停止圆明园的修复工程，以兴修“三海”作为交换条件，同治帝转而兴致勃勃地关注着“三海”的工程，偶尔还会去南北两海游览一番，煞是尽兴，有时要在那边玩赏一整天才回宫休息。
实际上，同治皇帝的日常生活安排得十分紧凑。每天一大早起床，首先要到钟翠宫和长春宫向慈安、慈禧两位太后请安，每逢初一、十五，还要陪着两宫的太后去漱芳斋进午膳。
八月末的时候，他先是去南苑玩，紧接着又要检阅御前大臣和乾清门侍卫等人的马射，之后又是行围打猎、晒鹰台撒围和检阅神机营的士兵……就这样一直忙到十月份。
十月初七这天，同治帝率领众藩王到慈宁门内，迎接慈禧太后搬到慈宁宫去住，陪着两宫太后在漱芳斋用了午膳；初八、初九两天，又陪着两宫太后到宁寿宫用午膳。
十月初十是慈禧太后四十岁生辰，同治帝率领一班王爷、文武大臣、蒙古王、贝勒、贝子、额驸等人到慈宁门行庆贺礼，宣读贺表，十一日又陪着两宫太后继续在宁寿宫用午膳。长时间高强度的忙碌终于让同治帝不堪重负，病倒了。
十月二十日，同治帝的身体不太舒服，就传旨懋勤殿，停课十天。二十一日，同治帝又去西苑游玩了一天，身体受了凉，病情加重。
但在三十日的时候，同治帝还可以在养心殿召见军机大臣，处理政务，还命军机大臣李鸿藻代自己批奏折。
十一月初一，宫里传出消息，说是同治帝得了“天花”。按照宫里的规矩，皇上“发疹”，朝廷内的大臣要贺“天花之喜”，即十二天之内上奏折要用黄面红里，穿花衣补褂，还要供娘娘，递如意，在胸前悬挂红绢。这时，太医院的御医李德立、庄守和一直在为皇上诊治，也时刻紧密关注着皇上的病情。到了初五，同治皇上发下谕旨，要将满文的奏折交由恭亲王奕代为批阅。
然而，同治的背后，始终有一双犀利的眼睛在注视着他的一举一动，包括他将什么事情交给了什么人去办，还有他的病情。除了几乎每天早晨都要见面，并且在一起进早膳之外，慈禧太后派了一些小太监，时时刻刻监视着同治帝的行动。她十分清楚，同治帝已经让李鸿藻和奕两个人代办批阅奏折的公事，这就说明，同治的病情很严重，可能需要一段时间来恢复。国家政事不能由皇上本人来亲自处理，这是一种十分危险的信号，因此，本来就渴望权力的慈禧终于有了足够的理由站出来了。
十一月初八，慈禧和慈安共同在卧病在床的同治帝面前召见军机大臣和御前大臣。慈禧真可谓是用心良苦，将召见的地方设在病榻之上，实际上是为了让满朝文武大臣明白一件事，同治皇帝的病情短期之内治愈的可能性很小。
等到大臣们欷歔问候了一会儿，都退下去之后，慈禧和大臣们攀谈起来，感慨地说自己近日以来十分忧虑，朝政几乎荒废，皇上又不能“裁决披览”，慈禧一副忧虑至极的样子，情急之下还黯然落泪。
慈禧的这一出戏，就是为了让文武大臣劝谏她亲理朝政，慈禧的暗示十分露骨，大臣们退下之后，立即根据慈禧的意思上奏，更过分的是，慈禧竟然命令臣工直接奏请两宫垂帘听政。但是慈禧十分谨慎，她命令大臣们直接向同治帝提出奏请。慈禧太后通过三次召见，将这一出戏演得逼真至极。
第二天，两宫皇太后再一次召见军机大臣和御前大臣，这一次，军机大臣和御前大臣看到了身体状况有所好转的同治皇帝，他“气色皆盛，头面皆灌浆饱满，声音有力”。同治得知臣工们“求太后代阅折报一切折件”，他对于这件事，实际上是“不胜喜悦”的，但是介于颜面上的问题，怕自己被指责为“不亲预朝政”，他还是扭捏了一番之后才答应了大臣之所请的。
在封建社会里，批阅奏折是皇上最基本的职责，也是皇权的集中体现。然而同治皇帝对这份权利和义务却并不以为然，他甚至还轻易将这个差事交给了大臣李鸿藻和奕。这让一向极重视皇权集中的慈禧太后极气愤又着急，无奈之下，她只好活动了一下自己的灵活手腕，将这个重要的国事大权划归到了自己的范围内，这样不仅使她握住了朝廷的大权，也让自己有机会垂帘听政，不再是幕后“英雄”了，这样一来，她就可以名正言顺地成为朝政的直接处理者和王权的最高统治者。
