卓猴溪，源出卓猴山，北流入于曾文溪（嘉义界）。
分水溪，源出分水山之南，经水蛙潭南流，至罗汉门东受石门坑、东方木诸山之水，西受石****、茄苳仑（皆罗汉内门山）诸山之水，汇为长潭，清莹可监。西走出内门，过狗囵圈西下，北受湾崎溪水，西流为冈山溪。又北受打鹿洲溪水，西流为角带围溪。又受红毛寮溪水，西流为二赞行溪。又西为喜树港，入于台江，注于海。
湾崎溪，源出三凸仑，南流过狗囵圈，入于冈山溪。
打鹿洲溪，源出马鞍山，西南流经打鹿洲，北受深坑仔水，复南流入于角带围溪。
红毛寮溪，源出红毛寮，南流入于二赞行溪（溪南为凤山界）。
淡水溪自北而南，横绝郡治之背。源出自诸罗内山，其来极远。至罗汉门东方木东，受小溪水，经旗尾山西下，绕凤山县东南至东港，西入于海。
石头沟在邑治东北三里许，无水源，受东北众坡之冰，经海会寺前，转邑治北大桥港出柴头港，西入台江。
鹿耳门港亦名隙仔港（旧志另作隙仔港，误），在南北二汕之间，水底皆沙，纵横布列，舟不可犯；就其稍深处觅港出入，港路窄狭，仅容两艘。潮长时水可丈四五尺，潮退时不能一丈，舟悬后舵而进。其纡折处必探视深浅，盘辟而行。而沙水相荡，深浅又时变易，必插竹标以识：南白北黑，名曰「荡缨」（初设五杆，后增设十三杆）。初近北汕以入为旧港，今近南汕而入为新港。
加老湾港在北汕北，不堪泊舟，西南即大洋。其北即海翁汕港口，大澳曰海翁窟，亦名月眉湾，可泊百艘。
安平镇大港在台江西南、赤嵌城之西。红毛时，巨舟悉从此入，泊于台江。自郑成功由鹿耳门入台，后遂淤浅。今惟南路贸易之船经此，巨舟不得入矣。
鲫鱼（原刊脱「鲫鱼」二字）潭在永康、长兴、广储西三里之界，汇纳众流，修而不广，计长可二十余里。多生鲫鱼，年有征税。三用之，内田资灌溉。亦名龙潭，旱时祷雨于此。又名东湖，最宜霁月；旧志以为八景之一。
菅林潭亦名嵌下陂，在长兴里，地势洿下，泉流所归。里众筑堤障之，以资灌溉，屡有争竞。康熙五十七年，太守王珍勘明勒石，定其限焉。其水北通鲫鱼潭。
无源潭在永丰里，潦水所钟也。草潭、白衣潭，郑氏凿也。荷兰陂，红毛筑也。公爷陂，郑氏筑也。皆在新丰里。甘棠潭在保大东里，地多甘棠。王有潭在仁和里，里民王有所凿。莲花潭，其源甚深，多产红白芙蕖。鸳鸯潭，两潭比偶，如鸳鸯然。水漆潭，多生水漆。参若陂，红毛时佃民王参若筑。十嫂陂，寡妇王十嫂募佃筑。陴仔头陂，伪郑时筑。月眉池，形如半月也。皆属文贤里。鼎济窐在新港社，产鱼虾。新港东陂在新化里，西陂亦在新港社。
邑治八景：曰鹿耳连帆，曰鲲身集网，曰赤嵌夕照，曰金鸡晓霞（此属澎湖），曰鲫潭霁月，曰雁门烟雨，曰香洋春耨，曰旗尾〈火禾〉蒐（散见山水古蹟各志，自御史钱琦以下，皆有题咏）。又郡八景：曰安平晚渡，沙鲲渔火，鹿耳春潮，鸡笼积雪（此属淡水），东溟晓日（同上），西屿落霞（属澎湖），澄台观海，斐亭听涛（俱在道署内；自巡道高拱干以下，皆有题咏）。
