明朝建立后将都城建在南京。在当时，元朝的残余势力经常从塞北南下，威胁北部边境的安全。信不过开国功臣的朱元璋决定采用过去的分封制，把一些关键位置的地方封给朱姓诸王。明太祖有二十六个儿子，除立为太子的朱标和早逝的第二十六子外，其余二十四子外加一个从孙，总共封了二十五个王。除了防戍边防之外，明太祖还赋予藩王兴兵讨伐朝廷奸臣的权力，以此来使朱氏王朝长治久安。
明初藩王有很大的权力，他们每年有万石以上的食禄，在藩国内可以建立王府，任免官吏，除了不能干涉地方民政外，几乎跟皇帝没什么区别。最重要的是，因为设置藩王的目的之一便是巩固国防，所以他们还拥有很大的军权。诸王之中，靠近边塞的势力较大，其中宁、燕、晋三王兵力最强。他们经常带兵作战，战功赫赫，尤其是燕王朱棣，格外受到明太祖器重，并负责统辖各镇的兵马。
洪武三十一年（1398年），太子朱标病故，朱标的儿子朱允以长孙的地位被立为皇太孙。各地的藩王大都是朱允的叔父，根本不把年轻的皇太孙放在眼里，言行颇为不逊。朱允对此也十分清楚，有一次，朱允对东宫侍读黄子澄说：“现在诸位藩王手握重兵，根本不把我放在眼里，将来该怎么办呢？”黄子澄拿西汉平定七国之乱为例，劝朱允不要担心，他说：“当时吴楚七国实力非常强大，但汉景帝一出兵，名正言顺，他们很快就土崩瓦解。现在诸王的兵力还没有达到拥兵自重的地步，您是皇位的正式继承人，一旦举兵兴讨，自然能够一战成功。”朱允这才稍稍心安。
明太祖去世，朱允即位，年号建文，即建文帝。建文帝即位后，各位藩王的不满情绪日增。建文帝召见黄子澄决定削藩。
他们跟另一个大臣齐泰一起商量，齐泰想从兵力最强，野心最大的燕王朱棣下手，黄子澄不赞成这个做法，他认为这样容易打草惊蛇，不如先把燕王周围的藩王除掉，这样再收拾他就轻而易举了。恰好此时，周王的一个儿子告发父亲跟燕、齐、湘三王密谋造反。建文帝利用这个机会，夺去周王兵权，把他废为庶人。紧接着，岷、湘、齐、代四位藩王也相继被借故革去兵权，发配边疆。如此一来，藩王中势力较大的就只剩下燕王朱棣了。
朱棣面对这种局势，当然不愿坐以待毙，他暗中招募勇士，选将练兵，随时准备谋反。没多久，建文帝在齐泰的建议下，派来了谢贵等人监视燕王动静，并以备边为名，抽调燕王兵力。为了麻痹建文帝，燕王假装精神病发，成天胡言乱语，有时候还躺在地上，几天不起来。谢贵去探病，那时候正是盛夏，燕王却坐在火炉边烤火，嘴里还不停地叫冷。朱棣就这样瞒过了众人。
但是建文帝还是准备削夺燕王的爵位，他计划派谢贵带兵把燕王的党羽一网打尽。没想到谋事不密，燕王早就得到了消息，把王府里充当建文帝内应的官员全抓起来，带兵杀了谢贵，宣布起兵。为了师出有名，燕王称黄子澄、齐泰为奸臣，打出“清君侧”的旗号，还把自己的部队称为“靖难军”。历史上把这场内战叫做“靖难之变”。
燕王久经沙场，手下的部队也身经百战。他起兵南下，很快就攻克了居庸关、密云、遵化等地。而建文帝这边虽然兵马数量占有优势，但那些跟着明太祖打天下的宿将们在文字狱中杀得几乎一个不剩，新任命的将领根本不是燕王的对手，作战连战连败。建文帝没办法，只好罢免黄子澄、齐泰，向燕王求和。但被燕王一口拒绝。
这场战争进行了将近三年，燕王的部队虽然胜多负少，但他的部队毕竟有限，这些年来转战各地，逐渐成了强弩之末，燕王对此也无计可施。恰在此时，南京宫内的太监向燕王告密，说南京城如今兵力空虚，完全可以一举攻克。燕王抓住这个时机，孤注一掷，率领几乎所有将士南下，直取南京。部队所向披靡，很快就攻到长江对岸。见形势急下的建文帝又派人向燕王求和，以割让土地，请求燕王退兵。这种缓兵之计当然瞒不过燕王，他指挥大军渡过长江，包围了南京城。过了几天，守卫京城的大将李景隆打开城门投降，京城终于被燕军攻破。
攻入南京城的朱棣首先是查问建文帝的下落。有人说城破前，皇宫燃起大火，建文帝跟一些后妃们想必已经葬身火海了。燕王派人在废墟中寻找，找到几具尸体，但这些尸体都已烧焦，连男女都很难分清。燕王对着尸体号啕大哭，嘴里说着：“侄儿啊，我只是帮你剪除奸臣，怎么却成了这个样子啊！”并吩咐把尸体以礼下葬。这时群臣们就开始拥戴燕王称帝，燕王当然推脱一番，然后就志得意满地登上了帝位。他废除了建文年号，改的年号为永乐，表明自己是直接继承了明太祖的帝位，并把这整个事件称之为“建文逊国”，朱棣就是明朝第三帝——明成祖。
