一系列的研究和实验需要增加数百人的技术队伍，后来，一直为此苦恼的奥本海默为招聘新的人员找到了渠道。他可以从两个来源找到所需要的人：即从陆军中挑选，或者从即将结束的其他战时科研项目的人员中挑选。
初看起来，似乎从陆军中挑选到合格的物理学家与工程师的希望不大。但当时陆军刚刚执行一项计划，即从应征入伍的新兵中挑选一批合格的人员编成特种工程支队。
奥本海默充分利用了这项计划所建立的技术队伍。1944年下半年，新编的特种工程支队源源不断地开到洛斯阿拉莫斯。当内爆研究达到高潮时，基斯塔科夫斯基研究组的600人中有400多人属于特种工程支队。前特种工程支队士兵阿罗·菲什拜因说：
每天早上6时吹起床号，6时30分开始上操，一直操练到早晨8时上班，已经十分疲劳。而且，我们的工作时间很长，有时在车间加工一些部件，直到第二天凌晨两三点钟才能上床睡觉。生活条件糟透了。
特别是1944年的冬天异常寒冷，营房的水管冻裂了，真正产生了水荒。情况变得格外糟糕。试想30个人挤住在一间屋里，每人每天只发一桶水，洗什么都靠它。
因此，我们只好每天冲洗一次厕所。在洛斯阿拉莫斯的文职人员与他们家庭的生活条件虽已算很差，但我们这些军人的生活简直糟得无法忍受。我们有些人只好搞点歪门邪道。在我工作地点的过道旁有一间放射性去污淋浴室，我们经常偷偷地上那里去冲澡，一直到被管理人员当场抓获为止。
特种工程支队的士兵看起来在各方面都要受到歧视。
他们一方面要遵守陆军的严格纪律，另一方面却又得不到晋升的机会，因为脱离士兵这种苦难生活的阶梯，军官学校由于保安方面的原因，对他们关上了大门。
科学家们也由于保密原因，用不信任的眼光来看待他们。
新兵们对自己从事的任务性质一无所知，只感觉到身边这些文职人员的同事们躲躲闪闪，特别不愿意与他们合作。
特种工程支队的问题最后发展到很严重的地步，使得奥本海默与基斯塔科夫斯基发现，他们有面临一次兵变的危险。士兵们不满情绪的焦点集中在他们的指挥官身上。
基斯塔科夫斯基回忆道：
这位指挥官是一位应征入伍的典型军人，来自南波士顿，说话带有浓厚的爱尔兰口音。
他天生憎恨哈佛大学，憎恨知识分子，憎恨一切人。因此，年长的士兵们最后忍不住跑来找我，说他们想要向陆军当局递交一份抗议书，要求调走这位指挥官。
我直截了当地告诫他们，在战争期间，军人提出抗议就会被认为是反叛上级，千万不要这样做。我跟他们说，让我们去找奥本海默。
基斯塔科夫斯基真的找到了奥本海默。当格罗夫斯下一次访问洛斯阿拉莫斯时，奥本海默就乘机向格罗夫斯告了状。
格罗夫斯尖锐地批评奥本海默多管闲事，因为这纯属陆军内部的事务。
奥本海默为了维持他两人的团结，便不再多嘴，就闪在一旁让基斯塔科夫斯基去继续这场特殊的斗争。
基斯塔科夫斯基回忆当时的情况：
“我要求搭乘格罗夫斯的汽车与他一起由洛斯阿拉莫斯去阿尔伯克基，终于有一天在后半夜我与他一同上车，于是在车上展开了辩论。”
“我向他反复强调说，这种恶劣情况已经影响到中层技术人员。我是这个组的负责人，如果情况不改善，我只好辞职不干。我向他坦率地说，‘你知道我自己并不愿意到这里来工作，而且，不仅如此，你也无权扣住我不放。我的年岁早已超过征兵年龄，我完全可以辞职不干。’”
“格罗夫斯对我的话反应非常强烈，他大声斥责我干涉军队的内部事务。但这次谈话却收到了效果。
事后，那位指挥官被撤换了，调去当军官食堂的主任。问题就这样解决了。”
