任何宗教对科学的发展都有阻碍作用，善恶报应在这方面的影响也极显著。因为在报应观中，最根本的就是以人事影响天然的那种巫术的成分，认为人的行为绝对地决定了事物的过程或结果。假如皇帝仁善，必然会有丰年，天一定会降福；反之，就会出现灾异，以示惩戒。一般人只要虔心行善，也会获得天神佑护，自身福寿可望，子孙昌盛可期。反之则遭罚。这种信念，使人们醉心于神奇和超自然的事物，越来越深地陷在错误之中，对于一切自然现象——风、雨、旱、蝗、山崩、地震、星殒、日食、严寒、瘟疫、丰收、饥歉等等——只要已有的知识和经验不足以解释，就会以神为最终原因来解释，而惰于探索和不承认事件的物质规律性和导致坏现象的真正原因。所以，一旦遇到自然灾害，人们不是去探寻现象的自然原因，不考虑如何以人力胜天，而是不假思索地认为是神的作用，是天帝施罚。举国上下，匍匐祈祷，希冀神灵消灾降福。
千百年来，人们对于如何通过赈济贫困、收瘗遗骸等好事来感动神灵，通过严洁祭坛、祭品、禁止屠宰来讨好神灵，通过在龙潭中投死猪或扔妇女敝屣和臭裹脚布等秽物来振触神灵，通过自我惩罚乃至自焚等手段来威胁神灵等祈祷祭祀方式，可谓无所不用心其极，惟独不思虑进行以人力抗御自然灾害的努力。使我们民族的进取精神在一种怠惰风习中和迷信愚昧中衰弱下去，从而加强了人们在自然界面前的软弱无力，阻碍了一切有用科学的发展，使我国社会实际上是停顿在一个漫长的非常不易摆脱的幼稚时代。
清人魏敏果说过这样一句格言：“五伦之外无道，六经之外无文，四书之外无学。”（《清朝野史大观》卷五）这是魏氏的格言，同时也是放之整个封建社会而皆准的通理。只有“五伦”、“六经”、“四书”才是“道”、是“文”、是“学”，才有必要去探究，去阐发，而“六合之外”的一切自然的或生理的疑异现象，则“存而勿论”，或以鬼神报应观破解。《续夷坚志》卷二记载：金代泰和年间（1201-1208），定襄县有一匹马惊逸，直奔县厅将县主簿啮倒，咬至死，伤折之处，惨不忍睹。当时人说：这匹马，不是为鬼物所凭，就是他世报怨。这个马惊伤人事件，就这么简单地解决了。《见闻杂记》卷二记载：明代万历六年（1578）六月，浙江金门卫后所千户金珰家卧室内，“平地涌血如鼎沸，高三尺许，天明凝冻成块。事闻，下礼部议修省。”在今天看来，这所谓“血”，在六月可凝结成块，大概是某种浓度极高的金属矿水，也许是铁矿水。自当迅速探明，以备开采。而当时都以为是上天“示儆”。李乐说：“夫血，阴物也，无故涌血，高至三尺，于人道为小人得志，于刑狱为冤抑不申，于地方为杀戮惨伤之象。”因此，要“修政省刑”，以示知惧改悔。
《阅微草堂笔记》载有这样几件事：清代有个叫雷阳的人，养了几只羊，其中一只忽然人立而舞。当时人说：“羊怎么会跳舞呢，肯定有鬼凭附！”（卷一一）有人得了一种奇怪的病，目不能视，耳不能昕，口不能言，四肢不能动，周身痿痹，不知痛痒，仰置床上，块然如木石，仅一息不绝。家人知其未死，按时以饮食置口中，也能咀嚼吞咽。名医也无所措手足，说：“此病身死而心生，为自古医经所不载，大概是业报吧！”（卷九）有个富翁的独生子得了重病，请当时名医诊治，医生说，“脉现鬼症，非药石所能疗也。”竟拂袖而去（卷六）。中医学是我国古代较为发达的一门学科，其尚且如此，其他学科的情形自可想见。
