早朝，崇祯并未提出拟好的“政府机构改革方案”。
方案未征得几位重臣同意前，在这么多人的朝会上拿出，就有些不太合适了，谁知会有什么意外发生呢？。后世里，那些既得利益者，常通过媒体发表各种观点，以期影响中央政策的制定。
文华殿上，桌案、圆凳已经摆放停当，四位内阁大臣按序分坐，在议定了一些事项后，崇祯将《大明阁部变革》的方案拿出。
方案用树状图表示，悬挂起来，令几位内阁大臣一目了然；详细说明的折子，交与几人传阅。
《大明阁部变革》方案简述如下：
〖四院六科〗：政院、兵院、刑院、都察院、六科，简称：政、兵、刑、察、科。
将六部中的兵部、刑部，升格为院，与内阁的政院平级，加上原来的都察院、六科。
【政院】：由内阁组成，下辖六部，另设财政司
六部：礼部、吏部、户部、工部、农部、商部
礼部、吏部：不作不动；
户部、工部：部门保留，但从中抽出部分职能，组成农部、商部；
农部：三农、水利、林牧渔
商部：掌税收、主通商
另立财政司：主管各部门预算，负责财政拨款。
【兵院】：仿后世的四总部设立四部，“参谋、装备、教导、后勤”，
【刑院】：司法独立，废除刑讯逼供，皇帝也不再杖责大臣；捉拿罪犯仍由各衙署完成。
【都察院】：仍负责督察百官。
【六科】：职责仍与以前相同，但对应六部变化，设立礼、吏、户、工、农、商等六科。
此番的阁部变化，四位内阁大臣清晰的感到皇帝的意图：既加强内阁的权力，又对内阁形成有力的制约。
崇祯刚刚清除魏阉党羽，正是声誉正隆之时，重新的人事调动安排，令得整个朝政为之耳目一新。内阁、六部有所调整，这在大臣们心中也是理所当然之事，只是未想到动静如此之大。
内阁放权，而后对其有所制约，这也是想当然之事，前几天未见皇帝有所举动，大臣们还有些疑惑呢。将刑部、兵部单列出来，直接受皇帝控制，这倒也能接受，只是必要成立什么“院”么，有些小题大作了吧。农事、商事虽然重要，可是也没必要并列于六部之中，改变了千年来的惯例，这让大臣们有些想不通。
于是，几位阁臣纷纷质疑农部、商部设立的必要，具后世思维方式的崇祯，几位大臣自是格格不入。阁臣们，旁征博引、上下几千年、引经据典，说得头头是道；崇祯也极力辩说两部设立的重要性，“无农不稳，无商不富”。
但当辩论到：户部掌管了全国的户口、田地的管理，如今所收税费，大多与此有关，假如另立商部收税，似乎只会扰乱原有的秩序，增加各部间的协调难度；农事，确实是关系国本之大事，另立一部确也无可厚非，只是农户与土地紧密相连，生硬割开，则更造成户部统计的不便。
“赋出于土田，役出于丁口，土田丁口皆归于户”。户部编制“黄册”与“鱼鳞图册”，以这两种册籍为根据，形成了有系统的、有效率的户籍和赋役经征管理体系。
崇祯不是一点儿都没考虑到这些，只是大臣们的着重说明，使得崇祯意识到许多深层次的问题还未梳理清楚，就算观念上不存在问题，技术上实现起来难度也非同小可。
“朕设立[四院六科]的目的，想必爱卿们也都清楚，朕就不再细说了。将[刑部]升为[刑院]，是要警示大家，大明律法的根本作用，更好的掌刑断案，独立公正，不受影响。还有一点，朕要说明的是“刑讯逼供”，虽于审讯有些作用，但现在更成为了各级官僚贪虐之工具。就好比朕之庭杖，现已蜕变为惩处不从之臣、禁言独断之举，早已背离了祖宗之意。朕虽有心复祖，只怕后世……，难啊！是以，朕有此想，不知诸位爱卿能否理解。”