秀峰塔，居郡学之巽方，高丈三尺五寸，周底六丈；四门阶级，空其中。乾隆六年，提学杨二酉建，后废不修治。
南湖书院在小南门外。乾隆三十年，郡守蒋允焄以崇文书院狭，且近市，复建书院于此。辟斋舍、设讲堂于法华寺之左，即旧梦蝶园处也。其地有湖山林木之胜。后以院长居此者多弗康，遂废。
又有正音书院，在东安坊旧县署之左。雍正七年建，寻废。
环台湾皆海。自邑治计之，南至凤山县之沙马矶头，旱程二百九十六里，水程七更；北至淡水厅之鸡笼鼻头山，旱程六百三十里，水程一十九更；西北至鹿耳门，水程二十五里（康熙五十五年，钦差丈量，依旱程折算，仅十里零七绳）。鹿耳门西北至澎湖，水程四更，约一百八十里。澎湖西北至厦门，水程七更，约三百里。邑治内优大山之东曰山后，归化生番所居。舟从沙马矶头盘转，可入卑南觅诸社。山后大洋之北有屿名钓鱼台，可泊巨舟十余艘。崇爻山下薛波兰港可进三板船。
海洋行舟，以磁为漏筒，如酒壶状，中实棚沙悬之，沙从筒眼渗出，复以一筒承之；上筒沙尽，下筒沙满更换，是为一更。每一日夜共十更，每更舟行可四十余里。而风潮有顺逆，驾驶有迟速。以一人取木片赴船首投海中，即从船首疾行至船尾，木片与人行齐至为准；或人行先木片至，则为不上更；或木片先人行至，则为过更。计所差之尺寸，酌更数之多寡，便知所行远近。所至地方，若岛屿可望，令望向者（曰「亚班」）登桅远望；如无岛屿可望，则用绵纱为绳，长六七十丈，系铅锤，涂以牛油，坠入海底，粘起泥沙，辨其土色，可知舟至某处。其洋中寄椗候风，亦依此法。倘铅鎚粘不起泥沙，非甚深，即石底，不可寄泊矣。
通洋海舶，掌更漏及驶船针路者为「火长」；一正一副，各有传抄海道秘本，名曰「水镜」。台厦重洋往来之舟，水程颇近，中有澎湖，岛屿相望，不设更漏，但焚香几行为准。针路则以罗盘按定子午，自台抵厦，向干方而往；自厦抵台，指巽方而来。若由厦北赴江、浙、锦、盖诸州，南抵广、粤、惠、潮各府，沿海傍山，逐日有澳可泊，不用更漏筒。
或问：『旧志舟行一更六十里，今谓四十余里，何也』？曰：『南路沙码矶头至府治，舟行七更。康熙五十五年，钦差丈明旱程二百九十六里，水程与旱程相傍，是一更该四十二里有零。通志载福州至琉球，水程一千七百里，府志称船行四十三更，是亦一更四十里矣』。
又问：『舟自南路抵府七更，顺风一日可至；自厦抵澎亦七更，必一日有余乃至，何也』？曰：『台海潮北汐南；南路抵府，顺流也，台厦横流故稍迟』。曰：『北流为顺，南流不逆乎』？曰：『有风不怕流；南流虽逆，非如黑沟之湍激也』。
又问：『舟中定更，以人行与木片齐至为度。台地人行，穷日不能百里，舟行乃二百余里，何也』？曰：『投木片时其行速，且船无休息，故倍之』。
又问：『北路水程十九更，旱程仅六百三十里，何也』？曰：『此未暇详考，依府志所载』。
台海潮流，止分南北。台厦往来，横流而渡，号曰「横洋」。自台抵澎为小洋，自澎抵厦为大洋，故亦称「重洋」。
