李莲英虽受慈禧恩宠，却始终未能离开慈禧，当上敬事房大总管。可慈禧与李莲英几十年形成的感情却是非同一般。
几十年来，慈禧身边的奴婢换了一茬又一茬，善解人意的，除了安德海就只有李莲英了。晚清太监刘兴桥等人回忆说，慈禧与李莲英之间的感情十分深厚，能化解慈禧的烦恼并最会服侍她的只有李莲英。
在《晚清宫廷生活见闻》中刘兴桥说：“每天三顿饭，早晚起居，他俩都互派太监或当面问候……在西苑、颐和园居住的时候，慈禧太后还经常来找李莲英：‘莲英啊！咱们遛弯去呀！’慈禧太后有时还把李莲英召到她的寝宫，谈些黄老长生之术，两人常常谈到深夜。”从这段记述可以看出，李莲英实际上成为晚年慈禧生活中一刻也不能离开的“伴”。
随着慈禧对李莲英的宠信与日俱增，确实引起朝野的议论和不安。众人议论对他也是议论纷纷。有人说李莲英权倾朝野，收受贿赂，投到他门下就能当高官；有人说他“干预朝政，广植私党”；甚至还有人说他陷害拥护维新、站在光绪一边的大臣。
光绪十二年四月，直隶总督兼北洋大臣李鸿章称北洋海军已训练成军，奏请朝廷派大臣检阅。慈禧就派总理海军衙门大臣醇亲王前去巡阅。由于醇亲王是光绪皇帝生父，身份高贵，因此要加派太监、御医随行。而醇亲王是一个城府很深且非常谨慎的人，他主动要求派李莲英随行，以减少太后对自己的猜忌，慈禧马上批准了。
图为慈禧太后
醇亲王五月初一回北京复命，这时朝廷中一片不满之声。监察御史朱一新向光绪上奏，批评派李莲英随醇亲王视察海军。他们还说李莲英妄自尊大，结交地方官员，收受贿赂，理当查处。
对此，清代著名维新派人士王照说，醇亲王离京后，每次接见文武官员，都让李莲英作陪。他的本意是避免揽权嫌疑，李莲英可以作证。而李莲英则记着安德海的教训，每天穿着朴实，替亲王拿着一支旱烟袋，随时装烟、递烟，回到住处则不见一个来访的人。
由于李莲英非常谨慎，朱一新的奏折里也没能举出一桩李莲英违法的事实。最后御史朱一新反被降为主事。
光绪二十年，北洋海军在甲午战争中吃了大败仗，全国舆论一片哗然。人们不敢直接批评慈禧，就把矛头指向北洋大臣、直隶总督李鸿章，同时捎上了李莲英。
陕西道监察御史恩溥、福建道监察御史安维峻、吏科给事中褚成博等人纷纷上折，指责北洋海军将领贻误军机，并与总管太监李莲英暗中来往，相互包庇。其中，安维峻奏折中有“和议出自皇太后，李莲英实左右之”，说对日本的决策看起来是皇太后决定的，实际已被李莲英左右了。这句话成为人们抨击李莲英干预朝政的一大证据。安维峻本意是要求慈禧不要再事事牵制皇帝，并应严惩李鸿章。奏折中尽管涉及到李莲英，但只不过是用来做铺垫陪衬而已。
慈禧异常震怒，以皇帝的名义发上谕说，天下事都要听皇太后的。随后，安维峻以“离间”皇太后与皇帝的罪名，被革职充军。而为人谨慎的李莲英没让大臣们抓到可信的把柄，因此朝臣们对李莲英的抨击也没什么结果。
