日军在南京的另一暴行是对财物的掠夺。从城外到城内，从各个角落到难民区，无时无处不抢。全城所有私人住宅，不论是中国人的还是外侨的，都遭日军“光顾”，劫掠一空。抢劫的时间长达两个月。
特别令人气愤的是，抢劫、强奸、纵火往往是同时进行，有时还要杀人灭口，搞得不少市民人财两空，家破人亡。
一位外侨在信中说：“城内几乎每所房子都遭到了日本兵掠夺，即使美国、英国、德国使馆和大使官邸及外侨住宅，也未能幸免。各种车辆、衣服、被褥、毛毯、钟表、字画、食物、现金，以及其他稍有价值的物品，都是他们掠夺的对象。”
日军大规模的抢劫是在其既定的掠夺政策指导下，有组织地由各部队进行的。南京金陵大学教授贝德斯博士在远东军事法庭作证说：“这种抢劫是非常有组织的，使用了许多军用卡车，并且在军官的指挥下进行。”
日军有组织掠夺的主要对象是机关、学校、工厂、仓库和商店。一位留在南京的美国公民在信中写道：
南京的店铺尚未遭到袭击的，只有国际委员会的米店和军用仓库。大多数的店铺，日本兵一来，先把明显的东西抢走。接着在军官的指挥下，有计划地把一切物品用军车拉走，尔后付之一炬。
根据战后南京市临时议会不完全调查统计，在南京事件中，日军共抢劫各种器具30多万件、衣服590多万件、金银首饰1.42万两、书籍14.86万册、古字画2.84万件、古玩7300件、牲畜6200头、粮食1200万石。所抢劫的其他财物，如工厂设备、原料、车辆、铁器等尚未统计。
纵火是日军摧毁古都南京的主要手段，也是其重要的暴行之一。日军占领南京之初，就在其军官指挥下，士兵手执火把在大街小巷横冲直撞，到处随意放火。
12月20日，一位外侨在日记中写道：
暴行继续发生。全城大火蔓延。下午5时，我和史密斯乘车外出，城内最繁荣的商业区太平路一带火焰冲天。向南行，我们目睹日本兵在店铺内放火，再向南行，看见日本兵忙于把东西装入军用卡车。
夜间，我从窗口眺望，14处火舌正向天空飞腾。日军不仅在城里纵火，而且郊区农村也没有逃脱日军的洗劫。
日军纵火时间长达数月。德国驻华使馆外交官罗森，1938年1月15日在给德国外交部的报告中说：“日本军队放的大火在日军占领一个多月之后至今还在燃烧。”
这次日军纵火破坏究竟有多大？远东国际军事法庭判决书认定：“市内的商业区一块一块地，一个接一个地被烧掉……全市约三分之一被毁了。”
至于郊区，则“在南京四周200华里以内所有村庄，大体上都处于同样的状态”。另据战后南京市临时议会1946年公布的《抗战损失调查》表明，全市共损坏高大华丽房屋748幢和3.1万多间。