善恶报应以盲目信仰为基础，千百年的潜移默化，使人们的智力受到影响，日渐退化，失却任何批判地思想的能力，而习惯于相信一切荒谬不经的事情。这种愚昧的惰性因素，就像遗传基因一样深深积淀在广大民众的身上，使他们固着在封建迷信的泥潭中，难以跟上现代社会科学发展的步伐。就在接受了数十、百年现代科学文化熏陶的今天，普通百姓的头脑中仍保留着极浓重的宗教迷信意识，他们所表现的愚昧与轻信，使人不得不为之震惊！请看：
《广西日报》一九八一年七月二十日记载：一九七九年，广西都安县某村兰秀月声称她的女儿上山放牧，遇到一个白衣神仙，教她用泉水治病，先假称治好兰秀月本人和生产队长黄端午的病，然后大造舆论，称其女潘美菊（十二岁）为仙姑，能治百病。四方群众闻而信之，连续两年，跨省逾县跋涉求治者络绎不绝。而其所谓治病，不过是随便触摸一下病人带来的东西，三五秒钟便告完毕。到一九八一年七月，已有五个病人死在求仙回来的路上，其中一人倒毙四天无人收尸。
《民兵生活》一九八七年四期载文说：一九八六年，湖北省仙桃市郊县有一块耕地，忽然陷下一坑，地下水渗出，附近群众为之哄传，说是“龙泉显灵”，其水可以消灾去疾。四围州县乃至邻省群众闻讯而来取神水者蜂拥而至，使交通也为之堵塞。“龙泉”附近，终日香烟缭绕，鞭炮不绝。从清晨四时至午夜，取水祈祷者从不间断。“龙泉水”由多而少，由清而浊，由浊而泥。道远后至者，连淤泥也奉为至宝，虔诚取归。后经查证，其地曾打坑井掘煤，后来填土耕种，年月既久，填土下陷，地下水渗出，绝非“龙泉显灵”。
《桂林日报》一九八七年二月二十二日记载：一棵被风吹倒的大树，因树枝树梢被人砍削，头重尾轻而竖立起来，重新回到原来的位置，人们便以为是“神仙显灵”，前来焚香祈祷者络绎不绝。
同月二十四日报又载：几个住在岩洞里的乞丐为了赚钱，扬言说洞中石钟乳滴下的水是“仙水”，能治百病。于是，跑来烧香叩取“仙水”的累千巨万。
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近年来，农村中人死后打斋做道场，请风水先生寻觅风水宝地以安葬亲祖，以及卜卦算命、请仙问神之风极其炽烈，甚至有人因受人欺骗，为了“成仙”而全家自杀！毫无疑问，这种现象的出现，根源于封建社会长期宗教迷信的影响，根源于我国现阶段经济文化的不发达和一般群众文化素质的过低。这是我们要使物质文明与精神文明同步的一个不利因素。
树不是一砍就倒的。但我们一刻也不怀疑，这棵树总有一天要倒下的，只要加快我国经济和文化的建设，不断提高人民群众的科学文化水平，运用科学的斧头不断向同一个方向砍去，我们必定能够最后扫清封建宗教迷信的余毒。当然，这个过程将是非常漫长的。
近年人们在探讨中国近代自然科学落后于西方的原因时，从政治制度的、经济结构的、上层建筑及其意识形态的、自然地理环境的、人口因素的以及运用系统工程超稳定结构的各个方面，进行了多角度、多层次的有益分析。所有这些因素，无疑都是中国近代自然科学所以落后的原因。除此之外，这种在沉重的社会压迫与自然压迫之下产生的、弥漫于整个封建社会、渗透于绝大多数国民心理的善恶报应观念，是否也是致使中国近代自然科学落后的原因之一呢？
