随着马尼拉城的陷落，整个菲律宾群岛的局势基本已经确定。虽然新几内亚公国现在不过才占领了包括马尼拉在内的3座城市，但西班牙殖民当局的陆军主力和殖民地舰队都已经被消灭掉了，整个菲律宾群岛已经没有多少抵抗力量。所以在占领马尼拉城后，公国一方面组织起了当地的临时占领政府，另一方面派出大军兵分几路开始攻占菲律宾群岛上的其他城市。一时之间，整个菲律宾群岛上是硝烟弥漫，兵锋四起。
1874年3月12日，公国军队攻克马洛洛斯。
3月14日，圣费尔南多城的守军向新几内亚公国军队投降。
3月17日，圣克鲁斯城几百西班牙守军虽然顽强抵抗，但最后全军覆没。
3月19日，卢塞纳城守军投降。
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3月26日，八打雁守军投降。
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4月2日，巴朗牙守军竟然早就已经弃城而逃，公国军队轻松占领了已经几乎是空城的巴朗牙城。不过由于处在一种没有管制的无政府状态，当地的犯罪率急速上升。打劫、强奸、偷窃、杀人等恶劣的治安事件不断发生，整座城市都处于一种恐慌状态。对此公国军队及时出动，当场击毙作案罪犯几十人，立即控制了当地的局势，对此当地原住民表示了欢迎和感谢。
4月6日，公国军队攻克了伊巴城。
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4月11日，巴莱尔城守军放下了武器，向公国投降了。
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等时间的指针指向6月份的时候，整个吕宋岛已经基本纳入了新几内亚公国的统治之下。至于其他的岛屿目前正处于交战状态，不过相信用不了多长时间就能纳入新几内亚公国的版图之内。
1874年7月22日，经过几个月的粗略统计——在吕宋岛上现在一共有人口346万左右，其中华人及其后裔有28万。至于另外的岛屿目前情况还不清楚，不过估计两百万人口肯定是有的，而其中的华人及其后裔少说也有十几万。所以大致估计整个菲律宾群岛拥有的人口超过五百万，而华人及其后裔超过40万以上。这个人口基数对于新几内亚公国无疑是非常巨大的，毕竟公国的人口实在是太少了，不过才一百多万。有了这五百多万人口，新几内亚公国立即就会变成一个拥有六七百万人口的中等国家，这对国家实力的提升无疑是非常巨大的。
为了巩固整个菲律宾群岛的政局，约翰开始大量启用菲律宾群岛上的地主和富人阶层，通过收买他们来快速完成政权的稳定过渡。对新几内亚公国政府方面表示出来的善意，这些地主和富人阶层都欣然接受。这就和满清入主中原后收买汉族地主阶级其实就是一个道理，都是为了巩固政权。为此约翰宁愿让这些人掌握一部分的权利，这也是唯一的上策。
正是有了这些人的帮助，整个菲律宾群岛的局势很快就稳定了下来。等时间到1874年10月的时候，整个菲律宾群岛基本上都已经归入了新几内亚公国的版图。为此约翰一方面从当地有声望的原住民家族和华人家族中挑选了大量的人才担当中层官员，另外还从公国各部门抽调了几百个政府工作人员来到菲律宾群岛担任要职。这对这些政府工作人员来说也算是一种提拔，而且有的还是越阶提拔。这对一心求取前途功名的官员来说无疑是一个巨大的福音。加上约翰又出台了一系列的惠民措施，整个菲律宾群岛一时人心思定，自此以后新几内亚公国成功的吞并了整个菲律宾群岛。
虽然公国吞并了菲律宾群岛，但并不是说整个菲律宾群岛全部落入了新几内亚公国的掌控之中，事实其实并不是这样的。在菲律宾南部的棉兰老岛和中部群岛生活着数量众多的穆斯林，其代表性民族就是摩洛人。菲律宾的摩洛人是一个信奉伊斯兰教的民族集团，包括许多民族。
“摩洛人”这个名字为西班牙人所取，意思是信奉伊斯兰教的摩尔人。摩洛人主要分布在菲律宾南部的苏禄群岛、棉兰老岛、巴西兰岛和巴拉望岛等岛屿上面。他们是信奉伊斯兰教的马来人与当地土著居民的混血后裔，包括苏禄人、萨马尔人、马京达瑙人、马拉瑙人、雅坎人、桑吉尔人、陶苏格人、巴乔人、巴拉望人等都属于这个大家族的一员。摩洛人各支系除共同信奉伊斯兰教外，还在政治、社会和生活方面形成了许多共同特点，相互间的差异日益缩小，形成一个独特的民族集团。各地方政权实行政教合一制，由苏丹或者酋长统治。他们保留了早期封建制和奴隶制残余，社会分为世袭贵族、自由民和奴隶3个等级，社会形式由封建采邑制与农村公社土地公有制相结合。上层盛行一夫多妻制，但妇女有继承权。他们主要从事农业，种植水稻、旱稻，擅长航海和捕渔业，手工业和商业也比较发达。像历史上比较有名的苏禄王国也是摩洛人的一个分支，这个王国曾今在明朝时期来中国朝贡。到了乾隆皇帝的时候更是曾经打算将整个王国献给清朝，但被乾隆皇帝拒绝了。应该说这个小王国的国民对汉人是很有好感的！
摩洛人现在虽然有很多分支，并且每一个分支还可能产生多个统治者，所以拥有不少的苏丹和酋长。但他们还是比较团结的，加上当地各种形式比较复杂，所以尽管西班牙人在菲律宾殖民了数百年，也只能做到压缩摩洛人的土地，但始终无法征服摩洛人。而现在这个巨大的难题已经留给了新几内亚公国政府。如果不妥善的处置这个问题，这始终都是一个巨大的隐患。
而且摩洛人土地上的资源非常丰富，特别是棉兰老岛更是一个巨大的宝地，公国方面不可能放弃对那里的控制权。不过约翰也不想过于强硬，历史证明这个民族是一个伟大而顽强的民族。面对压迫和苦难，他们的韧性非常强！所以约翰准备还是使用对于土著人的那一套，以怀柔为主。如果实在不行，在另外想其它的办法！