调走这位指挥官后，情况发生了巨大的变化。
特种工程支队士兵们的生活有了明显的改善。
阿罗·菲什拜因这样写道：“我不习惯在营房里睡觉，不久以后，就被批准在实验室的工作台下面架一个床铺，这至少还可以在那里自己做饭吃，简直太美了。”
另一名士兵瓦尔·菲奇写道：“起床号取消了，公共厕所也改由雇来的民工打扫。但我们仍要承担管理营房仓库这种杂务……根据陆军的传统，副排长应负责派人管理仓库。
但在这个营房里，我们建议在自愿担任管理工作的士兵中推选一人承担，并付给他一定的报酬。”
“每星期六早晨仍然安排有检查内务的项目，但对内务整洁的要求却放松了。新任的连长以高速度匆匆走过营房，速度仅亚于光速，看一眼，然后万事大吉，下星期六再见！”
度过艰苦的生活
1944年秋，内爆式与手枪式结构所用的炸药试验达到了高潮。由于发现钚弹根本不可能采用枪式结构，至少在这方面科学家们的任务轻松了一些。他们不必再试验以设法达到枪式钚弹所需的极高压拢速度。
直到1944年12月，科学家们才试验了真正的枪式结构武器。通过试验表明，采用枪式结构的铀弹毫无提前起爆的危险。因此，只要橡树岭工厂能够生产出足够数量的铀-235，这种原子弹立即可以制成并交付使用。
然而，橡树岭工厂的生产却落后于原定进度，而且面临巨大的技术困难。预计到1945年8月前，不大可能生产出第一枚原子弹所需用的全部金属铀。
内爆式结构的试验虽然在全力以赴地进行，但情况并不理想。开始的一批试验未能取得肯定的结果。10~11月持续不断的试验也未能表明所采用的透镜形炸药能否产生真正对称的冲击波。
12月14日，试验小组又改用了完全新的方法进行了一系列新的试验，这时才第一次看到了可能获得对称性冲击波的迹象。几天之后，格罗夫斯和科南特访问了洛斯阿拉莫斯，以便亲自评价内爆式试验进展的程度。
他们两人虽然在公开场合都表示对试验结果非常乐观，并与奥本海默打赌，看他能不能在枪式原子弹有足够的原料之前就制成内爆式原子弹，但他们私下却表示对内爆式原子弹的前景非常担忧。
他们估计，内爆式原子弹的威力最多不过850吨左右的TNT当量，甚至还可能小于此数。确实，一方面，由于当时人力物力都十分缺乏，他们都十分怀疑这种武器能否在1945年内试验成功。另一方面，订货也成为一个严重问题，因为工业界看到战争快要结束，开始放松了军事订货的生产，从而为内爆式试验带来更多的困难。
在人力方面，奥本海默虽然得到了特种工程支队的大力支援，但仍感人手缺乏。他无法支付像其他工业那样高的工资，同时，当年冬季洛斯阿拉莫斯的气候特别坏，也使一些人不敢问津。
直到1944年11月至12月，他才好不容易招聘了200人，但到了1945年2月，其中约有1／3却声称由于环境过于艰苦而辞职不干了。
在1944年漫长而严寒的冬季，由于洛斯阿拉莫斯居民生活方面的困难，使得队伍的士气格外低落。住房短缺仍然是严重的问题。
麦基建筑公司在12月完成了第三期的住房工程，但由于新的人员大量涌入，致使房屋短缺的情况并无改善。
在住房分配方面，由于规定科学家比技术员有优先权，又产生了新的矛盾。甚至在采取了这样的政策后，即对不带家属到洛斯阿拉莫斯来的技术员每人发给100美元津贴，也丝毫没有减轻对住房的压力。
同时，在整个冬季，水的供应严重短缺。经过常年积雪，山岭的输水管线经常发生堵塞。
