明王朝在经历元末的社会动荡建立之后，朝廷颁布了一系列劝奖垦荒的政令，并大规模地开展军屯、民屯，力图使因遭受长期战乱打击变得凋残不堪的社会经济尽快得到恢复。这些措施收到了很好的效果。洪武以后，各种形式的垦荒活动仍不断进行，耕地面积持续增加，据明朝实录记载，洪武二十四年（1391年），全国田地共三百八十七万四千七百四十六顷，宣德八年（1433年）为四百二十七万八千九百三十四顷，弘治十六年（1503年）为八百三十万七千四百八十九顷，到万历三十年（1602年）增至一千一百六十一万八千九百四十八顷。明代大规模的军屯规模也很大，明初沐英父子镇守云南时先后督军垦田三十余万亩。辽东地区也是军屯的重点地区，为了减少从海路运粮至辽东的经费与劳苦，一再令辽东卫所屯田自给。自洪武至永乐年间，辽东军士屯田二万五千三百余顷，收粮七十一万六千石。
如果从生产力落后，提高耕垦面积亦是发展经济的条件看，明初的垦荒是值得肯定而有积极意义的。但是过度的垦殖加上不良的耕垦技术却不可避免地种下消极的祸根，即严重地破坏生态平衡。到正统时，这种滥垦行为受到了自然界的严厉惩罚：“屯田坏矣，务贪多者失于卤莽”。在明初，在低赋税甚至永不起科政策下的农民，一时能够“随处耕垦以帮助粮差，不致坐窘衣食”。但时间一长，荒地的自然肥力下降，旱则赤地千里，潦则洪流万顷，或“荒沙漠漠，弥望丘墟”，或“一望葭苇无所用之”。往往广种亦未必薄收。于是北方“一切抛荒而农业堕矣”。从正统至成化，大规模的流民迫于灾害潮水般地从北方涌向鄂豫川陕交替地搭棚居住，掀起了一场“人类征服自然”的斗争。偏僻山区一度出现“民庐相望，沿流稻畦高下鳞次”的景象。但好景不长，“时移事迁，威惠渐竭，加之天时灾沴之不常……（民乃）转徙相仍”。到万历时，就有大片土地处于弃耕状态。马克思曾说：“耕作如果是自发地进行，而不是有意识地加以控制……接踵而来的是土地抛荒，像美索不达里亚等地以及希腊一样”。明初的北方拓殖，实行广种薄收的耕作技术，导致土地盐碱化和肥力下降，丧失了抵御灾害性天气的能力，因此百姓不得不抛荒而南流，到明中叶，仅郧阳山区的流民即达200余万，这种人口的骤然膨胀，增加了南方生态圈的负担，导致生态圈支柱之一森林被毁，从而加剧了长江中下游，特别是荆楚地区的旱情。
黄河之患在明代十分严重，一方面与中游的水土流失有关，另一方面也与地方沿河的农民对黄河的围垦有密切联系，即所谓“非河患人，人自患之”。正如顾炎武所言：“旁水之民，贪水退之利而占佃河旁淤泽之地，不才之吏因而籍之于官，然后水无所容而横决为害”。围湖造田也是江南与荆楚水害频繁的重要因素。早在宋代，太湖民“围湖占江，而东南水利亦塞，是以十年中荒恒六七，而较其得反不及前人”。到明代中叶以后情况已经十分严重了，“土民利其膏腴，或堰而为田，或筑而为圃，上源之来者不衰，而下流之去者日滯，是以川泽浸淫，经冬不涸，为田沮洳，终岁不乾，加以夏秋淫雨浃旬，山水横发，渰沒田畴，漂沦庐舍固其所也，方弘治四年一涝如人初病，犹之可也，迨五年復涝，如病再发，已难支持”。
