留痕迹。时间必须在马老出门前完成！”紧接着又下一道令：“严加保密，不准向任何人谈起这件事，更不能让马老有所觉察！”
之后，他才洗漱，吃早点，估摸马老的作息时间，去作一次深谈。
再次到63号时，大字报已经无影无踪了，砖墙湿漉漉的，像夜来下一场雨。马老压根儿不知此事，一如既往地打着哈哈热情接待了江隆基。
坐定之后，江隆基直截了当地说：“我劝你只是讲讲，不要急于发表文章，现在发表了，社会上议论纷纷的。”
马老哈哈一笑说：“我就知道你今天大清早所为何来？兄弟全听到了，说什么的都有，任他们嬉笑怒骂去。我认为这不是一个政治问题，是一个纯粹的学术问题。学术问题贵乎争辩，愈辩愈明，不应一遇袭击，就抱明哲保身、退避三舍的念头。相反，应知难而进，决不应向困难低头。”
“困难大得很啊，”江接住话头重重地说，“马老你要有充分的准备。”
“兄弟早有准备。我历来主张在研究工作中事先要有准备，没有把握就不要乱写文章。写了之后，既要勇于更正错误，更要坚持真理，即于个人私利甚至于自己宝贵的生命有所不利，亦应担当一切后果。”
“可现在有人硬要把学术问题往政治问题上扯呢。”
“请江副校长放心，兄弟这个马是马克思的‘马’，不是马尔萨斯的‘马’。”
江隆基苦笑了一声，无言以对。心里想：“万一将你老当作马尔萨斯的‘马’处理了，我这个当书记的，将无颜面对世人，将对中国的历史犯下罪过。”但这种心里话，江绝对说不出口，只是用一迭声的“可是……可是……”来感叹。
马见江面有难色，进一步敞开心扉说：“如果有人要写文章批判我，你也不要阻拦，让他们批判去，马某敬谨拜受。到他们认为将理论上的马寅初批得‘体无完肤’之日，也就是生活中的马寅初‘心广体胖’之时。不信拭目以待，看马某人有没有这个雅量？向你说句心里话，我平日不教书，与学生没有直接的接触，总想以实际行动来教育学生，总希望北大的一万零四百名学生（按：原话就这个数字）在他们求学的时候和将来工作的时候，懂得点做人和做学问的勇气，不要一遇困难便低头。”
话说到这程度，江隆基除了深深的钦佩和敬意外，再无话可说了。
然而来自外界的压力还得由他主要承担着。
而作为一个大学党委书记的他承受力也是有限的。
转眼到了1958年。4月，******在《红旗》杂志创刊号上发表《介绍一个合作社》一文，吹响了“******”的号角。文中有句名言：“除了党的领导之外，六亿人口是一个决定的因素。人多议论多，热气高，干劲大。”不久，又有“春风杨柳万千条，六亿神州尽舜尧”的诗篇问世。
紧接着，******、康生这些“理论权威”出奇地关心起北大来，频频屈驾来北大指手画脚。
******不打招呼，直奔校长办公室，指住一个工作人员讲：“我要见江隆基”。工作人员客气地将他请进会客室，按照惯例问了句：“您贵姓？哪个单位的？”******不悦，金口不开，拿起笔顺手在一个会议记录本上写下了尊姓大名，字写得很大，占满了一页纸。工作人员有眼不识泰山，顿时吓出了一身冷汗，连连说：“江校长在，在，你稍等”，转身就去禀报。江正好在办公室，迅急出门，将陈请进自己的办公室。
******此行来意是部署批判马寅初的。江正在筹划北大校庆六十周年庆祝事宜，便先向******发出口头邀请，陈痛快答应后，操着闽南话疙里疙瘩地说：“马寅初当校长快十年了吧？蔡元培十年，马寅初十年，这北大真是池浅王八多。北大要办成共产主义大学，怎么能让资产阶级学者当校长呢？马寅初的问题已不是什么学术之争，是政治问题，要发动群众从政治上批，批倒批臭，批得体无完肤。还有周培源搞的那个相对论，也是资产阶级唯心主义，该不该批？我看也该批。先放一放吧。先批马寅初。”（作者按：“****”期间，******又来北大亲自导演批判相对论的闹剧，终因这一“国际玩笑”开得太过火而未奏效。）
江隆基听得头皮发麻，心里打颤。当时还没有“超前意识”这个词儿，总之是对这种新观点、新理论百分之百地接受不了。但他有个好处，没有经过消化思考的话坚决不说，只好诺诺应承着。