人们把这种生活上的艰苦原因主要归罪于“格将军”，也就是格罗夫斯的绰号，不是没有理由的。格罗夫斯总是把洛斯阿拉莫斯的一切设施都看做是临时性的，因此很少建造像样的正式建筑。
由于洛斯阿拉莫斯实验室在他直接管辖之下，因此他的这种吝惜程度，使这里的住宿条件比“曼哈顿计划”内其他所有项目都更差。而且，应当承认，不知什么原因，奥本海默也默许这种状况，同意格罗夫斯把洛斯阿拉莫斯看做是一处临时性的设施。
奥本海默本人的家庭生活也受到了住房紧张的影响，他住在“浴池街”的一个带外廊的平房内。就洛斯阿拉莫斯的标准来说，这也算是 “高级住宅”了。
这批平房距离雨天泥泞而晴天尘土飞扬的糟糕街道比较远，而且室内的水暖设备比较完善。基蒂带着两岁的儿子彼得来到洛斯阿拉莫斯一年后又生了个女儿，取名叫托妮。
基蒂带着婴儿，也经受了物资短缺的种种痛楚：从买不到喂奶用的橡皮奶嘴，直到没有洗尿布的设施，她从来也没积极参加基地内的社交活动。
基蒂是一位生物学家，她参加实验室工作，但拒不承担社交生活中的“主任夫人”这一角色。于是洛斯阿拉莫斯实验室的正式社交活动的中心转移到第三把手威廉·帕森斯夫人的家中。甚至在有关日常生活的指导中，基蒂的名字也从未出现。
这种报道是高级科学家们的妻子撰写的。其中没有出现过基蒂的名字，可能表明她宁愿与男同事交往，也不愿与妇女们交朋友。但也有人认为其原因不止于此。
奥本海默当时的女秘书普丽西拉·杜菲尔德回忆道：
基蒂是一位非常热情、非常聪明、精力充沛的妇女，我认为她无所不知。她固然与其他的妇女合不来，而且男同事，甚至很有教养的男同事，也说她过于泼辣，这是我难以想象的。
我认为她肯定对来到洛斯阿拉莫斯非常失望。我确信她曾有过浪漫生活的想法，但从未能得到满足。这种想法年年折磨着她，使她变得越来越灰心丧气。
我不知道基蒂对奥本海默的影响有多大。但我猜想，奥本海默遇到自己解决不了的难题，常常会征求她的意见。他对基蒂意见的重视程度，不亚于对其他人忠告的重视。
基蒂的沮丧心情与孤独感不断增长，从很多方面可以表现出来。她的孩子们首先受到这种情绪的伤害。奥本海默的弟妹杰基回忆她1945年在洛斯阿拉莫斯时的情况说：
孩子们真可怜。基蒂有时到阿尔伯克基，甚至到西海岸去买东西，一去就是好几天。她把孩子们留给一位德籍女仆看管，这个女仆对孩子们很凶。每次基蒂回来，总要带一些贵重的礼物给彼得，她肯定是内心感到非常难过和抱歉——可怜的基蒂。
迷茫岁月
如果原子弹成为敌对世界的新式武器，或者成为国家备战的武器，那么人类诅咒洛斯阿拉莫斯和广岛的日子也就到了。——奥本海默奥本海默迷茫岁月主张原子弹用于和平
1945年3月，那些依然相信德军随时可能使用核武器的美国科学家们正加快速度赶制炸弹的同时，美国的政军人员就开始计划要如何使用这个炸弹了！
不过，在作任何决定之前，美国罗斯福总统就因脑出血于1945年4月12日病逝于乔治亚州的温泉镇。
这时是洛斯阿拉莫斯实验室建立两周年，奥本海默在吊唁罗斯福总统的会议上说，多年来我们大家都经历了巨大的痛苦和恐惧，罗斯福总统使得全世界亿万人民有了信心，我们在这场战争中所做出的牺牲，将使一个更加适合人类文明的新世界诞生。
他的结论是：“我们应该献身于这个理想，使这个壮丽事业不会因为罗斯福总统的死亡而中止。”
他始终相信，罗斯福总统和他的手下，对这个威力恐怖的新武器的使用需要一个新思路这个事实是了解的。