凡往内地之舟，皆于黎明时出鹿耳门放洋（舟人捩舵扬帆出海曰「放洋」。鹿耳门港南北有二礁，植标以记，不敢逼犯；质明见标，舟乃可行）。清明后南风始发，从鹿耳门外径去。白露后北风渐盛，必至隙仔港口（在鹿耳门外之北），方可开驾（舟行务上依风，故南风放洋从南，北风放洋从北，若误落下风，针路便失）。约行百里，望见东西吉屿，经二屿便抵澎湖，大约后午可到。南风宜泊水垵澳，北风宜泊网澳、内堑、外堑等澳；余详前澳屿内。自澎往厦，悉以黄昏为期，越宿而内地之山隐现目前。此就顺风而言。若南风柔若，风不胜帆，常一二日夜方抵澎湖。至厦门则更缓。又若北风凛冽，帆不胜风，摺帆驾驶，登岸亦稍迟焉。
帆往福州，望北直去，至闽安镇，水程一十五更，不用湾泊澎湖。若从北路淡水西渡，水程仅七更。登舟半日，可见关潼山。自关潼趋定海，行大洋中五六十里，至五虎门；两山对峙，势极雄险，为闽省外户。门外风力鼓荡，舟帆颠越；既入门，静渌渊渟，与门外迥别。更进为城头，土名亭头；十里即闽安镇，再数十里至南台大桥。
鹿耳门外，初出洋时水色皆白。东顾台山，烟云竹树，叠翠浮蓝，自南抵北，罗列一片，绝似屏障画图。已而渐远，水色变为淡蓝，台山犹隐现于海面。旋见水色皆黑，则小洋之黑水沟也。过沟，黑水转淡，继而深碧，澎湖诸岛在指顾间矣。自澎湖放洋，近处水皆碧色，渐远则或苍或赤，苍者若靛绿，赤者若臙红。再过，深黑如墨，即大洋之黑水沟，横流迅驶，乃渡台最险处。既过，水色依然苍赤。有纯赤处，是名红水沟，不甚险。比见水皆碧色，则青水洋也。顷刻上白水，而内地两太武山屹然挺出于鷁首矣（南风时，驾驶近南，先见镇海之南太武；北风时，驾驶近北，先见金门之北太武）。
黑水沟为澎、厦分界处，广约六七十里，险冠诸海。其深无底，水黑如墨，湍激悍怒，势又稍洼。舟利乘风疾行，乱流而渡，迟则波涛冲击，易致针路差失（按黑水沟有二：其在澎湖之西者，广可八十余里，为澎、厦分界处，水黑如墨，名曰大洋；其在澎湖之东者，广亦八十余里，则为台、澎分界处，名曰小洋。小洋水比大洋更黑，其深无底。大洋风静时，尚可寄椗，小洋则不可寄椗，其险过于大洋；此前辈诸书纪载所未及辨也）。厦船过黑水沟良久，令亚班（舟中占风望向者二人，名曰「亚班」）登桅遥望，必见澎湖西屿、花屿、猫屿，乃可前进；倘计程应至，而诸屿不见，便失所向，须亟收回，恐漂越台之南北而东，则邈不知其所之。或已抵鹿耳门，为东风所逆不得入；或遇海吼浪涌，隙仔不可寄泊，当回澎湖。值若月黑，莫辨岛屿何处，不得不仍归厦门。而针路已失，往往有随风北至南日而上、南至铜山以下者。
来台诸舟，必以澎湖为关津。由西屿头入泊妈宫等奥，然后出东吉，过小洋，抵鹿耳；其常也。或已入澎湖，而风信未可行，尝有湾泊至旬以外者。
澎湖诸岛，皆平冈无峰峦，舟行稍远，辄伏而不见。渐近时，登鷁尾高凭眺，恍惚天际微云，一抹如线。徘徊回顾，天水混连，孤舟荡漾，若纤芥在明镜中。