然而天真的同治帝并没有料到，将批阅奏折的权力交给慈禧会给自己带来多大的危险，也没有料到身上的病疾已经严重到无法康复的程度。他满心欢喜地以为，繁复的批改奏折的任务有人帮他承担了，两宫皇太后对于政事兢兢业业，勤勤恳恳，而实际上，慈禧才是这件事的最大受益者和赢家，东太后慈安对于权力则没什么兴趣。
几天之后，慈禧连发懿旨，先是将同治帝的几个嫔妃贵人各升一级，又给王公大臣们加封晋级，又对监禁的人犯酌情减刑。这些懿旨都是慈禧为了治愈同治帝的天花而“积”的“德”，然而慈禧更深层次的目的也是十分明显的，那就是笼络人心。
连续几天，同治的病情有了一定程度的好转，但是到了十一月二十日，浑身又出现了一些溃烂处。三天之后，同治帝的脉息“皆弱而无力”，溃烂的部位也更加严重了；又过了四日，皇上的脉息已经“滑缓无力”，腰部的伤口浓汁分泌得更多了，恐怕要伤元气了。
荣禄找来了一位民间治外症的名医，名叫祁仲。这位名医为皇上诊治的时候，皇上的情况并不乐观，但是慈禧太后一直守在一旁，看到皇上的病情和病容，慈禧几度伤心落泪。然而不知为什么，祁仲的药方并没有被采用。
或许，慈禧自己心里明白，同治的病情可能已经无法控制了，因此并没有积极治疗；或许，也有其他的原因，我们已经不得而知了，同治帝最终还是因为不治而死去了。《翁同龢日记》中详细记载了同治帝驾崩时的情形：“有顷，惇、恭邸、宝、沈、英桂、崇纶、文锡同入见于西暖阁，御医李德立方奏事急，余叱之曰何不用回阳汤。彼云不能，只得用麦参散。余曰即灌可也。太后哭不能词。仓猝间御医称牙关不能下矣。诸臣起立奔东暖阁，上扶坐瞑目，臣上前遽探视，弥留矣。天惊地坼，哭号良久，时内廷王大臣有续至者，入哭而退。惨读脉案，云六脉俱脱，酉刻崩逝。”翁同龢对同治帝的死进行了最准确的记录，这位年仅十九岁，在位十三年的皇帝，就这样离开人世，这一年是同治十三年十二月初五，公历1875年1月12日。
年轻的同治帝究竟因何而死？学界历来众说纷纭。有些野史说，同治帝死于梅毒，说是同治出宫游玩，行为不检点染上了梅毒，但是慈禧觉得梅毒名声不好，因此说成是天花。而翁同龢的记载是，同治确实是死于天花，也有人认为同治是生疥疮而死的。
同治的死因至今仍是一个历史疑案，现在已经无从考察，但是荒淫无度的同治作为帝王，并没有给大清朝的历史留下些什么，他比起他的父亲咸丰来说，更加不负责任。一有空闲，他就会跑去四处游玩，尤其喜欢带着两个太监偷跑出宫寻欢作乐。
殊不知，国家需要的是兢兢业业、勤政爱民的君王，这个时候的清朝正在一步步地走着下坡路，但是还没有到不可挽回的地步，如果此时的同治能像他的祖先康熙帝一样少年老成，专心国事，可能会在一定程度上为改变国家的命运作出一点贡献，同时，也可能不会让慈禧对于国事这么忧心忡忡，从而也不会给慈禧这样冠冕堂皇的理由去接手朝政。
在封建社会的发展过程中，很多兴盛强大的王朝都会因为一个帝王的昏庸无道和奢靡不振而改变命运，帝王对于一个王朝来说是至关重要的。俗话说得好，打江山易而守江山难。多少王朝的开拓者都深知勤俭自强、勤政爱民对一个政权的建立和稳固的重要性，又有多少王朝衰败的直接原因就是帝王的昏聩不堪和奢靡无度。“业精于勤而荒于嬉”，这句话放在这里，是最恰当的。虽然清朝的衰落和灭亡受到多方面因素的影响，但咸丰和同治两位皇帝的所作所为还是在一定程度上加快了清朝衰败的脚步。
慈禧失去了自己的儿子，但从另一个侧面来讲，她为自己赢得了一个机会，整个朝廷又重新成为她的朝廷，大清，又一次成为她手掌中的大清了。她又开始事无巨细地管理和限制宫中大臣和王族的作为，又可以凌驾于四海之上，玩弄自己手中的权力了。尽管她也将迎来招致骂名的政治生涯和繁忙不堪的处理朝政的日日夜夜，但是，毕竟她可以在这样的生活中找到自己想要的东西，这种东西可以给她带来快感，也让她感到满足。