吊唁会后，他对助手霍金斯说：“罗斯福是个伟大的建筑师。现在，杜鲁门也许会是个好工匠吧！”
杜鲁门正好在最尴尬的时候接任美国总统一职。在罗斯福总统死前，美国有关结束第二次世界大战的策略，以及战后的核武器政策正进行到必须面临抉择的十字路口；而接任的杜鲁门总统也因此被迫在任期开始的几个星期之内，就必须作许多重大的决定。
4月，是洛斯阿拉莫斯交好运的一个月。所有各项任务进展顺利，因此奥本海默告诉格罗夫斯将军，预计到8月1日可以制成一枚实用的原子弹。
格罗夫斯得到这一消息之后，立即前往华盛顿，准备在4月25日向新总统汇报。由于史汀生要与格罗夫斯一起出席会议，因此格罗夫斯提前两天向这位年迈的陆军部长提交了一份书面的情况报告。
在整个战争期间，格罗夫斯居于一种奇特的地位。在洛斯阿拉莫斯和曼哈顿计划的实验室内，他是一个外行，要听取别人的汇报；但在其他跟军事有关的场合，他却是内行专家。
在政界人士中，恐怕很少有人能像他这样掌握了如此丰富的原子弹知识。因此，当更换总统之后，在决定政策的关键时刻，格罗夫斯的这种特殊地位起了很大的作用。在他与史汀生共同工作期间，他完全有能力从最上层对今后政策施加影响。
对于4月25日会议的安排方面，有人担心如果史汀生和格罗夫斯两人一同进入白宫去见总统，那么一定会引起记者们对此事的猜测，因此，决定让格罗夫斯由旁门进入白宫，经过一段走廊来到西侧的一个房间，等候接见。
史汀生比格罗夫斯早到，先进入总统的办公室，他向总统强调，美国对于发展这种足以毁灭整个城市的空前可怕的武器负有道义上的责任。然而，只要美国能够以恰当的方式使用这种武器，也有可能建立一种能挽救世界和平与人类文明的新秩序。
然后，史汀生要求总统让格罗夫斯进来。这时杜鲁门总统第一次阅读格罗夫斯的那份报告，而史汀生与格罗夫斯则合看另一份副本。格罗夫斯将军详细介绍了发展原子弹的整个过程以及准备如何使用它的设想。
当讨论到攻击目标时，格罗夫斯指出，自1943年之后就已将日本列为可能目标之一。当时确实也有可靠的军方情报估计如果使用原子弹，可以代替美军在日本本土登陆而取得战争的胜利，这样至少可以少牺牲100万人以上。
对原子弹效果的这种估计确实打动人心，但格罗夫斯并未向总统提到军方对这一数字还存在着不同看法。例如，陆军参谋长马歇尔将军就估计，入侵日本本土所付出的代价可能相当小，大约在40000人左右。格罗夫斯也没有提到，参加“曼哈顿计划”的大多数科学家从事这项研究的动机只是为了反对纳粹德国，而非日本。
会后，3人共同决定，政府应成立一个正式组织，由专家及政治家参与，来引导国家的核政策发展。在史汀生的催促下，总统正式授权“过渡委员会”的成立。其中成员，包括资深的科学家及政治人物，如史汀生本人、国务卿詹姆斯·贝尔纳斯以及“曼哈顿计划”中两位资深领导人——威能瓦·布什及詹姆斯·科南特。
但布什及科南特都为没有科学家参与而深感不妥，因此建议设立科学部来辅助“过渡委员会”的运作。提议被接受后，阿瑟·康普顿、厄尼·劳伦斯、恩里科·费米以及罗伯特·奥本海默等4人均加入了科学部。
杜鲁门入驻白宫以后，太平洋战场进入了最血腥的杀戮阶段。1945年3月9日晚上，334架B-29轰炸机向东京投下了无数吨凝固汽油弹和高爆炸弹，高温火焰杀死了约10万人，将东京16平方千米的地区一举夷为平地。