马寅初却不像江隆基。
康生来找了几次，见面就是真刀对真枪，顶上了火。论水平，论口才，论骨气，康都不是马的对手；唯不如者，权势而已。
康说：“你的《新人口论》到底是姓马克思的马，还是马尔萨斯的马？我看这个问题，现在是该澄清的时候了。”
马说：“我马寅初就是马克思的马。有的人连马尔萨斯的书都没有看过，当然就不会知道什么是马尔萨斯，我只觉得这样的人非常可怜！这样的人才是货真价实的教条主义者，反马列主义者。”
康说：“你的综合平衡论是攻击社会主义计划经济，歌颂资本主义自由竞争，是法西斯‘全体主义’在中国的翻版！”
马说：“这些问题，现在与你讲不清楚，可将来的事实和历史一定会来说清楚并进行公正裁判的，总有一天会证明我的理论和主张是正确的。”
康说：“我们要组织人学习毛主席的六评白皮书，特别是《唯心历史观的破产》，要像批判帝国主义分子艾奇逊那样来批判你！”
马寅初仰天一声大笑。“你们批我已经批得够厉害了。但我这个人骨头硬，不怕这个。你们今天对我的这种无理取闹的批判，我是既不会接受，更是到死也不服帖。你们有人写文章说，已经把我批得‘体无完肤’了，但是我觉得反而批得‘心广体胖’了，不信请你看看！”
康生不敢再赤膊上阵，便躲进沙摊红楼专事幕后策划，连北大的校庆活动也不来出席。
5月4日，北大举行六十周年校庆大会，******应邀前来发表了长篇讲话，通篇都讲“批判”和“革命”。在批到马寅初时离开讲稿，面对坐在主席台上的马寅初高声讲：“马寅初要对他的《新人口论》作检讨！”江隆基顿时愕然。马寅初坐得更端正，不为所动。
同月，党的八届二次会议的工作报吿中，不点名地批判了马寅初和他的人口论。其中有这样两段话：“某些学者断定，农业增长的速度还赶不上人口增长的速度。他们认为，人口多了，消费就得多，积累就不能多。”“他们只看到人是消费者，人多消费要多，而不首先看到人是生产者，人多就有可能生产得更多，积累得更多。显然，这是一种违反马克思列宁主义的观点。”
稍后，中央派出另一名经济学家带领工作组进驻北大，专门主持批判马寅初。康生也频频来北大策划指点，这位“理论权威”的话也颇惊人，令北大人终生难忘。“马寅初只看到人有一张口，就没看到人还有两只手。要用‘两手论’批倒他的‘人口论’……”
从此开始了对马寅初及其人口论长达三年之久的批判。
如果说1958年的批判基本上还限于学术范围的话，1959年的批判则是全面的、政治性的。马寅初在杂志上发表了一篇长篇论文《我的哲学思想和经济理论》，文章的“内容提要”只一句话：“全文（附带声明除外）就‘******’的情形，作出一个科学的解释。”第四部分又重申了他的人口理论。最后“附带声明”中的一些话，堪称“醒世恒言”——
这个挑战是很合理的，我当敬谨拜受。我虽年近八十，明知寡不敌众，自当单身匹马，出来应战，直至战死为止，决不向专以力压服而不以理说服的那种批判者投降。不过我有一个要求，过去的批判文章都是“破”的性质，没有一篇是“立”的性质；徒破而不立，不能成大事。如我国的革命，只破而不立，决不能有今天。
据《光明日报》的意见，我的学术思想是资产阶级的，那么就应该写几篇富有无产阶级学术思想的来示一个范，使我们也可以经常学习。
康生看罢，气急败坏，坐镇沙滩红楼，召来新任的北大党委书记，擂着办公桌吼叫：“一定要从政治上把马寅初批臭！”“他已不能再做北京大学的校长，彻底批臭之后，将他调离北大！”
1960年元旦刚过，马寅初打电话给《新建设》杂志编辑部，请求当月发表他的《重申我的请求》。1月4日，被迫上书教育部，要求辞去北京大学校长职务。之后举家搬出燕南园，回东总布胡同32号旧居，过起长达二十余年的“隐士”生活。
