考圣庙之始，本因至圣旧宅，于周末即所居之堂，为庙三间，并藏素所乘车及几、席、剑、履诸遗物。
汉明帝永平中，鲁相钟离意出私钱万三千，付户曹孔治夫子车，献帝时被焚。
魏文帝黄初二年春正月，诏鲁郡修起旧庙，置百石吏守之。
西晋之乱，阙里被寇，庙荒。
孝武帝时，清河李辽以奉表经阙里，见庙庭倾颓，表请蠲复丁户，以供洒扫，延宿学讲经，帝不省。
宋文帝元嘉十九年冬十二月，诏修先圣庙。
魏孝静帝兴和三年，兖州刺史李珽命工雕素圣容，傍侍十子。
北齐文宣帝天保元年夏六月，诏鲁郡以时修治孔子庙宇，务尽崇焕。
隋炀帝大业七年，曲阜令陈叔毅修孔子庙。
唐太宗贞观十一年，下兖州作宣父庙。
高宗干封元年，诏兖州都督霍王元轨大修文宣公庙。
玄宗开元七年，兖州刺史韦元圭同三十五代嗣褒成侯璲之又修。
代宗大历八年，兖州刺史孟休鉴修庙门。
懿宗咸通十年，天平军节度使、濮郓曹等州观察使、三十九代孙温裕上言：“兖州频年灾歉，文宣王庙堙堕都废。修营差人自镇赍持钱料赴兖州，据庙宇毁倾处修葺，不扰州县所需。兖州非臣本界，须有申奏，伏乞天恩，允臣所请。”报可。
宋太宗太平兴国八年，诏大将作，庀材鸠工，复命内侍二人董其役，大加营葺。
真宗大中祥符元年冬十一月，东巡过鲁，勒修饰祠宇。
天禧二年四十五代孙道辅上章言：“祖庙卑陋不称，请加修崇。”诏转运使以官钱葺孔子庙，即命道辅监督工役。五年，道辅又请得封禅，行殿余材，大扩旧制，增广殿庭，廊庑三百十六间。
仁宗嘉佑六年，赐御书飞白体殿牓。
神宗元丰元年冬十月，诏兖州以省钱修葺宣圣祠庙。
五年冬十一月，赐度牒三十本，差本路兵工、工匠，令四十七代孙、新泰令若升监修。
哲宗绍圣三年，勒转运使以省钱三千贯，又加修葺。
徽宗政和四年，颁御书“大成殿”额。
金熙宗皇统三年，勒行台拨钱万四千贯，修葺圣殿。
四年，再于行省拨钱万四千五百贯，发南京八作，见材助工役，至九年，正殿始成。
废帝正隆二年，又以羡钱修庙廊。
章宗明昌元年，降钱七万六千四百，缗修孔子庙，命干臣领其役以二年春兴工，五年秋告成。金末丧乱，庙复残毁。
元太宗九年，命五十一代衍圣公元措主修，官给其费，属军兴，仅复后殿奉先圣及十哲像。
世祖至元四年，恢复奎文阁。
十九年，同知济宁路总管刘用募民筑庙垣，植松桧千本。
成宗大德四年秋八月降钱修，盖从工部请也。秋八月兴工。冬十二月，诏罢，不急之役，因而中止。明年，复从济宁路达鲁花赤按檀不花议，又续修。又明年秋九月落成，殿宇凡百二十六楹，费十万贯有奇。
文宗天历二年，勒济宁路出官钱五万二千缗修葺。
至顺二年，五十四代衍圣公思晦请依前朝故事，四隅建角楼，仿王宫之制，诏从之。出山东盐课及江西、浙江学租添建。
顺帝至元二年，落成，至正元年树碑记其事。元季，圣庙复就堕坏。
明太祖洪武七年，五十六代衍圣公希学奏请修治，十年鸠工，十一年落成，二十年复谕工部重为修理。
成祖永乐九年，准工部请，发囚徒二百三十名，遣行人雷迅监督兴修。十二年春正月召回，更令法司拨囚一千名交孔氏子孙自督修。盖冬十二月谕工部：“孔庙，至敬之所，囚徒作践不便。”令山东布政使司遣官一员，率民匠三千人往修。十五年夏五月毕工。御制碑文纪成。
宣宗宣德九年，工部侍郎周忱以公务经曲阜，捐俸修金丝堂，又于庙外西南隅构堂三间为更衣所。
英宗天顺四年冬十月，重修启圣王寝殿。
八年，诏巡抚山东副都御史贾铨重修阙里先圣庙。宪宗成化二年告成。
十六年，帝从六十一代衍圣公宏泰之请，发帑增广庙制，正殿为九间，余皆更新，二十三年工成。
孝宗宏治十二年夏六月甲辰，庙灾，诏巡抚都御史何鉴亲诣相度，发帑银十五万二千六百两有奇，重建正寝各殿，金丝、奎文各堂阁，大成、大中各门。经始于十三年春二月，落成于十七年夏五月。帝亲制碑文纪成功。
穆宗隆庆三年，巡抚都御史姜廷颐等，以香税及罚锾一千六百两营葺孔庙。
神宗万历六年，巡抚都御史赵贤出香税罚锾又重修。
二十年，巡按御史何出光创建圣迹殿于内，立石刻圣迹百二十图。
二十二年，巡按御史连标等，又以香税罚锾及库羡银三千两重修孔庙。
二十九年，巡抚都御史黄克缵倡藩臬捐银二千两又重修。
三十六年，济宁兵巡副使王国桢等捐银三百两修两庑。
熹宗天启六年，曹州州同某捐修大中门。
清世祖顺治十二年，山东巡盐御史王秉干出银二千两，并劝所属公捐修奎文阁。提学佥事戴京曾、施闰章等先后又略为补葺。
圣祖康熙二年，分守东兖道参议张弘俊等重修圣迹、奎文诸殿阁。
十六年，六十七代衍圣公毓圻续修诗礼诸堂及诸门、庑、坊桥。
二十八年，毓圻上疏请重修，诏内务府广储司郎中皀保、工部营缮司郎中寿鼐赴阙里估勘，寻命皀保同工部虞衡司郎中阿尔稗监修。于三十年夏四月兴工，三十二年秋八月告成。凡修殿阁堂、庑二百零六间，用帑银八万六千五百两有奇。御制重修孔庙碑文。
世宗雍正二年夏六月癸巳，庙灾，遣工部侍郎马腊会同山东巡抚陈世倌、布政使博尔多相度重修，诏世倌同藩臬二司监督工程。以三年秋八月兴工，八年秋八月工成。较前巍焕崇闳，坚致壮丽，御制碑文纪成。是役凡用帑金十五万七千六百両。
高宗乾隆十九年，七十一代衍圣公昭焕重修棂星门，易以石，嗣后续有局部之修缮。
入民国，间有堕坏，政府不发帑营葺，圣裔又无力兴修，日益残剥倾颓，可虑！夫阙里圣庙乃兴儒之地，孕圣之邦，群伦展敬，中外具瞻，岂宜任其废堕？