这样的火焰轰炸袭击一直持续到7月。日本数十万平民丧生，仅剩下5个城市没有毁灭。这是纯粹的战争行动，轰炸不再仅仅针对军事设施，盟军的目标是摧毁整个国家。
火海轰炸对普通美国人来说不是秘密。大家从每天的报纸上都可以看到具体的报道。这种整体摧毁城市的战略势必引起人们的道德反思。
奥本海默回忆起陆军部长史汀生对他说过的话：“如果没有人起来抗议我们现在对日本进行的空中轰炸所造成的异常重大生命牺牲，那是一件非常可怕的事情。他没有说，我们应该停止对日本轰炸，只是觉得，在美国居然没有人起来抗议，事情有点不对头……”
1945年4月30日，希特勒自杀。7天以后，德国投降。物理学家西格瑞的第一个反应是“我们动手得太晚了”。他认为，制造原子弹的唯一目的就是轰炸德国。
西格瑞的想法代表了洛斯阿拉莫斯实验室大多数科学家的意见。他后来在回忆录中说：“原子弹不能再用来对付纳粹，大家疑虑丛生。这种疑虑在正式报告中是看不出来的。我们在各种私下的场合讨论这个问题。”
5月31日，“过渡委员会”与科学部的第一次正式会议举行，也就是在德军投降后3个星期，欧陆战争结束时。
在这次会议中，波恩及其他人所提的重要问题，都被充分讨论并达成决议。委员会要求奥本海默对3个问题提出简报，包括原子弹研究进度。这项武器的威力，以及战后可能的后续研究等。
奥本海默报告了一些数字。在洛斯阿拉莫斯正在研制的炸弹，威力相当于2000吨至20000吨炸药。至于较大的氢弹“超级炸弹”的威力更甚于500倍以上，也就是相当于1000万吨以上炸药的威力。
这些天文数字远超过一般非军方委员所能理解的程度，顿时，会场陷入一片震惊的沉默中。
在奥本海默结束他的报告之后，接下来讨论的是，有关和苏联以及其他国家分享研究成果一事。
根据当时的会议记录，奥本海默一开始就点出：尽管炸弹研发的第一目的是在缩短战争……美国政府较明智的做法，是与世界各国做免费的科技交流，特别着重于和平用途上的发展。
研究的最终目的，就是在为全体人类争取最大的福祉。如果我们在使用原子弹前就主动去做交流工作，那我们在道德上才站得住脚。大多数与会人士直觉上就不赞成技术公用。
不过，在奥本海默的阵线上，出现了一位意外的支持者，美国陆军总司令乔治·马歇尔将军，他特别关心战后与苏联合作的事宜。
为了降低大家对苏联的恐惧，马歇尔将军提议邀请苏联科学家来三一基地，并参观定于这个夏末的试爆。
但新上任的国务卿贝尔纳斯却否决这项提议，改提议美国继续进行永久的核武器制造工厂的建设，以及其他核武器研究计划，同时并寻求与苏联改善关系的途径。
在大家附和贝尔纳斯的提议时，奥本海默只是沉默不语。与苏联的谈判及公开研究成果遭受否决，使奥本海默也许是第一次感受到权力的光芒，身处在美国众多顶尖的精英分子中，他只能作微弱的抗议罢了！这次会议以后，美国开始步上全力将原子弹研究据为己有之路。
委员会接下来讨论有关日本的紧急事项。轰炸日本的争论点，最后落在一个假设，那就是使用原子弹会打击日本人民以及操控战事的日本军阀的意志力。
不过，原子弹是否投向日本这个问题没有结论。事实上，这是一个早已经决定了的问题，决策者是白宫，而不是制造原子弹的科学家们。
史汀生问及原子能的非战争用途时，奥本海默开始发言。他首先强调，在现阶段，科学家们最关心的是如何缩短战争。由于原子物理学的基本知识在世界上的广泛传播，他指出，美国最明智的做法是将和平利用原子能的方法和各国共享。