泛海不见飞鸟，则渐至大洋，盖水禽陆栖也。近岛屿，先见白鸟飞翔。
海波夜动，焰如流火，天黑弥烂。船在洋中，可击水以视物。一击而水光飞溅，如明珠十斛，倾撒水面，晶光荧荧，良久始灭。
台湾县治之海常吼。自七鲲身北至鹿耳门、南至打鼓港止，小吼似击花腔鼓，点点作撒豆声，乍近乍远，若断若续，临流听之，有成连鼓琴之致；大吼如万马奔突，如众鼓齐鸣，如三峡崩流，如千鼎共沸，厥声远闻，累数日夜罔有闲歇，惊涛湓涌，舟莫敢近，虽钱塘八月怒潮，未足拟也。或曰风兆，时亦不风；或曰涛响，何港无涛？若云雨征，宜其近之；谓海气发，故地籁鸣也。乃微雨辄吼，大雨而或不吼；既晴犹吼，久旱而亦时吼；斯不可解矣。惟吼声南下而渐细，则久雨必晴，颇验（按海自嘉义以上不吼。惟台湾下至凤山则吼，俗呼曰「做涌」；惊涛迅发，舟触之，沸击迫岸辄碎。自岸边至中流，浪之最巨者有三叠，约广不上十里，以外则渐平。春冬不吼，惟四月廿六日起。舟人谣曰：涌仔开目，不因风兆，不因潮汐。谓海气一发，微雨几泼，辄吼；或大雨不吼，大风不吼；或既晴犹吼，必待烈阳炎暴至终日则吼息。四五月之吼，凤山最甚；六七月之吼，台湾最甚。其地气由南而北。七月廿六后，谓之「埔占涌」，渐轻；至中秋则不吼也。盖夏令地气蒸热，自下而升，犹煮饭之滚于锅底然）。
台处闽之东南，以一郡藩蔽全省。即沿东西地方之对峙者计之：北路淡水厅之后垄港，与兴化府南日对；后垄而上有竹堑，与福清县海坛镇对；后垄而上有南嵌社，与福州府闽安镇关潼对；自南嵌至淡水港，与连江县北茭对；自淡水港至鸡笼山，与福宁府沙埕烽火门对；南路凤山县之弥陀港、万丹港、岐后港、东港、茄藤港，则与漳州府之古螺、铜山等处对。顺风时，驾驶针路皆以卯酉为方向，不用斜转；惟鹿耳门居邑治之西北，澎湖又居鹿耳门之西北，与泉州府同安县之厦门东南斜对，针路以巽干为方向。迩来海不扬波，凡〈舟彭〉仔、三板头等小船，每由北路笨港、鹿仔港等处乘南风时径渡厦门、泉州，自东徂西，横过澎湖之北，名曰「透西」，例禁甚严；趋险者犹如骛也。
台海港口，哨船可出入者，只邑治鹿耳门及南路打鼓港、北路蚊港、笨港、淡水港、小鸡笼、八尺门七处，其余如邑治之大港、南路之西溪、蚝港、蛲港、东港、茄藤港、放〈糸索〉港（冬月沙淤，至夏秋溪涨，船始可行）、大崑麓社寮港、后湾子（俱琅蟜地）、北路之马沙沟、欧汪港、布袋澳、茅港尾、铁线桥、咸水港、井水港、八掌溪、猴树港、虎尾溪港、海丰港、二林港、三林港（二港亦多沙汕，水退去口五六里）、鹿仔港（潮涨大船可至内汕，不能抵港，其外汕水退时去口十余里，非熟港道者不敢出入），哨船俱不能常至。
邑治州仔尾、隙仔、喜树港、南路万丹港、北路湾里、竿寮、含西、篷山港，只容〈舟古〉仔小船。再南路岐后、枋寮、加六堂、谢必益、〈句黾〉鼊港、大绣房、鱼房港、北路〈鱼逮〉仔穵、象领，今尽淤塞，惟小渔船来往。