崇祯扫视了四位阁臣一眼，接着说道：“至于，农商两部的重要性，朕刚才就重申多次，想必爱卿们也已清楚，朕也无需多说。至于爱卿所言成立两部的难处，朕也有所考虑，确是阻碍重重，但为长远所计，又行之必须。”
“几位爱卿先听朕说完”，崇祯右手虚按，示意还有话要说。“不知几位爱卿可否知道，商部主管征收税赋，为何朕不叫它‘税部’，而称其为‘商部’？”
崇祯未等胡乱猜测，自问自答：“商部除征收税赋外，也兼管通商买卖。朕意在增强商税的管理征收，当时机合适之时，将免除农户之赋税，真正承袭太祖之意，让民予最大利益，坚实我太祖立朝之根本。”
“当然，现在还做不到，农税仍占我朝税赋半数以上，其上还有辽饷。只是吾等不能现在做起，何时才能实现此宏伟理想。”崇祯不理有些愣神的几位阁臣，仍在侃侃而谈。
“陛下，臣等燕雀不知陛下鸿鹄之志，望乞恕罪。如真有实现免除千年农税一天，臣死而无憾。只是……”首辅韩爌没想到，崇祯有此等宏远的目标，既是欣慰皇帝仁爱贫苦农民之心如此殷切，更担心皇帝急功冒进，反而乱了好不容易得来的稳定局面。
“陛下，农税于我朝是重中之重，免除农税岂是一朝一夕之事，此事还应徐徐图之。”阁臣刘鸿训进言道。刘鸿训现在有些明白皇帝了，既然决心变法，可又从不见其支持自己清丈土地，原来是想着从根本上就免除农税。免除农税，皆大欢喜，谁又不想如此呢？只是，这谈何容易啊！
崇祯知道，免除千年农税，这让自己站在了道义上的绝对高度，就是盘剥农民的官吏，也无法站出来反对。只是如果不能实现，那将是一纸空言，反而造成更大的人心混乱。
“朕知道，诸位爱卿也是心同此想，只是如何实现，实在是个绝大的难题。这，也是朕想同诸位爱卿讨论的问题。”崇祯无法说服几位阁臣之下，只得搬出那个远大理想，以使诸臣同意自己的主张。
“朕的这个愿望，爱卿们知道就可以了，在未有明确旨意颁发前，不要传扬出去，以免扰乱民心。”崇祯担心大话传出去，可就收不回来了。
几位阁臣也知道此事干系重大，如事行不随人意，势将落人于口实，反而更添未来变数。
“如何既能免除农税，又可保障朝廷的税赋收入，想必诸位爱卿也是猜到了一些。重新发行宝钞，是这一切的基础；福建郑芝龙已受招安，不日进京，海贼荡清之日，朕将沿海各处重设市舶提举司，依据不同货物设置不同的出入关税率，同时严防走私贩运。”崇祯详细解说了，自己前时几项举措的用意。也就未来商部收取关税的一些原则，与几位阁臣仔细讨论。
重置海关，并未遭到意想中的反对。明朝中期的海禁，主要是受倭寇海盗的骚扰，实行了闭关保守的政策，自戚继光消灭倭寇后，隆庆年间开放海禁，广州市舶司作为中国唯一的对外贸易口岸，事实上将原来的朝贡贸易体系改变为自由贸易。
就藩属国的朝贡关系，与非朝贡关系的化外之国，之间应区别对待的问题：崇祯认为，可以实行不同的进出口关税，可称之为“朝贡贸易待遇”。
呵呵，如同后世的最惠国待遇。想享受大明的优惠待遇，承认朝贡关系，承认藩属关系就行。想到这里，崇祯不由得有些意淫起来。
这番建议，让思想有些保守，但也知朝贡贸易早就名存实亡的一些大臣们，似乎又看到一些希望，四夷来朝的景象又可期待，为此也表示了一定的支持。
然而对于市舶司的重新设置，到底能为大明朝廷带来多少赋税收入，殿内的几人却都评估不出。万历年间，征收的舶税达四万余两；可是大臣们也知道，如今走私猖獗，缴税者十不足一二，不知变革之后会是如何？