“如果我们能够在原子弹真正使用以前将原子能利用的资讯公开，美国的道德力量将会大大加强。”奥本海默说道。
午餐以后，与会者开始提出对日本投掷原子弹的问题。当时的会议没有正式记录留存。一直到正式会议结束以后，人们还在讨论原子弹可能造成的效果。
有人提出来，投掷一颗原子弹的话，其作用看起来可能和春天以来对日本的大规模轰炸差不多。奥本海默同意这个说法，他补充道：“从视觉效果来说，原子弹爆炸是极具威慑性的。”
史汀生做了似乎是得到一致认可的总结：“我们不会给日本人任何警告，我们不会以平民区作为目标，但我们应该给尽可能多的居民造成深刻的心理影响。”
他表示同意科南特的建议，目标必须是最能打击日本继续作战决心的城市。除此之外，这个城市必须具有军事地位及价值，例如，为军事总部或军队聚集之地，或有制造军用品或补给品的工厂。
格罗夫斯又补充了另一项令人心寒的规定：“为了让我们更精确地计算炸弹的威力，所选的城市以前不得有过任何空袭记录。”
很明显地，这次袭击若真的发生，将会是场大规模的死亡及毁灭实验。经过几个星期的仔细推敲，委员会提出了几个目标城市，其中包括：日本前首都京都古城、军事重地广岛，以及日本重要海港横滨，另外还有两个小城市。
虽然这几个城市已被选为目标，但是否真要进行这次轰炸仍待商榷。只有杜鲁门总统有权作重大决定，但“过渡委员会”的意见也将扮演举足轻重的角色。
其中一位委员提议做一次原子弹的“示范”；他提议与其毫无警告地去攻击一个日本城市，不如召集日本军政要人，在偏远荒僻的地方作一次原子弹威力展示。
但这个计划却遭到奥本海默反对，他指出，日本政军人士也许不为展示所动，再则，原子弹也有可能会失灵；况且日本人还可能动手脚将盟军战俘集中到测试炸弹的地方去送死！
全力支持轰炸日本，且力主美国在战后保持武力优势的国务卿贝尔纳斯，在进行更深入讨论之后，做出下列决议事项：第一，科学家昵称为“小东西”的炸弹将用来轰炸日本。第二，目标选在重要的兵工厂……周围都是工人的住家。第三，轰炸前，日本将不会收到任何警告。这些结论在委员会上取得压倒性的赞成票，包括洛斯阿拉莫斯的领导人在内。
这次会议上，对于有关投掷原子弹的“所有可能目标和所有可能后果”都做了详尽讨论。
1945年6月16日，“曼哈顿计划”最高层次的科学家们提出一份不长的意见书，名为“对于立即使用核武器的意见”。奥本海默在上面签了名。意见书修改以后送交史汀生。
意见书分为两点：
第一，在使用原子弹以前，华府应当照会英、俄、法、中四国有关原子弹已经存在的事实，并且欢迎四国与美国合作，利用这个武器为契机改善国际关系。
第二，科学家们在如何使用原子弹这个问题上并没有取得一致意见。一些直接参与制造原子弹的科学家建议，用一次演习来取代真正的攻击。
奥本海默知道，他的大多数同事都是主张以演习取代攻击的。但是，他站在另外一边：不能放弃“用立即军事攻击来拯救美国人生命的机会”。
1945年春天，太平洋地区血战频仍，日益惨烈。4月6日，美军占领冲绳，日本以最极端手段还以颜色，日本空军组成神风特攻队，以血肉之躯驾驶飞机冲击美国军舰。但是，经过3个月地面战争，日军投降人数高达7400名，显示日军内部心理防线开始溃败。
1945年初夏，杜鲁门总统得到的建议是，一旦原子弹准备就绪，就用它来提早结束战争，而且要在苏联出兵以前动手。奥本海默和他所领导的科学家们对此毫无所知，一直到战争结束以后。
